Posttranslační modifikace - Post-translational modification

Posttranslační modifikace (PTM) Odkazuje na kovalentní a obecně enzymatický modifikace bílkoviny Následující biosyntéza bílkovin. Proteiny jsou syntetizovány pomocí ribozomy překlady mRNA do polypeptidových řetězců, které pak mohou podstoupit PTM za vzniku produktu zralého proteinu. PTM jsou důležitými složkami v buňce signalizace, například když se prohormony převádějí na hormony.
Na serveru mohou nastat posttranslační úpravy aminokyselina boční řetězy nebo u bílkovin C- nebo N- konce.[1] Mohou rozšířit chemický repertoár standardu 20 aminokyseliny úpravou existujícího funkční skupina nebo zavedení nového, jako je fosfát. Fosforylace je velmi běžný mechanismus pro regulaci aktivity enzymů a je nejčastější posttranslační modifikací.[2] Mnoho eukaryotický a prokaryotické proteiny také mají uhlohydrát molekuly k nim připojené v procesu zvaném glykosylace, které mohou propagovat skládání bílkovin a zlepšit stabilitu a sloužit regulačním funkcím. Příloha lipid molekuly, známé jako lipidace, často cílí na protein nebo část proteinu připojeného k buněčná membrána.
Jiné formy posttranslační modifikace spočívají ve štěpení peptidové vazby, jako při zpracování a propeptid do zralé formy nebo odstranění iniciátoru methionin zbytek. Formace disulfidové vazby z cystein zbytky mohou být také označovány jako posttranslační modifikace.[3] Například peptid hormon inzulín se rozřízne dvakrát po vytvoření disulfidových vazeb a a propeptid je odstraněn ze středu řetězu; výsledný protein se skládá ze dvou polypeptidových řetězců spojených disulfidovými vazbami.
Některé typy posttranslační úpravy jsou důsledky oxidační stres. Karbonylace je jedním příkladem, který se zaměřuje na degradovaný modifikovaný protein a může vést k tvorbě proteinových agregátů.[4][5] Specifické aminokyselinové modifikace mohou být použity jako biomarkery což naznačuje oxidační poškození.[6]
Weby, které často procházejí posttranslační úpravou, jsou ty, které mají funkční skupinu, která může sloužit jako nukleofil v reakci: hydroxyl skupiny serin, threonin, a tyrosin; the amin formy lysin, arginin, a histidin; the thiolát anion z cystein; the karboxyláty z aspartát a glutamát; a N- a C-konce. Navíc, i když amide z asparagin je slabý nukleofil, může sloužit jako bod připojení pro glykany. Při oxidaci mohou nastat vzácnější úpravy methioniny a na některých methyleny v postranních řetězcích.[7]
Posttranslační modifikace proteinů lze experimentálně detekovat řadou technik, včetně hmotnostní spektrometrie, Východní blot, a Western blot. Další metody jsou uvedeny v sekcích externích odkazů.
PTM zahrnující přidání funkčních skupin
Přidání enzymem in vivo
Hydrofobní skupiny pro lokalizaci membrány
- myristoylace (typ acylace ), příloha myristát, C.14 nasycená kyselina
- palmitoylace (typ acylace), připojení palmitát, C.16 nasycená kyselina
- izoprenylace nebo prenylace, doplnění isoprenoid skupina (např. farnesol a geranylgeraniol )
- glypiace, glykosylfosfatidylinositol (GPI) kotva tvorba prostřednictvím amidové vazby na C-koncový konec
Kofaktory pro zvýšenou enzymatickou aktivitu
- lipoylace (typ acylace), připojení a lipoát (C8) funkční skupina
- flavin skupina (FMN nebo FAD ) mohou být kovalentně připojeny
- heme C. připojení prostřednictvím thioether dluhopisy s cysteiny
- fosfopantetheinylace, přidání 4'-fosfopantetheinylové skupiny z koenzym A, stejně jako v biosyntéze mastných kyselin, polyketidů, neribozomálních peptidů a leucinů
- retinyliden Schiffova základna formace
Úpravy překladových faktorů
- difthamid tvorba (na histidinu nalezeném v eEF2 )
- ethanolamin fosfoglycerol příloha (na glutamátu nalezeném v eEF1α )[8]
- hypusin tvorba (na konzervovaném lysinu o eIF5A (eukaryotická) a aIF5A (archaeal))
- beta-lysin přidání na konzervovaný lysin z součinitel prodloužení P (EFP) ve většině bakterií.[9] EFP je homolog eIF5A (eukaryotická) a aIF5A (archaeal) (viz výše).
