Promotér (genetika) - Promoter (genetics)

1: RNA polymeráza, 2: Represor, 3: Promotér, 4: Operátor, 5: Laktóza, 6: lacZ, 7: lacY, 8: lacA.

Horní: Transkripce genu je vypnuta. Neexistuje žádná laktóza, která by inhibovala represor, takže represor se váže na operátor, který brání RNA polymeráza z vazby na promotor a přípravy mRNA kódující gen laktázy.

Dno: Gen je zapnutý. Laktóza inhibuje represor a umožňuje RNA polymeráze vázat se na promotor a exprimovat geny, které syntetizují laktázu. Nakonec laktáza stráví veškerou laktózu, dokud se nebude vázat na represor. Represor se poté naváže na operátora a zastaví výrobu laktázy.

v genetika, a promotér je posloupnost DNA na které se proteiny váží transkripce jediného RNA z DNA po proudu. Tato RNA může kódovat protein nebo může mít sama o sobě funkci, jako je tRNA, mRNA nebo rRNA. Promotéry se nacházejí v blízkosti počátečních míst transkripce genů, proti proudu na DNA (směrem k 5 'oblasti regionu sense strand ). Propagátory mohou být přibližně 100–1000 základní páry dlouho.[1]

Přehled

Aby došlo k transkripci, je to enzym, který syntetizuje RNA, známý jako RNA polymeráza, se musí připojit k DNA v blízkosti genu. Promotory obsahují specifické sekvence DNA, jako jsou prvky odezvy které poskytují bezpečné počáteční vazebné místo pro RNA polymerázu a pro proteiny zvané transkripční faktory kteří získávají RNA polymerázu. Tyto transkripční faktory mají specifické aktivátor nebo represor sekvence odpovídajících nukleotidů, které se připojují ke specifickým promotorům a regulují genovou expresi.

v bakterie
Promotor je rozpoznáván RNA polymerázou a přidružený faktor sigma, které se zase často dostávají do promotorové DNA navázáním aktivátorového proteinu na jeho vlastní DNA vazebné místo poblíž.
v eukaryoty
Proces je komplikovanější a pro vázání smlouvy je zapotřebí nejméně sedm různých faktorů RNA polymeráza II pořadateli.

Pořadatelé představují kritické prvky, které mohou spolupracovat s ostatními regulačními regiony (zesilovače, tlumiče, hraniční prvky /izolátory ) k řízení úrovně transkripce daného genu. Promotor je indukován v reakci na změny v hojnosti nebo konformaci regulačních proteinů v buňce, které umožňují aktivaci transkripčních faktorů pro nábor RNA polymerázy.[2][3]

Identifikace relativního umístění

Protože promotory typicky bezprostředně sousedí s daným genem, pozice v promotoru jsou označeny vzhledem k transkripční počáteční web, kde transkripce DNA začíná pro konkrétní gen (tj. pozice upstream jsou záporná čísla počítaná zpět od -1, například -100 je pozice 100 párů bází upstream).

Relativní umístění v buněčném jádru

V buněčném jádru se zdá, že promotory jsou distribuovány přednostně na okraji chromozomálních oblastí, což je pravděpodobné pro společnou expresi genů na různých chromozomech.[4] U lidí navíc promotory vykazují určité strukturní rysy charakteristické pro každý chromozom.[4]

Elementy

Eukaryotický

  • Základní promotor - minimální část promotoru potřebná ke správnému zahájení transkripce[5]
  • Proximální promotor - proximální sekvence před genem, která má tendenci obsahovat primární regulační prvky
  • Distální promotor - distální sekvence před genem, která může obsahovat další regulační prvky, často se slabším vlivem než proximální promotor
    • Cokoli dále proti proudu (ale ne zesilovač nebo jiný regulační region, jehož vliv je nezávislý na poloze / orientaci)
    • Specifická vazebná místa pro transkripční faktor

Bakteriální

v bakterie, promotor obsahuje dva prvky krátké sekvence přibližně 10 (Pribnow Box ) a 35 nukleotidů proti proudu z místo zahájení transkripce.

