UFM1 - UFM1
Modifikátor skládání ubikvitinu 1, také známý jako UFM1, je protein který je u lidí kódován UFM1 gen.[5][6]
UFM1 je a ubikvitin podobný protein, který je konjugován k cílovým proteinům aktivačním enzymem podobným El UBA5 a konjugační enzym podobný E2 UFC1.[6] Tento proces se často označuje jako UFMylation.[7]
Funkce
UFM1 sdílí několik společných vlastností s ubikvitin (Ub) a další ubikvitin podobné proteiny (UBL). Ufm1 má podobné terciární struktura Ub, ale postrádá jakékoli zjevné sekvenční podobnost. Je syntetizován jako neaktivní prekurzorová forma (pro-Ufm1), která má kromě konzervovaného glycinu další 2 aminokyseliny. Mechanismus Ufm1 časování je podobný jako ubiquitin. Zralý Ufm1 má vystaven C-terminál glycin což je nezbytné pro následnou aktivaci jeho příbuzným proteinem E1 (Uba5). Tento aktivační krok vede k vytvoření vysokoenergetické thiolesterové vazby v přítomnosti ATP. Ufm1 je následně přenesen na svůj příbuzný enzym podobný E2 (Ufc1) prostřednictvím podobného thioester propojení s a cystein na aktivním místě E2. Ufm1 je konjugován s řadou cílových proteinů a tvoří komplexy s dosud neidentifikovanými proteiny. Pravděpodobně tedy existují E3 ligázy (žádné dosud nebyly identifikovány) k provedení posledního kroku v konjugaci Ufm1 s příslušnými cíli. Modifikace proteinů pomocí Ufm1 je také reverzibilní. Dva romány cysteinové proteázy byly dosud identifikovány (UFSP1 a UFSP2 ), který štěpí C-koncové fúze peptidu Ufm1 a také odstraňuje Ufm1 z nativních intracelulárních konjugátů. Tyto proteázy nemají zjevnou homologii s enzymy dekonjugujícími ubikvitin. Proteiny pro konjugaci Ufm1 (Uba5, Ufc1 a Ufm1) jsou všechny konzervovány u zvířat a rostlin (ale ne u kvasinek), což naznačuje důležité role v mnohobuněčných organismech. Přesná role modifikace Ufm1 in vivo zatím není známa[8], ale zdá se, že primární cíl je uL24 / RPL26 v lidských buňkách.[7]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000120686 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027746 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Entrez Gene: UFM1 ubikvitin-násobný modifikátor 1“.
- ^ A b Komatsu M, Chiba T, Tatsumi K, Iemura S, Tanida I, Okazaki N, Ueno T, Kominami E, Natsume T, Tanaka K (květen 2004). „Nový systém konjugující protein pro Ufm1, modifikátor skládání ubikvitinu“. EMBO J.. 23 (9): 1977–86. doi:10.1038 / sj.emboj.7600205. PMC 404325. PMID 15071506.
- ^ A b Walczak, Christopher P .; Leto, Dara E .; Zhang, Lichao; Riepe, Celeste; Muller, Ryan Y .; DaRosa, Paul A .; Ingolia, Nicholas T .; Elias, Joshua E .; Kopito, Ron R. (01.01.2019). „Ribozomální protein RPL26 je hlavním cílem UFMylace“. Sborník Národní akademie věd. Sborník Národní akademie věd. 116 (4): 1299–1308. doi:10.1073 / pnas.1816202116. ISSN 0027-8424.
- ^ „Přehled Boston Biochem UFM1“. Archivovány od originál dne 15. října 2007. Citováno 2008-05-21.
Další čtení
- Zhang QH, Ye M, Wu XY a kol. (2001). „Klonování a funkční analýza cDNA s otevřenými čtecími rámečky pro 300 dříve nedefinovaných genů exprimovaných v buňkách hematopoetických kmenových / progenitorových buněk CD34 +“. Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10,1101 / gr. 140200. PMC 310934. PMID 11042152.
- Yu Y, Zhang C, Zhou G a kol. (2001). „Profilování genové exprese v lidských fetálních játrech a identifikace genů specifických pro tkáň a vývojovou fázi prostřednictvím kompilovaných profilů exprese a účinného klonování cDNA plné délky“. Genome Res. 11 (8): 1392–403. doi:10,1101 / gr.175501. PMC 311073. PMID 11483580.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Dunham A, Matthews LH, Burton J a kol. (2004). „Sekvence DNA a analýza lidského chromozomu 13“. Příroda. 428 (6982): 522–8. doi:10.1038 / nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
- Komatsu M, Chiba T, Tatsumi K a kol. (2005). „Nový systém konjugující protein pro Ufm1, modifikátor skládání ubikvitinu“. EMBO J.. 23 (9): 1977–86. doi:10.1038 / sj.emboj.7600205. PMC 404325. PMID 15071506.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Sasakawa H, Sakata E, Yamaguchi Y a kol. (2006). "Struktura řešení a dynamika Ufm1, modifikátoru ubikvitin-násobku 1". Biochem. Biophys. Res. Commun. 343 (1): 21–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2006.02.107. PMID 16527251.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F a kol. (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.
externí odkazy
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P61960 (Modifikátor lidského ubikvitinu 1) na PDBe-KB.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
 | Tento článek o gen na lidský chromozom 13 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |