Cyklin-dependentní kináza 9 - Cyclin-dependent kinase 9 - Wikipedia

CDK9
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3BLH, 3BLQ, 3BLR, 3LQ5, 3MI9, 3MIA, 3MY1, 3TN8, 3TNH, 3TNI, 4BCF, 4BCG, 4BCH, 4BCI, 4BCJ, 4EC8, 4EC9, 4IMY, 4OGR, 4OR5
Identifikátory
Aliasy	CDK9, C-2k, CDC2L4, CTK1, PITALRE, TAK, cyklin-dependentní kináza 9, cyklin-dependentní kináza 9
Externí ID	OMIM: 603251 MGI: 1328368 HomoloGene: 55566 Genové karty: CDK9
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	127,790,792 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	32,713,076 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • aktivita transferázy; • aktivita proteinkinázy; • Vazba 7SK snRNA; • transkripční vazba koaktivátoru; • snRNA vazba; • ATP vazba; • Vazba DNA specifické pro sekvenci jádra promotoru RNA polymerázy II; • Vazba DNA; • transkripční faktor vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita proteinové serin / threoninkinázy; • vazba chromatinu; • kinázová aktivita; • cyklin-dependentní aktivita proteinu serin / threonin kináza; • Aktivita kinázy karboxyterminální domény RNA polymerázy II; • vazba protein kinázy; • cyklinová vazba; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • buněčné jádro; • membrána; • nukleoplazma; • komplex faktoru prodloužení transkripce; • komplex cyklin / CDK pozitivní transkripční elongační faktor; • Tělo PML; • chromozóm; • cytoplazmatická ribonukleoproteinová granule; • komplex cyklin-dependentní protein kinázy s holoenzymem; • nukleární chromatin;
Biologický proces	• pozitivní regulace hypertrofie srdečního svalu; • pozitivní regulace vazby mRNA 3'-UTR; • regulace diferenciace svalových buněk; • negativní regulace polyadenylace mRNA; • Oprava DNA; • buněčná odpověď na stimul cytokinů; • pozitivní regulace virové transkripce; • zpracování replikační vidlice; • fosforylace bílkovin; • regulace modifikace histonu; • regulace mitotického buněčného cyklu; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace zástavy buněčného cyklu; • regulace opravy DNA; • regulace transkripce, DNA-šablony; • buněčná proliferace; • reakce na drogu; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • fosforylace; • pozitivní regulace histonové fosforylace; • pozitivní regulace ubikvitinace histonu H2B; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • transkripce snRNA z promotoru RNA polymerázy II; • prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • fosforylace C-terminální domény RNA polymerázy II; • pozitivní regulace prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	1025
	107951
	ENSG00000136807
	ENSMUSG00000009555
	P50750
	Q99J95
	NM_001261
	NM_130860
	NP_001252; NP_001252.1
	NP_570930
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Cyklin-dependentní kináza 9 nebo CDK9 je cyklin-dependentní kináza spojený s P-TEFb.

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je členem cyklin-dependentní kináza (CDK) rodina. Členové rodiny CDK jsou velmi podobní genovým produktům S. cerevisiae cdc28 a S. pombe cdc2 a jsou známí jako důležité regulátory buněčného cyklu. Bylo zjištěno, že tato kináza je součástí multiproteinového komplexu TAK / P-TEFb, který je elongačním faktorem pro transkripci řízenou RNA polymerázou II a funguje fosforylací C-terminál doména největší podjednotky RNA polymeráza II. Tento protein tvoří komplex a je regulován svou regulační podjednotkou cyklinem T nebo cyklinem K. Bylo zjištěno, že protein HIV-1 Tat interaguje s tímto proteinem a cyklinem T, což naznačuje možné zapojení tohoto proteinu do AIDS.^[5]

Je také známo, že CDK9 se asociuje s jinými proteiny, jako jsou TRAF2 a podílet se na diferenciaci kosterního svalu.^[6]

Interakce

CDK9 bylo prokázáno komunikovat s:

Androgenní receptor,^[7]
CDC34^[8] a
CCNK,^[9]
CCNT1,^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[8]^[15]^[16]
CCNT2,^[10]
MYBL2,^[15]
RELA,^[17]
RB1,^[18]
SKP1A,^[8] a
SUPT5H.^[16]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000136807 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000009555 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: CDK9 cyklin-dependentní kináza 9 (CDC2-příbuzná kináza)“.
^ MacLachlan TK, Sang N, De Luca A, Puri PL, Levrero M, Giordano A (1998). "Vazba CDK9 na TRAF2". J. Cell. Biochem. 71 (4): 467–78. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19981215) 71: 4 <467 :: AID-JCB2> 3.0.CO; 2-G. PMID 9827693.
^ Lee DK, Duan HO, Chang C (březen 2001). „Androgenový receptor interaguje s pozitivním elongačním faktorem P-TEFb a zvyšuje účinnost transkripční elongace“. J. Biol. Chem. 276 (13): 9978–84. doi:10,1074 / jbc.M002285200. PMID 11266437.
^ ^A ^b ^C Kiernan RE, Emiliani S, Nakayama K, Castro A, Labbé JC, Lorca T, Nakayama Ki K, Benkirane M (prosinec 2001). „Interakce mezi cyklinem T1 a SCF (SKP2) cílí na CDK9 pro ubikvitinaci a degradaci proteazomem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (23): 7956–70. doi:10.1128 / MCB.21.23.7956-7970.2001. PMC 99964. PMID 11689688.
^ ^A ^b Fu TJ, Peng J, Lee G, Price DH, Flores O (prosinec 1999). „Cyklin K funguje jako regulační podjednotka CDK9 a podílí se na transkripci RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 274 (49): 34527–30. doi:10.1074 / jbc.274.49.34527. PMID 10574912.
^ ^A ^b Peng J, Zhu Y, Milton JT, cena DH (březen 1998). "Identifikace více cyklinových podjednotek lidského P-TEFb". Genes Dev. 12 (5): 755–62. doi:10,1101 / gad.12.5.755. PMC 316581. PMID 9499409.
^ Cabart P, Chew HK, Murphy S (červenec 2004). „BRCA1 spolupracuje s NUFIP a P-TEFb na aktivaci transkripce RNA polymerázou II“. Onkogen. 23 (31): 5316–29. doi:10.1038 / sj.onc.1207684. PMID 15107825.
^ Young TM, Wang Q, Pe'ery T, Mathews MB (září 2003). „Lidský protein obsahující I-mfa doménu, HIC, interaguje s cyklinem T1 a moduluje transkripci závislou na P-TEFb“. Mol. Buňka. Biol. 23 (18): 6373–84. doi:10.1128 / MCB.23.18.6373-6384.2003. PMC 193714. PMID 12944466.
^ Michels AA, Nguyen VT, Fraldi A, Labas V, Edwards M, Bonnet F, Lania L, Bensaude O (červenec 2003). „RNA MAQ1 a 7SK interaguje s komplexy CDK9 / cyklin T transkripčně závislým způsobem“. Mol. Buňka. Biol. 23 (14): 4859–69. doi:10.1128 / MCB.23.14.4859-4869.2003. PMC 162212. PMID 12832472.
^ Hoque M, Young TM, Lee CG, Serrero G, Mathews MB, Pe'ery T (březen 2003). „Granulin růstového faktoru interaguje s cyklinem T1 a moduluje transkripci závislou na P-TEFb“. Mol. Buňka. Biol. 23 (5): 1688–702. doi:10.1128 / MCB.23.5.1688-1702.2003. PMC 151712. PMID 12588988.
^ ^A ^b De Falco G, Bagella L, Claudio PP, De Luca A, Fu Y, Calabretta B, Sala A, Giordano A (leden 2000). „Fyzická interakce mezi CDK9 a B-Myb vede k potlačení autoregulace genu B-Myb“. Onkogen. 19 (3): 373–9. doi:10.1038 / sj.onc.1203305. PMID 10656684.
^ ^A ^b Garber ME, Mayall TP, Suess EM, Meisenhelder J, Thompson NE, Jones KA (září 2000). „Autofosforylace CDK9 reguluje vysokoafinitní vazbu komplexu tat-P-TEFb viru lidské imunodeficience typu 1 na TAR RNA“. Mol. Buňka. Biol. 20 (18): 6958–69. doi:10.1128 / MCB.20.18.6958-6969.2000. PMC 88771. PMID 10958691.
^ Amini S, Clavo A, Nadraga Y, Giordano A, Khalili K, Sawaya BE (srpen 2002). „Souhra mezi cdk9 a NF-kappaB faktory určuje úroveň transkripce genu HIV-1 v astrocytových buňkách“. Onkogen. 21 (37): 5797–803. doi:10.1038 / sj.onc.1205754. PMID 12173051.
^ Simone C, Bagella L, Bellan C, Giordano A (červen 2002). „Fyzická interakce mezi komplexem pRb a komplexem cdk9 / cyklinT2“. Onkogen. 21 (26): 4158–65. doi:10.1038 / sj.onc.1205511. PMID 12037672.

