Receptory podobné rhodopsinu - Rhodopsin-like receptors

Receptory podobné rhodopsinu
PDB 1f88 EBI.jpg
Struktura rhodopsinu: receptor spojený s G proteinem.[1]
Identifikátory
Symbol7tm_1
PfamPF00001
Pfam klanGPCR_A
InterProIPR000276
STRÁNKAPDOC00211
SCOP21f88 / Rozsah / SUPFAM
OPM nadčeleď6
OPM protein1 gzm
CDDcd00637

Receptory podobné rhodopsinu plocha rodina z bílkoviny které tvoří největší skupinu Receptory spojené s G proteinem.[2]

Rozsah

Receptory spojené s G-proteinem, GPCR, tvoří rozsáhlou rodinu proteinů, která zahrnuje širokou škálu funkcí (včetně různých autokrinních, parakrinních a endokrinních procesů). Vykazují značnou rozmanitost na úrovni sekvence, na základě které je lze rozdělit do odlišných skupin. GPCR jsou obvykle popisovány jako „nadčeleď“, protože zahrnují skupinu rodiny u nichž existují náznaky evolučního vztahu, ale mezi nimiž neexistuje statisticky významná podobnost v pořadí.[2] Mezi aktuálně známé členy nadčeledi patří rhodopsinové podobné GPCR (tato rodina), sekretin podobné GPCR, receptory cAMP, plísňové feromonové receptory a metabotropní glutamátový receptor rodina. Existuje specializovaná databáze pro GPCR.[3]

Funkce

Samotné GPCR podobné rhodopsinu představují rozšířenou rodinu proteinů, která zahrnuje hormony, neuropeptidy, neurotransmitery a světelné receptory, které všechny přenášejí extracelulární signály prostřednictvím interakce s proteiny vázajícími guanin nukleotidy (G). I když se jejich aktivační ligandy velmi liší ve struktuře a charakteru, aminokyselinové sekvence receptorů jsou velmi podobné a předpokládá se, že přijímají společný strukturní rámec obsahující 7 transmembránových (TM) šroubovic.[4][5][6]

Třídy

Na základě fylogenetické analýzy byly GPCR podobné rhodopsinu klasifikovány do následujících 19 podskupin (A1-A19).[7]

Podčeleď A1

Podčeleď A2

Podčeleď A3

Podčeleď A4

Podčeleď A5

Podčeleď A6

Podčeleď A7

Podčeleď A8

Podčeleď A9

Podčeleď A10

Podčeleď A11

Podčeleď A12

Podčeleď A13

Podčeleď A14

Podčeleď A15

Podčeleď A16

Podčeleď A17

Podčeleď A18

Podčeleď A19

Nezařazeno

Reference

  1. ^ Palczewski K, Kumasaka T, Hori T a kol. (Srpen 2000). "Krystalová struktura rhodopsinu: receptor spojený s G proteinem". Věda. 289 (5480): 739–45. Bibcode:2000Sci ... 289..739P. doi:10.1126 / science.289.5480.739. PMID  10926528.
  2. ^ A b Attwood TK, Findlay JB (1994). "Fingerprinting receptory spojené s G-proteinem". Protein Eng. 7 (2): 195–203. doi:10.1093 / protein / 7.2.195. PMID  8170923.
  3. ^ "Informační systém pro receptory spojené s G proteinem". GPCRDB. www.gpcr.org. Archivovány od originál dne 22. 4. 2009. Citováno 2008-12-05.
  4. ^ Birnbaumer L (1990). "G proteiny v signální transdukci". Annu. Pharmacol. Toxicol. 30: 675–705. doi:10.1146 / annurev.pa.30.040190.003331. PMID  2111655.
  5. ^ Gilman AG, Casey PJ (1988). "Zapojení G proteinu do vazby receptor-efektor". J. Biol. Chem. 263 (6): 2577–2580. PMID  2830256.
  6. ^ Attwood TK, Findlay JB (1993). "Návrh rozlišujícího otisku prstu pro receptory spojené s G-proteinem". Protein Eng. 6 (2): 167–176. doi:10.1093 / protein / 6.2.167. PMID  8386361.
  7. ^ Joost P, Methner A (2002). „Fylogenetická analýza 277 receptorů spojených s lidským G-proteinem jako nástroj pro predikci ligandů osiřelých receptorů“. Genome Biol. 3 (11): research0063.1–0063.16. doi:10.1186 / gb-2002-3-11-research0063. PMC  133447. PMID  12429062.
  8. ^ Terakita A (2005). „Opsiny“. Genome Biol. 6 (3): 213. doi:10.1186 / gb-2005-6-3-213. PMC  1088937. PMID  15774036.
  9. ^ A b Nordström KJ, Sällman Almén M, Edstam MM, Fredriksson R, Schiöth HB (září 2011). „Nezávislé HHsearch, Needleman - založené na Wunschových analýzách a analýzách motivů odhalily celkovou hierarchii většiny rodin receptorů spřažených s G proteinem“. Molekulární biologie a evoluce. 28 (9): 2471–80. doi:10,1093 / molbev / msr061. PMID  21402729.

externí odkazy