SEMA4D - SEMA4D

SEMA4D
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1OLZ, 3OL2
Identifikátory
Aliasy	SEMA4D, C9orf164, CD100, M-sema-G, SEMAJ, coll-4, semaforin 4D, COLL4, A8, GR3, BB18
Externí ID	OMIM: 601866 MGI: 109244 HomoloGene: 21282 Genové karty: SEMA4D
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	89,498,130 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 13 (myš)
Konec	51,793,747 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba na receptory; • aktivita transmembránového signalizačního receptoru; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba semaforinových receptorů; • vazba neuropilinu; • identická vazba na protein; • aktivita signálního receptoru; • chemorepellentní aktivita;
Buněčná složka	• integrální součást membrány; • integrální součást plazmatické membrány; • membrána; • buněčná membrána; • extracelulární;
Biologický proces	• regulace morfogeneze dendritů; • negativní regulace apoptotického procesu; • pozitivní regulace signalizace fosfatidylinositol 3-kinázy; • vývoj mnohobuněčných organismů; • agregace leukocytů; • vývoj nervového systému; • negativní regulace buněčné adheze; • pozitivní regulace fosforylace peptidyl-tyrosinu; • pozitivní regulace axonogeneze; • semaforin-plexinová signální dráha zapojená do morfogeneze kostní trabekuly; • regulace organizace projekce buněk; • negativní regulace diferenciace osteoblastů; • pozitivní regulace rašení kolaterálu; • regulace tvaru buňky; • negativní regulace fosforylace peptidyl-tyrosinu; • diferenciace buněk; • pozitivní regulace fosforylace bílkovin; • semaforin-plexinová signální dráha; • buněčná adheze; • imunitní odpověď; • osifikace podílející se na zrání kostí; • pozitivní regulace buněčné migrace; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy; • negativní regulace aktivity alkalické fosfatázy; • negativní chemotaxe; • migrace buněk neurální lišty; • negativní regulace prodloužení axonu podílející se na vedení axonu; • pozitivní regulace sestavy inhibiční synapsy;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10507
	20354
	ENSG00000187764
	ENSMUSG00000021451
	Q92854
	O09126
NM_001142287; NM_006378; NM_182635; NM_001371194; NM_001371195;
	NM_001371196; NM_001371197; NM_001371198; NM_001371199; NM_001371200; NM_001371201; NM_001371202
	NM_001281880; NM_013660
NP_001135759; NP_006369; NP_001358123; NP_001358124; NP_001358125;
	NP_001358126; NP_001358127; NP_001358128; NP_001358129; NP_001358130; NP_001358131
NP_001268809; NP_038688; NP_001365242; NP_001365243; NP_001365246;
	NP_001365247; NP_001365248; NP_001365249; NP_001365251; NP_001365252; NP_001365253; NP_001365244; NP_001365245; NP_001365250; NP_001365254
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Semaforin-4D (SEMA4D) také známý jako Clesk Differentiation 100 (CD100), je protein z semaforin rodina, která je u lidí kódována SEMA4D gen.^[5]

Funkce

Semaphorin 4D (Sema 4D) je axonové vedení molekula, kterou vylučuje oligodendrocyty a indukuje růstový kužel kolaps v centrální nervový systém. Svázáním plexin B1 receptor funguje jako protein aktivující R-Ras GTPázu (GAP) a odpuzuje kužely růstu axonů v obou zralých centrálních nervových systémech.^[6]

V imunitním systému se váže CD100 CD72 aktivovat B buňky a dendritické buňky, ačkoli mnoho o této interakci je stále předmětem šetření.^[7]^[8]

V době kůže poškození opravy, SEMA4D interaguje s Plexin B2 na gama delta t buňky hrát roli v procesu hojení.^[9]

