Sestřih RNA - RNA splicing
![]() | tento článek může být pro většinu čtenářů příliš technická na to, aby tomu rozuměli. Prosím pomozte to vylepšit na aby to bylo srozumitelné pro neodborníky, aniž by byly odstraněny technické podrobnosti. (Prosinec 2016) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Sestřih RNA, v molekulární biologie, je forma zpracování RNA, ve které nově vyrobené prekurzorová poselská RNA (před-mRNA ) přepis se transformuje na zralá poselská RNA (mRNA ). Během sestřihu introny (nekódující oblasti) jsou odstraněny a exony (kódující oblasti) jsou spojeny dohromady. Pro nukleárně kódované geny, spojování probíhá uvnitř jádro buď během, nebo bezprostředně po něm transkripce. Pro ty eukaryotické geny které obsahují introny, je obvykle zapotřebí sestřih, aby se vytvořila molekula mRNA, která může být přeloženo do bílkoviny. U mnoha eukaryotických intronů se sestřih provádí v sérii reakcí, které jsou katalyzovány spliceosome, komplex malých jaderných ribonukleoproteinů (snRNP ). Samospojovací introny nebo ribozymy schopné katalyzovat vlastní excizi z jejich mateřské molekuly RNA.

Spojovací cesty
V přírodě se vyskytuje několik metod sestřihu RNA; typ sestřihu závisí na struktuře sestříhaného intronu a katalyzátory potřebné pro spojení.
Spliceosomální komplex
Introny
Slovo intron je odvozen z termínů intragenní oblast,[1] a intracistron,[2] tj. segment DNA, který se nachází mezi dvěma exony a gen. Termín intron označuje jak sekvenci DNA v genu, tak odpovídající sekvenci v nezpracovaném transkriptu RNA. Jako součást dráhy zpracování RNA jsou introny odstraněny sestřihem RNA buď krátce poté nebo souběžně s transkripce.[3] Introny se nacházejí v genech většiny organismů a mnoha virů. Mohou být lokalizovány v široké škále genů, včetně těch, které generují bílkoviny, ribozomální RNA (rRNA) a přenos RNA (tRNA).[4]
V rámci intronů je pro sestřih zapotřebí donorové místo (5 'konec intronu), odbočné místo (blízko 3' konce intronu) a akceptorové místo (3 'konec intronu). Místo donoru sestřihu obsahuje téměř neměnnou sekvenci GU na 5 'konci intronu ve větší, méně vysoce konzervované oblasti. Akceptorové místo sestřihu na 3 'konci intronu zakončuje intron téměř invariantní sekvencí AG. Upstream (5'-ward) od AG je region vysoko v pyrimidiny (C a U) nebo polypyrimidinový trakt. Dále proti proudu od polypyrimidinového traktu je odbočka, která zahrnuje adenin nukleotid podílející se na tvorbě lariátu.[5][6] The konsensuální sekvence pro intron (v IUPAC notace nukleových kyselin ) je: GG- [cut] -GURAGU (donorové místo) ... intronová sekvence ... YURAC (větvená sekvence 20-50 nukleotidů před akceptorovým místem) ... Y-rich-NCAG- [cut] -G ( přijímající stránka).[7] Je však třeba poznamenat, že specifická sekvence prvků intronového sestřihu a počet nukleotidů mezi bodem větvení a nejbližším 3 'akceptorovým místem ovlivňují výběr místa sestřihu.[8][9] Také bodové mutace v podkladové DNA nebo chyby během transkripce mohou aktivovat a záhadný spojovací web v části přepisu, který obvykle není spojen. Výsledkem je a zralá poselská RNA s chybějící částí exonu. Tímto způsobem a bodová mutace, které by jinak mohly ovlivnit pouze jednu aminokyselinu, se mohou projevit jako vymazání nebo zkrácení v konečném proteinu.