  • Sekvence na -10 (prvek -10) má konsensuální sekvence TATAAT.
  • Sekvence na -35 (prvek -35) má shodnou sekvenci TTGACA.
  • Výše uvedené konsenzuální sekvence, i když jsou v průměru konzervovány, se u většiny promotorů nenacházejí intaktní. V průměru se v kterémkoli daném promotoru nacházejí pouze 3 až 4 ze 6 párů bází v každé shodné sekvenci. Dosud bylo identifikováno několik přírodních promotorů, které mají intaktní konsenzuální sekvence jak na -10, tak na -35; Bylo zjištěno, že umělé promotory s úplným zachováním prvků -10 a -35 transkribují při nižších frekvencích než ty, které mají několik neshod s konsensem.
  • Optimální rozestup mezi sekvencemi -35 a -10 je 17 bp.
  • Některé promotory obsahují jeden nebo více podřízených webů promotorového prvku (UP element)[7] (konsensuální sekvence 5'-AAAAAARNR-3 ', když je vystředěn v oblasti -42; konsensuální sekvence 5'-AWWWWWTTTTT-3 ', když je vystředěn v oblasti -52; W = A nebo T; R = A nebo G; N = libovolná báze).[8]

Výše uvedené promotorové sekvence jsou rozpoznávány pouze RNA polymerázou holoenzym obsahující sigma-70. Holoenzymy RNA polymerázy obsahující další sigma faktory rozpoznávají různé základní promotorové sekvence.

   <- upstream downstream -> 5'-XXXXXXXPPPPPPXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3 '-35

Pravděpodobnost výskytu každého nukleotidu

 pro -10 sekvenci T A T A A T77% 76% 60% 61% 56% 82%
 pro sekvenci -35 T T G A C A69% 79% 61% 56% 54% 54%

Eukaryotický

Eukaryotický organizátoři jsou různorodí a lze je obtížně charakterizovat, avšak nedávné studie ukazují, že jsou rozděleny do více než 10 tříd.[9]

Deset tříd eukaryotických promotorů a jejich zástupce DNA vzory. Reprezentativní třídy eukaryotických promotorů jsou uvedeny v následujících částech: (A) třída založená na AT, (B) třída založená na CG, (C) třída ATCG kompaktní, (D) třída ATCG vyvážená, (E) ATCG střední třída, (F) třída bez ATCG, (G) třída bez AT, (H) třída CG-spike, (I) třída bez CG a (J) třída ATspike.[9]

Genové promotory jsou typicky umístěny před genem a mohou mít regulační prvky několik kilobáz od transkripčního počátečního místa (enhancery). U eukaryot může transkripční komplex způsobit, že se DNA ohne zpět na sebe, což umožňuje umístění regulačních sekvencí daleko od skutečného místa transkripce. Eukaryotické promotory závislé na RNA-polymeráze-II mohou obsahovat a Prvek TATA (konsensuální sekvence TATAAA), kterou uznává obecný transkripční faktor Protein vázající TATA (TBP); a a B. rozpoznávací prvek (BRE), který je rozpoznán obecným transkripčním faktorem TFIIB.[5][10][11] Element TATA a BRE se obvykle nacházejí v blízkosti transkripčního počátečního místa (obvykle v rozmezí 30 až 40 párů bází).

Regulační sekvence eukaryotického promotoru typicky váží proteiny zvané transkripční faktory, které se podílejí na tvorbě transkripčního komplexu. Příkladem je E-box (sekvence CACGTG), která váže transkripční faktory v základní šroubovice-smyčka-šroubovice (bHLH) rodina (např. Hodiny BMAL1, cMyc ).[12] Některé promotory, na které cílí více transkripčních faktorů, mohou dosáhnout hyperaktivního stavu, což vede ke zvýšené transkripční aktivitě.[13]

Obousměrný (savčí)

Obousměrné promotory jsou krátké (<1 kbp) intergenní oblasti DNA mezi 5 'konci geny v obousměrném genovém páru.[14] „Obousměrný genový pár“ označuje dva sousední geny kódované na protilehlých vláknech, jejichž 5 'konce jsou orientovány k sobě.[15] Tyto dva geny jsou často funkčně příbuzné a modifikace jejich sdílené promotorové oblasti jim umožňuje společnou regulaci a tedy společnou expresi.[16] Obousměrné promotory jsou společným rysem savčí genomy.[17] Asi 11% lidských genů je obousměrně spárováno.[14]

