BEN doména - BEN domain
BEN | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||
Symbol | BEN | ||||||||
Pfam | PF10523 | ||||||||
InterPro | IPR018379 | ||||||||
|
V molekulární biologii se BEN doména je proteinová doména který se nachází v rozmanitých bílkoviny počítaje v to:
- SMAR1 (Scaffold / Matrix attachment region-binding protein 1; také známý jako BANP ), protein potlačující nádor MAR vázající, který down-reguluje cyklin D1 výraz náborem spolurepresoru HDAC1-mSin3A komplex na lokusu promotoru Cyclin D1; SMAR1 je cílem prostaglandin Zastavení růstu vyvolané A2 (PGA2).[1][2]
- NACC1, nový člen společnosti POZ / BTB (Pox virus a Zinek finger / Bric-a-bracTramtrack Broad komplex), ale který se liší od ostatních bílkoviny této třídy v tom, že postrádá charakteristickou vazbu na DNA motiv.[3]
- Mod (mdg4) izoforma C, modifikátor mdg4 místo v Drosophila melanogaster (Fruit fly), kde kóduje mdg4 chromatin bílkoviny které se podílejí na zpestření pozičního efektu, stanovení hranic chromatinu, nerv hledání cesty, meiotické chromozóm párování a apoptóza.[4] Trans-sestřih Mod (mdg4) produkuje alespoň 26 přepisů.
- BEND2, protein neznámé funkce, u kterého se předpokládá, že se podílí na modifikaci chromatinu a který je klinicky spojován s poruchami centrálního nervového systému.
- E5R protein z Chordopoxvirus virosomes, který se nachází v cytoplazmatický stránky virový Replikace DNA.[5]
- Několik proteinů polydnavirů.
Předpokládá se, že doména BEN bude fungovat jako adaptér pro strukturování chromatinu vyššího řádu a nábor faktorů modifikujících chromatin v transkripční regulace. Bylo navrženo zprostředkovat protein-DNA a interakce protein-protein během organizace chromatinu a transkripce. Přítomnost BEN domén v poxvirovém časném virozomálním proteinu a v polydnavirových proteinech také naznačuje možnou roli v organizaci virové DNA během replikace nebo transkripce. Obecně jsou spojeny s jinými globulárními domén s funkcemi souvisejícími s transkripční nařízení a chromatinová struktura, jako je BTB, C4DM a C2H2 prsty.[6]
Předpokládá se, že tato doména vytvoří all-alfa složit se čtyřmi konzervovanými šroubovicemi. Své zachování vzor odhalil několik konzervovaný zbytky, z nichž většina má hydrofobní postranní řetězy a je pravděpodobné, že stabilizují záhyb prostřednictvím balení šroubovice-šroubovice.[6] Struktura první lidské domény BEN (BEND3) je řešena společně s doménou TPR (ERCC6L) a stimuluje translokázu a aktivity ATCCázy ERCC6L (7).
Reference
- ^ Rampalli S, Pavithra L, Bhatt A, Kundu TK, Chattopadhyay S (říjen 2005). „Nádorový supresor SMAR1 zprostředkovává represi cyklinu D1 prostřednictvím náboru komplexu SIN3 / histon-deacetyláza 1“. Molekulární a buněčná biologie. 25 (19): 8415–29. doi:10.1128 / MCB.25.19.8415-8429.2005. PMC 1265755. PMID 16166625.
- ^ Pavithra L, Rampalli S, Sinha S, Sreenath K, Pestell RG, Chattopadhyay S (2007). „Stabilizace mRNA SMAR1 pomocí PGA2 zahrnuje strukturu kmenové smyčky v 5 'UTR“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (18): 6004–16. doi:10,1093 / nar / gkm649. PMC 2094063. PMID 17726044.
- ^ Mackler S, Pacchioni A, Degnan R, Homan Y, Conti AC, Kalivas P, Blendy JA (únor 2008). „Požadavek na protein POZ / BTB NAC1 při akutní, ale nikoli chronické psychomotorické stimulační reakci“. Behaviorální výzkum mozku. 187 (1): 48–55. doi:10.1016 / j.bbr.2007.08.036. PMC 2248375. PMID 17945361.
- ^ Krauss V, Dorn R (duben 2004). "Vývoj trans-sestřihu Drosophila locus mod (mdg4) u několika druhů Diptera a Lepidoptera". Gen. 331: 165–76. doi:10.1016 / j.gene.2004.02.019. PMID 15094203.
- ^ Murcia-Nicolas A, Bolbach G, Blais JC, Beaud G (leden 1999). „Identifikace tří hlavních časných proteinů spojených s virozomy v buňkách infikovaných virem vakcínie hmotnostní spektroskopií“. Virový výzkum. 59 (1): 1–12. doi:10.1016 / S0168-1702 (98) 00114-2. PMID 10854161.
- ^ A b Abhiman S, Iyer LM, Aravind L (únor 2008). „BEN: nová doména v faktorech chromatinu a DNA virových proteinů“. Bioinformatika. 24 (4): 458–61. doi:10.1093 / bioinformatika / btn007. PMC 2477736. PMID 18203771.
7. Nová interakce domény TPR-BEN zprostředkovává asociaci PICH-BEND3.