WDR90 - WDR90

Protein 90 obsahující protein WD je protein že u lidí je kódován genem WDR90 (16p13.3).[1] Tento lidský protein je 1750 aminokyseliny a má molekulární váha 187,7 kDa.[2] Obsahuje několik WD40 opakovat domény a jedna doména neznámé funkce.[3] Tento protein je konzervován až k bezobratlým.[4] Bylo zjištěno, že proteiny obsahující opakující se domény transdukinu WD hrají roli v různých funkcích od signální transdukce a regulace transkripce na buněčný cyklus řízení, autofagie a apoptóza.[5]

Gen

Lidská chromozomální poloha genu WDR90 na krátkém rameni chromozomu 16

V lidském genomu zahrnuje WDR90 základní páry 649363 až 667833 a má mRNA sekvence, která je 5 250 nukleotidy v délce. Tento gen se skládá z 41 exony a kóduje 1750 aminokyselina bílkoviny u lidí.

Místo

Tento lidský gen je umístěn v pozitivním řetězci DNA chromozom 16 na pozici 16p13.3.[1] Hraniční sekvence na pozitivním řetězci zahrnují FAM195A a RHOT2.[3]

Aliasy

Aliasy pro WDR90 zahrnují: C16orf15, C16orf16, C16orf17, C16orf18, C16orf19 a KIAA1924.[1]

Homologie

Paralogy

Byl nalezen jeden lidský paralog pro WDR90. Tento paralog je známý jako WDR16. Podle UniProtKB / Swiss-Prot může WDR16 hrát zásadní roli v růstu nebo přežití hepatocelulárních karcinom. Tento protein u lidí má délku 620 aminokyselin.[6][7]

Ortology

Ortology pro protein WDR90 se nacházejí konzervované až k jedinému bezobratlých.[8] Mezi savci byly tři konzervované domény, DUF667 (umístění 3-124) a dvě opakování WD40 (umístění 697-991 a 1155-1549).[3]

Sekvenční srovnání WDR90 u lidí a jeho ortology.

Protein

Primární sekvence

Lidský protein WDR90 je 287,7 kDa, s izoelektrickým bodem 6,584. Tady je doména neznámé funkce nazvaný DUF667, který je konzervován ve svých 30 předpokládaných izoformách.[9]

Domény a umístění na lidském genu WDR90.

Posttranslační úpravy

Předpokládá se, že WDR90 bude silně fosforylovaný protein.[10]

Domény a motivy

Existují tři domény, které se opakují v celé lidské sekvenci.[11]

Sekvence primárních aminokyselin proteinu WDR90 a její vnitřní vlastnosti / struktury.
Sekvence primárních aminokyselin proteinu WDR90 a její vnitřní vlastnosti / struktury.

Sekundární struktura

The de novo Předpokládá se, že proteinová struktura WDR90 u lidí je beta listy, beta zatáčky a náhodné cívky.[12]

Předpokládaná struktura WDR90 pomocí programu Phyre2. K dispozici je výrazná 7listá beta vrtule.

Terciární a kvartérní struktura

Lidský protein WDR90 využívá beta lopatku se 7 lopatkami, která svědčí o WD40 opakovat rodina. Tuto strukturu předpověděl se 100% spolehlivostí program pro predikci struktury Phyre2.

Interagující proteiny

Předpokládá se, že nejvýznamnější proteiny, které interagují s lidským WDR90 UTY, KDM6B, SETD1B a ASH2L.[13] Tyto proteiny se primárně vyskytují jako histon modifikátory.

Transkripční faktory

Předpokládá se, že promotor pro WDR90 u lidí má domény pro transkripční faktory: ARNT, AP-1, MYB, a Cis2His2.[14]

Výraz

Úrovně exprese lidského WDR90 se zdají být relativně složkou v nízkých úrovních, přičemž nejvyšší úrovně jsou v EU lymfatické uzliny a brzlík.[15][16] Vyjádření WDR90 ve vývoji je nejvyšší v blastocyst a fetální fáze. Výraz zejména chybí novorozenec a kojenecká stádia, pak se vrátí během mladistvý a přetrvává po dospělost.[16]