Obousměrně spárované geny v Genová ontologie databáze sdílela se svými partnery alespoň jednu funkční kategorii přiřazenou databázi 47% času.[18] Microarray analýza ukázala, že obousměrně spárované geny jsou koexprimovány ve vyšší míře než náhodné geny nebo sousední jednosměrné geny.[14] Ačkoli společná exprese nemusí nutně znamenat společnou regulaci, methylace Bylo prokázáno, že oblasti obousměrného promotoru downregulují oba geny a demetylace zvyšuje regulaci obou genů.[19] Existují však výjimky. V některých případech (asi 11%) je exprimován pouze jeden gen obousměrného páru.[14] V těchto případech je promotor zapojen do potlačení neexprimovaného genu. Mechanismus za tím může být soutěž o stejné polymerázy, nebo chromatin modifikace. Divergentní transkripce se mohla posunout nukleosomy upregulace transkripce jednoho genu nebo odstranění vázaných transkripčních faktorů k downregulaci transkripce jednoho genu.[20]

U některých funkčních tříd genů je pravděpodobnější obousměrné spárování než u jiných. Geny podílející se na opravách DNA jsou pětkrát častěji regulovány obousměrnými promotory než jednosměrnými promotory. Chaperonové proteiny jsou třikrát pravděpodobnější a mitochondriální geny jsou více než dvakrát tak pravděpodobné. Mnoho základních úklid a buněčné metabolické geny jsou regulovány obousměrnými promotory.[14]Nadměrné zastoupení dvousměrně spárovaných genů pro opravu DNA spojuje tyto promotory rakovina. Čtyřicet pět procent lidí somatický onkogeny Zdá se, že jsou regulovány obousměrnými promotory - podstatně více než geny nezpůsobující rakovinu. Hypermethylace promotorů mezi páry genů WNT9A / CD558500, CTDSPL / BC040563 a KCNK15 / BF195580 byla spojena s nádory.[19]

U obousměrných promotorů byly pozorovány určité charakteristiky sekvence, včetně chybějících TATA boxy, hojnost CpG ostrovy a symetrie kolem středu dominantních Cs a As na jedné straně a Gs a Ts na druhé straně. Motiv s konsensuální sekvencí TCTCGCGAGA, nazývaný také Prvek CGCG, bylo nedávno prokázáno, že řídí obousměrný přepis řízený PolII na ostrovech CpG.[21] CCAAT boxy jsou běžné, protože jsou v mnoha promotérech, kterým chybí TATA boxy. Kromě toho motivy NRF-1, GABPA, YY1 a ACTACAnnTCCC jsou v obousměrných promotorech zastoupeny výrazně vyšší rychlostí než v jednosměrných promotorech. Absence TATA boxů v obousměrných promotorech naznačuje, že TATA boxy hrají roli při určování směrovosti promotérů, ale protiklady obousměrných promotérů mají TATA boxy a jednosměrné promotory bez nich naznačují, že nemohou být jediným faktorem.[22]

Ačkoli se termín „obousměrný promotor“ týká konkrétně promotorových oblastí mRNA -kódování genů, luciferáza testy ukázaly, že více než polovina lidských genů nemá silné směrové zkreslení. Výzkum to naznačuje nekódující RNA jsou často spojovány s promotorovými oblastmi genů kódujících mRNA. Předpokládá se, že nábor a zahájení činnosti RNA polymeráza II obvykle začíná obousměrně, ale divergentní transkripce se zastaví na kontrolním stanovišti později během prodloužení. Možné mechanismy za touto regulací zahrnují sekvence v promotorové oblasti, modifikaci chromatinu a prostorovou orientaci DNA.[20]

Subgenomický

Subgenomický promotor je promotor přidaný k viru pro specifický heterologní gen, což vede k tvorbě mRNA pouze pro tento gen. Mnoho pozitivních smyslů RNA viry vyrobit je subgenomové mRNA (sgRNA) jako jedna z běžných infekčních technik používaných těmito viry a obecně transkribuje pozdní virové geny. Subgenomové promotory se pohybují od 24 nukleotidů (Virus Sindbis ) na více než 100 nukleotidů (Řepa nekrotický virus žluté žíly ) a obvykle se nacházejí před zahájením transkripce.[23]

Detekce

Pro usnadnění detekce promotorů v genomové sekvenci byla vyvinuta široká škála algoritmů a predikce promotoru je běžným prvkem mnoha genová předpověď metody. Oblast promotoru je umístěna před -35 a -10 konsensuálními sekvencemi. Čím blíže je promotorová oblast ke konsensuálním sekvencím, tím častěji bude transkripce tohoto genu probíhat. Neexistuje nastavený vzor pro promotorové oblasti, jako je tomu u konsenzuálních sekvencí.

Evoluční změna

Superpozice mezi distribucemi promotorů z Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Oryza sativa a Arabidopsis thaliana. Červené barevné oblasti představují konzervované promotorové sekvence.[24]

Změny v promotorových sekvencích jsou při vývoji kritické, jak naznačuje relativně stabilní počet genů v mnoha liniích. Například většina obratlovců má zhruba stejný počet genů kódujících proteiny (asi 20 000), které jsou často velmi konzervativní v sekvenci, a proto musí velká část evoluční změny pocházet ze změn genové exprese.[4][9]

De novo původ promotérů

Vzhledem ke krátkým sekvencím většiny promotorových prvků se promotory mohou rychle vyvinout z náhodných sekvencí. Například v E-coli ~ 60% náhodných sekvencí může vyvinout úrovně exprese srovnatelné s divokým typem promotor lac pouze s jednou mutací a ~ 10% náhodných sekvencí může sloužit jako aktivní promotor i bez evoluce.[25]

Cukrovka

Další nedávné studie naznačují, že promotory genů mohou být primární příčinou cukrovka.[26] Propagátoři genů spojených s diabetem Genomové asociační studie (GWAS) ukazují konkrétní DNA vzory pro každý fenotyp.[26] Toto pozorování naznačuje, že promotory těchto genů používají specifické transkripční faktory pro každý diabetes fenotyp.[26]

Vazba

Viz také: Aktivita promotéra

Zahájení transkripce je vícestupňový sekvenční proces, který zahrnuje několik mechanismů: umístění promotoru, počáteční reverzibilní vazba RNA polymerázy, konformační změny v RNA polymeráze, konformační změny v DNA, vazba nukleosid trifosfátu (NTP) na funkční promotor RNA polymerázy. komplexní a neproduktivní a produktivní zahájení syntézy RNA.[27]

Proces vazby promotoru je zásadní pro pochopení procesu genové exprese.

Umístění

Ačkoli RNA polymeráza holoenzym vykazuje vysokou afinitu k nespecifickým místům DNA, tato vlastnost nám neumožňuje objasnit proces umístění promotoru.[28] Tento proces umístění promotoru byl přičítán struktuře holoenzymu na DNA a komplexů sigma 4 na DNA.[29]

Nemoci spojené s aberantní funkcí

Většina onemocnění je heterogenních, což znamená, že jedním „onemocněním“ je často mnoho různých onemocnění na molekulární úrovni, i když se projevené příznaky a reakce na léčbu mohou shodovat. Jak nemoci různého molekulárního původu reagují na léčbu, se částečně zabývá disciplína farmakogenomika.

Zde není uvedeno mnoho druhů rakoviny zahrnujících aberantní transkripční regulaci v důsledku vzniku chimérické geny přes patologické chromozomální translokace. Důležité je, že intervence do počtu nebo struktury proteinů vázaných na promotor je jedním z klíčů k léčbě onemocnění bez ovlivnění exprese nesouvisejících genů sdílejících prvky s cílovým genem.[30] Některé geny, jejichž změna není žádoucí, jsou schopné ovlivnit potenciál buňky stát se rakovinnou.[31]

Ostrovy CpG v organizátorech

Hlavní článek: Regulace transkripce u rakoviny

U lidí asi 70% promotorů umístěných v blízkosti místa počátečního transkripce genu (proximální promotory) obsahuje a CpG ostrov.[32][33] Ostrovy CpG jsou obvykle dlouhé 200 až 2 000 párů bází, mají C: G základní pár > 50% a mají regiony DNA kde cytosin nukleotid následuje a guanin nukleotid a k tomu často dochází lineárně sekvence z základny podél jeho 5 '→ 3' směr.

