BAT1 - BAT1

DDX39B
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1T5I, 1T6N, 1XTI, 1XTJ, 1XTK
Identifikátory
Aliasy	DDX39B, BAT1, D6S81E, UAP56, helikáza DEAD-box 39B, helikáza DExD-box 39B
Externí ID	OMIM: 142560 MGI: 99240 HomoloGene: 48376 Genové karty: DDX39B
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 6 (lidský)
Konec	31,542,448 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	35,253,707 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • GO: 0032403 vazba makromolekulárního komplexu; • U4 snRNA vazba; • Vazba na protein závislá na ATP; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita hydrolázy; • ATP vazba; • Vazba U6 snRNA; • Aktivita ATPázy závislá na RNA; • Aktivita ATPázy; • identická vazba na protein; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • transkripční exportní komplex; • jaderná matice; • U6 snRNP; • spliceosomální komplex; • U4 snRNP; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • jaderná skvrna; • jádro; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • transport mRNA; • negativní regulace kontrolního bodu poškození DNA; • Zpracování mRNA; • export virové mRNA z jádra hostitelské buňky; • pozitivní regulace překladu; • export mRNA z jádra; • pozitivní regulace transkripce s templátem DNA, prodloužení; • sestava spliceozomálního komplexu; • Odvíjení sekundární struktury RNA; • Sestřih RNA; • pozitivní regulace procesu biosyntézy DNA; • vývoj jater; • pozitivní regulace buněčného růstu podílející se na vývoji buněk srdečního svalu; • pozitivní regulace proliferace buněk hladkého svalstva cév; • Zpracování mRNA 3'-end; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • Export RNA z jádra; • doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	7919
	53817
ENSG00000198563; ENSG00000225073; ENSG00000237889; ENSG00000229496; ENSG00000215425;
	ENSG00000235439; ENSG00000225859; ENSG00000230624
	ENSMUSG00000019432
	Q13838
	Q9Z1N5
	NM_004640; NM_080598
	NM_001252457; NM_019693
	NP_004631; NP_542165
	NP_001239386; NP_062667
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Spliceosomová RNA helikáza BAT1 je enzym že u lidí je kódován BAT1 gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen kóduje člena DEAD box rodina závislá na RNA ATPázy které zprostředkovávají Hydrolýza ATP v době sestřih pre-mRNA. Zakódovaný protein je nezbytný spojovací faktor potřebné pro sdružení malé jaderné U2 ribonukleoprotein s pre-mRNA, a také hraje důležitou roli v mRNA export z jádra do cytoplazma. Shluk genů, BAT1-BAT5, je lokalizován v blízkosti genů pro TNF alfa a TNF beta. Všechny tyto geny jsou uvnitř člověka hlavní histokompatibilní komplex třídy III kraj. Mutace v tomto genu může být spojen s revmatoidní artritida. Alternativně sestříhané varianty přepisu byly kódovány stejný protein.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 GRCh38: Ensembl uvolnění 89: ENSG00000198563, ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019432 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Peelman LJ, Chardon P, Nunes M, Renard C, Geffrotin C, Vaiman M, Van Zeveren A, Coppieters W, van de Weghe A, Bouquet Y a kol. (Srpen 1995). „Gen BAT1 v MHC kóduje evolučně konzervativní domnělou nukleární RNA helikázu rodiny DEAD.“ Genomika. 26 (2): 210–8. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80203-X. PMID 7601445.
^ Spies T, Bresnahan M, Strominger JL (prosinec 1989). „Hlavní lidský histokompatibilní komplex obsahuje minimálně 19 genů mezi shlukem komplementu a HLA-B“. Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86,8955S. doi:10.1073 / pnas.86.22.8955. PMC 298409. PMID 2813433.
^ ^A ^b „Entrez Gene: BAT1 HLA-B associated transkript 1“.

externí odkazy

Člověk DDX39B umístění genomu a DDX39B stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro lidskou spiceosomovou RNA helikázu DDX39B (BAT1)

