CARD doména - CARD domain
| Caspase náborová doména | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura RAIDD CARD.[1] | |||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||
| Symbol | KARTU | ||||||||||
| Pfam | PF00619 | ||||||||||
| InterPro | IPR001315 | ||||||||||
| CHYTRÝ | SM00114 | ||||||||||
| STRÁNKA | PS50209 | ||||||||||
| SCOP2 | 3crd / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
| CDD | cd01671 | ||||||||||
| |||||||||||
| Náborová doména Caspase, IPS1 / RIG-I | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | CARD_2 | ||||||||
| Pfam | PF00619 | ||||||||
| InterPro | IPR031964 | ||||||||
| SCOP2 | 2 měsíce / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd08789 | ||||||||
| |||||||||
Caspase náborové doménynebo aktivační a náborové domény kaspázy (KARTY), jsou interakční motivy nalezený v široké škále bílkoviny, obvykle ti, kteří se účastní procesů souvisejících s zánět a apoptóza. Tyto domény zprostředkovávají tvorbu větších proteinových komplexů přímými interakcemi mezi jednotlivými KARTAMI. Domény CARD se nacházejí na překvapivě široké škále proteinů, včetně helikáz, kináz, mitochondriálních proteinů, kaspáz a dalších cytoplazmatických faktorů.
Základní vlastnosti
Domény CARD jsou podtřídou proteinového motivu známého jako záhyb smrti, který představuje uspořádání šesti až sedmi antiparalelních alfa šroubovic s hydrofobním jádrem a vnější plochou složenou z nabitých zbytků. Mezi další motivy v této třídě patří pyrinová doména (PYD), doména smrti (DD) a doména efektoru smrti (DED), které všechny také fungují primárně při regulaci apoptózy a zánětlivých reakcí.
Při apoptóze
Domény CARD byly původně charakterizovány na základě jejich zapojení do regulace aktivace kaspázy a apoptózy.[2] Základní struktura šesti šroubovic domény se zdá být zachována již v minulosti postoupeno-3 a postoupeno-4 geny v C. elegans, organismus, ve kterém bylo poprvé charakterizováno několik složek apoptotického aparátu. CARD motivy jsou přítomny na řadě proteinů, které primárně podporují apoptózu kaspázy 1,2,4,5,9 a 15 u savců.
Při imunitní odpovědi savců
Zpracování IL-1 a IL-18
Bylo prokázáno, že řada proteinů CARD hraje roli v regulaci zánětu v reakci na bakteriální a virové patogeny i na řadu endogenních stresových signálů. Nedávno studie na proteinu NLR Ipaf-1 poskytly pohled na to, jak se proteiny CARD účastní imunitní odpovědi. Ipaf-1 má N-koncovou CARD doménu, nukleotidovou vazebnou doménu a C-terminální repetice bohaté na leucin (LRR), o nichž se předpokládá, že fungují podobným způsobem jako ty, které se nacházejí v Mýtné receptory. Zdá se, že primární rolí této molekuly je regulace proteolytického zpracování pro-IL-lp a pro-IL-18 do jejich zralých forem prostřednictvím asociace ve velkém komplexu známém jako inflammasom. Po aktivaci Ipaf-1 intracelulární bakterií S. typhimurium nebo jiné stresové signály, Ipaf-1 rekrutuje adaptér obsahující CARD nazývaný ASC a kaspázu-1 v neznámé stechiometrii prostřednictvím asociace CARD-CARD. Tento komplex zase vede k autoproteolytické aktivaci kaspázy-1 a následné maturaci IL-1 p a IL-18.
Antivirová signalizace
Nedávno bylo prokázáno, že podmnožina proteinů CARD se účastní rozpoznávání intracelulárních dvouvláknových řetězců RNA, běžná složka řady virových genomů, včetně para- a orthomyxoviridae a rhabdoviridae. Na rozdíl od NLR se tyto proteiny nazývají RIG-I a MDA5, obsahují dvě N-koncové domény CARD a C-terminál RNA helikáza domény, které přímo interagují s dvouvláknovou virovou RNA a zpracovávají ji. Toto zpracování zpřístupňuje domény CARD pro interakci s motivem CARD IPS-1 / MAVS /VÍZUM / Cardif, downstream adaptér zakotvený v mitochondriích. I když byly ukázány interakce mezi IPS-1 a RIG-I / MDA-5 in vitro, charakter komplexu vytvořeného po detekci viru nebyl charakterizován.
