UCSF Chimera - UCSF Chimera
![]() Hlavní okno chiméry (FSH a receptor, 1xwd) a sekvenční okno (zarovnání FSH receptorů z různých druhů). | |
Vývojáři | Zdroj pro biopočítání, vizualizaci a informatiku (RBVI), UCSF |
---|---|
Stabilní uvolnění | 1. 14/12 listopadu 2019 |
Operační systém | Microsoft Windows, OS X, Linux |
Typ | Molekulární modelování |
Licence | Zdarma pro nekomerční použití |
webová stránka | www |
UCSF Chimera (nebo jednoduše Chiméra) je rozšiřitelný program pro interaktivní vizualizace a analýza molekulárních struktur a souvisejících dat, včetně map hustoty, supramolekulárních sestav, seřazení sekvencí, výsledků dokování, trajektorií a konformační soubory.[1] Lze vytvářet vysoce kvalitní obrázky a filmy. Chimera obsahuje kompletní dokumentaci a lze si ji zdarma stáhnout pro nekomerční použití.
Chimeru vyvinul Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) at the University of California, San Francisco. Rozvoj je částečně podporován Národní institut zdraví (NIGMS grant P41-GM103311). Program nové generace je UCSF ChimeraX.[2]
Obecná strukturní analýza
- automatická identifikace atomu
- přidání vodíku a přiřazení částečného náboje
- vysoká kvalita vodíková vazba, detekce kontaktu a střetu
- měření: vzdálenosti, úhly, povrchová plocha, objem
- výpočet těžišť, os, rovin a souvisejících měření
- knihovny aminokyselin rotamer, protein Ramachandran spiknutí, protein mapa kontaktů
- budování struktury a rotace vazby
- molekulární dynamika přehrávání trajektorie (mnoho formátů), diagramy vzdálenosti a úhlu
- morfování mezi konformacemi proteinu nebo dokonce různých proteinů
- zobrazení atributů (B-faktor, hydrofobnost atd.) s barvami, poloměry, "červy"
- snadné vytváření vlastních atributů s jednoduchými vstupy textových souborů
- Nástroj ViewDock k usnadnění interního prověřování výsledků dokování
- bohatá sada příkazů, výkonná syntaxe specifikací
- mnoho formátů přečteno, PDB a Mol2 napsáno
- Web a načíst z Proteinová datová banka, KOCOUR nebo SCOP (domény), EDS (mapy hustoty), EMDB (mapy hustoty), ModBase (srovnávací modely), CASTp (měření proteinových kapes), Pub3D (struktury s malými molekulami), VIPERdb (ikosahedrální virové kapsidy), UniProt (proteinové sekvence s anotacemi funkcí), další
- rozhraní k PDB2PQR přiřazení náboje / poloměru, APBS elektrostatické výpočty, AutoDock Vina jeden ligand dokování
Prezentační obrázky a filmy
- obrázky ve vysokém rozlišení
- vizuální efekty včetně hloubkového narážky, interaktivních stínů, okrajů siluet, vícebarevného pozadí
- standardní molekulární reprezentace (tyčinky, koule, pásky, molekulární povrchy)
- trubky a prkna pro spirály a prameny; nukleotidové objekty včetně lízátek a příček žebříku
- elipsoidy, které ukazují anizotropní B-faktory
- nemolekulární geometrické objekty
- vykreslování map hustoty a dalších objemových dat (viz níže)
- popisek s textem, symboly, šipky, barevné klávesy
- různé struktury lze připnout různě a v libovolném úhlu
- volitelně raytracing s balíčkem POV-Ray
- export scény do X3D a další formáty
- jednoduché grafické rozhraní pro interaktivní vytváření filmů
- scény lze umístit jako klíčové snímky podél časové osy animace
- alternativně lze filmový obsah a záznam skriptovat; bohatá sada souvisejících příkazů
- záznam filmu je integrován s proměňováním a přehráváním trajektorie MD
Nástroje objemových dat
- mnoho formátů objemových datových map (elektronová hustota, elektrostatický potenciál, další) přečteno, několik písemných
- interaktivní nastavení prahové hodnoty, více isosurfaces (mesh nebo solid), transparentní rendering
- přizpůsobení atomových souřadnic mapám a mapám map
- mapy hustoty lze vytvořit z atomových souřadnic
- značky lze umístit do map a spojit s hladkými cestami
- zobrazení jednotlivých datových rovin nebo více ortogonálních rovin
- přehrávání a morfování časových řad objemových dat
- mnoho nástrojů pro segmentaci a úpravy map
- Gaussovo vyhlazování, Fourierova transformace, další filtrování a normalizace
- měření: povrchová plocha, objem uzavřený povrchem, symetrie mapy, další
Nástroje pro sekvenční strukturu
- mnoho zarovnání sekvence čtené, psané formáty
- lze vytvořit, upravit zarovnání sekvence
- sekvence se automaticky přidruží ke strukturám
- přeslech se sekvenční strukturou: zvýraznění v jednom zvýrazní druhé
- protein VÝBUCH vyhledávání pomocí webové služby
- vícenásobné zarovnání sekvence přes Clustal Omega a SVAL webové služby
- rozhraní k MODELÁŘ pro modelování homologie a vytváření smyček
- superpozice struktury s nebo bez již existujícího zarovnání sekvence
- generování zarovnání sekvencí založených na struktuře z více superpozic
- několik metod pro výpočet zachování a zobrazení hodnot na přidružených strukturách
- Záhlaví RMSD (histogram nad sekvencemi) zobrazující prostorovou variabilitu přidružených struktur
- uživatelem definované hlavičky včetně histogramů a barevných symbolů
- UniProt a CDD anotace prvků zobrazené jako barevné rámečky na sekvencích
- čteny / zobrazovány stromy ve formátu Newick
Viz také
- Seznam systémů molekulární grafiky
- Molekulární modelování
- Molekulární grafika
- Molekulární dynamika
- Editor molekul
- Software pro modelování molekulární mechaniky
Reference
- ^ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Gauč, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). „UCSF Chimera - vizualizační systém pro průzkumný výzkum a analýzu“. J Comput Chem. 25 (13): 1605–12. doi:10.1002 / jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.
- ^ Goddard, T. D .; Huang, C. C .; Meng, E. C .; Pettersen, E. F .; Couch, G. S .; Morris, J. H .; Ferrin, T. E. (2017). „UCSF chimerax: řešení moderních výzev ve vizualizaci a analýze“. Věda o bílkovinách. 27 (1): 14–25. doi:10.1002 / pro.3235. PMC 5734306. PMID 28710774.