Poly (A) specifická ribonukleáza - Poly(A)-specific ribonuclease

PARN
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2A1R, 2A1S, 3CTR
Identifikátory
Aliasy	PARN, DAN, DKCB6, PFBMFT4, poly (A) -specifická ribonukleáza
Externí ID	OMIM: 604212 MGI: 1921358 HomoloGene: 31098 Genové karty: PARN
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	14,632,728 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 16 (myš)
Konec	13,668,170 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba kovových iontů; • mRNA 3'-UTR vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita nukleázy; • aktivita exonukleázy; • aktivita hydrolázy; • vazba protein kinázy; • kationtová vazba; • Vazba RNA; • poly (A) specifická aktivita ribonukleázy; • vazba telomerázy RNA; • Aktivita 3'-5'-exoribonukleázy;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • jádro; • buněčné jádro;
Biologický proces	• mRNA katabolický proces; • generace ženské gamety; • regulace stability mRNA; • GO: 0016547 RNA modifikace; • nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • zkrácení ocasu nukleární transkribované mRNA poly (A); • Hydrolýza RNA fosfodiesterovou vazbou, exonukleolytická; • stabilizace telomerázové RNA; • pozitivní regulace udržování telomer prostřednictvím telomerázy; • pozitivní regulace aktivity telomerázy; • regulace lokalizace telomerasové RNA do Cajalova těla; • Deadenylace ncRNA; • zpracování 3'-end H / ACA snoRNA; • miRNA katabolický proces; • zpracování na 3'-konci snoRNA závislé na polyadenylaci;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5073
	74108
	ENSG00000140694; ENSG00000274829
	ENSMUSG00000022685
	O95453
	Q8VDG3
	NM_001134477; NM_001242992; NM_002582
	NM_028761; NM_001358452; NM_001358453
	NP_001127949; NP_001229921; NP_002573
	NP_083037; NP_001345381; NP_001345382
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Poly (A) -specifická ribonukleáza (PARN), také známý jako polyadenylát-specifická ribonukleáza nebo deadenylační nukleáza (DAN), je enzym že u lidí je kódován PARN gen.^[5]^[6]

Funkce

Exonukleolytická degradace poly (A) ocas je často prvním krokem při rozpadu eukaryotů mRNA. Aminokyselinová sekvence poly (A) -specifické ribonukleázy vykazuje homologii s RNáza D rodina 3'-exonukleázy. Zdá se, že protein je lokalizován jak v jádře, tak v cytoplazmě. Není stabilně spojena s polysomy nebo ribozomálními podjednotkami.^[6] Dědičné mutace PARN vedou k onemocnění kostní dřeně Dyskeratosis Congenita, které je způsobeno vadným zpracováním a degradací telomerasové RNA u pacientů.^[7]^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000274829 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000022685 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Buiting K, Körner C, Ulrich B, Wahle E, Horsthemke B (květen 2000). "Lidský gen pro poly (A) specifickou ribonukleázu (PARN) se mapuje na 16p13 a má zkrácenou kopii v oblasti Prader-Willi / Angelman na 15q11 → q13". Cytogenetika a genetika buněk. 87 (1–2): 125–31. doi:10.1159/000015378. PMID 10640832. S2CID 28498478.
^ ^A ^b "Entrez Gene: PARN poly (A) -specifická ribonukleáza (deadenylační nukleáza)" ".
^ Tummala H, Walne A, Collopy L, Cardoso S, de la Fuente J, Lawson S, Powell J, Cooper N, Foster A, Mohammed S, Plagnol V, Vulliamy T, Dokal I (květen 2015). „Poly-A-specifický nedostatek ribonukleázy ovlivňuje biologii telomer a způsobuje dyskeratosis congenita“. The Journal of Clinical Investigation. 125 (5): 2151–60. doi:10,1172 / JCI78963. PMC 4463202. PMID 25893599.
^ Dhanraj S, Gunja SM, Deveau AP, Nissbeck M, Boonyawat B, Coombs AJ, Renieri A, Mucciolo M, Marozza A, Buoni S, Turner L, Li H, Jarrar A, Sabanayagam M, Kirby M, Shago M, Pinto D , Berman JN, Scherer SW, Virtanen A, Dror Y (listopad 2015). "Selhání kostní dřeně a vývojové zpoždění způsobené mutacemi poly (A) -specifické ribonukleázy (PARN)". Journal of Medical Genetics. 52 (11): 738–48. doi:10.1136 / jmedgenet-2015-103292. PMID 26342108. S2CID 19822046.
^ Stuart BD, Choi J, Zaidi S, Xing C, Holohan B, Chen R, Choi M, Dharwadkar P, Torres F, Girod CE, Weissler J, Fitzgerald J, Kershaw C, Klesney-Tait J, Mageto Y, Shay JW, Ji W, Bilguvar K, Mane S, Lifton RP, Garcia CK (květen 2015). "Exome sekvenování spojuje mutace v PARN a RTEL1 s familiární plicní fibrózou a zkrácením telomer". Genetika přírody. 47 (5): 512–7. doi:10,1038 / ng.3278. PMC 4414891. PMID 25848748.
^ Shukla S, Schmidt JC, Goldfarb KC, Cech TR, Parker R (duben 2016). „Inhibice rozkladu telomerázy RNA zachraňuje nedostatek telomerázy způsobený defekty dyskerinu nebo PARN“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 23 (4): 286–92. doi:10.1038 / nsmb.3184. PMC 4830462. PMID 26950371.
^ Tseng CK, Wang HF, Burns AM, Schroeder MR, Gaspari M, Baumann P (prosinec 2015). „Zpracování a kontrola kvality lidské telomerázy RNA“. Zprávy buněk. 13 (10): 2232–43. doi:10.1016 / j.celrep.2015.10.075. PMID 26628367.
^ Nguyen D, Grenier St-Sauveur V, Bergeron D, Dupuis-Sandoval F, Scott MS, Bachand F (prosinec 2015). „Pro syntézu lidské Telomerasové RNA je vyžadována cesta 3 'konce maturace závislá na polyadenylaci“. Zprávy buněk. 13 (10): 2244–57. doi:10.1016 / j.celrep.2015.11.003. PMID 26628368.
^ Moon DH, Segal M, Boyraz B, Guinan E, Hofmann I, Cahan P, Tai AK, Agarwal S (prosinec 2015). „Poly (A) -specifická ribonukleáza (PARN) zprostředkovává zrání 3'-konce komponenty RNA telomerázy“. Genetika přírody. 47 (12): 1482–8. doi:10,1038 / ng.3423. PMC 4791094. PMID 26482878.

Další čtení

Körner CG, Wahle E (duben 1997). "Poly (A) ocas zkrácení savčí poly (A) specifickou 3'-exoribonukleázou". The Journal of Biological Chemistry. 272 (16): 10448–56. doi:10.1074 / jbc.272.16.10448. PMID 9099687.
Körner CG, Wormington M, Muckenthaler M, Schneider S, Dehlin E, Wahle E (září 1998). „Deadenylační nukleáza (DAN) se podílí na odstraňování ocasu poly (A) během meiotického zrání oocytů Xenopus“. Časopis EMBO. 17 (18): 5427–37. doi:10.1093 / emboj / 17.18.5427. PMC 1170868. PMID 9736620.
Dehlin E, Wormington M, Körner CG, Wahle E (březen 2000). „Dead-izolace mRNA závislá na čepici“. Časopis EMBO. 19 (5): 1079–86. doi:10.1093 / emboj / 19.5.1079. PMC 305646. PMID 10698948.
Martinez J, Ren YG, Thuresson AC, Hellman U, Astrom J, Virtanen A (srpen 2000). „Fragment 54 kDa poly (A) -specifické ribonukleázy je oligomerní, procesivní a cap-interagující 3 'exonukleáza“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (31): 24222–30. doi:10,1074 / jbc.M001705200. PMID 10801819.
Gao M, Fritz DT, Ford LP, Wilusz J (březen 2000). „Interakce mezi poly (A) -specifickou ribonukleázou a 5 'čepičkou ovlivňuje rychlost meny meny RNA inenyly“. Molekulární buňka. 5 (3): 479–88. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80442-6. PMC 2811581. PMID 10882133.
Gao M, Wilusz CJ, Peltz SW, Wilusz J (březen 2001). „Nová aktivita dekapování mRNA v cytoplazmatických extraktech HeLa je regulována prvky bohatými na AU“. Časopis EMBO. 20 (5): 1134–43. doi:10.1093 / emboj / 20.5.1134. PMC 145468. PMID 11230136.
Martînez J, Ren YG, Nilsson P, Ehrenberg M, Virtanen A (červenec 2001). "Struktura víčka mRNA stimuluje rychlost odstraňování poly (A) a zesiluje proces degradace". The Journal of Biological Chemistry. 276 (30): 27923–9. doi:10,1074 / jbc.M102270200. PMID 11359775.
Copeland PR, Wormington M (červen 2001). „Mechanismus a regulace deadenylace: identifikace a charakterizace Xenopus PARN“. RNA. 7 (6): 875–86. doi:10.1017 / S1355838201010020. PMC 1370141. PMID 11424938.
Chen CY, Gherzi R, Ong SE, Chan EL, Raijmakers R, Pruijn GJ, Stoecklin G, Moroni C, Mann M, Karin M (listopad 2001). „AU vázající proteiny rekrutují exosom k degradaci mRNA obsahujících ARE“. Buňka. 107 (4): 451–64. doi:10.1016 / S0092-8674 (01) 00578-5. PMID 11719186. S2CID 14817671.
Ren YG, Martínez J, Virtanen A (únor 2002). „Identifikace aktivního místa poly (A) -specifické ribonukleázy místně cílenou mutagenezí a štěpením zprostředkovaným Fe (2+)“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (8): 5982–7. doi:10,1074 / jbc.M111515200. PMID 11742007.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (leden 2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Aktuální biologie. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Scherl A, Couté Y, Déon C, Callé A, Kindbeiter K, Sanchez JC, Greco A, Hochstrasser D, Diaz JJ (listopad 2002). "Funkční proteomická analýza lidského nukleolu". Molekulární biologie buňky. 13 (11): 4100–9. doi:10,1091 / mbc.E02-05-0271. PMC 133617. PMID 12429849.
Lai WS, Kennington EA, Blackshear PJ (červen 2003). „Tristetraprolin a jeho členové rodiny mohou podporovat bezbuněčnou mrtvoluci mRNA obsahujících prvky bohaté na AU poly (A) ribonukleázou“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (11): 3798–812. doi:10.1128 / MCB.23.11.3798-3812.2003. PMC 155217. PMID 12748283.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (září 2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Molekulární buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
Gherzi R, Lee KY, Briata P, Wegmüller D, Moroni C, Karin M, Chen CY (červen 2004). „Protein vázající RNA na doménu KH, KSRP, podporuje ARE-řízený obrat mRNA získáváním degradačního aparátu“. Molekulární buňka. 14 (5): 571–83. doi:10.1016 / j.molcel.2004.05.002. PMID 15175153.
Lehner B, Sanderson CM (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Výzkum genomu. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Ren YG, Kirsebom LA, Virtanen A (listopad 2004). "Koordinace dvojmocných kovových iontů v aktivním místě poly (A) specifické ribonukleázy". The Journal of Biological Chemistry. 279 (47): 48702–6. doi:10,1074 / jbc.M403858200. PMID 15358788.