Adaptérový protein VISA dále aktivuje inhibitor členů rodiny nukleových faktorů kappa-B kinázy (IKK) -protein-kinázy. Ačkoli kanonické členy rodiny IKK IKKa a IKKb jsou nezbytné pro spuštění virem NF-kB aktivace, nekanoničtí členové rodiny IKK TBK1 a IKBKE jsou zodpovědné za fosforylaci a aktivaci IRF3 a IRF7 (Fitzgerald et al., 2003; Hemmi et al., 2004; Matsui et al., 2006). Různé studie také prokázaly účast několika dalších signálních komponent na aktivaci NF-kB a / nebo IRF3 vyvolané virem, včetně TRAF3, TRAF6, TANK, NEMO (IKKg), TRADD, FADD a RIP (Kawai et al., 2005; Michallet et al., 2008; Oganesyan et al., 2006; Saha et al., 2006; Xu et al., 2005; Zhao et al., 2007).
Autoimunita
Kvůli jejich roli jako regulátorů zánětu byla konstitutivní aktivace určitých proteinů CARD, ať už udělená mutací nebo neustálou přítomností stresových signálů, navržena tak, aby hrála příčinnou roli u řady zánětlivých syndromů. Mutace zesílení funkce v intracelulárním proteinu NOD2 byly spojeny se zvýšeným rizikem Crohnova nemoc. Aktivace mutací v nejméně dvou souvisejících proteinech obsahujících PYD, kryopyrin /CIAS-1 a pyrin / MEFV, byly spojeny s Muckle-Wellsův syndrom a familiární středomořská horečka, resp.
Seznam proteinů obsahujících KARTU
- BIRC2 bakulovir Inhibitor apoptózy (IAP) 2 obsahující opakování, také známý jako C-IAP1 [1]
- BIRC3 bakulovirové IAP obsahující 3 repetice, známé také jako C-IAP2 [2][trvalý mrtvý odkaz ]
- Caspase 1: kaspáza 1, cysteinová peptidáza související s apoptózou (interleukin 1, beta, konvertáza; ICE) [3][trvalý mrtvý odkaz ]
- Caspase 2: kaspáza 2, cysteinová peptidáza související s apoptózou [4][trvalý mrtvý odkaz ]
- Kaspase 4: kaspáza 4, cysteinová peptidáza související s apoptózou [5][trvalý mrtvý odkaz ]
- Caspase 5: kaspáza 5, cysteinová peptidáza související s apoptózou [6][trvalý mrtvý odkaz ]
- Kaspase 9: kaspáza 9, cysteinová peptidáza související s apoptózou [7][trvalý mrtvý odkaz ]
- Caspase 12: kaspáza 12, cysteinová peptidáza související s apoptózou [8][trvalý mrtvý odkaz ]
- Caspase 13: kaspáza 13, cysteinová peptidáza související s apoptózou [9]
- LEDOVEC: ledovec inhibitoru kaspázy 1 [10]
- Pseudo-ICE: Dominantní negativní inhibitor kaspázy-1 Pseudo-ICE, také známý jako COP1 [11]
- MDA-5: protein 5 spojený s diferenciací melanomu, také nazývaný Interferonem indukovaný protein obsahující doménu C helikázy 1 (IFIH1 ) [12][trvalý mrtvý odkaz ]
- MAVS: Mitochondriální antivirový signální protein známý také jako Adaptér CARD indukující interferon-beta (Cardif / IPS-1) [13]
- CRADD: Caspase a RIP adaptér s doménou smrti známý také jako RIP asociovaný protein s doménou smrti (RAIDD) [14]
- RAIDD-2: Molekula adaptéru smrti RAIDD-2 [15]
- RIG-I: Protein genu 1 indukovatelný kyselinou retinovou, známý také jako DEAD-box protein 58 (DDX58 ) [16][trvalý mrtvý odkaz ]
- RIPK2: serin-threoninkináza 2 interagující s receptorem (nazývaná také kardiak, RIP2 nebo RICK kináza) [17]
- BCL10: B-buněčný lymfom / leukémie 10 protein [18][trvalý mrtvý odkaz ]