Další čtení

Jeang KT (1998). "Tat, kináza asociovaná s Tat a transkripce". J. Biomed. Sci. 5 (1): 24–7. doi:10.1007 / BF02253352. PMID 9570510.
Yankulov K, Bentley D (1998). "Kontrola transkripce: Tat kofaktory a transkripční prodloužení". Curr. Biol. 8 (13): R447–9. doi:10.1016 / S0960-9822 (98) 70289-1. PMID 9651670. S2CID 15480646.
Romano G, Kasten M, De Falco G a kol. (2000). "Regulační funkce Cdk9 a cyklinu T1 při expresi genu pro transaktivační dráhu HIV tat". J. Cell. Biochem. 75 (3): 357–68. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19991201) 75: 3 <357 :: AID-JCB1> 3.0.CO; 2-K. PMID 10536359.
Marcello A, Zoppé M, Giacca M (2002). "Více režimů transkripční regulace transaktivátorem HIV-1 Tat". IUBMB Life. 51 (3): 175–81. doi:10.1080/152165401753544241. PMID 11547919. S2CID 10931640.
Huigen MC, Kamp W, Nottet HS (2004). „Několik účinků transaktivačního proteinu HIV-1 na patogenezi infekce HIV-1“. Eur. J. Clin. Investovat. 34 (1): 57–66. doi:10.1111 / j.1365-2362.2004.01282.x. PMID 14984439. S2CID 29713968.
Rice AP, Herrmann CH (2004). "Regulace TAK / P-TEFb v CD4 + T lymfocytech a makrofázích". Curr. HIV Res. 1 (4): 395–404. doi:10.2174/1570162033485159. PMID 15049426.
Minghetti L, Visentin S, Patrizio M a kol. (2004). „Několikanásobné působení proteinu Tat viru lidské imunodeficience typu 1 na funkce mikrogliálních buněk“. Neurochem. Res. 29 (5): 965–78. doi:10.1023 / B: NERE.0000021241.90133.89. PMID 15139295. S2CID 25323034.
Liou LY, Herrmann CH, Rice AP (2005). "Infekce HIV-1 a regulace funkce Tat v makrofágech". Int. J. Biochem. Cell Biol. 36 (9): 1767–75. doi:10.1016 / j.biocel.2004.02.018. PMID 15183343.
Pugliese A, Vidotto V, Beltramo T a kol. (2005). "Přehled biologických účinků proteinu HIV-1 Tat". Cell Biochem. Funct. 23 (4): 223–7. doi:10,1002 / cbf.1147. PMID 15473004. S2CID 8408278.
Bannwarth S, Gatignol A (2005). „HIV-1 TAR RNA: cíl molekulárních interakcí mezi virem a jeho hostitelem“. Curr. HIV Res. 3 (1): 61–71. doi:10.2174/1570162052772924. PMID 15638724.
Gibellini D, Vitone F, Schiavone P, Re MC (2005). „HIV-1 tat protein a buněčná proliferace a přežití: krátký přehled“. Nový mikrobiol. 28 (2): 95–109. PMID 16035254.
Peruzzi F (2006). „Mnohočetné funkce HIV-1 Tat: proliferace versus apoptóza“. Přední. Biosci. 11: 708–17. doi:10.2741/1829. PMID 16146763.

externí odkazy

Závislé na cyklinu + kináza + 9 v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
Drosophila Cyklin dependentní kináza 9 - Interaktivní létání
CDK9 umístění lidského genu v UCSC Genome Browser.
CDK9 podrobnosti o lidském genu v UCSC Genome Browser.

Tento EC 2.7 enzym související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000136807 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000009555 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] „Entrez Gene: CDK9 cyklin-dependentní kináza 9 (CDC2-příbuzná kináza)“.

[pmid9827693-6] MacLachlan TK, Sang N, De Luca A, Puri PL, Levrero M, Giordano A (1998). "Vazba CDK9 na TRAF2". J. Cell. Biochem. 71 (4): 467–78. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19981215) 71: 4 <467 :: AID-JCB2> 3.0.CO; 2-G. PMID 9827693.

[pmid11266437-7] Lee DK, Duan HO, Chang C (březen 2001). „Androgenový receptor interaguje s pozitivním elongačním faktorem P-TEFb a zvyšuje účinnost transkripční elongace“. J. Biol. Chem. 276 (13): 9978–84. doi:10,1074 / jbc.M002285200. PMID 11266437.

[pmid11689688-8] A ^b ^C Kiernan RE, Emiliani S, Nakayama K, Castro A, Labbé JC, Lorca T, Nakayama Ki K, Benkirane M (prosinec 2001). „Interakce mezi cyklinem T1 a SCF (SKP2) cílí na CDK9 pro ubikvitinaci a degradaci proteazomem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (23): 7956–70. doi:10.1128 / MCB.21.23.7956-7970.2001. PMC 99964. PMID 11689688.

