CUB doména - CUB domain
CUB doména | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||
Symbol | MLÁDĚ | ||||||||||
Pfam | PF00431 | ||||||||||
InterPro | IPR000859 | ||||||||||
STRÁNKA | PDOC00758 | ||||||||||
SCOP2 | 1 sfp / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
CDD | cd00041 | ||||||||||
|
CUB doména je evolučně konzervovaný proteinová doména.
CUB doména (pro komplement C1r / C1s, Uegf, Bmp1) je strukturální motiv přibližně 110 zbytků nacházejících se téměř výlučně v proteinech asociovaných s extracelulární a plazmatickou membránou, z nichž mnohé jsou vývojově regulovány.[1][2] Tyto proteiny se účastní různých funkcí, včetně aktivace komplementu, vývojového vzorce, opravy tkání, vedení axonů a angiogeneze, buněčné signalizace, oplodnění, hemostázy, zánětu, neurotransmise, endocytózy zprostředkované receptory a potlačení nádoru.[3] Mnoho proteinů obsahujících CUB jsou peptidázy patřící do rodin peptidáz MEROPS M12A (astacin) a S1A (chymotrypsin).
Příklady
Mezi proteiny obsahující doménu CUB patří:
- Savčí subkomponenty komplementu C1s / C1r, které tvoří komplex C1 závislý na vápníku, první složka klasické cesty systému komplementu.
- Cricetidae sp. (Křeček) serinová proteáza Casp, která v přítomnosti vápníku degraduje kolagen typu I a IV a fibronektin.
- Savčí složka aktivující komplement Ra-reaktivního faktoru (RARF), proteáza, která štěpí C4 složku komplementu.
- Obratlovců enteropeptidáza (ES 3.4.21.9 ), membránový protein typu II okraje střevního kartáče, který aktivuje trypsinogen.
- Morfogenní protein obratlovců 1BMP-1 ), protein, který indukuje tvorbu chrupavek a kostí a exprimuje metaloendopeptidázovou aktivitu.
- Proteiny blastula mořského ježka BP10 a SpAN.
- C. elegans hypotetické proteiny F42A10.8 a R151.5.
- Neuropilin (Antigen A5), molekula buněčné adheze nezávislá na vápníku, která funguje během tvorby určitých neuronových obvodů.
- Fibropelliny I a III z Strongylocentrotus purpuratus (Fialový mořský ježek).
- Savčí protein vázající hyaluronát TSG-6 (nebo PS4), protein indukovaný sérem a růstovým faktorem.
- Savčí spermadhesiny.
- Xenopus laevis embryonální protein UVS.2, který je exprimován během dorsoanteriálního vývoje.
Některé z výše uvedených proteinů sestávají z katalytické domény spolu s několika doménami CUB rozptýlenými vazbou vápníku EGF domény.
Spermadhesin je subdivizí rodiny domén CUB a tvoří hlavní složku savců sperma. Spermadhesiny jsou 110-133 aminokyselinové polypeptidy.[4] Vazebná aktivita spermadhesinů, např. Vazba heparinu a sacharidů umožňuje jejich ústřední roli při podpoře připojení spermií ke skupinám sacharidů na glykoproteinech nacházejících se na povrchu oocytů.[5] Spermie adhesiny z prasat, býků a hřebců vykazují 40-98% podobnost ve svých aminokyselinových sekvencích a všechny mají disulfidovou vazbu mezi sousedními cysteinovými zbytky. Polypeptidy prasatového spermadhesinu jsou kódovány pěti úzce propojenými geny. Bovinní spermadhesin spoléhá na významně nižší počet genů, přičemž pouze dva jsou spojeny s expresí tohoto proteinu v bovinní spermatu. U šimpanzů, psů a lidí bylo pozorováno nadbytečné genetické kódování spermadhesinů.[6] Oblast korelovaná s geny spermadhesinu v DNA potkanů a myší je bez jakéhokoli kódu spermadhesinu. Je patrné, že tyto variace exprese a genetického kódování spermadhesinů vyplývají z evolučních úprav v genech v důsledku mutací a delecí v genetickém materiálu.
