UBE2D1 - UBE2D1

UBE2D1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2C4P, 2YHO, 3OJ4, 3PTF, 4AP4, 4QPL, 5FER
Identifikátory
Aliasy	UBE2D1, E2 (17) KB1, SFT, UBC4 / 5, UBCH5, UBCH5A, enzym konjugující ubikvitin E2 D1
Externí ID	OMIM: 602961 MGI: 2384911 HomoloGene: 20714 Genové karty: UBE2D1
EC číslo	2.3.2.24
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 10 (lidský)
Konec	58,370,751 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 10 (myš)
Konec	71,285,262 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • aktivita transferázy; • aktivita enzymu konjugujícího ubikvitin; • ATP vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita ubikvitin-protein transferázy; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy;
Buněčná složka	• cytoplazma; • nukleoplazma; • cytosol; • komplex ubikvitin ligázy; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• ubikvitinace spojená s proteinem K48; • Signální dráha BMP; • polyubikvitinace bílkovin; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • komplexně závislý katabolický proces podporující anafázu; • pozitivní regulace ubikvitinace bílkovin; • ubikvitin-dependentní proteinový katabolický proces; • ubikvitinace bílkovin; • deubikvitinace bílkovin; • pozitivní regulace polyubikvitinace bílkovin; • cílení proteinů na peroxisom; • regulace fázového přechodu mitotického buněčného cyklu; • MyD88 nezávislá signální dráha receptoru podobného mýtnému; • Signální dráha mýtného receptoru závislá na TRIF;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	7321
	216080
	ENSG00000072401
	ENSMUSG00000019927
	P51668
	P61080
	NM_003338; NM_001204880
	NM_145420
	NP_001191809; NP_003329
	NP_663395
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Enzym konjugující s ubikvitinem E2 D1 je protein že u lidí je kódován UBE2D1 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Modifikace proteinů ubikvitinem je důležitým buněčným mechanismem pro zacílení abnormálních nebo krátkodobých proteinů na degradaci. Ubikvitinace zahrnuje alespoň tři třídy enzymů: enzymy aktivující ubikvitin nebo El, enzymy konjugující ubikvitin nebo E2 a ligandy ubikvitin-protein nebo E3. Tento gen kóduje člena rodiny enzymů konjugujících s E2 ubikvitinem. Tento enzym úzce souvisí se stimulátorem transportu železa (SFT) a je up-regulován při dědičné hemochromatóze. Funguje také při ubikvitinaci tumor-supresorového proteinu p53 a hypoxií indukovatelného transkripčního faktoru HIF1alfa interakcí s E1 ubikvitin-aktivujícím enzymem a E3 ubikvitin-proteinovými ligázami.^[7]

Interakce

UBE2D1 bylo prokázáno komunikovat s:

BARD1,^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]
BRCA1,^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]^[16]^[17] a
UBE3A.^[18]^[19]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000072401 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019927 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Robinson PA, Leek JP, Ardley HC, Thompson J, Rose SA, Markham AF (březen 1999). "Přiřazení UBE2D1 k pásmům lidských chromozomů 10q11.2 → q21 hybridizací in situ". Cytogenet Cell Genet. 83 (3–4): 247–8. doi:10.1159/000015195. PMID 10072594. S2CID 3059748.
^ Jensen JP, Bates PW, Yang M, Vierstra RD, Weissman AM (leden 1996). „Identifikace rodiny blízce příbuzných enzymů konjugujících s lidským ubikvitinem“. J Biol Chem. 270 (51): 30408–14. doi:10.1074 / jbc.270.51.30408. PMID 8530467.
^ ^A ^b „Entrez Gene: UBE2D1 ubikvitin-konjugující enzym E2D 1 (homolog UBC4 / 5, kvasnice)“.
^ ^A ^b Mallery DL, Vandenberg CJ, Hiom K (prosinec 2002). „Aktivace funkce E3 ligázy komplexu BRCA1 / BARD1 polyubikvitinovými řetězci“. EMBO J.. 21 (24): 6755–62. doi:10.1093 / emboj / cdf691. PMC 139111. PMID 12485996.
^ ^A ^b Kentsis A, Gordon RE, Borden KL (listopad 2002). „Řízení biochemických reakcí prostřednictvím supramolekulární samovolné montáže domény RING“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (24): 15404–9. doi:10.1073 / pnas.202608799. PMC 137729. PMID 12438698.
^ ^A ^b Chen A, Kleiman FE, Manley JL, Ouchi T, Pan ZQ (červen 2002). „Autoubikvitinace ubikvitin ligázy BRCA1 * BARD1 RING“. J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. doi:10,1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.
^ ^A ^b Dong Y, Hakimi MA, Chen X, Kumaraswamy E, Cooch NS, Godwin AK, Shiekhattar R (listopad 2003). „Regulace BRCC, komplexu holoenzymu obsahujícího BRCA1 a BRCA2, podjednotkou podobnou signalosomu a její role při opravě DNA“. Mol. Buňka. 12 (5): 1087–99. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00424-6. PMID 14636569.
^ ^A ^b Sato K, Hayami R, Wu W, Nishikawa T, Nishikawa H, Okuda Y, Ogata H, Fukuda M, Ohta T (červenec 2004). „Nucleophosmin / B23 je kandidátským substrátem pro ubikvitin ligázu BRCA1-BARD1“. J. Biol. Chem. 279 (30): 30919–22. doi:10.1074 / jbc.C400169200. PMID 15184379.
^ ^A ^b Wu-Baer F, Lagrazon K, Yuan W, Baer R (září 2003). „Heterodimer BRCA1 / BARD1 sestavuje polyubikvitinové řetězce nekonvenční vazbou zahrnující lysinový zbytek K6 ubikvitinu“. J. Biol. Chem. 278 (37): 34743–6. doi:10,1074 / jbc.C300249200. PMID 12890688.
^ ^A ^b Vandenberg CJ, Gergely F, Ong CY, Pace P, Mallery DL, Hiom K, Patel KJ (červenec 2003). "BRCA1 nezávislé ubikvitinace FANCD2". Mol. Buňka. 12 (1): 247–54. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00281-8. PMID 12887909.
^ ^A ^b Hashizume R, Fukuda M, Maeda I, Nishikawa H, Oyake D, Yabuki Y, Ogata H, Ohta T (květen 2001). „RING heterodimer BRCA1-BARD1 je ubikvitinová ligáza inaktivovaná mutací odvozenou od rakoviny prsu“. J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. doi:10,1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.
^ Brzovic PS, Keeffe JR, Nishikawa H, Miyamoto K, Fox D, Fukuda M, Ohta T, Klevit R (květen 2003). "Vazba a rozpoznávání při sestavování aktivního komplexu ubikvitin-ligázy BRCA1 / BARD1". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (10): 5646–51. doi:10.1073 / pnas.0836054100. PMC 156255. PMID 12732733.
^ Nishikawa H, Ooka S, Sato K, Arima K, Okamoto J, Klevit RE, Fukuda M, Ohta T (únor 2004). „Hmotnostní spektrometrická a mutační analýza odhalila polyubikvitinové řetězce vázané na Lys-6 katalyzované ubikvitinovou ligázou BRCA1-BARD1“. J. Biol. Chem. 279 (6): 3916–24. doi:10,1074 / jbc.M308540200. PMID 14638690.
^ Nuber U, Schwarz S, Kaiser P, Schneider R, Scheffner M (únor 1996). „Klonování lidských ubikvitin-konjugujících enzymů UbcH6 a UbcH7 (E2-F1) a charakterizace jejich interakce s E6-AP a RSP5“. J. Biol. Chem. 271 (5): 2795–800. doi:10.1074 / jbc.271.5.2795. PMID 8576257.
^ Nuber U, Scheffner M (březen 1999). „Identifikace determinantů v E2 ubikvitin-konjugujících enzymech požadovaných pro interakci hek E3 ubikvitin-protein ligáza“. J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. doi:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.