Formace a aktivita
Spojování je katalyzováno spliceosome, velký komplex RNA-protein složený z pěti malých jaderných ribonukleoproteinů (snRNP ). Sestavení a aktivita spliceosomu nastává během transkripce pre-mRNA. Složky RNA snRNP interagují s intronem a podílejí se na katalýze. Byly identifikovány dva typy spliceosomů (hlavní a vedlejší), které obsahují různé snRNP.
- The hlavní spliceosom spojuje introny obsahující GU na 5 'spojovacím místě a AG na 3' spojovacím místě. Skládá se z U1, U2, U4, U5, a U6 snRNP a je aktivní v jádře. Kromě toho řada proteinů včetně U2 malý nukleární RNA pomocný faktor 1 (U2AF35), U2AF2 (U2AF65)[10] a SF1 jsou potřebné pro sestavení spliceosomu.[6][11] Spliceosome během procesu sestřihu tvoří různé komplexy:[12]
- Komplex E.
- U1 snRNP se váže na sekvenci GU v místě 5 'sestřihu intronu;
- Faktor sestřihu 1 váže se na sekvenci větvicího bodu intronu;
- U2AF1 se váže na 3 'spojovacím místě intronu;
- U2AF2 váže se na polypyrimidinový trakt;[13]
- Komplex E.
- Komplex A (pre-spliceosom)
- U2 snRNP vytěsňuje SF1 a váže se na sekvenci větvících bodů a ATP se hydrolyzuje;
- Komplex A (pre-spliceosom)
- Komplex B (předkatalytický spliceosom)
- Trimer U5 / U4 / U6 snRNP se váže a U5 snRNP se váže na exony na 5 'místě s vazbou U6 na U2;
- Komplex B (předkatalytický spliceosom)
- Komplex B *
- U1 snRNP je uvolněn, U5 se posune z exonu na intron a U6 se váže na 5 'spojovacím místě;
- Komplex B *
- Komplex C (katalytický spliceosom)
- U4 se uvolňuje, U6 / U2 katalyzuje transesterifikaci, čímž se 5'-konec intronového ligátu k A na intronu vytváří larita, U5 se váže na exon na 3 'místě sestřihu a 5' místo se štěpí, což vede k tvorba lariatu;
- Komplex C (katalytický spliceosom)
- Komplex C * (post-spliceosomální komplex)
- U2 / U5 / U6 zůstávají navázány na lariat a 3 'místo je štěpeno a exony jsou ligovány pomocí ATP hydrolýzy. Spojená RNA je uvolněna, larát je uvolněn a degradován,[14] a snRNP jsou recyklovány.
- Komplex C * (post-spliceosomální komplex)
- Tento typ spojování se nazývá kanonický sestřih nebo nazval Lariatova cesta, což představuje více než 99% sestřihu. Naopak, když intronické doprovodné sekvence nedodržují pravidlo GU-AG, nekanonické spojování prý dochází (viz „minor spliceosome“ níže).[15]
- The menší spliceosom je velmi podobný hlavnímu spliceosomu, ale místo toho spojuje vzácné introny s různými sekvencemi místa sestřihu. Zatímco menší a hlavní spliceosomy obsahují stejnou U5 snRNP, minoritní spliceosom má různé, ale funkčně analogické snRNP pro U1, U2, U4 a U6, které se nazývají U11, U12, U4atac, a U6atac.[16]
Rekurzivní sestřih
Ve většině případů sestřih odstraní introny jako jednotlivé jednotky z předchůdce mRNA přepisy. V některých případech, zejména v mRNA s velmi dlouhými introny, se však spojování děje v krocích, přičemž část intronu je odstraněna a zbývající intron je sestřižen v následujícím kroku. Toto bylo nalezeno jako první v Ultrabithorax (Ubx) gen ovocné mušky, Drosophila melanogaster a několik dalších Drosophila geny, ale byly hlášeny také případy u lidí.[17][18]
Trans-sestřih
Trans-sestřih je forma sestřihu, která odstraňuje introny nebo outrons a spojuje dva exony, které nejsou ve stejném transkriptu RNA.[19]
Self-sestřih
Self-sestřih vyskytuje se pro vzácné introny, které tvoří a ribozym, vykonávající funkce spliceosomu samotnou RNA. Existují tři druhy samospojovacích intronů, Skupina I, Skupina II a Skupina III. Introny skupiny I a II provádějí sestřih podobný spliceosomu bez nutnosti jakéhokoli proteinu. Tato podobnost naznačuje, že introny skupiny I a II mohou evolučně souviset se spliceosomem. Samosestavování může být také velmi staré a mohlo existovat v Svět RNA přítomný před proteinem.