Některé domény CUB se zdají být zapojeny do oligomerizace a / nebo rozpoznávání substrátů a vazebných partnerů. Například v proteázách komplementu zprostředkovávají CUB domény dimerizaci a vazbu na kolagenem podobné oblasti cílových proteinů (např. C1q pro C1r / C1s). Strukturu CUB domén tvoří beta-sendvič s a skládací želé. Téměř všechny CUB domény obsahují čtyři konzervované cysteiny, které pravděpodobně tvoří dva disulfidové můstky (C1-C2, C3-C4). CUB1 domény C1s a Map19 mají místa vázající vápník.[7]
Lidské geny kódující proteiny obsahující tuto doménu zahrnují:
- ATRN, ATRNL1, BMP1,
- C1R, C1RL, C1S, CDCP2, CSMD1, CSMD2, CSMD3, CUBN, CUZD1,
- DCBLD1, DCBLD2, DMBT1, DREG,
- GPR126,
- KREMEN1, KREMEN2,
- LRP10, LRP12, LRP3,
- MASP1, MASP2, MFRP,
- NETO1, NETO2, NRP1, NRP2,
- OVCH1, OVCH2,
- PCOLCE, PCOLCE2, PDGFC, PDGFD, PRSS7,
- RAMPA,
- 1, SCUBE2, SCUBE3, SEZ6, SEZ6L, SEZ6L2, ST14,
- TLL1, TLL2, TMPRSS7, TNFAIP6
- psk-2
Reference
- ^ Bork P, Beckmann G (květen 1993). "Doména CUB. Rozšířený modul ve vývojově regulovaných proteinech". Journal of Molecular Biology. 231 (2): 539–45. doi:10.1006 / jmbi.1993.1305. PMID 8510165.
- ^ Bork P (duben 1991). „Komponenty komplementu C1r / C1, kostní morfogenní protein 1 a Xenopus laevis vývojově regulovaný protein UVS.2 sdílejí společné opakování“. FEBS Dopisy. 282 (1): 9–12. doi:10.1016/0014-5793(91)80433-4. PMID 2026272. S2CID 33375087.
- ^ Perry SE, Robinson P, Melcher A, Quirke P, Bühring HJ, Cook GP, Blair GE (březen 2007). "Exprese genu CUB domény obsahující protein 1 (CDCP1) v buňkách kolorektálního nádoru". FEBS Dopisy. 581 (6): 1137–42. doi:10.1016 / j.febslet.2007.02.025. PMID 17335815. S2CID 30701692.
- ^ Romero A, Varela PF, Sanz L, Töpfer-Petersen E, Calvete JJ (březen 1996). "Krystalizace a předběžná rentgenová difrakční analýza kančího spermatu spermatu PSP-I / PSP-II, heterodimeru dvou domén CUB". FEBS Dopisy. 382 (1–2): 15–7. doi:10.1016/0014-5793(96)00133-0. PMID 8612739. S2CID 37515421.
- ^ Töpfer-Petersen E, Romero A, Varela PF, Ekhlasi-Hundrieser M, Dostàlovà Z, Sanz L, Calvete JJ (1998). „Spermadhesiny: nová rodina proteinů. Fakta, hypotézy a perspektivy“. Andrologia. 30 (4–5): 217–24. doi:10.1111 / j.1439-0272.1998.tb01163.x. PMID 9739418. S2CID 24941844.
- ^ Haase B, Schlötterer C, Hundrieser ME, Kuiper H, Distl O, Töpfer-Petersen E, Leeb T., Evoluce rodiny genů spermadhesinů, Gene. (2005) 352, P-20-29
- ^ Blanc G, Font B, Eichenberger D, Moreau C, Ricard-Blum S, Hulmes DJ, Moali C (červen 2007). „Pohledy na to, jak mohou domény CUB vykonávat specifické funkce při sdílení společných záhybů: konzervované a specifické vlastnosti domény CUB1 přispívají k molekulární bázi aktivity zesilovače-1 prokolagenu C-proteinázy“. The Journal of Biological Chemistry. 282 (23): 16924–33. doi:10,1074 / jbc.M701610200. PMID 17446170.