Další čtení

Spies T, Blanck G, Bresnahan M a kol. (1989). "Nový shluk genů v lidském hlavním histokompatibilním komplexu". Věda. 243 (4888): 214–7. Bibcode:1989Sci ... 243..214S. doi:10.1126 / science.2911734. PMID 2911734.
Cross SH, Charlton JA, Nan X, Bird AP (1994). "Čištění ostrovů CpG pomocí methylované DNA vazebné kolony". Nat. Genet. 6 (3): 236–44. doi:10.1038 / ng0394-236. PMID 8012384. S2CID 12847618.
Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Fleckner J, Zhang M, Valcárcel J, Green MR (1997). „U2AF65 získává nový lidský DEAD box protein potřebný pro interakci U2 snRNP-branchpoint“. Genes Dev. 11 (14): 1864–72. doi:10.1101 / gad.11.14.1864. PMID 9242493.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Allcock RJ, Price P, Gaudieri S, et al. (1999). "Charakterizace lidského centrálního genu MHC, BAT1: genomová struktura a exprese". Exp. Clin. Imunogenet. 16 (2): 98–106. doi:10.1159/000019100. PMID 10343160. S2CID 22003689.
Ota M, Katsuyama Y, Kimura A a kol. (2001). „Druhý gen náchylnosti k rozvoji revmatoidní artritidy v lidském MHC je lokalizován v 70-kb intervalu telomeriky genů TNF v oblasti HLA třídy III“. Genomika. 71 (3): 263–70. doi:10,1006 / geno.2000.6371. PMID 11170743.
Allcock RJ, Williams JH, Price P (2001). „Centrální gen MHC, BAT1, může kódovat protein, který down-reguluje produkci cytokinů“. Geny buňky. 6 (5): 487–94. doi:10.1046 / j.1365-2443.2001.00435.x. PMID 11380625. S2CID 10605522.
Luo ML, Zhou Z, Magni K a kol. (2001). "Sestřih pre-mRNA a export mRNA propojeny přímými interakcemi mezi UAP56 a Aly". Příroda. 413 (6856): 644–7. Bibcode:2001 Natur.413..644L. doi:10.1038/35098106. PMID 11675789. S2CID 4395388.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH a kol. (2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Curr. Biol. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Strässer K, Masuda S, Mason P a kol. (2002). „TREX je konzervovaná složitá vazebná transkripce s exportem messengerové RNA“. Příroda. 417 (6886): 304–8. Bibcode:2002 Natur.417..304S. doi:10.1038 / příroda746. PMID 11979277. S2CID 1112194.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
McCracken S, Longman D, Johnstone IL a kol. (2004). „Evolučně konzervovaná role SRm160 při zpracování na 3'-konci, která funguje nezávisle na tvorbě komplexu exonového spojení“. J. Biol. Chem. 278 (45): 44153–60. doi:10,1074 / jbc.M306856200. PMID 12944400.
Reuter TY, Medhurst AL, Waisfisz Q a kol. (2003). „Kvasinkové dvouhybridní testy naznačují účast proteinů anémie Fanconi na regulaci transkripce, buněčné signalizaci, oxidačním metabolismu a buněčném transportu“. Exp. Cell Res. 289 (2): 211–21. doi:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID 14499622.
Li J, Hawkins IC, Harvey CD a kol. (2003). „Regulace alternativního sestřihu pomocí SRrp86 a jeho interagujících proteinů“. Mol. Buňka. Biol. 23 (21): 7437–47. doi:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. PMC 207616. PMID 14559993.
Mungall AJ, Palmer SA, Sims SK a kol. (2003). „Sekvence DNA a analýza lidského chromozomu 6“. Příroda. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003 Natur.425..805M. doi:10.1038 / nature02055. PMID 14574404.
Lehner B, Semple JI, Brown SE a kol. (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Price P, Wong AM, Williamson D a kol. (2004). „Polymorfismy v pozicích -22 a -348 v promotoru genu BAT1 ovlivňují transkripci a vazbu jaderných faktorů“. Hučení. Mol. Genet. 13 (9): 967–74. doi:10,1093 / hmg / ddh113. PMID 15028669.

Tento enzym související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 GRCh38: Ensembl uvolnění 89: ENSG00000198563, ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019432 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7601445-5] Peelman LJ, Chardon P, Nunes M, Renard C, Geffrotin C, Vaiman M, Van Zeveren A, Coppieters W, van de Weghe A, Bouquet Y a kol. (Srpen 1995). „Gen BAT1 v MHC kóduje evolučně konzervativní domnělou nukleární RNA helikázu rodiny DEAD.“ Genomika. 26 (2): 210–8. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80203-X. PMID 7601445.

[pmid2813433-6] Spies T, Bresnahan M, Strominger JL (prosinec 1989). „Hlavní lidský histokompatibilní komplex obsahuje minimálně 19 genů mezi shlukem komplementu a HLA-B“. Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86,8955S. doi:10.1073 / pnas.86.22.8955. PMC 298409. PMID 2813433.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: BAT1 HLA-B associated transkript 1“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]