Mechanismus, ve kterém jsou spojeny introny skupiny I, charakterizují dvě transesterifikace:
- 3'OH volného guaninového nukleosidu (nebo jednoho umístěného v intronu) nebo nukleotidového kofaktoru (GMP, GDP, GTP) napadá fosfát v místě 5 'sestřihu.
- 3'OH z 5 'exonu se stává nukleofilem a druhá transesterifikace vede ke spojení dvou exonů.
Mechanismus, ve kterém jsou introny skupiny II spojeny (dvě transesterifikační reakce jako introny skupiny I), je následující:
- 2'OH specifického adenosinu v intronu napadá 5 'spojovací místo, čímž vytváří laso
- 3'OH 5 'exonu spouští druhou transesterifikaci na místě 3' sestřihu, čímž spojuje exony dohromady.
Spojení tRNA
tRNA Sestřih (rovněž podobný tRNA) je další vzácná forma sestřihu, která se obvykle vyskytuje v tRNA. Sestřihová reakce zahrnuje jinou biochemii než spliceozomální a samostřihovací dráhy.
V droždí Saccharomyces cerevisiae, sestřih kvasinkové tRNA endonukleáza heterotetramer, složený z TSEN54, TSEN2, TSEN34, a TSEN15 štěpí pre-tRNA na dvou místech v akceptorové smyčce za vzniku 5'-poloviční tRNA zakončené 2 ', 3'-cyklickou fosfodiesterovou skupinou a 3'-poloviční tRNA zakončenou 5'-hydroxylovou skupinou , spolu s vyřazeným intronem.[20] Kvasinková tRNA kináza poté fosforyluje 5'-hydroxylovou skupinu za použití adenosintrifosfát. Kvasinková tRNA cyklická fosfodiesteráza štěpí cyklickou fosfodiesterovou skupinu za vzniku 2'-fosforylovaného 3 'konce. Kvasinková tRNA ligáza přidává adenosinmonofosfát seskupte na 5 'konec 3'-poloviny a spojte obě poloviny dohromady.[21] NAD-dependentní 2'-fosfotransferáza poté odstraní 2'-fosfátovou skupinu.[22][23]
Vývoj
K sestřihu dochází ve všech království nebo domén života však rozsah a typy sestřihu mohou být mezi hlavními divizemi velmi odlišné. Eukaryoty spojte mnoho kódování bílkovin messengerové RNA a nějaký nekódující RNA. Prokaryotes, na druhé straně, sestřih zřídka a většinou nekódující RNA. Dalším důležitým rozdílem mezi těmito dvěma skupinami organismů je to, že prokaryotům zcela chybí spliceozomální dráha.
Protože spliceosomální introny nejsou konzervovány u všech druhů, vedou se debaty o tom, kdy se spliceosomální sestřih vyvinul. Byly navrženy dva modely: intronový pozdní a intronový časný model (viz evoluce intronů ).