Další čtení

Scheffner M, Huibregtse JM, Howley PM (1994). „Identifikace lidského enzymu konjugujícího s ubikvitinem, který zprostředkovává ubikvitinaci p53 závislou na E6-AP“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (19): 8797–801. doi:10.1073 / pnas.91.19.8797. PMC 44693. PMID 8090726.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Hatakeyama S, Jensen JP, Weissman AM (1997). „Subcelulární lokalizace a interakce s ubikvitinem konjugujícím enzymem (E2) ubiquitinových proteinových ligáz savčí rodiny HECT“. J. Biol. Chem. 272 (24): 15085–92. doi:10.1074 / jbc.272.24.15085. PMID 9182527.
Gutierrez JA, Yu J, Rivera S, Wessling-Resnick M (1997). „Funkční klonování výrazů a charakterizace SFT, stimulátoru přenosu Fe“. J. Cell Biol. 139 (4): 895–905. doi:10.1083 / jcb.139.4.895. PMC 2139974. PMID 9362508.
Gutierrez JA, Yu J, Wessling-Resnick M (1999). "Charakterizace a chromozomální mapování lidského genu pro SFT, stimulátor transportu Fe". Biochem. Biophys. Res. Commun. 253 (3): 739–42. doi:10.1006 / bbrc.1998.9836. PMID 9918797.
Nuber U, Scheffner M (1999). "Identifikace determinantů v E2 ubikvitin-konjugujících enzymech požadovaných pro interakci hek E3 ubikvitin-protein ligáza". J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. doi:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.
Kamura T, Sato S, Iwai K, Czyzyk-Krzeska M, Conaway RC, Conaway JW (2000). „Aktivace ubikvitinace HIF1α rekonstituovaným von Hippel-Lindau (VHL) komplexem potlačujícím nádory“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (19): 10430–5. doi:10.1073 / pnas.190332597. PMC 27041. PMID 10973499.
Pringa E, Martinez-Noel G, Muller U, Harbers K (2001). „Interakce motivu prstencového U-boxu proteinu jaderné tečky s enzymy konjugujícími ubikvitin“. J. Biol. Chem. 276 (22): 19617–23. doi:10,1074 / jbc.M100192200. PMID 11274149.
Hashizume R, Fukuda M, Maeda I, Nishikawa H, Oyake D, Yabuki Y, Ogata H, Ohta T (2001). „RING heterodimer BRCA1-BARD1 je ubikvitinová ligáza inaktivovaná mutací odvozenou od rakoviny prsu“. J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. doi:10,1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.
Matsuzawa SI, Reed JC (2001). „Siah-1, SIP a Ebi spolupracují na nové cestě degradace beta-kateninu spojené s odpověďmi p53“. Mol. Buňka. 7 (5): 915–26. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00242-8. PMID 11389839.
Jiang J, Ballinger CA, Wu Y, Dai Q, Cyr DM, Höhfeld J, Patterson C (2001). „CHIP je U-box-dependentní E3 ubikvitinová ligáza: identifikace Hsc70 jako cíle pro ubikvitylaci“. J. Biol. Chem. 276 (46): 42938–44. doi:10,1074 / jbc.M101968200. PMID 11557750.
Chen A, Kleiman FE, Manley JL, Ouchi T, Pan ZQ (2002). „Autoubikvitinace ubikvitin ligázy BRCA1 * BARD1 RING“. J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. doi:10,1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.
Badciong JC, Haas AL (2003). „MdmX je ubikvitinová ligáza prstenu RING schopná synergicky zvýšit ubikvitinaci Mdm2“. J. Biol. Chem. 277 (51): 49668–75. doi:10,1074 / jbc.M208593200. PMID 12393902.
Kentsis A, Gordon RE, Borden KL (2003). „Kontrola biochemických reakcí prostřednictvím supramolekulárního samovolného sestavování domény RING“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (24): 15404–9. doi:10.1073 / pnas.202608799. PMC 137729. PMID 12438698.
Gehrke SG, Riedel HD, Herrmann T, Hadaschik B, Bents K, Veltkamp C, Stremmel W (2003). „UbcH5A, člen lidských konjugujících enzymů s E2 ubikvitinem, úzce souvisí s SFT, stimulátorem transportu železa, a je up-regulován u dědičné hemochromatózy.“. Krev. 101 (8): 3288–93. doi:10.1182 / krev-2002-07-2192. PMID 12480712.
Mallery DL, Vandenberg CJ, Hiom K (2004). „Aktivace funkce E3 ligázy komplexu BRCA1 / BARD1 pomocí polyubikvitinových řetězců“. EMBO J.. 21 (24): 6755–62. doi:10.1093 / emboj / cdf691. PMC 139111. PMID 12485996.
Takeyama K, Aguiar RC, Gu L, He C, Freeman GJ, Kutok JL, Aster JC, Shipp MA (2003). „BAL vázající protein BBAP a příbuzní členové rodiny Deltex vykazují aktivitu isopeptidové ligázy ubikvitin-protein“. J. Biol. Chem. 278 (24): 21930–7. doi:10,1074 / jbc.M301157200. PMID 12670957.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000072401 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000019927 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10072594-5] Robinson PA, Leek JP, Ardley HC, Thompson J, Rose SA, Markham AF (březen 1999). "Přiřazení UBE2D1 k pásmům lidských chromozomů 10q11.2 → q21 hybridizací in situ". Cytogenet Cell Genet. 83 (3–4): 247–8. doi:10.1159/000015195. PMID 10072594. S2CID 3059748.

[pmid8530467-6] Jensen JP, Bates PW, Yang M, Vierstra RD, Weissman AM (leden 1996). „Identifikace rodiny blízce příbuzných enzymů konjugujících s lidským ubikvitinem“. J Biol Chem. 270 (51): 30408–14. doi:10.1074 / jbc.270.51.30408. PMID 8530467.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: UBE2D1 ubikvitin-konjugující enzym E2D 1 (homolog UBC4 / 5, kvasnice)“.