Menší chemické skupiny
- acylace, např. Ó-acylace (estery ), N-acylace (amidy ), S-acylace (thioestery )
- alkylace, doplnění alkyl skupina, např. methyl, ethyl
- methylace přidání a methyl skupina, obvykle v lysin nebo arginin zbytky. Nazývá se zadní strana demetylace.
- amidace na C-konci. Vzniká oxidační disociací zbytku C-konce Gly.[14]
- amide tvorba vazby
- aminokyselina přidání
- arginylace, a tRNA - doplnění zprostředkování
- polyglutamylace kovalentní vazba kyselina glutamová zbytky na N-konci tubulinu a některých dalších proteinů.[15] (Vidět tubulin polyglutamyláza )
- polyglycylace, kovalentní vazba jednoho na více než 40 glycin zbytky do tubulin C-koncový ocas
- aminokyselina přidání
- butyrylace
- gama-karboxylace v závislosti na Vitamin K.[16]
- glykosylace, přidání a glykosyl skupiny buď arginin, asparagin, cystein, hydroxylysin, serin, threonin, tyrosin nebo tryptofan což má za následek glykoprotein. Odlišný od glykace, který je považován za neenzymatickou vazbu cukrů.
- Ó-GlcNAc, doplnění N-acetylglukosamin na serinové nebo threoninové zbytky v β-glykosidové vazbě
- polysialylace, přidání kyselina polysialová, PSA, do NCAM
- malonylace
- hydroxylace: přidání atomu kyslíku k postrannímu řetězci zbytku Pro nebo Lys
- jodování: přidání atomu jodu k aromatickému kruhu zbytku tyrosinu (např thyroglobulin )
- přidání nukleotidů jako ADP-ribosylace
- fosfátový ester (Ó-linked) nebo fosforamidát (N- spojené) formace
- fosforylace, přidání a fosfát skupina, obvykle do serin, threonin, a tyrosin (Ó-linked), nebo histidin (N-linked)
- adenylylace, doplnění adenylyl skupina, obvykle na tyrosin (Ó-linked), nebo histidin a lysin (N-linked)
- uridylylace, přidání uridylylové skupiny (tj. uridinmonofosfát, UMP), obvykle na tyrosin
- propionylace
- pyroglutamát formace
- S-glutathionylace
- S-nitrosylace
- S-sulfenylace (aka S-sulfenylace), reverzibilní kovalentní přidání jednoho atomu kyslíku k thiol skupina a cystein zbytek[17]
- S-sulfinylace, normálně ireverzibilní kovalentní přidání dvou atomů kyslíku k thiol skupina a cystein zbytek[17]
- S-sulfonylace, obvykle ireverzibilní kovalentní přidání tří atomů kyslíku do thiol skupina a cystein zbytek, což vede k tvorbě a kyselina cysteová zbytek[17]
- sukcinylace doplnění a sukcinyl seskupit do lysin
- sulfatace, přidání sulfátové skupiny k a tyrosin.
Neenzymatické přísady in vivo
- glykace, přidání molekuly cukru k proteinu bez kontrolního působení enzymu.
- karbamylace přidání Kyselina isokyanová na N-konec proteinu nebo postranní řetězec Lys.[18]
- karbonylace přidání oxidu uhelnatého k dalším organickým / anorganickým sloučeninám.
- spontánní isopeptidová vazba formace, jak se nachází v mnoha povrchových proteinech Grampozitivní bakterie.[19]
Neenzymatické přísady in vitro
- biotinylace: kovalentní připojení biotinové části pomocí biotinylačního činidla, obvykle za účelem značení proteinu.