Eukaryoty | Prokaryotes | |
---|---|---|
Spliceosomální | + | − |
Self-sestřih | + | + |
tRNA | + | + |
Biochemický mechanismus

Spliceosomální sestřih a vlastní sestřih zahrnují dvoustupňový biochemický proces. Oba kroky zahrnují transesterifikace reakce, které se vyskytují mezi nukleotidy RNA. Sestřih tRNA je však výjimkou a nedochází k němu při transesterifikaci.[24]
Spliceosomální a samo-sestřihové transesterifikační reakce probíhají prostřednictvím dvou sekvenčních transesterifikačních reakcí. Nejprve 2'OH konkrétního odbočka nukleotid v intronu, definovaný během montáže spliceosomu, provádí a nukleofilní útok na prvním nukleotidu intronu v místě 5 'sestřihu, tvořící lariat meziprodukt. Zadruhé, 3'OH uvolněného 5 'exonu poté provede elektrofilní útok na první nukleotid následující po posledním nukleotidu intronu v místě 3' sestřihu, čímž se spojí s exony a uvolní intron lariat.[25]
Alternativní sestřih
V mnoha případech může proces sestřihu vytvořit řadu jedinečných proteinů změnou složení exonu stejné mRNA. Tento jev se pak nazývá alternativní sestřih. Alternativní sestřih může nastat mnoha způsoby. Exony mohou být prodlouženy nebo přeskočeny nebo mohou být zachovány introny. Odhaduje se, že 95% transkriptů z multiexonových genů podstoupí alternativní sestřih, z nichž některé se vyskytují tkáňově specifickým způsobem a / nebo za specifických buněčných podmínek.[26] Vývoj vysoce výkonné technologie sekvenování mRNA může pomoci kvantifikovat úrovně exprese alternativně sestříhaných izoforem. Diferenciální úrovně exprese napříč tkáněmi a buněčnými liniemi umožnily vývoj výpočetních přístupů k předpovědi funkcí těchto izoforem.[27][28] Vzhledem k této složitosti je alternativní sestřih transkriptů pre-mRNA regulován systémem trans-působících proteinů (aktivátorů a represorů), které se vážou na cis působící místa nebo „prvky“ (zesilovače a tlumiče) na samotném transkriptu pre-mRNA. Tyto proteiny a jejich příslušné vazebné prvky podporují nebo snižují využití konkrétního místa sestřihu. Vazebná specificita pochází ze sekvence a struktury cis-prvků, např. v HIV-1 existuje mnoho donorových a akceptorových spojovacích míst. Mezi různými spojovacími místy se ssA7, což je 3 'akceptorové místo, skládá do tří struktur kmenové smyčky, tj. Intronic spojovací tlumič (ISS), Exonic spojovací zesilovač (ESE) a Exonic spojovací tlumič (ESSE3). Struktura řešení spojovacího tlumiče Intronic a jeho interakce s hostitelským proteinem hnRNPA1 poskytuje pohled na specifické rozpoznání.[29] Avšak vzhledem ke složitosti alternativního sestřihu je třeba poznamenat, že účinky regulačních faktorů jsou mnohokrát závislé na poloze. Například sestřihový faktor, který slouží jako aktivátor sestřihu, když je vázán na prvek zesilovače intronu, může sloužit jako represor, když je vázán na svůj sestřihový prvek v kontextu exonu, a naopak.[30] Kromě účinků prvků zesilovače a tlumiče v závislosti na poloze ovlivňuje sestřih také umístění bodu odbočky (tj. Vzdálenost před nejbližším 3 'akceptorovým místem).[8] Sekundární struktura transkriptu pre-mRNA také hraje roli v regulaci sestřihu, například spojením spojovacích prvků nebo maskováním sekvence, která by jinak sloužila jako vazebný prvek pro spojovací faktor.[31][32]
Sestřihová reakce na poškození DNA
Poškození DNA ovlivňuje spojovací faktory změnou jejich posttranslační modifikace, lokalizace, vyjádření a aktivita.[33] Kromě toho poškození DNA často narušuje sestřih tím, že narušuje jeho spojení s transkripce. Poškození DNA má také dopad na sestřih a alternativní sestřih genů úzce spojených s Oprava DNA.[33] Například poškození DNA moduluje alternativní sestřih genů pro opravu DNA Brca1 a Ercc1.
Experimentální manipulace spojování
Události sestřihu lze experimentálně změnit[34][35] vazbou antisense blokujícího antisense oliga jako Morfolino nebo Peptidové nukleové kyseliny k vazebným místům snRNP, k nukleotidu větve, který uzavírá lariat,[36]Teorie split genu nebo na vazebná místa pro spojování regulačních prvků.[37]
Chyby spojování a variace
Bylo navrženo, že jedna třetina všech mutací způsobujících onemocnění má dopad na sestřih.[30] Mezi běžné chyby patří:
- Mutace spojovacího místa vedoucí ke ztrátě funkce tohoto místa. Výsledky v expozici předčasného stop kodon, ztráta exonu nebo zahrnutí intronu.
- Mutace místa sestřihu snižující specificitu. Může vést ke změnám v místě sestřihu, což způsobí inzerci nebo deleci aminokyselin nebo nejpravděpodobnější narušení čtecí rámec.
- Posunutí místa sestřihu, které vede k zahrnutí nebo vyloučení více RNA, než se očekávalo, což má za následek delší nebo kratší exony.
Ačkoli mnoho chyb spojování je chráněno celulárním mechanismem kontroly kvality nazvaným nesmyslem zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD),[38] existuje také řada nemocí souvisejících se sestřihem, jak bylo navrženo výše.[39]
Alelické rozdíly v sestřihu mRNA budou pravděpodobně vedle jejich příspěvku k náchylnosti ke genetickým chorobám běžným a důležitým zdrojem fenotypové rozmanitosti na molekulární úrovni. Ve skutečnosti studie na celém genomu u lidí identifikovaly řadu genů, které podléhají alelově specifickému sestřihu.
V rostlinách variace tolerance zátopového napětí korelovala s alternativním sestřihem transkriptů vyvolaných stresem spojeným s glukoneogenezí a dalšími procesy.[40]
Spojování proteinů
Kromě RNA mohou proteiny podstoupit sestřih. Ačkoli se biomolekulární mechanismy liší, princip je stejný: části proteinu, tzv inteins místo intronů jsou odstraněny. Zbývající části, tzv exteins místo exonů jsou spojeny dohromady. Spojování proteinů bylo pozorováno u široké škály organismů, včetně bakterií, archaea, rostliny, kvasinky a lidé.[41]
Viz také
- cDNA
- Exonový spojovací komplex
- omezení mRNA
- Polyadenylace
- Post-transkripční modifikace
- Úpravy RNA
- SWAP proteinová doména, regulátor spojování
Reference
- ^ Gilbert W (únor 1978). „Proč geny na kousky?“. Příroda. 271 (5645): 501. Bibcode:1978Natur.271..501G. doi:10.1038 / 271501a0. PMID 622185. S2CID 4216649.
- ^ Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (březen 1978). "Sekvence genu myší zárodečné linie pro variabilní oblast lehkého řetězce imunoglobulinu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 75 (3): 1485–89. Bibcode:1978PNAS ... 75.1485T. doi:10.1073 / pnas.75.3.1485. PMC 411497. PMID 418414.
- ^ Tilgner H, Knowles DG, Johnson R, Davis CA, Chakrabortty S, Djebali S, Curado J, Snyder M, Gingeras TR, Guigó R (září 2012). „Hluboké sekvenování subcelulárních RNA frakcí ukazuje, že sestřih je převážně ko-transkripční v lidském genomu, ale neúčinný pro lncRNA“. Výzkum genomu. 22 (9): 1616–25. doi:10.1101 / gr.134445.111. PMC 3431479. PMID 22955974.
- ^ Roy SW, Gilbert W (březen 2006). "Vývoj spliceosomálních intronů: vzory, hádanky a pokrok". Recenze přírody. Genetika. 7 (3): 211–21. doi:10.1038 / nrg1807. PMID 16485020. S2CID 33672491.
- ^ Clancy S (2008). „RNA Splicing: Introns, Exons and Spliceosome“. Přírodní výchova. 1 (1): 31. Archivováno z původního dne 15. března 2011. Citováno 31. března 2011.
- ^ A b Black DL (červen 2003). „Mechanismy alternativního sestřihu RNA před poslem“. Roční přehled biochemie. 72 (1): 291–336. doi:10,1146 / annurev.biochem.72.121801.161720. PMID 12626338.
- ^ "Molekulární biologie buňky". Zprávy o citaci deníku z roku 2012. Web vědy (Science ed.). Thomson Reuters. 2013.
- ^ A b Taggart AJ, DeSimone AM, Shih JS, Filloux ME, Fairbrother WG (červen 2012). "Mapování větvových bodů ve velkém měřítku v transkriptech lidské pre-mRNA in vivo". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 19 (7): 719–21. doi:10.1038 / nsmb.2327. PMC 3465671. PMID 22705790.
- ^ Corvelo A, Hallegger M, Smith CW, Eyras E (listopad 2010). Meyer (ed.). „Celá asociace genomu mezi vlastnostmi bodu větve a alternativním sestřihem“. PLOS výpočetní biologie. 6 (11): e1001016. Bibcode:2010PLSCB ... 6E1016C. doi:10.1371 / journal.pcbi.1001016. PMC 2991248. PMID 21124863.
- ^ Graveley BR, Hertel KJ, Maniatis T (červen 2001). „Role U2AF35 a U2AF65 při sestřihu závislém na zesilovači“. RNA. 7 (6): 806–18. doi:10.1017 / s1355838201010317. PMC 1370132. PMID 11421359. Archivováno od originálu na 2018-11-20. Citováno 2014-12-17.
- ^ Matlin AJ, Clark F, Smith CW (květen 2005). "Pochopení alternativního sestřihu: směrem k celulárnímu kódu". Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 6 (5): 386–98. doi:10.1038 / nrm1645. PMID 15956978. S2CID 14883495.
- ^ Matera AG, Wang Z (únor 2014). „Den v životě spliceosomu“. Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 15 (2): 108–21. doi:10.1038 / nrm3742. PMC 4060434. PMID 24452469.
- ^ Guth S, Valcárcel J (prosinec 2000). „Kinetická role pro savčí SF1 / BBP při sestavování a funkci spliceosomu po rozpoznání polypyrimidinového traktu pomocí U2AF“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (48): 38059–66. doi:10,1074 / jbc.M001483200. PMID 10954700.
- ^ Cheng Z, Menees TM (prosinec 2011). "Sestřih a rozvětvení RNA při pohledu na analýzu RNA lariatů". Molekulární genetika a genomika. 286 (5–6): 395–410. doi:10.1007 / s00438-011-0635-r. PMID 22065066. S2CID 846297.
- ^ Ng B, Yang F, Huston DP, Yan Y, Yang Y, Xiong Z, Peterson LE, Wang H, Yang XF (prosinec 2004). „Zvýšený nekanonický sestřih transkriptů autoantigenu poskytuje strukturální základnu pro expresi nesnášenlivých epitopů“. The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 114 (6): 1463–70. doi:10.1016 / j.jaci.2004.09.006. PMC 3902068. PMID 15577853.
- ^ Patel AA, Steitz JA (prosinec 2003). "Splicing double: postřehy z druhého spliceosomu". Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 4 (12): 960–70. doi:10.1038 / nrm1259. PMID 14685174. S2CID 21816910.
- ^ Sibley CR, Emmett W, Blazquez L, Faro A, Haberman N, Briese M, Trabzuni D, Ryten M, Weale ME, Hardy J, Modic M, Curk T, Wilson SW, Plagnol V, Ule J (květen 2015). „Rekurzivní sestřih v dlouhých genech obratlovců“. Příroda. 521 (7552): 371–75. Bibcode:2015 Natur.521..371S. doi:10.1038 / příroda14466. PMC 4471124. PMID 25970246.
- ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, Plocik A, Celniker SE, Graveley BR (květen 2015). „Identifikace rekurzivního sestřihu nulového nukleotidu v Drosophile v celém genomu“. Příroda. 521 (7552): 376–79. Bibcode:2015Natur.521..376D. doi:10.1038 / příroda14475. PMC 4529404. PMID 25970244.
