WDR75 - WDR75

WDR75 je lidský protein kódovaný genem WDR75[1] obsahující doménu superrodiny WD40.[2] Doménu WD40 najdete v mnoha eukaryotická buňka typů a je známo, že se účastní funkcí buněčných regulátorů, jako je pre-mRNA zpracování a montáž cytoskeletu.[3] Funkce proteinu WDR75 není definována vědecká společnost.

Přístupová číslaUmístěníIdentifikátoryM.W.pI
NM_032186, NP_115544.12q32.2FLJ12519, DKFZp781N2144[1]94,5 kDa5.56

Sekvence proteinů

The aminokyselinová sekvence je 830 zbytků dlouhý a obsahuje kyselý ocas.[4]

1 MVEEENIRVV RCGGSELNFR RAVFSADSKY IFCVSGDFVK VYSTVTEECV HILHGHRNLV 61 TGIQLNPNNH LQLYSCSLDG TIKLWDYIDG ILIKTFIVGC KLHALFTLAQ AEDSVFVIVN 121 KEKPDIFQLV SVKLPKSSSQ EVEAKELSFV LDYINQSPKC IAFGNEGVYV AAVREFYLSV 181 YFFKKKTTSR FTLSSSRNKK HAKNNFTCVA CHPTEDCIAS GHMDGKIRLW RNFYDDKKYT 241 YTCLHWHHDM VMDLAFSVTG TSLLSGGRES VLVEWRDATE KNKEFLPRLG ​​ATIEHISVSP 301 AGDLFCTSHS DNKIIIIHRN LEASAVIQGL VKDRSIFTGL MIDPRTKALV LNGKPGHLQF 361 YSLQSDKQLY NLDIIQQEYI NDYGLIQIEL TKAAFGCFGN WLATVEQRQE KETELELQMK 421 LWMYNKKTQG FILNTKINMP HEDCITALCF CNAEKSEQPT LVTASKDGYF KVWILTDDSD 481 IYKKAVGWTC DFVGSYHKYQ ATNCCFSEDG SLLAVSFEEI VTIWDSVTWE LKCTFCQRAG 541 KIRHLCFGRL TCSKYLLGAT ENGILCCWNL LSCALEWNAK LNVRVMEPDP NSENIAAISQ 601 SSVGSDLFVF KPSEPRPLYI QKGISREKVQ WGVFVPRDVP ESFTSEAYQW LNRSQFYFLT 661 KSQSLLTFST KSPEEKLTPT SKQLLAEESL PTTPFYFILG KHRQQQDEKL NETLENELVQ 721 LPLTENIPAI SELLHTPAHV LPSAAFLCSM FVNSLLLSKE TKSAKEIPED VDMEEEKESE 781 DSDEENDFTE KVQDTSNTGL GEDIIHQLSK SEEKELRKFR KIDYSWIAAL

Sekundární struktura

The sekundární struktura je předpovídáno[4] obsahovat střídavé sady alfa šroubovic a beta řetězců. Ne helix-turn-helix (HTH) oblasti byly předpovězeny.

Homologie

Pro. Neexistují žádné známé paralogy Lidský gen. Nebyly nalezeny žádné paralogy pro ortology krav, myší nebo krys WDR75.[5] Zachování savčích ortologů lidským genem bylo silné, s minimální identitou mezi ortology 76%. Následující tabulka shrnuje některé ortology obratlovců a bezobratlých. Zachování specifických aminokyseliny z pozic 340-390, 430-450 a 515-530 všechny korelují s předpovězenými alfa helixy.[4]

OrganismusPřístupové číslo% Identity s lidským genem
Bos TaurusNP_001095532.1[6]91.7
Mus musculusNP_082875.1[7]84.9
Pan troglodytyXP_001164827.1[8]99.5
Rattus norvegicusNP_001041354.1[9]84.3
Canis familiarisXP_545565[10]90.7
Xenopus LaevisNP_001086564.1[11]61.0
Gallus gallusXP_001233408.1[12]60.8
Schizosaccharomyces pombeNP_594798[13]19.9
Anopheles gambiaeXP_317524[14]22.7

Reference

  1. ^ A b „Entrez Gene: WDR75 WD repeat domain 75“. Citováno 3. května 2009.
  2. ^ "VÝBUCH". Citováno 6. května 2009.
  3. ^ „CDD: Conserved Domains and Protein Classification Database“.
  4. ^ A b C SDSC Biology Workbench 2.0
  5. ^ „BLAT Search Genome“. Citováno 7. května 2009.
  6. ^ „Protein 75 obsahující WD repetice [Bos taurus] - Protein - NCBI“.
  7. ^ „Protein 75 obsahující protein WD [Mus musculus] - Protein - NCBI“.
  8. ^ „Protein 75 obsahující WD repetice [Pan troglodytes] - Protein - NCBI“.
  9. ^ „Protein 75 obsahující WD opakovaně [Rattus norvegicus] - Protein - NCBI“.
  10. ^ „Protein 75 obsahující WD opakovaně [Canis lupus familiaris] - Protein - NCBI“.
  11. ^ „Protein 75 WD s obsahem opakování [Xenopus laevis] - Protein - NCBI“.
  12. ^ „PŘEDPOKLÁDANÉ: bílkovina 75 obsahující WD opakovaně [Gallus gallus] - bílkovina - NCBI“.
  13. ^ „Protein Nan1 [Schizosaccharomyces pombe 972h-] spojený s U3 snoRNP - protein - NCBI“.
  14. ^ "AGAP007948-PA, částečný [Anopheles gambiae STR. PEST] - Protein - NCBI".