- karbamylace: přidání kyseliny izokyanové na N-konec proteinu nebo postranní řetězec zbytků Lys nebo Cys, obvykle vyplývající z expozice roztokům močoviny.[20]
- oxidace: přidání jednoho nebo více atomů kyslíku k citlivému postrannímu řetězci, zejména zbytků Met, Trp, His nebo Cys. Vznik disulfid vazby mezi zbytky Cys.
- pegylace: kovalentní připojení polyethylenglykol (PEG) s použitím pegylačního činidla, typicky na N-konec nebo postranní řetězce Lys zbytků. Pegylace se používá ke zlepšení účinnosti proteinových farmaceutik.
Jiné proteiny nebo peptidy
- ISGylation kovalentní vazba na ISG15 protein (interferonem stimulovaný gen 15)[21]
- SUMOylace, kovalentní vazba na SUMO protein (Malý ubikvitin související MOdifier)[22]
- ubikvitinace, kovalentní vazba na protein ubikvitin.
- neddylace kovalentní vazba na Nedda
- pupylace, kovalentní vazba na prokaryotický protein podobný ubikvitinu
Chemická modifikace aminokyselin
- citrulinace nebo omezení, převod z arginin na citrulin [23]
- deamidace, převod z glutamin na kyselina glutamová nebo asparagin na kyselina asparagová
- eliminylace, převod na alken podle beta-eliminace z fosfotreonin a fosfoserin nebo dehydratace z threonin a serin [24]
Strukturální změny
- disulfidové můstky kovalentní vazba dvou cystein aminokyseliny
- proteolytické štěpení štěpení proteinu na peptidové vazbě
- isoaspartate cyklizací aminokyselinových zbytků asparaginu nebo kyseliny asparagové
- racemizace
- z serin podle protein-serinová epimeráza
- z alanin v dermorfin, žába opioidní peptid
- z methionin v deltorphin, také žabí opioidní peptid
- proteinové sestřih, samokatalytické odstranění inteins analogické zpracování mRNA
Statistika
Běžné PTM podle frekvence
V roce 2011 byla statistika každé posttranslační modifikace experimentálně a domněle zjištěna s využitím informací o proteomu z databáze Swiss-Prot.[25] 10 nejčastějších experimentálně nalezených modifikací bylo následující:[26]
Frekvence | Úpravy |
---|---|
58383 | Fosforylace |
6751 | Acetylace |
5526 | N-vázaná glykosylace |
2844 | Amidace |
1619 | Hydroxylace |
1523 | Methylace |
1133 | O-vázaná glykosylace |
878 | Ubikvitylace |
826 | Pyrrolidon karboxylová kyselina |
504 | Sulfatace |
Běžné PTM podle zbytku
Níže jsou uvedeny některé běžné posttranslační modifikace specifických aminokyselinových zbytků. Pokud není uvedeno jinak, dochází k úpravám na postranním řetězci.
Databáze a nástroje

Proteinové sekvence obsahují sekvenční motivy, které jsou rozpoznávány modifikujícími enzymy a které lze dokumentovat nebo předvídat v databázích PTM. Vzhledem k tomu, že je objeveno velké množství různých modifikací, je potřeba tento druh informací dokumentovat v databázích. Informace PTM lze shromažďovat experimentálními prostředky nebo předpovídat z vysoce kvalitních ručně upravených dat. Byla vytvořena řada databází, často se zaměřením na určité taxonomické skupiny (např. Lidské proteiny) nebo na jiné funkce.
Seznam zdrojů
- PhosphoSitePlus[28] - Databáze komplexních informací a nástrojů pro studium posttranslačních modifikací proteinů savců
- ProteomeScout[29] - Databáze proteinů a posttranslačních modifikací experimentálně
- Referenční databáze lidských proteinů[29] - Databáze různých modifikací a porozumění různým proteinům, jejich třídě a funkci / procesu souvisejícím s proteiny způsobujícími onemocnění
- STRÁNKA[30] - Databáze vzorů konsensu pro mnoho typů PTM včetně webů
- Zdroj informací o bílkovinách (PIR)[31] - Databáze pro získání sbírky anotací a struktur pro PTM.