Distální promotory také často obsahují ostrovy CpG, jako je promotor genu pro opravu DNA ERCC1, kde se promotor obsahující ostrov CpG nachází asi 5 400 nukleotidů před kódující oblastí ERCC1 gen.[34] Ostrovy CpG se také často vyskytují u promotérů pro funkční nekódující RNA jako mikroRNA.

Methylace ostrovů CpG stabilně umlčuje geny

U lidí dochází k methylaci DNA v poloze 5 'pyrimidinového kruhu cytosinových zbytků uvnitř CpG stránky tvořit 5-methylcytosiny. Přítomnost více methylovaných CpG míst na CpG ostrovech promotorů způsobuje stabilní umlčování genů.[35] Umlčení genu může být iniciováno jinými mechanismy, ale toto je často následováno methylací CpG míst v promotorovém CpG ostrově za účelem stabilního umlčení genu.[35]

Promotér CpG hyper / hypo-methylace u rakoviny

Obecně platí, že v progresi rakoviny jsou stovky genů umlčen nebo aktivován. Ačkoli k umlčení některých genů u rakoviny dochází mutací, velká část umlčení karcinogenního genu je výsledkem změněné methylace DNA (viz Methylace DNA u rakoviny ). Methylace DNA způsobující umlčení u rakoviny se obvykle vyskytuje u mnoha CpG stránky v CpG ostrovy které jsou přítomny v promotorech genů kódujících proteiny.

Změněné výrazy mikroRNA také umlčet nebo aktivovat mnoho genů v progresi do rakoviny (viz mikroRNA u rakoviny ). Ke změněné expresi mikroRNA dochází prostřednictvím hyper / hypo-methylace z CpG stránky v CpG ostrovy v promotorech kontrolujících transkripci mikroRNA.

Ztlumení genů pro opravu DNA prostřednictvím methylace ostrovů CpG v jejich promotorech se jeví jako obzvláště důležité při progresi k rakovině (viz methylace DNA opravných genů u rakoviny ).

Kanonické sekvence a divoký typ

Použití termínu kanonická posloupnost označovat promotor je často problematické a může vést k nedorozuměním o promotorových sekvencích. Kanonický znamená v určitém smyslu dokonalý.

V případě vazebného místa transkripčního faktoru může existovat jediná sekvence, která se za stanovených buněčných podmínek váže na protein nejsilněji. Dalo by se to nazvat kanonickým.

Přirozený výběr však může upřednostňovat méně energetické vazby jako způsob regulace transkripčního výstupu. V tomto případě můžeme nejběžnější sekvenci v populaci nazvat sekvenci divokého typu. Za převládajících podmínek to nemusí být ani nejvýhodnější sekvence.

Nedávné důkazy rovněž naznačují, že několik genů (včetně protoonkogen c-myc ) mít G-quadruplex motivy jako potenciální regulační signály.

Nemoci, které mohou být spojeny s variacemi

Některé případy mnoha genetických onemocnění jsou spojeny s variacemi promotorů nebo transkripčních faktorů.

Mezi příklady patří:

Konstitutivní vs regulované

Některé promotory se nazývají konstitutivní, protože jsou aktivní za všech okolností v buňce, zatímco jiné jsou regulované, aktivizující se v buňce pouze v reakci na specifické podněty.

