DM doména - DM domain
DM doména | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() Drosophila melanogaster doublesex (dsx), nmr, 18 struktur | |||||||||
Identifikátory | |||||||||
Symbol | DM | ||||||||
Pfam | PF00751 | ||||||||
InterPro | IPR001275 | ||||||||
CHYTRÝ | SM00718 | ||||||||
SCOP2 | 1rvv / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
|
V molekulární biologii DM doména je protein doména poprvé objeven v doublesex bílkoviny Drosophila melanogaster a je také vidět v C. elegans a savčí proteiny.[1] v D. melanogaster doublesex gen ovládá somatický sex diferenciace produkcí alternativně sestříhané mRNA kódující související podle pohlaví polypeptidy.[2] Tyto bílkoviny se předpokládá, že fungují jako transkripce faktory na po proudu geny určující pohlaví, zejména na neuroblastech diferenciace a žloutkový protein geny transkripce.[3][4]
DM doména váže DNA jako dimer, umožňující rozpoznání pseudopalindromu sekvence .[2][5][6] NMR analýza DSX DM domény [6] odhalil román zinek modul obsahující „propletené“ CCHC a HCCC vazebná místa pro zinek. Rozpoznání DNA vyžaduje karboxyterminální základní ocas, který je v kontaktu s malá drážka cíle sekvence.
Proteiny s touto doménou
Proteiny s DM doménou se nacházejí v mnoha modelových organismech. Mnoho C. elegans Mab proteiny obsahují tuto doménu, nejznámější je mab-3.[1] Lidské proteiny obsahující tuto doménu zahrnují DMRT1, DMRT2, DMRT3, DMRTA1, DMRTA2, DMRTB1, a DMRTC2; každý z nich má myš homolog.[7]
Specifické pro Dmrt1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||
Symbol | Dmrt1 | ||||||||
Pfam | PF12374 | ||||||||
InterPro | IPR022114 | ||||||||
|
DMRT1 homology mají další společný C-terminál domény k DM doméně. Tato doména se nachází pouze v doméně kostnaté obratlovce, a jeho struktura ani funkce nejsou známy.[8](druhový strom) Jpred předpovídá, že lidskou verzí sekce budou většinou cívky; také naznačuje slabou podobnost s PDB: 6BO4Podle VÝBUCH.[9]
Motiv DMRTA | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||
Symbol | DMA | ||||||||
Pfam | PF03474 | ||||||||
InterPro | IPR005173 | ||||||||
|
DMRTA proteiny mají ve své C-končetině další motiv. Tento motiv, všudypřítomný v eukaryotech, má neznámou funkci. Postupně je podobný některým ubikvitin - související motivy.[10]
Reference
- ^ A b Raymond CS, Shamu CE, Shen MM, Seifert KJ, Hirsch B, Hodgkin J, Zarkower D (únor 1998). „Důkazy evoluční ochrany genů určujících pohlaví“. Příroda. 391 (6668): 691–5. Bibcode:1998 Natur.391..691R. doi:10.1038/35618. PMID 9490411. S2CID 11414843.
- ^ A b Erdman SE, Chen HJ, Burtis KC (prosinec 1996). „Funkční a genetická charakterizace vlastností oligomerizace a vazby DNA proteinů Drosophila doublesex“. Genetika. 144 (4): 1639–52. PMC 1207715. PMID 8978051.
- ^ Burtis KC, Coschigano KT, Baker BS, Wensink PC (září 1991). „Doublesex proteiny Drosophila melanogaster se vážou přímo na pohlavně specifický zesilovač genů žloutkového proteinu“. EMBO J.. 10 (9): 2577–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1991.tb07798.x. PMC 452955. PMID 1907913.
- ^ Shen MM, Hodgkin J (září 1988). „mab-3, gen požadovaný pro expresi žloutkového proteinu specifického pro pohlaví a linii specifickou pro muže u C. elegans“. Buňka. 54 (7): 1019–31. doi:10.1016/0092-8674(88)90117-1. PMID 3046751. S2CID 1386352.
- ^ Yi W, Zarkower D (únor 1999). „Podobnost vazby DNA a regulace transkripce Caenorhabditis elegans MAB-3 a Drosophila melanogaster DSX naznačuje zachování mechanismů určujících pohlaví“. Rozvoj. 126 (5): 873–81. PMID 9927589.
- ^ A b Zhu L, Wilken J, Phillips NB, Narendra U, Chan G, Stratton SM, Kent SB, Weiss MA (červenec 2000). „Sexuální dimorfismus u různých metazoanů je regulován novou třídou propletených zinkových prstů“. Genes Dev. 14 (14): 1750–64. PMC 316782. PMID 10898790.
- ^ "Shodující se proteiny: DM DNA-binding domain (IPR001275) filtrovaný podle druhů (Homo sapiens)". InterPro.
- ^ "Rodina: Dmrt1 (PF12374)". Pfam.
- ^ „Výsledky Jpred (MTECSGTSQPPPASVPTTAASEGRMVIQDIPAVTSRGHVENTPD)“. www.compbio.dundee.ac.uk. Archivovány od originál dne 10. dubna 2019. Citováno 10. dubna 2019.
- ^ „Druh: motiv DMRTA (IPR005173)“. InterPro. Citováno 10. dubna 2019.