- dbPTM[27] - Databáze, která zobrazuje různé PTM a informace týkající se jejich chemických složek / struktur a frekvenci místa upraveného aminokyselinami
- Uniprot má informace PTM, i když to může být méně komplexní než ve specializovanějších databázích.Vliv PTM na funkci bílkovin a fyziologické procesy.[32]
Nástroje
Seznam softwaru pro vizualizaci proteinů a jejich PTM
- PyMOL[33] - zavést sadu běžných PTM do proteinových modelů
- ÚŽASNÉ[34] - Interaktivní nástroj pro sledování role jednonukleotidových polymorfismů pro PTM
- Chiméra [35] - Interaktivní databáze pro vizualizaci molekul
Příklady případů
- Štěpení a tvorba disulfidové můstky během výroby inzulín
- PTM histony jako regulace transkripce: Kontrola RNA polymerázy strukturou chromatinu
- PTM RNA polymeráza II jako regulace transkripce
- Štěpení polypeptidových řetězců jako zásadní pro specificitu lektinu[36]
Závislost
Hlavním rysem závislosti je její vytrvalost. Návykový fenotyp může být celoživotní, s touhou po drogách a relapsem dochází i po desetiletích abstinence.[37] Posttranslační úpravy sestávající z epigenetický změny histon proteinové ocasy ve specifických oblastech mozku se zdají být rozhodující pro molekulární základ závislosti.[37][38][39] Jakmile nastanou konkrétní posttranslační epigenetické modifikace, jeví se to jako dlouhodobé „molekulární jizvy“, které mohou vysvětlovat přetrvávání závislostí.[37][40]
Cigareta kuřáci (přibližně 21% populace USA v roce 2013)[41]) jsou obvykle závislí nikotin.[42] Po 7 dnech léčby nikotinem u myší posttranslační modifikace sestávala z acetylace oba histon H3 a histon H4 byl zvýšen na FosB promotér v nucleus accumbens mozku, což způsobilo 61% zvýšení exprese FosB.[43] To také zvyšuje expresi varianta spoje Delta FosB. V nucleus accumbens mozku, Delta FosB funguje jako "trvalý molekulární přepínač" a "hlavní kontrolní protein" při vývoji závislost.[44][45] Podobně po 15 dnech léčby nikotinem u potkanů dochází k posttranslační modifikaci spočívající v trojnásobně zvýšené acetylaci histonu H4 na promotoru dopaminový D1 receptor (DRD1) gen v prefrontální kůra (PFC) krys. To způsobilo zvýšené uvolňování dopaminu v PFC související s odměnou oblast mozku, a takové zvýšené uvolňování dopaminu je považováno za důležitý faktor závislosti.[46][47]
Asi 7% populace USA je závislých alkohol. U potkanů vystavených alkoholu po dobu až 5 dnů došlo ke zvýšení posttranslační modifikace acetylace histonu 3 lysinu 9, H3K9ac, v pronociceptin promotor v mozku amygdala komplex. Tento acetylace je aktivační značka pro pronociceptin. Nociceptin / nociceptin opioidní receptor Tento systém se podílí na posílení nebo úpravě alkoholu.[48]
Závislost na kokainu vyskytuje se asi u 0,5% populace USA. Opakováno kokain podávání u myší vyvolává posttranslační modifikace včetně hyperacetylace histon 3 (H3) nebo histon 4 (H4) na 1 696 genech v jedné oblasti odměňování mozku [ nucleus accumbens ] a deacetylace u 206 genů.[49][50] Nejméně 45 genů, které se ukázaly v předchozích studiích upregulovaný v nucleus accumbens u myší po chronické expozici kokainu bylo zjištěno, že jsou spojeny s posttranslační hyperacetylací histonu H3 nebo histonu H4. Mnoho z těchto jednotlivých genů přímo souvisí s aspekty závislosti spojené s expozicí kokainu.[50][51]
V roce 2013 potřebovalo ve Spojených státech 22,7 milionů osob ve věku 12 let nebo starších léčbu problému s nedovolenými drogami nebo alkoholem (8,6 procenta osob ve věku 12 let nebo starších).[41]
Viz také
Reference
- ^ Pratt, Donald Voet; Judith G. Voet; Charlotte W. (2006). Základy biochemie: život na molekulární úrovni (2. vyd.). Hoboken, NJ: Wiley. ISBN 978-0-471-21495-3.