- ^ Di Segni G, Gastaldi S, GP Tocchini-Valentini (květen 2008). „Cis- a trans-sestřih mRNA zprostředkovaných sekvencemi tRNA v eukaryotických buňkách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 105 (19): 6864–69. Bibcode:2008PNAS..105,6864D. doi:10.1073 / pnas.0800420105. JSTOR 25461891. PMC 2383978. PMID 18458335.
- ^ Trotta CR, Miao F, Arn EA, Stevens SW, Ho CK, Rauhut R, Abelson JN (červen 1997). „Kvasinková tRNA sestřihová endonukleáza: tetramerní enzym se dvěma podjednotkami aktivního místa homologní s archaálními tRNA endonukleázami“. Buňka. 89 (6): 849–58. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80270-6. PMID 9200603. S2CID 16055381.
- ^ Westaway SK, Phizicky EM, Abelson J (březen 1988). "Struktura a funkce genu kvasinkové tRNA ligázy". The Journal of Biological Chemistry. 263 (7): 3171–76. PMID 3277966. Archivováno od originálu na 2018-11-18. Citováno 2014-12-17.
- ^ Paushkin SV, Patel M, Furia BS, Peltz SW, Trotta CR (duben 2004). „Identifikace komplexu lidské endonukleázy odhaluje souvislost mezi sestřihem tRNA a tvorbou 3 'konce pre-mRNA“. Buňka. 117 (3): 311–21. doi:10.1016 / S0092-8674 (04) 00342-3. PMID 15109492. S2CID 16049289.
- ^ Soma A (1. dubna 2014). „Cirkulárně permutované geny tRNA: jejich exprese a důsledky pro jejich fyziologický význam a vývoj“. Frontiers in Genetics. 5: 63. doi:10.3389 / fgene.2014.00063. PMC 3978253. PMID 24744771.
- ^ Abelson J, Trotta CR, Li H (květen 1998). "sestřih tRNA". The Journal of Biological Chemistry. 273 (21): 12685–88. doi:10.1074 / jbc.273.21.12685. PMID 9582290.
- ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T, Li NS, Lu J, Koodathingal P, Dai Q, Staley JP, Piccirilli JA (listopad 2013). „RNA katalyzuje sestřih jaderné pre-mRNA“. Příroda. 503 (7475): 229–34. Bibcode:2013Natur.503..229F. doi:10.1038 / příroda12734. PMC 4666680. PMID 24196718.
- ^ Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ (prosinec 2008). "Hluboký průzkum alternativní složitosti sestřihu v lidském transkriptomu pomocí vysoce výkonného sekvenování". Genetika přírody. 40 (12): 1413–15. doi:10,1038 / ng.259. PMID 18978789. S2CID 9228930.
- ^ Eksi R, Li HD, Menon R, Wen Y, Omenn GS, Kretzler M, Guan Y (listopad 2013). „Systematicky rozlišující funkce pro alternativně sestříhané izoformy prostřednictvím integrace dat RNA-seq“. PLOS výpočetní biologie. 9 (11): e1003314. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3314E. doi:10.1371 / journal.pcbi.1003314. PMC 3820534. PMID 24244129.
- ^ Li HD, Menon R, Omenn GS, Guan Y (srpen 2014). „Nastupující éra integrace genomových dat pro analýzu funkce izoformy sestřihu“. Trendy v genetice. 30 (8): 340–47. doi:10.1016 / j.tig.2014.05.005. PMC 4112133. PMID 24951248.
- ^ Jain N, Morgan CE, Rife BD, Salemi M, Tolbert BS (leden 2016). „Struktura řešení intronového spojovacího tlumiče HIV-1 a jeho interakce s doménou UP1 heterogenního jaderného ribonukleoproteinu (hnRNP) A1“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (5): 2331–44. doi:10,1074 / jbc.M115,674564. PMC 4732216. PMID 26607354.
- ^ A b Lim KH, Ferraris L, Filloux ME, Raphael BJ, Fairbrother WG (červenec 2011). „Použití poziční distribuce k identifikaci sestřihových prvků a předpovědi defektů zpracování pre-mRNA v lidských genech“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (27): 11093–98. Bibcode:2011PNAS..10811093H. doi:10.1073 / pnas.1101135108. PMC 3131313. PMID 21685335.
- ^ Warf MB, Berglund JA (březen 2010). "Role struktury RNA v regulaci sestřihu pre-mRNA". Trendy v biochemických vědách. 35 (3): 169–78. doi:10.1016 / j.tibs.2009.10.004. PMC 2834840. PMID 19959365.
- ^ Reid DC, Chang BL, Gunderson SI, Alpert L, Thompson WA, Fairbrother WG (prosinec 2009). „SELEX nové generace identifikuje sekvenci a strukturní determinanty vazby sestřihového faktoru v lidské pre-mRNA sekvenci“. RNA. 15 (12): 2385–97. doi:10.1261 / rna.1821809. PMC 2779669. PMID 19861426.
- ^ A b Shkreta L, Chabot B (říjen 2015). „Reakce sestřihu RNA na poškození DNA“. Biomolekuly. 5 (4): 2935–77. doi:10,3390 / biom5042935. PMC 4693264. PMID 26529031.
- ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (červenec 2001). „Inhibice sestřihu pre-mRNA zebrafish fgf8 s morfolinovými oligos: kvantifikovatelná metoda knockdownu genu“. Genesis. 30 (3): 154–56. doi:10,1002 / gen. 1053. PMID 11477696. S2CID 32270393.
- ^ Sazani P, Kang SH, Maier MA, Wei C, Dillman J, Summerton J, Manoharan M, Kole R (říjen 2001). „Jaderné antisense účinky neutrálních, aniontových a kationtových analogů oligonukleotidů“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (19): 3965–74. doi:10.1093 / nar / 29.19.3965. PMC 60237. PMID 11574678.
- ^ Morcos PA (červen 2007). "Dosažení cílené a kvantifikovatelné změny sestřihu mRNA s Morpholino oligos". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 358 (2): 521–27. doi:10.1016 / j.bbrc.2007.04.172. PMID 17493584.
- ^ Bruno IG, Jin W, Cote GJ (říjen 2004). „Oprava aberantního FGFR1 alternativního sestřihu RNA prostřednictvím cílení na intronní regulační prvky“. Lidská molekulární genetika. 13 (20): 2409–20. doi:10,1093 / hmg / ddh272. PMID 15333583.
- ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (březen 2002). „Abnormálně sestříhané mRNA beta-globinu: jednobodová mutace generuje transkripty citlivé a necitlivé na rozpad mRNA zprostředkovaný nesmysly“. Krev. 99 (5): 1811–16. doi:10.1182 / krev. V99.5.1811. PMID 11861299. S2CID 17128174.
- ^ Ward AJ, Cooper TA (leden 2010). „Patobiologie spojování“. The Journal of Pathology. 220 (2): 152–63. doi:10,1002 / cesta.2649. PMC 2855871. PMID 19918805.
- ^ van Veen, H; Vashisht, D; Akman, M; Girke, T; Mustroph, A; Reinen, E; Hartman, S; Kooiker, M; van Tienderen, P; Schranz, ME; Bailey-Serres, J; Voesenek, LA; Sasidharan, R (říjen 2016). „Transkriptomy osmi přístupů Arabidopsis thaliana odhalují základní zachované, genotypově a orgánově specifické reakce na záplavy“. Fyziologie rostlin. 172 (2): 668–89. doi:10.1104 / pp.16.00472. PMC 5047075. PMID 27208254.
- ^ Hanada K, Yang JC (červen 2005). „Nová biochemie: posttranslační sestřih proteinů a další lekce ze školy zpracování antigenu“. Journal of Molecular Medicine. 83 (6): 420–28. doi:10.1007 / s00109-005-0652-6. PMID 15759099. S2CID 37698110.
externí odkazy
- Sbírka animací virtuálních buněk: Spojování mRNA
- RNA + sestřih v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)