Funkce

Funkce WDR90 u lidí není známa. Vzhledem ke své široké expresi v mnoha tkáních, vazbám na proteiny obsahující nadrodinu WD40 domén a známým proteinovým interakcím by mohla hrát roli v histonové modifikace, vezikulární transport nebo regulace transkripce.[13][15][16]

Reference

  1. ^ A b C Databáze, GeneCards. "WDR90 Gene - GeneCards | WDR90 Protein | WDR90 Antibody". www.genecards.org. Citováno 2015-05-06.
  2. ^ Volker Brendel, Department of Mathematics, Stanford University, Stanford CA 94305, USA, upravené; jakékoli chyby jsou způsobeny úpravou. http://workbench.sdsc.edu/
  3. ^ A b C „Opakovaná doména WDR90 WD 90 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“.
  4. ^ „NCBI - diagnostika blokování chyby WWW“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2015-04-30.
  5. ^ Stirnimann, Christian U .; Petsalaki, Evangelia; Russell, Robert B .; Müller, Christoph W. (říjen 2010). "Proteiny WD40 pohánějí buněčné sítě". Trendy v biochemických vědách. 35 (10): 565–574. doi:10.1016 / j.tibs.2010.04.003. ISSN  0968-0004. PMID  20451393.
  6. ^ Databáze, GeneCards. "WDR16 Gene - GeneCards | WDR16 Protein | WDR16 Antibody". www.genecards.org. Citováno 2015-05-06.
  7. ^ „ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Kategorie“. www.expasy.org. Citováno 2015-05-06.
  8. ^ „CLUSTALWPROF“. Pracovní stůl biologie. SDSC.[trvalý mrtvý odkaz ]
  9. ^ „Biology WorkBench“. Volker Brendel, katedra matematiky, Stanford University, Stanford CA 94305, USA, upraveno; jakékoli chyby jsou způsobeny úpravou. Statistická analýza PS. Zkontrolujte hodnoty data v: | datum = (Pomoc)[trvalý mrtvý odkaz ]
  10. ^ „Server NetPhos 2.0“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2015-05-07.
  11. ^ „Prohlížeč genomu souboru 79: Homo sapiens - Domény a funkce - Přepis: WDR90-002 (ENST00000293879)“. useast.ensembl.org. Citováno 2015-05-06.
  12. ^ UCBL, Institut. "NPS @: SOPMA predikce sekundární struktury". npsa-prabi.ibcp.fr. Citováno 2015-05-07.
  13. ^ A b „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. string-db.org. Citováno 2015-05-07.
  14. ^ „Genomatix: Načíst a analyzovat promotéry: Dotazovací vstup“. www.genomatix.de. Citováno 2015-05-07.
  15. ^ A b „NCBI - diagnostika blokování chyby WWW“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2015-05-07.
  16. ^ A b C "NCBI - diagnostika blokování chyby WWW". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2015-05-07.

Doporučené čtení

  • Bayne, Rosemary AL a kol. „Molekulární profilování lidského varlete odhaluje přísnou regulaci exprese RNA po potlačení gonadotropinu a léčbě gestagenem.“ Andrologický deník29.4 (2008): 389-403.
  • Cox, D. M. a M. G. Butler. „Distální parciální trizomie 15q26 a parciální monosomie 16p13. 3 u 36letého muže s klinickými rysy obou chromozomálních abnormalit.“ Cytogenetický a genomový výzkum (2015).
  • Huang, Chi-Cheng a kol. „Souběžné genové podpisy pro čínské rakoviny prsu.“ PLOS ONE 8.10 (2013): e76421.
  • Jakobsen, Lis a kol. „Nové asymetricky lokalizující složky lidských centrosomů identifikované doplňkovými proteomickými metodami.“ Časopis EMBO 30.8 (2011): 1520-1535.
  • Lauwerys, Bernard a kol. "Metoda pro stanovení a klasifikaci revmatických stavů." Patentová přihláška USA 12/528 615.
  • Rink, Lori a kol. "Podpisy genové exprese a odpověď na imatinib mesylát v gastrointestinálním stromálním nádoru." Molecular Cancer Therapeutics 8.8 (2009): 2172-2182.
  • Yanagisawa, Haru-aki a kol. „Station, Texas 77843, USA. Zkratky: DMT, dubletový mikrotubul; IJ, vnitřní spojení.“