- ^ Khoury GA, Baliban RC, Floudas CA. (Září 2011). „Statistika posttranslačních modifikací celého proteomu: frekvenční analýza a úprava databáze swiss-prot“. Vědecké zprávy. 1: 90. Bibcode:2011NatSR ... 1E..90K. doi:10.1038 / srep00090. PMC 3201773. PMID 22034591.
- ^ Lodish H, Berk A, Zipursky SL a kol. (2000). „17.6, posttranslační úpravy a kontrola kvality v hrubé ER“. Molekulární buněčná biologie (4. vydání). New York: W. H. Freeman. ISBN 978-0-7167-3136-8.
- ^ Dalle-Donne I, Aldini G, Carini M, Colombo R, Rossi R, Milzani A (2006). „Karbonylace proteinů, buněčná dysfunkce a progrese onemocnění“. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 10 (2): 389–406. doi:10.1111 / j.1582-4934.2006.tb00407.x. PMC 3933129. PMID 16796807.
- ^ Grimsrud PA, Xie H, Griffin TJ, Bernlohr DA (srpen 2008). „Oxidační stres a kovalentní modifikace proteinu pomocí bioaktivních aldehydů“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (32): 21837–41. doi:10,1074 / jbc.R700019200. PMC 2494933. PMID 18445586.
- ^ Gianazza E, Crawford J, Miller I (červenec 2007). "Detekce oxidačních posttranslačních modifikací v proteinech". Aminokyseliny. 33 (1): 51–6. doi:10.1007 / s00726-006-0410-2. PMID 17021655.
- ^ Walsh, Christopher T. (2006). Posttranslační modifikace proteinů: rozšíření inventáře přírody. Englewood: Roberts and Co. Publ. ISBN 9780974707730. :12–14
- ^ Whiteheart SW, Shenbagamurthi P, Chen L, Cotter RJ, Hart GW a kol. (Srpen 1989). „Myší elongační faktor 1 alfa (EF-1 alfa) je posttranslačně modifikován novými amidem vázanými ethanolamin-fosfoglycerolovými skupinami. Přidání ethanolamin-fosfoglycerolu ke specifickým zbytkům kyseliny glutamové na EF-1 alfa“. The Journal of Biological Chemistry. 264 (24): 14334–41. PMID 2569467.
- ^ Roy H, Zou SB, Bullwinkle TJ, Wolfe BS, Gilreath MS, Forsyth CJ, Navarre WW, Ibba M (srpen 2011). „Paralog tRNA syntetázy PoxA modifikuje elongační faktor-P s (R) -β-lysinem“. Přírodní chemická biologie. 7 (10): 667–9. doi:10.1038 / nchembio.632. PMC 3177975. PMID 21841797.
- ^ Polevoda B, Sherman F (leden 2003). "N-koncové acetyltransferázy a požadavky na sekvenci pro N-koncovou acetylaci eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 325 (4): 595–622. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 01269-X. PMID 12507466.
- ^ Yang XJ, Seto E (srpen 2008). „Lysinová acetylace: kodifikovaný přeslech s dalšími posttranslačními úpravami“. Molekulární buňka. 31 (4): 449–61. doi:10.1016 / j.molcel.2008.07.002. PMC 2551738. PMID 18722172.
- ^ Bártová E, Krejcí J, Harnicarová A, Galiová G, Kozubek S (srpen 2008). „Modifikace histonu a jaderná architektura: recenze“. The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 56 (8): 711–21. doi:10.1369 / jhc.2008.951251. PMC 2443610. PMID 18474937.
