WD40 opakovat - WD40 repeat

WD doména, opakování G-beta
1erj 7listá beta vrtule.png
Ribbonový diagram C-koncové domény WD40 Tup1 (transkripce corepressor v kvasnicích), který přijímá 7 čepelí beta-vrtule složit. Stuha je zbarvena modře (N-konec ) na červenou (C-konec ).[1]
Identifikátory
SymbolWD40
PfamPF00400
Pfam klanCL0186
InterProIPR001680
STRÁNKAPDOC00574
SCOP21gp2 / Rozsah / SUPFAM
CDDcd00200

The WD40 opakovat (také známý jako WD nebo beta-transducin opakovat) je zkratka strukturální motiv přibližně 40 aminokyseliny, často končící a tryptofan -kyselina asparagová (W-D) dipeptid.[2] Tandemové kopie těchto opakování obvykle se skládají dohromady a tvoří typ kruhu solenoidová proteinová doména volal WD40 doména.

Struktura

Proteiny obsahující doménu WD40 mají 4 až 16 opakujících se jednotek, o nichž se předpokládá, že všechny tvoří cirkulující beta-vrtule struktura (viz obrázek vpravo).[3][4] Doména WD40 se skládá z několika opakování, variabilní oblasti kolem 20 zbytků na začátku, následované běžnější opakovanou sadou zbytků. Tyto repetice typicky tvoří čtyřvláknovou antiparalelní beta fólii nebo čepel. Tyto lopatky se spojily a vytvořily vrtuli, přičemž nejběžnější je 7listá beta vrtule. Čepele se vzájemně blokují, takže se vytvoří poslední řetězec beta jednoho opakování s prvními třemi dalšími opakováními, aby se vytvořila struktura 3D čepelí.

Funkce

Proteiny s opakováním WD40 jsou velkou rodinou, která se vyskytuje ve všech eukaryoty a jsou zapojeny do různých funkcí od signální transdukce a regulace transkripce na buněčný cyklus řízení, autofagie a apoptóza.[5] Základní společnou funkcí všech opakujících se proteinů WD40 je koordinace komplexů víceproteinových komplexů, kde opakující se jednotky slouží jako rigidní lešení pro proteinové interakce. Specifičnost proteinů je určena sekvencemi mimo samotné repetice. Příklady takových komplexů jsou G proteiny (beta podjednotka je beta vrtule), TAFII transkripční faktor a E3 ubikvitinová ligáza.[3][4]

Příklady

Podle počáteční analýzy lidského genomu jsou repetice WD40 osmou největší rodinou proteinů. U všech 277 proteinů bylo identifikováno, že je obsahují.[6] Lidské geny kódující proteiny obsahující tuto doménu zahrnují:

Lidské geny WDR a související nemoci
Gen WDRjiné názvy genůNCBI Entrez
Genové ID		Lidské onemocnění spojené s mutacemi
WDR1AIP1; NORI-1; HEL-S-529948
WDR2CORO2A; IR10; CLIPINB7464
WDR3DIP2; UTP1210885
WDR4TRM82; TRMT8210785
WDR5SWD3; BIG-3; CFAP8911091
WDR611180
WDR7TRAG; KIAA0541; Rabconnectin 3 beta23335
WDR8WRAP7349856
WDR9BRWD1; N143; C21orf10754014
WDR10IFT122; CED; SPG; CED1; WDR10p; WDR14055764Sensenbrennerův syndrom
WDR11DR11; HH14; BRWD2; WDR1555717Kallmannův syndrom
WDR12YTM155759
WDR13MG2164743
WDR14GNB1L; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK354584
WDR15WDR11
WDR16CFAP52; WDRPUH146845
WDR17116966
WDR18Ipi357418
WDR19ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; NPHP1357728Sensenbrennerův syndrom, Jeuneův syndrom
WDR20DMR91833
WDR21DCAF4; WDR21A26094
WDR22DCAF5; BCRG2; BCRP28816
WDR23DCAF11; GL014; PRO238980344
WDR24JFP7; C16orf2184219
WDR25C14orf6779446
WDR26CDW2; GID7; MIP280232
WDR27253769
WDR28GRWD1; CDW4; GRWD; RRB183743
WDR29SPAG16; PF2079582
WDR30ATG16L1; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L55054Crohnova nemoc
WDR31114987
WDR32DCAF1079269
WDR33NET14; WDC14655339
WDR34DIC5; FAP133; SRTD1189891Jeuneův syndrom
WDR35CED2; IFTA1; SRTD7; IFT12157539Sensenbrennerův syndrom
WDR36GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP134430Primární glaukom s otevřeným úhlem
WDR3722884
WDR38401551
WDR39CIAO1; CIA19391
WDR40ADCAF12; CT102; TCC52; KIAA189225853
WDR41MSTP04855255
WDR43UTP5; NET1223160
WDR44RPH11; RAB11BP54521
WDR45JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-411152Neurodegenerace spojená s beta-vrtulovým proteinem (BPAN)
WDR46UTP7; BING4; FP221; C6orf119277
WDR47NEMITIN; KIAA089322911
WDR48P80; UAF1; SPG6057599
WDR49151790
WDR50UTP18; CGI-4851096
WDR52CFAP4455779
WDR53348793
WDR5484058
WDR5554853
WDR56IFT80; ATD2; SRTD257560Jeuneův syndrom
WDR57SNRNP40; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP9410
WDR58THOC6; BBIS; fSAP3579228
WDR59FP97779726
WDR60SRPS6; SRTD8; FAP16355112Jeuneův syndrom
WDR61SKI8; REC1480349
WDR62MCPH2; C19orf14284403mikrocefalie
WDR63DIC3; NYD-SP29126820
WDR64128025
WDR65CFAP57; VWS2149465Van der Woudeův syndrom
WDR66CaM-IP4144406
WDR67TBC1D31; GM8593594
WDR68DCAF7; AN11; HAN11; SWAN-110238
WDR69DAW1; 16. ODA164781
WDR7055100
WDR71PAAF1; PAAF; Rpn1480227
WDR72AI2A3256764Amelogenesis imperfecta
WDR73HSPC26484942
WDR7454663
WDR75NET16; UTP1784128
WDR76CDW1479968
WDR77p44; MEP50; MEP-50; HKMT1069; Nbla10071; p44 / Mep5079084
WDR78DIC479819
WDR79WRAP53; DKCB3; TCAB155135
WDR80ATG16L; ATG16B89849
WDR81CAMRQ2; PPP1R166124997cerebelární ataxie, mentální retardace a syndrom dysequilibrium-2
WDR82SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO3404780335
WDR83MORG184292
WDR84PAK1IP1; PIP1; MAK1155003
WDR85DPH7; RRT2; C9orf11292715
WDR86349136
WDR87NYD-SP1183889
WDR88PQWD126248
WDR89MSTP050; C14orf150112840
WDR90C16orf15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19197335
WDR91HSPC04929062
WDR92MONAD116143
WDR9356964
WDR94AMBRA1; DCAF355626
WDR96CFAP43; C10orf7980217

Viz také

Reference

  1. ^ PDB: 1erj​; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (červen 2000). "Struktura C-terminální domény Tup1, korpresoru transkripce v kvasinkách". EMBO J.. 19 (12): 3016–27. doi:10.1093 / emboj / 19.12.3016. PMC  203344. PMID  10856245.
  2. ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (září 1994). "Starověká rodina regulačních proteinů proteinů WD-repeat". Příroda. 371 (6495): 297–300. Bibcode:1994Natur.371..297N. doi:10.1038 / 371297a0. PMID  8090199. S2CID  600856.
  3. ^ A b Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (květen 1999). "Opakování WD40: společná architektura pro různé funkce". Trends Biochem. Sci. 24 (5): 181–5. doi:10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5. PMID  10322433.
  4. ^ A b Li D, Roberts R (prosinec 2001). „WD-repeat proteiny: strukturní charakteristiky, biologická funkce a jejich zapojení do lidských onemocnění“. Buňka. Mol. Life Sci. 58 (14): 2085–97. doi:10.1007 / PL00000838. PMID  11814058. S2CID  20646422.
  5. ^ Stirnimann CU, Petsalaki E, Russell RB, Müller CW (květen 2010). "Proteiny WD40 pohánějí buněčné sítě". Trends Biochem. Sci. 35 (10): 565–74. doi:10.1016 / j.tibs.2010.04.003. PMID  20451393.
  6. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B a kol. (Únor 2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“ (PDF). Příroda. 409 (6822): 860–921. doi:10.1038/35057062. PMID  11237011.

externí odkazy

Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR001680