Viz také

Shluk diferenciace

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000187764 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021451 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: SEMA4D sema doména, imunoglobulinová doména (Ig), transmembránová doména (TM) a krátká cytoplazmatická doména, (semaforin) 4D“.
^ Ito Y, Oinuma I, Katoh H, Kaibuchi K, Negishi M (červenec 2006). „Sema4D / plexin-B1 aktivuje GSK-3β prostřednictvím aktivity R-Ras GAP a vyvolává kolaps růstového kužele“. Zprávy EMBO. 7 (7): 704–9. doi:10.1038 / sj.embor.7400737. PMC 1500830. PMID 16799460.
^ Kumanogoh A, Watanabe C, Lee I, Wang X, Shi W, Araki H, Hirata H, Iwahori K, Uchida J, Yasui T, Matsumoto M, Yoshida K, Yakura H, Pan C, Parnes JR, Kikutani H (listopad 2000 ). „Identifikace CD72 jako receptoru pro lymfocyty pro semaforin CD100 třídy IV: nový mechanismus pro regulaci signalizace B buněk“. Imunita. 13 (5): 621–31. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 00062-5. PMID 11114375.
^ Ishida I, Kumanogoh A, Suzuki K, Akahani S, Noda K, Kikutani H (srpen 2003). „Zapojení CD100, semaforinu lymfocytů, do aktivace lidského imunitního systému prostřednictvím CD72: důsledky pro regulaci imunitních a zánětlivých reakcí“. Int. Immunol. 15 (8): 1027–34. doi:10.1093 / intimm / dxg098. PMID 12882840.
^ Deborah A. Witherden; Megumi Watanabe; Olivia Garijo; Stephanie E. Rieder; Gor Sarkisyan; Shane J.F. Cronin; Petra Verdino; Ian A. Wilson; Atsushi Kumanogoh; Hitoshi Kikutani; Luc Teyton; Wolfgang H. Fischer; Wendy L. Havran (srpen 2012). „Receptor CD100 interaguje s ligandem plexinu B2 za účelem regulace funkce epidermálních γδ T buněk“. Imunita. 37 (2): 314–25. doi:10.1016 / j.immuni.2012.05.026. PMC 3430606. PMID 22902232.