- ^ Glozak MA, Sengupta N, Zhang X, Seto E (prosinec 2005). "Acetylace a deacetylace nehistonových proteinů". Gen. 363: 15–23. doi:10.1016 / j.gene.2005.09.010. PMID 16289629.
- ^ Bradbury AF, Smyth DG (březen 1991). "Amidace peptidů". Trendy v biochemických vědách. 16 (3): 112–5. doi:10.1016 / 0968-0004 (91) 90044-v. PMID 2057999.
- ^ Eddé B, Rossier J, Le Caer JP, Desbruyères E, Gros F, Denoulet P (leden 1990). "Posttranslační glutamylace alfa-tubulinu". Věda. 247 (4938): 83–5. Bibcode:1990Sci ... 247 ... 83E. doi:10.1126 / science.1967194. PMID 1967194.
- ^ Walker CS, Shetty RP, Clark K, Kazuko SG, Letsou A, Olivera BM, Bandyopadhyay PK a kol. (Březen 2001). „O potenciální globální roli gama-karboxylace závislé na vitaminu K ve zvířecích systémech. Důkazy o gama-glutamylkarboxyláze v Drosophile“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (11): 7769–74. doi:10,1074 / jbc.M009576200. PMID 11110799.
- ^ A b C Chung HS a kol. (Leden 2013). „Cysteinové oxidační posttranslační modifikace: vznikající regulace v kardiovaskulárním systému“. Výzkum oběhu. 112 (2): 382–92. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.112.268680. PMC 4340704. PMID 23329793.
- ^ Jaisson S, Pietrement C, Gillery P (listopad 2011). „Produkty odvozené od karbamylace: bioaktivní sloučeniny a potenciální biomarkery při chronickém selhání ledvin a ateroskleróze“. Klinická chemie. 57 (11): 1499–505. doi:10.1373 / clinchem.2011.163188. PMID 21768218.
- ^ Kang HJ, Baker EN (duben 2011). „Intramolekulární isopeptidové vazby: proteinové síťování vytvořené pro stres?“. Trendy v biochemických vědách. 36 (4): 229–37. doi:10.1016 / j.tibs.2010.09.007. PMID 21055949.
- ^ Stark GR, Stein WH, Moore X (1960). "Reakce kyanátu přítomného ve vodné močovině s aminokyselinami a bílkovinami". J Biol Chem. 235 (11): 3177–3181.
- ^ Malakhova OA, Yan M, poslanec Malakhov, Yuan Y, Ritchie KJ, Kim KI, Peterson LF, Shuai K, Zhang DE (únor 2003). „Proteinová ISGylace moduluje signální dráhu JAK-STAT“. Geny a vývoj. 17 (4): 455–60. doi:10.1101 / gad.1056303. PMC 195994. PMID 12600939.
- ^ Van G. Wilson (ed.) (2004). Sumoylace: Molecular Biology and Biochemistry Archivováno 09.02.2005 na Wayback Machine. Horizon Bioscience. ISBN 0-9545232-8-8.
- ^ Klareskog L, Rönnelid J, Lundberg K, Padyukov L, Alfredsson L (2008). „Imunita vůči citrulinovaným proteinům při revmatoidní artritidě“. Výroční přehled imunologie. 26: 651–75. doi:10.1146 / annurev.immunol.26.021607.090244. PMID 18173373.
- ^ Brennan DF, Barford D (březen 2009). „Eliminylace: posttranslační modifikace katalyzovaná fosfotreonin-lyázami“. Trendy v biochemických vědách. 34 (3): 108–14. doi:10.1016 / j.tibs.2008.11.005. PMID 19233656.
- ^ Khoury GA, Baliban RC, Floudas CA (září 2011). „Statistika posttranslačních modifikací celého proteomu: frekvenční analýza a úprava databáze swiss-prot“. Vědecké zprávy. 1 (90): 90. Bibcode:2011NatSR ... 1E..90K. doi:10.1038 / srep00090. PMC 3201773. PMID 22034591.
