Databáze receptorů spřažených s G proteinem - G protein-coupled receptors database

GPCRDB
Favicon-152.png
Obsah
PopisReceptor spojený s G proteinem data, webové nástroje a diagramy
Typy dat
zajat		Struktury, mutanty, sekvence
Kontakt
Výzkumné centrumKodaňská univerzita
AutořiVignir Isberg, Bas Vrolin, Gert Vriend, David Gloriam a další.
Primární citacePandy-Szekeres G, Munk C, Tsonkov TM, Mordalski S, Harpsoe K, Hauser AS, Bojarski AJ, Gloriam DE. [1]
Datum vydání1993
Přístup
webová stránkahttps://www.gpcrdb.org
webová služba URLhttps://gpcrdb.org/services/
Smíšený
Kurátorská politikaRuční a experimentální odvozené údaje

The GPCRdb databáze je hlavním úložištěm kurátorských dat pro Receptory spojené s G proteinem (GPCR). Integruje různé webové nástroje a diagramy pro analýzu GPCR a ukládá ruční anotace všech krystalových struktur GPCR zpřístupněných prostřednictvím PDB (Proteinová datová banka ), má největší sbírku receptorových mutantů a srovnávání referenčních sekvencí. Ve webovém prohlížeči lze spustit řadu nástrojů dostupných na domovské stránce GPCRdb, které analyzují struktury, podobnosti sekvencí, vztahy receptorů, modely homologie, trendy léků, genetické varianty a cílové profily ligandů. Diagramy ilustrují sekvence receptorů (pomocí hadích grafů a diagramů šroubovice) a vztahy (fylogenetické stromy).

Pozadí a vývoj

Podle Gerta Vrienda, jednoho z tvůrců GPCRdb, zdroj začal následujícím způsobem:

„Program GPCRdb byl zahájen počátkem 90. let, kdy Bob Bywater, Ad IJzerman, Friedrich Rippmann a Gert Vriend uspořádali na EMBL sérii malých workshopů GPCR. Před zavedením prvních prohlížečů fungoval GPCRdb jako automatický systém odpovídání na e-maily které by mohly uživatelům poslat sekvence, zarovnání a modely homologie.V roce 1994 byl internet pevně zaveden do současné podoby a peníze byly získány ze čtvrtého rámce EU pro zřízení GPCRdb. Florence Horn se k nám připojila k provedení tohoto projektu. Když nás opustila na konci čtyřletého postdoktorandského období, byla GPCRdb pevně zavedena jako hlavní zdroj informací pro data GPCR. “ [2]

Během dvou desetiletí se z GPCRdb vyvinul komplexní informační systém pro ukládání a analýzu dat. V roce 2013 bylo správcovství GPCRdb převedeno na Davida Gloriamova skupina na univerzitě v Kodani, za podpory mezinárodního týmu přispěvatelů a vývojářů z akce EU COST s názvem „LESKNOUT SE “. GPCRdb nabízí referenční data a snadno použitelné webové nástroje a diagramy pro multidisciplinární publikum zkoumající funkci GPCR, design nebo vývoj léčiv a je aktivně zapojeno do Evropské výzkumné sítě pro Transdukce signálu (‘ERNEST ’).

Obsah a funkce

Lze nahlédnout do vizuálního přehledu hlavních funkcí GPCRdb gpcrdb.org.

Systém procházení GPCRdb je strukturován do nejdůležitějších kategorií, kterými jsou:

  • GPCRdb[3]
  • Receptory[4]
  • G proteiny[5]
  • B-Arrestins
  • Předpjatá signalizace
  • Ligandy[6]
  • Drogy[7]
  • Konstrukční struktury
  • Návody, workshopy a dokumentace k použití.

V kategoriích najdete podsekce specializovaných dat a nástrojů.