[pmid10574912-9] A ^b Fu TJ, Peng J, Lee G, Price DH, Flores O (prosinec 1999). „Cyklin K funguje jako regulační podjednotka CDK9 a podílí se na transkripci RNA polymerázy II“. J. Biol. Chem. 274 (49): 34527–30. doi:10.1074 / jbc.274.49.34527. PMID 10574912.

[pmid9499409-10] A ^b Peng J, Zhu Y, Milton JT, cena DH (březen 1998). "Identifikace více cyklinových podjednotek lidského P-TEFb". Genes Dev. 12 (5): 755–62. doi:10,1101 / gad.12.5.755. PMC 316581. PMID 9499409.

[pmid15107825-11] Cabart P, Chew HK, Murphy S (červenec 2004). „BRCA1 spolupracuje s NUFIP a P-TEFb na aktivaci transkripce RNA polymerázou II“. Onkogen. 23 (31): 5316–29. doi:10.1038 / sj.onc.1207684. PMID 15107825.

[pmid12944466-12] Young TM, Wang Q, Pe'ery T, Mathews MB (září 2003). „Lidský protein obsahující I-mfa doménu, HIC, interaguje s cyklinem T1 a moduluje transkripci závislou na P-TEFb“. Mol. Buňka. Biol. 23 (18): 6373–84. doi:10.1128 / MCB.23.18.6373-6384.2003. PMC 193714. PMID 12944466.

[pmid12832472-13] Michels AA, Nguyen VT, Fraldi A, Labas V, Edwards M, Bonnet F, Lania L, Bensaude O (červenec 2003). „RNA MAQ1 a 7SK interaguje s komplexy CDK9 / cyklin T transkripčně závislým způsobem“. Mol. Buňka. Biol. 23 (14): 4859–69. doi:10.1128 / MCB.23.14.4859-4869.2003. PMC 162212. PMID 12832472.

[pmid12588988-14] Hoque M, Young TM, Lee CG, Serrero G, Mathews MB, Pe'ery T (březen 2003). „Granulin růstového faktoru interaguje s cyklinem T1 a moduluje transkripci závislou na P-TEFb“. Mol. Buňka. Biol. 23 (5): 1688–702. doi:10.1128 / MCB.23.5.1688-1702.2003. PMC 151712. PMID 12588988.

[pmid10656684-15] A ^b De Falco G, Bagella L, Claudio PP, De Luca A, Fu Y, Calabretta B, Sala A, Giordano A (leden 2000). „Fyzická interakce mezi CDK9 a B-Myb vede k potlačení autoregulace genu B-Myb“. Onkogen. 19 (3): 373–9. doi:10.1038 / sj.onc.1203305. PMID 10656684.

[pmid10958691-16] A ^b Garber ME, Mayall TP, Suess EM, Meisenhelder J, Thompson NE, Jones KA (září 2000). „Autofosforylace CDK9 reguluje vysokoafinitní vazbu komplexu tat-P-TEFb viru lidské imunodeficience typu 1 na TAR RNA“. Mol. Buňka. Biol. 20 (18): 6958–69. doi:10.1128 / MCB.20.18.6958-6969.2000. PMC 88771. PMID 10958691.

[pmid12173051-17] Amini S, Clavo A, Nadraga Y, Giordano A, Khalili K, Sawaya BE (srpen 2002). „Souhra mezi cdk9 a NF-kappaB faktory určuje úroveň transkripce genu HIV-1 v astrocytových buňkách“. Onkogen. 21 (37): 5797–803. doi:10.1038 / sj.onc.1205754. PMID 12173051.

[pmid12037672-18] Simone C, Bagella L, Bellan C, Giordano A (červen 2002). „Fyzická interakce mezi komplexem pRb a komplexem cdk9 / cyklinT2“. Onkogen. 21 (26): 4158–65. doi:10.1038 / sj.onc.1205511. PMID 12037672.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

Enzymy
Aktivita	Aktivní stránky Závazný web Katalytická triáda Oxyanionový otvor Enzymová promiskuita Katalyticky dokonalý enzym Koenzym Kofaktor Enzymatická katalýza
Nařízení	Alosterická regulace Spolupráce Inhibitor enzymu Aktivátor enzymu
Klasifikace	EC číslo Nadčeleď enzymů Rodina enzymů Seznam enzymů
Kinetika	Kinetika enzymů Eadie – Hofsteeův diagram Hanes – Woolfův děj Lineweaver – Burkův graf Kinetika Michaelis – Menten
Typy	EC1 Oxidoreduktázy (seznam ) EC2 Transferázy (seznam ) EC3 Hydrolázy (seznam ) EC4 Lyázy (seznam ) EC5 Izomerázy (seznam ) EC6 Ligázy (seznam ) EC7 Translocases (seznam )