- BINCA: Bcl10 interagující CARD protein nebo BinCARD, nazývaný také otevřený čtecí rámec 89 chromozomu 9 (C9orf89) [19][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 6: rodina domén náboru kaspáz, člen 6 [20][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 8 / CARDINAL: rodina domén náboru kaspáz, člen 8 [21][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 9: rodina domén náboru kaspáz, člen 9 [22][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 10: rodina domén náboru kaspáz, člen 10 (také nazývaný CARMA3) [23][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 11: rodina domén náboru kaspáz, člen 11 (také nazývaný CARMA1) [24][trvalý mrtvý odkaz ]
- KARTA 14: rodina domén náboru kaspáz, člen 14 (také nazývaný CARMA2) [25][trvalý mrtvý odkaz ]
- APAF1: faktor aktivující apoptotickou peptidázu 1 (nazývaný také CED4) [26][trvalý mrtvý odkaz ]
- GLAVA1: glavaris peptidázový aktivační faktor 1 (nazývaný také GLAV1) [27][trvalý mrtvý odkaz ]
- IPAF: Faktor aktivující ledovou proteázu, známý také jako Rodina NLR, doména karet obsahující 4 (NLRC4 ), CARD, LRR a NACHT obsahující protein (CLAN) a protein obsahující náborové domény Caspase 12 (CARD12) [28][trvalý mrtvý odkaz ]
- NOD1: doména oligomerizace vázající nukleotidy obsahující 1 [29][trvalý mrtvý odkaz ]
- NOD2: doména oligomerizace vázající nukleotidy obsahující 2 [30][trvalý mrtvý odkaz ]
- NLRC3: NOD podobný receptor rodinná CARD doména obsahující 3 [31][trvalý mrtvý odkaz ]
- NLRP1: Rodina NLR, pyrinová doména obsahující 1 (dříve nazývaná NALP1) [32][trvalý mrtvý odkaz ]
- NOL3: nukleolární protein 3 (represor apoptózy s doménou CARD) [33][trvalý mrtvý odkaz ]
- PYCARD: PYD a CARD doména obsahující protein (také nazývaný ASC) [34][trvalý mrtvý odkaz ]
- Ced-3 analog kaspázy 9 v Caenorhabditis elegans
- UŽ Autoimunitní regulátor [35]
Reference
- ^ Chou JJ, Matsuo H, Duan H, Wagner G (červenec 1998). "Struktura řešení karty RAIDD CARD a model interakce CARD / CARD při náboru kaspázy-2 a kaspázy-9". Buňka. 94 (2): 171–80. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81417-8. PMID 9695946. S2CID 16499945.
- ^ Hofmann K, Bucher P, Tschopp J (1997). Msgstr "Doména CARD: nový apoptotický signalizační motiv". Trends Biochem Sci. 22 (5): 155–6. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01043-8. PMID 9175472.
- Hiscott J; et al. (2006). "MasterCARD: neocenitelný odkaz na vrozenou imunitu". Trends Mol Med. 12 (2): 53–6. doi:10.1016 / j.molmed.2005.12.003. PMID 16406812.
- Ting JP, Williams KL (2005). „Rodina CATERPILLER: starověká rodina imunitních / apoptotických proteinů“. Clin Immunol. 115 (1): 33–7. doi:10.1016 / j.clim.2005.02.007. PMID 15870018.
- Martinon F, Tschopp J (2004). "Zánětlivé kaspázy: propojení intracelulárního vrozeného imunitního systému s autozánětlivými chorobami". Buňka. 117 (5): 561–74. doi:10.1016 / j.cell.2004.05.004. PMID 15163405. S2CID 15140093.
- Hong GS, Junk YK (2002). „Náborová doména Caspase (CARD) jako bifunkční přepínač regulace kaspázy a signálů NF-kappaB“. J Biochem Mol Biol. 35 (1): 19–23. doi:10,5483 / BMBRep.2002.35.1.019. PMID 16248965.
- Bouchier-Hayes L, Martin SJ (2002). „KARTOVÉ hry v apoptóze a imunitě“. EMBO Rep. 3 (7): 616–21. doi:10.1093 / embo-reports / kvf139. PMC 1084193. PMID 12101092.