- ^ „Statistika posttranslačních modifikací celého proteomu“. selene.princeton.edu. Archivovány od originál dne 2012-08-30. Citováno 2011-07-22.
- ^ A b Lee TY, Huang HD, Hung JH, Huang HY, Yang YS, Wang TH (leden 2006). „dbPTM: informační úložiště posttranslační modifikace proteinu“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D622-7. doi:10.1093 / nar / gkj083. PMC 1347446. PMID 16381945.
- ^ Hornbeck PV, Zhang B, Murray B, Kornhauser JM, Latham V, Skrzypek E (leden 2015). „PhosphoSitePlus, 2014: mutace, PTM a rekalibrace“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D512-20. doi:10.1093 / nar / gku1267. PMC 4383998. PMID 25514926.
- ^ A b Goel R, Harsha HC, Pandey A, Prasad TS (únor 2012). „Referenční databáze lidských proteinů a lidských proteinů jako zdroje pro analýzu fosfoproteomu“. Molekulární biosystémy. 8 (2): 453–63. doi:10.1039 / c1mb05340j. PMC 3804167. PMID 22159132.
- ^ Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N (leden 2010). „PROSITE, databáze proteinové domény pro funkční charakterizaci a anotaci“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D161-6. doi:10.1093 / nar / gkp885. PMC 2808866. PMID 19858104.
- ^ Garavelli JS (leden 2003). „Databáze RESID modifikací proteinů: vývoj v roce 2003“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 499–501. doi:10.1093 / nar / gkg038. PMC 165485. PMID 12520062.
- ^ Audagnotto M, Dal Peraro M (2017-03-31). „V předpovědních nástrojích a molekulárním modelování in silico. Výpočetní a strukturální biotechnologický časopis. 15: 307–319. doi:10.1016 / j.csbj.2017.03.004. PMC 5397102. PMID 28458782.
- ^ Warnecke A, Sandalova T, Achour A, Harris RA (listopad 2014). „PyTM: užitečný plugin PyMOL pro modelování běžných posttranslačních úprav“. BMC bioinformatika. 15 (1): 370. doi:10.1186 / s12859-014-0370-6. PMC 4256751. PMID 25431162.
- ^ Yang Y, Peng X, Ying P, Tian J, Li J, Ke J, Zhu Y, Gong Y, Zou D, Yang N, Wang X, Mei S, Zhong R, Gong J, Chang J, Miao X (leden 2019 ). „ÚŽASNÉ: databáze SNP, které ovlivňují posttranslační úpravy proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D874 – D880. doi:10.1093 / nar / gky821. PMC 6324025. PMID 30215764.
- ^ Morris JH, Huang CC, Babbitt PC, Ferrin TE (září 2007). "structureViz: linking Cytoscape and UCSF Chimera". Bioinformatika. 23 (17): 2345–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btm329. PMID 17623706.
- ^ „1tp8 - Proteopedia, život ve 3D“. www.proteopedia.org.
- ^ A b C Robison AJ, Nestler EJ (říjen 2011). „Transkripční a epigenetické mechanismy závislosti“. Recenze přírody. Neurovědy. 12 (11): 623–37. doi:10.1038 / nrn3111. PMC 3272277. PMID 21989194.
- ^ Hitchcock LN, Lattal KM (2014). „Histonem zprostředkovaná epigenetika v závislosti“. Pokrok v molekulární biologii a translační vědě. 128: 51–87. doi:10.1016 / B978-0-12-800977-2.00003-6. ISBN 9780128009772. PMC 5914502. PMID 25410541. Citovat deník vyžaduje
| deník =
(Pomoc) - ^ McQuown SC, Wood MA (duben 2010). „Epigenetická regulace při poruchách užívání návykových látek“. Aktuální zprávy z psychiatrie. 12 (2): 145–53. doi:10.1007 / s11920-010-0099-5. PMC 2847696. PMID 20425300.
- ^ Dabin J, Fortuny A, Polo SE (červen 2016). „Údržba epigenomu v reakci na poškození DNA“. Molekulární buňka. 62 (5): 712–27. doi:10.1016 / j.molcel.2016.04.006. PMC 5476208. PMID 27259203.
