CRM doména - CRM domain
| CRS1_YhbY | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura roztoku hypotetického proteinu sav1595 ze staphylococcus aureus, domnělého proteinu vázajícího rna | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | CRS1_YhbY | ||||||||
| Pfam | PF01985 | ||||||||
| InterPro | IPR001890 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC01005 | ||||||||
| SCOP2 | 1jo0 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
V molekulární biologii se CRM doména je přibližně 100-aminokyselina RNA -vázací doména. Název CRM (chloroplast RNA sestřih a ribozom maturace) bylo navrženo tak, aby odráželo funkce stanovené pro čtyři charakterizované členy rodiny: Zea mays (Kukuřice) CRS1, CAF1 a CAF2 bílkoviny a Escherichia coli protein YhbY. Proteiny obsahující CRM doménu se nacházejí v eubakterie, archaea, a rostliny. CRM doména je reprezentována jako samostatný protein v archaea a bakterie a v jedno- a více-doména bílkoviny v rostliny. Bylo navrženo, že prokaryotický CRM bílkoviny existovaly jako proteiny spojené s ribozomy před divergencí archea a bakterií a že byly v rostlinné linii kooptovány jako RNA vazba moduly začleněním do různých proteinových kontextů. Rostlina CRM domén Předpokládá se, že pobývají nejen v chloroplastech, ale také v mitochondrie a nukleo / cytoplazmatický kompartment. Rozmanitost rodiny domén CRM v rostlinách naznačuje rozmanitou sadu cílů RNA.[1][2]
CRM doména je kompaktní alfa / beta doména sestávající ze čtyřřetězcových beta list a tři alfa helixy s topologií alfa-beta-alfa-beta-alfa-alfa-beta-beta. Plocha listu beta je základní, konzistentní s rolí ve vazbě RNA. Blízko k základní ploše beta listu je další skupina, ke které by mohlo přispět nukleová kyselina uznání. Spojovací řetězec beta1 a spirála alpha2 je a smyčka se šestkou aminokyselina motiv, GxxG lemovaný velkými alifatický zbytky, ve kterých jeden 'x' je typicky a základní zbytek.[3]
Escherichia coli YhbY je spojen s pre-50S ribozomální podjednotky, což implikuje funkci v sestavě ribozomu. GFP fúzovaný na jednodoménový CRM protein z kukuřice lokality do jádro, což naznačuje, že analogická aktivita mohla být zachována v rostlinách.[2] Bylo prokázáno, že protein obsahující CRM doménu v rostlinných chloroplastech funguje ve skupině I a II intron sestřih.[4] In vitro experimenty s izolovanou kukuřičnou doménou CRM prokázaly, že má aktivitu vázání RNA. Tyto a další výsledky naznačují, že se jedná o doménu CRM vyvinul v souvislosti s funkcí ribozomu před divergencí Archea a bakterií, že tato funkce byla zachována u existujících prokaryot a že doména byla přijata, aby sloužila jako modul vazby RNA během vývoj rostliny genomy.[2] YhbY má složit podobné doméně C-terminálu domény překlad iniciační faktor 3 (IF3C), který váže na 16S rRNA ve 30S ribozomu.[5]
Reference
- ^ Ostheimer GJ, Williams-Carrier R, Belcher S, Osborne E, Gierke J, Barkan A (srpen 2003). „Faktory sestřihu intronu skupiny II odvozené diverzifikací starověké domény vázající RNA“. EMBO J.. 22 (15): 3919–29. doi:10.1093 / emboj / cdg372. PMC 169045. PMID 12881426.
- ^ A b C Barkan A, Klipcan L, Ostersetzer O, Kawamura T, Asakura Y, Watkins KP (leden 2007). „Doména CRM: modul vázající RNA odvozený od starověkého proteinu spojeného s ribozomy“. RNA. 13 (1): 55–64. doi:10.1261 / rna.139607. PMC 1705760. PMID 17105995.
- ^ Ostheimer GJ, Barkan A, Matthews BW (listopad 2002). "Krystalová struktura E. coli YhbY: zástupce nové třídy proteinů vázajících RNA". Struktura. 10 (11): 1593–601. doi:10.1016 / S0969-2126 (02) 00886-9. PMID 12429100.
- ^ Asakura Y, Barkan A (prosinec 2007). „Protein domény CRM funguje dvojitě v sestřihu intronu skupiny I a skupiny II v chloroplastech suchozemských rostlin“. Rostlinná buňka. 19 (12): 3864–75. doi:10.1105 / tpc.107.055160. PMC 2217638. PMID 18065687.
- ^ Till B, Schmitz-Linneweber C, Williams-Carrier R, Barkan A (září 2001). „CRS1 je nový intronový spojovací faktor skupiny II, který byl odvozen z domény starověkého původu“. RNA. 7 (9): 1227–38. doi:10.1017 / S1355838201010445. PMC 1370168. PMID 11565746.