Použití termínu

Když se odkazuje na promotér, někteří autoři ve skutečnosti znamenají promotor + operátor; tj. lac promotor je indukovatelný IPTG, což znamená, že kromě lac promotoru je přítomen také lac operátor. Pokud by operátor lac nebyl přítomen IPTG nebude mít indukovatelný účinek.[40]Dalším příkladem je Tac-promotér systém (Ptac). Všimněte si, jak je tac zapsán jako promotor tac, zatímco ve skutečnosti je tac vlastně promotér i operátor.[41]

Viz také

Reference

  1. ^ „Analýza biologických sítí: transkripční sítě - analýza pořadí promotorů“ (PDF). Tel Avivská univerzita. Citováno 30. prosince 2012.
  2. ^ Remodelace chromatinu: od transkripce k rakovině. Genet rakoviny. Září 2014; 207 (9): 352-7.
  3. ^ Organizace promotorů genů interferonu-A odlišně ovlivňuje expresi a citlivost vyvolanou virem na TBK1 a IKKepsilon. J Biol Chem. 24. února 2006; 281 (8): 4856-66.
  4. ^ A b C Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (duben 2013). „Genové promotory vykazují specificitu pro chromozomy a odhalují chromozomová teritoria u lidí“. BMC Genomics. 14 (278): 278. doi:10.1186/1471-2164-14-278. PMC  3668249. PMID  23617842.
  5. ^ A b Smale ST, Kadonaga JT (2003). "Jádrový promotor RNA polymerázy II". Roční přehled biochemie. 72: 449–79. doi:10,1146 / annurev.biochem.72.121801.161520. PMID  12651739.
  6. ^ Juven-Gershon T, Kadonaga JT (březen 2010). „Regulace genové exprese prostřednictvím promotoru jádra a bazálního transkripčního aparátu“. Vývojová biologie. 339 (2): 225–9. doi:10.1016 / j.ydbio.2009.08.009. PMC  2830304. PMID  19682982.
  7. ^ Ross W, Gosink KK, Salomon J, Igarashi K, Zou C, Ishihama A, Severinov K, Gourse RL (listopad 1993). "Třetí rozpoznávací prvek v bakteriálních promotorech: vazba DNA alfa podjednotkou RNA polymerázy". Věda. 262 (5138): 1407–13. Bibcode:1993Sci ... 262.1407R. doi:10.1126 / science.8248780. PMID  8248780.
  8. ^ Estrem ST, Ross W, Gaal T, Chen ZW, Niu W, Ebright RH, Gourse RL (srpen 1999). „Architektura bakteriálního promotoru: struktura podřízených prvků UP a interakce s karboxyterminální doménou alfa podjednotky RNA polymerázy“. Geny a vývoj. 13 (16): 2134–47. doi:10.1101 / gad.13.16.2134. PMC  316962. PMID  10465790.
  9. ^ A b C Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (září 2012). „Eukaryotické genomy mohou vykazovat až 10 generických tříd promotorů genů“ (PDF). BMC Genomics. 13 (1): 512. doi:10.1186/1471-2164-13-512. PMC  3549790. PMID  23020586.
  10. ^ Gershenzon NI, Ioshikhes IP (duben 2005). „Synergie prvků lidského jádra promotoru Pol II odhalena statistickou sekvenční analýzou. Bioinformatika. 21 (8): 1295–300. doi:10.1093 / bioinformatika / bti172. PMID  15572469.
  11. ^ Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (leden 1998). „Nový prvek promotoru jádra v transkripci závislé na RNA polymeráze II: sekvenčně specifická vazba DNA transkripčním faktorem IIB“. Geny a vývoj. 12 (1): 34–44. doi:10.1101 / gad.12.1.34. PMC  316406. PMID  9420329.
  12. ^ Levine M, Tjian R (červenec 2003). "Regulace transkripce a rozmanitost zvířat". Příroda. 424 (6945): 147–51. Bibcode:2003 Natur.424..147L. doi:10.1038 / nature01763. PMID  12853946. S2CID  4373712.
  13. ^ Liefke R, Windhof-Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas-Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S (červen 2015). „Oxidační demetyláza ALKBH3 označuje promotory hyperaktivních genů v lidských rakovinných buňkách“. Genomová medicína. 7 (1): 66. doi:10.1186 / s13073-015-0180-0. PMC  4517488. PMID  26221185.