- ^ A b Zneužívání návykových látek a správa služeb v oblasti duševního zdraví, výsledky národního průzkumu užívání drog a zdraví v roce 2013: Shrnutí národních poznatků, NSDUH Series H-48, publikace HHS (SMA) 14-4863. Rockville, MD: Zneužívání návykových látek a správa služeb duševního zdraví, 2014
- ^ Abuse, National Institute on Drug. „Je nikotin návykový?“.
- ^ Levine A, Huang Y, Drisaldi B, Griffin EA, Pollak DD, Xu S, Yin D, Schaffran C, Kandel DB, Kandel ER (listopad 2011). „Molekulární mechanismus pro hlavní drogu: epigenetické změny iniciované expresí hlavního genu nikotinu kokainem“. Science Translational Medicine. 3 (107): 107ra109. doi:10.1126 / scitranslmed.3003062. PMC 4042673. PMID 22049069.
- ^ Ruffle JK (listopad 2014). „Molekulární neurobiologie závislosti: o čem je (Δ) FosB?“. American Journal of Drug and Alcohol Abuse. 40 (6): 428–37. doi:10.3109/00952990.2014.933840. PMID 25083822.
- ^ Nestler EJ, Barrot M, Self DW (září 2001). „DeltaFosB: trvalý molekulární přepínač pro závislost“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (20): 11042–6. Bibcode:2001PNAS ... 9811042N. doi:10.1073 / pnas.191352698. PMC 58680. PMID 11572966.
- ^ Gozen O, Balkan B, Yildirim E, Koylu EO, Pogun S (září 2013). "Epigenetický účinek nikotinu na expresi dopaminového D1 receptoru v prefrontální kůře krysy". Synapse. 67 (9): 545–52. doi:10,1002 / syn.21659. PMID 23447334.
- ^ Publishing, Harvard Health. „Jak závislost unese mozek - Harvard Health“.
- ^ D'Addario C, Caputi FF, Ekström TJ, Di Benedetto M, Maccarrone M, Romualdi P, Candeletti S (únor 2013). „Ethanol indukuje epigenetickou modulaci exprese genu prodynorfinu a pronociceptinu v komplexu krysí amygdaly“. Journal of Molecular Neuroscience. 49 (2): 312–9. doi:10.1007 / s12031-012-9829-r. PMID 22684622.
- ^ Walker DM, Nestler EJ (2018). „Neuroepigenetika a závislost“. Příručka klinické neurologie. 148: 747–765. doi:10.1016 / B978-0-444-64076-5.00048-X. ISBN 9780444640765. PMC 5868351. PMID 29478612. Citovat deník vyžaduje
| deník =
(Pomoc) - ^ A b Renthal W, Kumar A, Xiao G, Wilkinson M, Covington HE, Maze I, Sikder D, Robison AJ, LaPlant Q, Dietz DM, Russo SJ, Vialou V, Chakravarty S, Kodadek TJ, Stack A, Kabbaj M, Nestler EJ (Květen 2009). „Analýza genomu v celém rozsahu regulace chromatinu kokainem odhaluje roli sirtuinů“. Neuron. 62 (3): 335–48. doi:10.1016 / j.neuron.2009.03.026. PMC 2779727. PMID 19447090.
- ^ https://www.drugsandalcohol.ie/12728/1/NIDA_Cocaine.pdf
externí odkazy
(Wayback Machine kopírovat)
- Seznam posttranslačních úprav v ExPASy
- Procházejte SCOP domény pomocí PTM - od dcGO databáze
- Statistiky každé posttranslační úpravy z databáze Swiss-Prot
(Wayback Machine)
- Server AutoMotif - Výpočtový protokol pro identifikaci posttranslačních modifikací v proteinových sekvencích
- Funkční analýzy pro místně specifickou fosforylaci cílového proteinu v buňkách
- Detekce posttranslačních úprav po vysoce přesných MSMS
- Přehled a popis běžně používaných technik detekce posttranslačních modifikací