[pmid12485996-8] A ^b Mallery DL, Vandenberg CJ, Hiom K (prosinec 2002). „Aktivace funkce E3 ligázy komplexu BRCA1 / BARD1 polyubikvitinovými řetězci“. EMBO J.. 21 (24): 6755–62. doi:10.1093 / emboj / cdf691. PMC 139111. PMID 12485996.

[pmid12438698-9] A ^b Kentsis A, Gordon RE, Borden KL (listopad 2002). „Řízení biochemických reakcí prostřednictvím supramolekulární samovolné montáže domény RING“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (24): 15404–9. doi:10.1073 / pnas.202608799. PMC 137729. PMID 12438698.

[pmid11927591-10] A ^b Chen A, Kleiman FE, Manley JL, Ouchi T, Pan ZQ (červen 2002). „Autoubikvitinace ubikvitin ligázy BRCA1 * BARD1 RING“. J. Biol. Chem. 277 (24): 22085–92. doi:10,1074 / jbc.M201252200. PMID 11927591.

[pmid14636569-11] A ^b Dong Y, Hakimi MA, Chen X, Kumaraswamy E, Cooch NS, Godwin AK, Shiekhattar R (listopad 2003). „Regulace BRCC, komplexu holoenzymu obsahujícího BRCA1 a BRCA2, podjednotkou podobnou signalosomu a její role při opravě DNA“. Mol. Buňka. 12 (5): 1087–99. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00424-6. PMID 14636569.

[pmid15184379-12] A ^b Sato K, Hayami R, Wu W, Nishikawa T, Nishikawa H, Okuda Y, Ogata H, Fukuda M, Ohta T (červenec 2004). „Nucleophosmin / B23 je kandidátským substrátem pro ubikvitin ligázu BRCA1-BARD1“. J. Biol. Chem. 279 (30): 30919–22. doi:10.1074 / jbc.C400169200. PMID 15184379.

[pmid12890688-13] A ^b Wu-Baer F, Lagrazon K, Yuan W, Baer R (září 2003). „Heterodimer BRCA1 / BARD1 sestavuje polyubikvitinové řetězce nekonvenční vazbou zahrnující lysinový zbytek K6 ubikvitinu“. J. Biol. Chem. 278 (37): 34743–6. doi:10,1074 / jbc.C300249200. PMID 12890688.

[pmid12887909-14] A ^b Vandenberg CJ, Gergely F, Ong CY, Pace P, Mallery DL, Hiom K, Patel KJ (červenec 2003). "BRCA1 nezávislé ubikvitinace FANCD2". Mol. Buňka. 12 (1): 247–54. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00281-8. PMID 12887909.

[pmid11278247-15] A ^b Hashizume R, Fukuda M, Maeda I, Nishikawa H, Oyake D, Yabuki Y, Ogata H, Ohta T (květen 2001). „RING heterodimer BRCA1-BARD1 je ubikvitinová ligáza inaktivovaná mutací odvozenou od rakoviny prsu“. J. Biol. Chem. 276 (18): 14537–40. doi:10,1074 / jbc.C000881200. PMID 11278247.

[pmid12732733-16] Brzovic PS, Keeffe JR, Nishikawa H, Miyamoto K, Fox D, Fukuda M, Ohta T, Klevit R (květen 2003). "Vazba a rozpoznávání při sestavování aktivního komplexu ubikvitin-ligázy BRCA1 / BARD1". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (10): 5646–51. doi:10.1073 / pnas.0836054100. PMC 156255. PMID 12732733.

[pmid14638690-17] Nishikawa H, Ooka S, Sato K, Arima K, Okamoto J, Klevit RE, Fukuda M, Ohta T (únor 2004). „Hmotnostní spektrometrická a mutační analýza odhalila polyubikvitinové řetězce vázané na Lys-6 katalyzované ubikvitinovou ligázou BRCA1-BARD1“. J. Biol. Chem. 279 (6): 3916–24. doi:10,1074 / jbc.M308540200. PMID 14638690.

[pmid8576257-18] Nuber U, Schwarz S, Kaiser P, Schneider R, Scheffner M (únor 1996). „Klonování lidských ubikvitin-konjugujících enzymů UbcH6 a UbcH7 (E2-F1) a charakterizace jejich interakce s E6-AP a RSP5“. J. Biol. Chem. 271 (5): 2795–800. doi:10.1074 / jbc.271.5.2795. PMID 8576257.

[pmid10066826-19] Nuber U, Scheffner M (březen 1999). „Identifikace determinantů v E2 ubikvitin-konjugujících enzymech požadovaných pro interakci hek E3 ubikvitin-protein ligáza“. J. Biol. Chem. 274 (11): 7576–82. doi:10.1074 / jbc.274.11.7576. PMID 10066826.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]