Další čtení

Bougeret C, Mansur IG, Dastot H a kol. (1992). "Zvýšená povrchová exprese nově identifikovaného dimeru 150 kDa brzy po aktivaci lidských T lymfocytů". J. Immunol. 148 (2): 318–23. PMID 1530858.
Hall KT, Boumsell L, Schultze JL a kol. (1996). „Human CD100, nový leukocytový semaforin, který podporuje agregaci a diferenciaci B-buněk“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (21): 11780–5. doi:10.1073 / pnas.93.21.11780. PMC 38135. PMID 8876214.
Herold C, Elhabazi A, Bismuth G a kol. (1997). „CD100 je asociován s CD45 na povrchu lidských T lymfocytů. Role v homotypické adhezi T buněk“. J. Immunol. 157 (12): 5262–8. PMID 8955171.
Furuyama T, Inagaki S, Kosugi A a kol. (1997). „Identifikace nového transmembránového semaforinu exprimovaného na lymfocytech“. J. Biol. Chem. 271 (52): 33376–81. doi:10.1074 / jbc.271.52.33376. PMID 8969198.
Tamagnone L, Artigiani S, Chen H a kol. (1999). „Plexiny jsou velkou rodinou receptorů pro transmembránové, vylučované a GPI ukotvené semaforiny u obratlovců“. Buňka. 99 (1): 71–80. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80063-X. PMID 10520995. S2CID 17386412.
Elhabazi A, Delaire S, Bensussan A a kol. (2001). "Biologická aktivita rozpustného CD100. I. Extracelulární oblast CD100 se uvolňuje z povrchu T lymfocytů regulovanou proteolýzou". J. Immunol. 166 (7): 4341–7. doi:10,4049 / jimmunol.166.7.4341. PMID 11254687.
Delaire S, Billard C, Tordjman R a kol. (2001). "Biologická aktivita rozpustného CD100. II. Rozpustný CD100, podobně jako H-SemaIII, inhibuje migraci imunitních buněk". J. Immunol. 166 (7): 4348–54. doi:10,4049 / jimmunol.166.7.4348. PMID 11254688.
Vikis HG, Li W, Guan KL (2002). „Interakce Plexin-B1 / Rac inhibuje aktivaci PAK a zvyšuje vazbu ligandu Sema4D“. Genes Dev. 16 (7): 836–45. doi:10,1101 / gad.966402. PMC 186329. PMID 11937491.
Granziero L, Circosta P, Scielzo C a kol. (2003). „Interakce CD100 / plexin-B1 udržují proliferaci a přežití normálních a leukemických CD5 + B lymfocytů“. Krev. 101 (5): 1962–9. doi:10.1182 / krev-2002-05-1339. PMID 12406905.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Izmailova E, Bertley FM, Huang Q a kol. (2003). „HIV-1 Tat přeprogramuje nezralé dendritické buňky tak, aby exprimovaly chemoatraktanty pro aktivované T buňky a makrofágy“. Nat. Med. 9 (2): 191–7. doi:10,1038 / nm822. PMID 12539042. S2CID 26145639.
Love CA, Harlos K, Mavaddat N a kol. (2003). „Tvář semaforinů vázajících ligand odhalená krystalovou strukturou SEMA4D s vysokým rozlišením“. Nat. Struct. Biol. 10 (10): 843–8. doi:10.1038 / nsb977. PMID 12958590. S2CID 24468463.
Giraudon P, Vincent P, Vuaillat C a kol. (2004). „Semaforin CD100 z aktivovaných T lymfocytů vyvolává kolaps prodloužení procesu v oligodendrocytech a smrt nezralých nervových buněk“. J. Immunol. 172 (2): 1246–55. doi:10,4049 / jimmunol.172.2.1246. PMID 14707103.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Deaglio S, Vaisitti T, Bergui L a kol. (2005). „CD38 a CD100 vedou síť povrchových receptorů přenášejících pozitivní signály pro růst a přežití B-CLL“. Krev. 105 (8): 3042–50. doi:10.1182 / krev-2004-10-3873. PMID 15613544.
Conrotto P, Valdembri D, Corso S a kol. (2005). „Sema4D indukuje angiogenezi prostřednictvím náboru Met plexinem B1“. Krev. 105 (11): 4321–9. doi:10.1182 / krev-2004-07-2885. PMID 15632204.
Basile JR, Afkhami T, Gutkind JS (2005). „Semaphorin 4D / Plexin-B1 indukuje migraci endoteliálních buněk aktivací PYK2, Src a fosfatidylinositol 3-kinázy-akt“. Mol. Buňka. Biol. 25 (16): 6889–98. doi:10.1128 / MCB.25.16.6889-6898.2005. PMC 1190270. PMID 16055703.
Lewandrowski U, Moebius J, Walter U, Sickmann A (2006). „Elucidace N-glykosylačních míst na lidských proteinech krevních destiček: glykoproteomický přístup“. Mol. Buňka. Proteomika. 5 (2): 226–33. doi:10,1074 / mcp.M500324-MCP200. PMID 16263699.
Nkyimbeng-Takwi EH, Chapoval SP (2011). "Biologie a funkce neuroimunních semaforinů 4A a 4D". Immunol. Res. 50 (1): 10–21. doi:10.1007 / s12026-010-8201-r. PMC 3366695. PMID 21203905.
Smith EP, Shanks K, Lipsky MM, DeTolla LJ, Keegan AD, Chapoval SP (2011). „Exprese neuroimunních semaforinů 4A a 4D a jejich receptorů v plicích je zvýšena alergenem a vaskulárním endoteliálním růstovým faktorem.“. BMC Immunol. 12: 30. doi:10.1186/1471-2172-12-30. PMC 3118960. PMID 21595947.
Shanks K, Nkyimbeng-Takwi EH, Smith EP, Lipsky MM, DeTolla LJ, Keegan AD, Chapoval SP (2013). „Neuroimunní semaforin 4D je nezbytný pro optimální alergický zánět plic“. Mol. Immunol. 56 (4): 480–7. doi:10.1016 / j.molimm.2013.05.228. PMC 3783523. PMID 23911404.

externí odkazy

SEMA4D + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)

Tento membránový protein –Vztahující se článek je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000187764 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021451 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] „Entrez Gene: SEMA4D sema doména, imunoglobulinová doména (Ig), transmembránová doména (TM) a krátká cytoplazmatická doména, (semaforin) 4D“.

[pmid16799460-6] Ito Y, Oinuma I, Katoh H, Kaibuchi K, Negishi M (červenec 2006). „Sema4D / plexin-B1 aktivuje GSK-3β prostřednictvím aktivity R-Ras GAP a vyvolává kolaps růstového kužele“. Zprávy EMBO. 7 (7): 704–9. doi:10.1038 / sj.embor.7400737. PMC 1500830. PMID 16799460.

[pmid11114375-7] Kumanogoh A, Watanabe C, Lee I, Wang X, Shi W, Araki H, Hirata H, Iwahori K, Uchida J, Yasui T, Matsumoto M, Yoshida K, Yakura H, Pan C, Parnes JR, Kikutani H (listopad 2000 ). „Identifikace CD72 jako receptoru pro lymfocyty pro semaforin CD100 třídy IV: nový mechanismus pro regulaci signalizace B buněk“. Imunita. 13 (5): 621–31. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 00062-5. PMID 11114375.

