SUPT5H - SUPT5H
Faktor prodloužení transkripce SPT5 je protein že u lidí je kódován SUPT5H gen.[5][6]
Interakce
SUPT5H bylo prokázáno komunikovat s:
Modelové organismy
Modelové organismy byly použity při studiu funkce SUPT5H. Podmíněný knockout myš linka volala Supt5tm2a (KOMP) Wtsi byl vygenerován na Wellcome Trust Sanger Institute.[12] Samci a samice prošli standardizací fenotypová obrazovka[13] k určení účinků vypuštění.[14][15][16][17] Další provedená vyšetření: - Hloubková imunologická fenotypizace[18]
| Charakteristický | Fenotyp |
|---|---|
| Veškerá data jsou k dispozici na.[13][18] | |
| Leukocyty v periferní krvi 6 týdnů | Normální |
| Hematologie 6 týdnů | Normální |
| Homozygotní životaschopnost na P14 | Abnormální |
| Recesivní smrtící studie | Abnormální |
| Tělesná hmotnost | Normální |
| Neurologické hodnocení | Normální |
| Síla úchopu | Normální |
| Dysmorfologie | Normální |
| Nepřímá kalorimetrie | Normální |
| Zkouška tolerance glukózy | Normální |
| Sluchová odezva mozkového kmene | Normální |
| DEXA | Normální |
| Radiografie | Normální |
| Morfologie očí | Normální |
| Klinická chemie | Normální |
| Hematologie 16 týdnů | Normální |
| Leukocyty v periferní krvi 16 týdnů | Normální |
| Váha srdce | Normální |
| Salmonella infekce | Normální |
| Cytotoxická funkce T buněk | Normální |
| Imunofenotypizace sleziny | Normální |
| Imunofenotypizace mezenterických lymfatických uzlin | Normální |
| Imunofenotypizace kostní dřeně | Normální |
| Epidermální imunitní složení | Normální |
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000196235 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000003435 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Chiang PW, Fogel E, Jackson CL, Lieuallen K, Lennon G, Qu X, Wang SQ, Kurnit DM (prosinec 1996). "Izolace, sekvenování a mapování lidského homologu kvasinkového transkripčního faktoru, SPT5". Genomika. 38 (3): 421–4. doi:10.1006 / geno.1996.0646. PMID 8975720.
- ^ „Entrez Gene: SUPT5H Suppressor of Ty 5 homolog (S. cerevisiae)“.
- ^ A b Garber ME, Mayall TP, Suess EM, Meisenhelder J, Thompson NE, Jones KA (září 2000). „Autofosforylace CDK9 reguluje vysokoafinitní vazbu komplexu tat-P-TEFb viru lidské imunodeficience typu 1 na TAR RNA“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (18): 6958–69. doi:10.1128 / mcb.20.18.6958-6969.2000. PMC 88771. PMID 10958691.
- ^ A b Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (září 1999). „Protein Tat-SF1 se asociuje s proteiny RAP30 a lidskými proteiny SPT5“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (9): 5960–8. doi:10,1128 / mcb.19,9.5960. PMC 84462. PMID 10454543.
- ^ Lavoie SB, Albert AL, Handa H, Vincent M, Bensaude O (září 2001). „Peptidyl-prolyl izomeráza Pin1 interaguje s hSpt5 fosforylovaným Cdk9“. Journal of Molecular Biology. 312 (4): 675–85. doi:10.1006 / jmbi.2001.4991. PMID 11575923.
- ^ Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (únor 1998). „DSIF, nový faktor prodlužování transkripce, který reguluje procesivitu RNA polymerázy II, se skládá z lidských homologů Spt4 a Spt5“. Geny a vývoj. 12 (3): 343–56. doi:10.1101 / gad.12.3.343. PMC 316480. PMID 9450929.
- ^ A b Kwak YT, Guo J, Prajapati S, Park KJ, Surabhi RM, Miller B, Gehrig P, Gaynor RB (duben 2003). „Methylace SPT5 reguluje jeho interakci s RNA polymerázou II a vlastnosti prodloužení transkripce“. Molekulární buňka. 11 (4): 1055–66. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00101-1. PMID 12718890.
- ^ Gerdin AK (2010). „Genetický program Sanger Mouse: vysoká propustnost charakterizace knockoutovaných myší“. Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ A b „Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší“.
- ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (červen 2011). „Podmíněný knockoutový zdroj pro celogenomové studium funkce myšího genu“. Příroda. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / příroda10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
- ^ Dolgin E (červen 2011). „Knihovna myší je vyřazena“. Příroda. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (leden 2007). "Myš ze všech důvodů". Buňka. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Tannahill D , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (červenec 2013). „Generace v celém genomu a systematické fenotypování knockoutovaných myší odhaluje nové role mnoha genů“. Buňka. 154 (2): 452–64. doi:10.1016 / j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.
- ^ A b „Konsorcium pro infekci a imunitu Imunofenotypizace (3i)“.
Další čtení
- Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (duben 1997). "Velké zřetězení cDNA sekvenování". Výzkum genomu. 7 (4): 353–8. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
- Stachora AA, Schäfer RE, Pohlmeier M, Maier G, Ponstingl H (červen 1997). „Lidský protein Supt5h, domnělý modulátor struktury chromatinu, je v mitóze reverzibilně fosforylován“. FEBS Dopisy. 409 (1): 74–8. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 00486-9. PMID 9199507. S2CID 43730950.
- Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S, Handa H (únor 1998). „DSIF, nový faktor prodlužování transkripce, který reguluje procesivitu RNA polymerázy II, se skládá z lidských homologů Spt4 a Spt5“. Geny a vývoj. 12 (3): 343–56. doi:10.1101 / gad.12.3.343. PMC 316480. PMID 9450929.
- Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (březen 1998). "Role lidského homologu kvasinkového transkripčního faktoru SPT5 při aktivaci HIV-1 Tat". Journal of Molecular Biology. 277 (2): 179–97. doi:10.1006 / jmbi.1997.1601. PMID 9514752.
- Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Watanabe D, Handa H (prosinec 1998). „Důkazy, že P-TEFb zmírňuje negativní účinek DSIF na transkripci závislou na RNA polymeráze II in vitro“. Časopis EMBO. 17 (24): 7395–403. doi:10.1093 / emboj / 17.24.7395. PMC 1171084. PMID 9857195.
- Yamaguchi Y, Wada T, Watanabe D, Takagi T, Hasegawa J, Handa H (březen 1999). "Struktura a funkce lidského transkripčního elongačního faktoru DSIF". The Journal of Biological Chemistry. 274 (12): 8085–92. doi:10.1074 / jbc.274.12.8085. PMID 10075709.
- Yamaguchi Y, Takagi T, Wada T, Yano K, Furuya A, Sugimoto S, Hasegawa J, Handa H (duben 1999). „NELF, multisubunitový komplex obsahující RD, spolupracuje s DSIF na potlačování prodloužení RNA polymerázy II“. Buňka. 97 (1): 41–51. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8. PMID 10199401. S2CID 16855257.
- Parada CA, Roeder RG (červenec 1999). „Nový komplex obsahující RNA polymerázu II umocňuje transkripci HIV-1 se zvýšenou Tat“. Časopis EMBO. 18 (13): 3688–701. doi:10.1093 / emboj / 18.13.3688. PMC 1171446. PMID 10393184.
- Wen Y, Shatkin AJ (červenec 1999). "Faktor prodloužení transkripce hSPT5 stimuluje omezení mRNA". Geny a vývoj. 13 (14): 1774–9. doi:10.1101 / gad.13.14.1774. PMC 316881. PMID 10421630.
- Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Sharp PA (září 1999). „Protein Tat-SF1 se asociuje s proteiny RAP30 a lidskými proteiny SPT5“. Molekulární a buněčná biologie. 19 (9): 5960–8. doi:10,1128 / mcb.19,9.5960. PMC 84462. PMID 10454543.
- Ivanov D, Kwak YT, Guo J, Gaynor RB (květen 2000). „Domény v proteinu SPT5, které modulují jeho regulační vlastnosti transkripce“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (9): 2970–83. doi:10.1128 / MCB.20.9.2970-2983.2000. PMC 85557. PMID 10757782.
- Wada T, Orphanides G, Hasegawa J, Kim DK, Shima D, Yamaguchi Y, Fukuda A, Hisatake K, Oh S, Reinberg D, Handa H (červen 2000). „FACT zmírňuje inhibici transkripčního prodloužení zprostředkovanou DSIF / NELF a odhaluje funkční rozdíly mezi P-TEFb a TFIIH.“ Molekulární buňka. 5 (6): 1067–72. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80272-5. PMID 10912001.
- Ping YH, Rana TM (duben 2001). „DSIF a NELF interagují s komplexem pro prodloužení RNA polymerázy II a HIV-1 Tat stimuluje P-TEFb zprostředkovanou fosforylaci RNA polymerázy II a DSIF během prodloužení transkripce“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (16): 12951–8. doi:10,1074 / jbc.M006130200. PMID 11112772.
- Kim JB, Sharp PA (duben 2001). "Pozitivní transkripční elongační faktor B fosforyluje hSPT5 a RNA polymerázu II karboxyl-terminální doménu nezávisle na cyklin-dependentní kináze aktivující kinázu". The Journal of Biological Chemistry. 276 (15): 12317–23. doi:10,1074 / jbc.M010908200. PMID 11145967.
- Renner DB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H, Price DH (listopad 2001). „Vysoce purifikovaný systém řízení prodloužení RNA polymerázy II“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (45): 42601–9. doi:10,1074 / jbc.M104967200. PMID 11553615.
- Lavoie SB, Albert AL, Handa H, Vincent M, Bensaude O (září 2001). „Peptidyl-prolyl izomeráza Pin1 interaguje s hSpt5 fosforylovaným Cdk9“. Journal of Molecular Biology. 312 (4): 675–85. doi:10.1006 / jmbi.2001.4991. PMID 11575923.
- Bourgeois CF, Kim YK, Churcher MJ, West MJ, Karn J (únor 2002). "Spt5 spolupracuje s virem lidské imunodeficience typu 1 Tat tím, že brání předčasnému uvolňování RNA v terminátorových sekvencích". Molekulární a buněčná biologie. 22 (4): 1079–93. doi:10.1128 / MCB.22.4.1079-1093.2002. PMC 134635. PMID 11809800.
- Yamaguchi Y, Inukai N, Narita T, Wada T, Handa H (květen 2002). „Důkaz, že negativní elongační faktor potlačuje prodloužení transkripce prostřednictvím vazby na komplex faktoru DRB senzibilizujícího faktor / RNA polymeráza II a RNA“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (9): 2918–27. doi:10.1128 / MCB.22.9.2918-2927.2002. PMC 133766. PMID 11940650.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