  14. ^ A b C d E Trinklein ND, Aldred SF, Hartman SJ, Schroeder DI, Otillar RP, Myers RM (leden 2004). „Hojnost obousměrných promotorů v lidském genomu“. Výzkum genomu. 14 (1): 62–6. doi:10,1101 / gr. 1982804. PMC  314279. PMID  14707170.
  15. ^ Yang MQ, Koehly LM, Elnitski LL (duben 2007). „Komplexní anotace obousměrných promotorů identifikuje koregulaci mezi geny rakoviny prsu a vaječníků“. PLOS výpočetní biologie. 3 (4): e72. Bibcode:2007PLSCB ... 3 ... 72R. doi:10.1371 / journal.pcbi.0030072. PMC  1853124. PMID  17447839.
  16. ^ Adachi N, Lieber MR (červen 2002). „Obousměrná genová organizace: společný architektonický rys lidského genomu“. Buňka. 109 (7): 807–9. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 00758-4. PMID  12110178. S2CID  8556921.
  17. ^ Koyanagi KO, Hagiwara M, Itoh T, Gojobori T, Imanishi T (červenec 2005). „Srovnávací genomika dvojsměrných genových párů a její důsledky pro vývoj transkripčního regulačního systému“. Gen. 353 (2): 169–76. doi:10.1016 / j.gene.2005.04.027. PMID  15944140.
  18. ^ Liu B, Chen J, Shen B (květen 2011). „Celá genomová analýza preferencí vazby transkripčního faktoru lidských obousměrných promotorů a funkční anotace příbuzných genových párů“. Biologie systémů BMC. 5 Suppl 1: S2. doi:10.1186 / 1752-0509-5-S1-S2. PMC  3121118. PMID  21689477.
  19. ^ A b Shu J, Jelinek J, Chang H, Shen L, Qin T, Chung W, Oki Y, Issa JP (květen 2006). „Umlčení obousměrných promotorů metylací DNA v tumorigenezi“. Výzkum rakoviny. 66 (10): 5077–84. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-2629. PMID  16707430.
  20. ^ A b Wei W, Pelechano V, Järvelin AI, Steinmetz LM (červenec 2011). „Funkční důsledky obousměrných promotérů“. Trendy v genetice. 27 (7): 267–76. doi:10.1016 / j.tig.2011.04.002. PMC  3123404. PMID  21601935.
  21. ^ Mahpour A, Scruggs BS, Smiraglia D, Ouchi T, Gelman IH (2018-10-17). „Metylcitlivý prvek indukuje obousměrnou transkripci v promotorech spojených s ostrovem CpG bez TATA“. PLOS ONE. 13 (10): e0205608. doi:10.1371 / journal.pone.0205608. PMC  6192621. PMID  30332484.
  22. ^ Lin JM, Collins PJ, Trinklein ND, Fu Y, Xi H, Myers RM, Weng Z (červen 2007). „Vazba transkripčního faktoru a modifikované histony v lidských obousměrných promotorech“. Výzkum genomu. 17 (6): 818–27. doi:10,1101 / gr. 5623407. PMC  1891341. PMID  17568000.
  23. ^ Koev G, Miller WA (červenec 2000). „Pozitivní řetězec RNA viru se třemi velmi odlišnými promotory subgenomické RNA“. Journal of Virology. 74 (13): 5988–96. doi:10.1128 / jvi.74.13.5988-5996.2000. PMC  112095. PMID  10846080.
  24. ^ Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (září 2012). „Eukaryotické genomy mohou vykazovat až 10 generických tříd promotorů genů“. BMC Genomics. 13 (1): 512. doi:10.1186/1471-2164-13-512. PMC  3549790. PMID  23020586.
  25. ^ Yona AH, Alm EJ, Gore J (duben 2018). „Náhodné sekvence se rychle vyvinou v promotéry de novo“. Příroda komunikace. 9 (1): 1530. Bibcode:2018NatCo ... 9.1530Y. doi:10.1038 / s41467-018-04026-w. PMC  5906472. PMID  29670097.
  26. ^ A b C Ionescu-Tîrgovişte C, Gagniuc PA, Guja C (2015). „Strukturální vlastnosti promotorů genů zdůrazňují více než dva fenotypy diabetu“. PLOS ONE. 10 (9): e0137950. Bibcode:2015PLoSO..1037950I. doi:10.1371 / journal.pone.0137950. PMC  4574929. PMID  26379145.