[pmid12882840-8] Ishida I, Kumanogoh A, Suzuki K, Akahani S, Noda K, Kikutani H (srpen 2003). „Zapojení CD100, semaforinu lymfocytů, do aktivace lidského imunitního systému prostřednictvím CD72: důsledky pro regulaci imunitních a zánětlivých reakcí“. Int. Immunol. 15 (8): 1027–34. doi:10.1093 / intimm / dxg098. PMID 12882840.

[Witherden-9] Deborah A. Witherden; Megumi Watanabe; Olivia Garijo; Stephanie E. Rieder; Gor Sarkisyan; Shane J.F. Cronin; Petra Verdino; Ian A. Wilson; Atsushi Kumanogoh; Hitoshi Kikutani; Luc Teyton; Wolfgang H. Fischer; Wendy L. Havran (srpen 2012). „Receptor CD100 interaguje s ligandem plexinu B2 za účelem regulace funkce epidermálních γδ T buněk“. Imunita. 37 (2): 314–25. doi:10.1016 / j.immuni.2012.05.026. PMC 3430606. PMID 22902232.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

Proteiny: shluky diferenciace (viz také seznam lidských klastrů diferenciace )
1–50	CD1 a-c 1A 1B 1D 1E CD2 CD3 y δ ε CD4 CD5 CD6 CD7 CD8 A CD9 CD10 CD11 A b C d CD13 CD14 CD15 CD16 A B CD18 CD19 CD20 CD21 CD22 CD23 CD24 CD25 CD26 CD27 CD28 CD29 CD30 CD31 CD32 A B CD33 CD34 CD35 CD36 CD37 CD38 CD39 CD40 CD41 CD42 A b C d CD43 CD44 CD45 CD46 CD47 CD48 CD49 A b C d E F CD50
51–100	CD51 CD52 CD53 CD54 CD55 CD56 CD57 CD58 CD59 CD61 CD62 E L P CD63 CD64 A B C CD66 A b C d E F CD68 CD69 CD70 CD71 CD72 CD73 CD74 CD78 CD79 A b CD80 CD81 CD82 CD83 CD84 CD85 A d E h j k CD86 CD87 CD88 CD89 CD90 CD91 - CD92 CD93 CD94 CD95 CD96 CD97 CD98 CD99 CD100
101–150	CD101 CD102 CD103 CD104 CD105 CD106 CD107 A b CD108 CD109 CD110 CD111 CD112 CD113 CD114 CD115 CD116 CD117 CD118 CD119 CD120 A b CD121 A b CD122 CD123 CD124 CD125 CD126 CD127 CD129 CD130 CD131 CD132 CD133 CD134 CD135 CD136 CD137 CD138 CD140b CD141 CD142 CD143 CD144 CD146 CD147 CD148 CD150
151–200	CD151 CD152 CD153 CD154 CD155 CD156 A b C CD157 CD158 (A d E i k ) CD159 A C CD160 CD161 CD162 CD163 CD164 CD166 CD167 A b CD168 CD169 CD170 CD171 CD172 A b G CD174 CD177 CD178 CD179 A b CD180 CD181 CD182 CD183 CD184 CD185 CD186 CD191 CD192 CD193 CD194 CD195 CD196 CD197 CDw198 CDw199 CD200
201–250	CD201 CD202b CD204 CD205 CD206 CD207 CD208 CD209 CDw210 A b CD212 CD213a 1 2 CD217 CD218 (A b ) CD220 CD221 CD222 CD223 CD224 CD225 CD226 CD227 CD228 CD229 CD230 CD233 CD234 CD235 A b CD236 CD238 CD239 CD240CE CD240D CD241 CD243 CD244 CD246 CD247 - CD248 CD249
251–300	CD252 CD253 CD254 CD256 CD257 CD258 CD261 CD262 CD263 CD264 CD265 CD266 CD267 CD268 CD269 CD271 CD272 CD273 CD274 CD275 CD276 CD278 CD279 CD280 CD281 CD282 CD283 CD284 CD286 CD288 CD289 CD290 CD292 CDw293 CD294 CD295 CD297 CD298 CD299
301–350	CD300A CD301 CD302 CD303 CD304 CD305 CD306 CD307 CD309 CD312 CD314 CD315 CD316 CD317 CD318 CD320 CD321 CD322 CD324 CD325 CD326 CD328 CD329 CD331 CD332 CD333 CD334 CD335 CD336 CD337 CD338 CD339 CD340 CD344 CD349 CD350