Budoucí pokyny

Jako součást dvou osiřelých GPCR projekty GPCRdb, financovaný Evropskou výzkumnou komisí a Lundbeckovou nadací, uloží data a vyvine výpočetní nástroje pro identifikaci endogenních a náhradních GPCR ligandů. Cílem GPCRdb je růst a umožnit nový pokrok ve struktuře, funkci a designu ligandu GPCR. Síťuje na GuideToPharmacology databázi a přijal úředníka NC-IUPHAR pojmenování receptorů, má výměnu s GPCR servery, a také se nedávno stala součástí Konsorcium GPCR se rozhodl vygenerovat nebývalý počet krystalových struktur. Akademické a průmyslové skupiny jsou vítány a jsou vyzývány, aby kontaktovaly GPCRdb s návrhy společného vývoje nebo ukládání dat.

Viz také

Reference

  1. ^ Pandy-Szekeres, Gašpar; Munk, Christian; Tsonkov, Tsonko; Mordalski, Stefan; Harpsoe, Kasper; Hauser, Alexander; Bojarski, Andrzej; Gloriam, David (16. 11. 2017). „GPCRdb v roce 2018: přidání strukturních modelů a ligandů GPCR“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D440 – D446. doi:10.1093 / nar / gkx1109. PMC  5753179. PMID  29155946.
  2. ^ „Poděkování - dokumentace GPCRdb 3“. docs.gpcrdb.org. Citováno 2020-08-05.
  3. ^ Isberg, Vignir; Graaf, Chris de; Bortolato, Andrea; Cherezov, Vadim; Katritch, Vsevolod; Marshall, Fiona H .; Mordalski, Stefan; Pin, Jean-Philippe; Stevens, Raymond C. (01.01.2015). „Obecná čísla zbytků GPCR - sladění topologických map s ohledem na mezery“. Trendy ve farmakologických vědách. 36 (1): 22–31. doi:10.1016 / j.tips.2014.11.001. PMC  4408928. PMID  25541108.
  4. ^ Hauser, Alexander S .; Chavali, Sreenivas; Masuho, Ikuo; Jahn, Leonie J .; Martemyanov, Kirill A .; Gloriam, David E .; Babu, M. Madan (2018). "Farmakogenomika GPCR drogových cílů". Buňka. 172 (1–2): 41–54.e19. doi:10.1016 / j.cell.2017.11.033. PMC  5766829. PMID  29249361.
  5. ^ Hejno, Tilman; Hauser, Alexander S .; Lund, Nadia; Gloriam, David E .; Balaji, Santhanam; Babu, M. Madan (květen 2017). „Determinanty selektivity vazby GPCR – G-proteinu“. Příroda. 545 (7654): 317–322. Bibcode:2017Natur.545..317F. doi:10.1038 / nature22070. ISSN  1476-4687. PMC  5846738. PMID  28489817.
  6. ^ Pándy-Szekeres, Gáspár; Munk, Christian; Tsonkov, Tsonko M .; Mordalski, Stefan; Harpsøe, Kasper; Hauser, Alexander S .; Bojarski, Andrzej J .; Gloriam, David E. (2018). „GPCRdb v roce 2018: přidání strukturních modelů GPCR a ligandů“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D440 – D446. doi:10.1093 / nar / gkx1109. PMC  5753179. PMID  29155946.
  7. ^ Hauser, Alexander S .; Attwood, Misty M .; Rask-Andersen, Mathias; Schiöth, Helgi B .; Gloriam, David E. (prosinec 2017). „Trendy v objevování léků GPCR: noví agenti, cíle a indikace“. Recenze přírody Objev drog. 16 (12): 829–842. doi:10.1038 / nrd.2017.178. ISSN  1474-1784. PMC  6882681. PMID  29075003.

externí odkazy

  • GPCRdb Databáze GPCR
  • LESKNOUT SE Akce EU COST pro GPCR
  • GPCR-HGmod Předpokládané strukturní modely všech GPCR v lidském genomu
  • GPCR-EXP Databáze pro všechny experimentálně řešené struktury GPCR