  27. ^ deHaseth PL, Zupancic ML, Record MT (červen 1998). „Interakce RNA polymeráza s promotorem: příchod a odchod RNA polymerázy“. Journal of Bacteriology. 180 (12): 3019–25. doi:10.1128 / jb.180.12.3019-3025.1998. PMC  107799. PMID  9620948.
  28. ^ Singer P, Wu CW (říjen 1987). „Hledání promotorů pomocí RNA polymerázy Escherichia coli na kruhové šabloně DNA“. The Journal of Biological Chemistry. 262 (29): 14178–89. PMID  3308887.
  29. ^ Borukhov S, Nudler E (duben 2003). "RNA polymerázový holoenzym: struktura, funkce a biologické důsledky". Současný názor v mikrobiologii. 6 (2): 93–100. doi:10.1016 / s1369-5274 (03) 00036-5. PMID  12732296.
  30. ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (červen 2009). „Pohlavní steroidní receptory při diferenciaci skeletu a epiteliální neoplazii: je možný tkáňově specifický zásah?“. BioEssays. 31 (6): 629–41. doi:10.1002 / bies.200800138. PMID  19382224. S2CID  205469320.
  31. ^ Vlahopoulos SA, Logotheti S, Mikas D, Giarika A, Gorgoulis V, Zoumpourlis V (duben 2008). "Role ATF-2 v onkogenezi". BioEssays. 30 (4): 314–27. doi:10.1002 / bies.20734. PMID  18348191. S2CID  678541.
  32. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (leden 2006). „Analýza genomu CpG dinukleotidů v lidském genomu rozlišuje dvě odlišné třídy promotorů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (5): 1412–7. Bibcode:2006PNAS..103.1412S. doi:10.1073 / pnas.0510310103. PMC  1345710. PMID  16432200.
  33. ^ Deaton AM, Bird A (květen 2011). „Ostrovy CpG a regulace transkripce“. Geny a vývoj. 25 (10): 1010–22. doi:10.1101 / gad.2037511. PMC  3093116. PMID  21576262.
  34. ^ Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP (duben 2010). "Role hypermethylace promotoru ERCC1 v rezistenci na léčivo k cisplatině v lidských gliomech". International Journal of Cancer. 126 (8): 1944–1954. doi:10.1002 / ijc.24772. PMID  19626585.
  35. ^ A b Bird A (leden 2002). „Methylační vzorce DNA a epigenetická paměť“. Geny a vývoj. 16 (1): 6–21. doi:10,1101 / gad.947102. PMID  11782440.
  36. ^ Hobbs K, Negri J, Klinnert M, Rosenwasser LJ, Borish L (prosinec 1998). „Interleukin-10 a polymorfismy promotoru růstového faktoru-beta při alergiích a astmatu“. American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 158 (6): 1958–62. doi:10,1164 / ajrccm.158.6.9804011. PMID  9847292.
  37. ^ Burchard EG, Silverman EK, Rosenwasser LJ, Borish L, Yandava C, Pillari A, Weiss ST, Hasday J, Lilly CM, Ford JG, Drazen JM (září 1999). „Asociace mezi variantou sekvence v promotoru genu IL-4 a FEV (1) u astmatu“. American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 160 (3): 919–22. doi:10.1164 / ajrccm.160.3.9812024. PMID  10471619.
  38. ^ Kulozik AE, Bellan-Koch A, Bail S, Kohne E, Kleihauer E (květen 1991). „Thalassemia intermedia: mírné snížení transkripční aktivity genu beta globinu novou mutací proximálního promotoru CACCC“. Krev. 77 (9): 2054–8. doi:10.1182 / krev. V77.9.2054.2054. PMID  2018842.
  39. ^ Petrij F, Giles RH, Dauwerse HG, Saris JJ, Hennekam RC, Masuno M, Tommerup N, van Ommen GJ, Goodman RH, Peters DJ (červenec 1995). „Rubinstein-Taybiho syndrom způsobený mutacemi v transkripčním koaktivátoru CBP“. Příroda. 376 (6538): 348–51. Bibcode:1995 Natur.376..348P. doi:10.1038 / 376348a0. PMID  7630403. S2CID  4254507.
  40. ^ Lac operon
  41. ^ "Expresní vektory". sci.sdsu.edu.

externí odkazy