Tento článek o gen na lidský chromozom 16 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000274829 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000022685 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10640832-5] Buiting K, Körner C, Ulrich B, Wahle E, Horsthemke B (květen 2000). "Lidský gen pro poly (A) specifickou ribonukleázu (PARN) se mapuje na 16p13 a má zkrácenou kopii v oblasti Prader-Willi / Angelman na 15q11 → q13". Cytogenetika a genetika buněk. 87 (1–2): 125–31. doi:10.1159/000015378. PMID 10640832. S2CID 28498478.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: PARN poly (A) -specifická ribonukleáza (deadenylační nukleáza)" ".

[7] Tummala H, Walne A, Collopy L, Cardoso S, de la Fuente J, Lawson S, Powell J, Cooper N, Foster A, Mohammed S, Plagnol V, Vulliamy T, Dokal I (květen 2015). „Poly-A-specifický nedostatek ribonukleázy ovlivňuje biologii telomer a způsobuje dyskeratosis congenita“. The Journal of Clinical Investigation. 125 (5): 2151–60. doi:10,1172 / JCI78963. PMC 4463202. PMID 25893599.

[8] Dhanraj S, Gunja SM, Deveau AP, Nissbeck M, Boonyawat B, Coombs AJ, Renieri A, Mucciolo M, Marozza A, Buoni S, Turner L, Li H, Jarrar A, Sabanayagam M, Kirby M, Shago M, Pinto D , Berman JN, Scherer SW, Virtanen A, Dror Y (listopad 2015). "Selhání kostní dřeně a vývojové zpoždění způsobené mutacemi poly (A) -specifické ribonukleázy (PARN)". Journal of Medical Genetics. 52 (11): 738–48. doi:10.1136 / jmedgenet-2015-103292. PMID 26342108. S2CID 19822046.

[9] Stuart BD, Choi J, Zaidi S, Xing C, Holohan B, Chen R, Choi M, Dharwadkar P, Torres F, Girod CE, Weissler J, Fitzgerald J, Kershaw C, Klesney-Tait J, Mageto Y, Shay JW, Ji W, Bilguvar K, Mane S, Lifton RP, Garcia CK (květen 2015). "Exome sekvenování spojuje mutace v PARN a RTEL1 s familiární plicní fibrózou a zkrácením telomer". Genetika přírody. 47 (5): 512–7. doi:10,1038 / ng.3278. PMC 4414891. PMID 25848748.

[10] Shukla S, Schmidt JC, Goldfarb KC, Cech TR, Parker R (duben 2016). „Inhibice rozkladu telomerázy RNA zachraňuje nedostatek telomerázy způsobený defekty dyskerinu nebo PARN“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 23 (4): 286–92. doi:10.1038 / nsmb.3184. PMC 4830462. PMID 26950371.

[11] Tseng CK, Wang HF, Burns AM, Schroeder MR, Gaspari M, Baumann P (prosinec 2015). „Zpracování a kontrola kvality lidské telomerázy RNA“. Zprávy buněk. 13 (10): 2232–43. doi:10.1016 / j.celrep.2015.10.075. PMID 26628367.

[12] Nguyen D, Grenier St-Sauveur V, Bergeron D, Dupuis-Sandoval F, Scott MS, Bachand F (prosinec 2015). „Pro syntézu lidské Telomerasové RNA je vyžadována cesta 3 'konce maturace závislá na polyadenylaci“. Zprávy buněk. 13 (10): 2244–57. doi:10.1016 / j.celrep.2015.11.003. PMID 26628368.

[13] Moon DH, Segal M, Boyraz B, Guinan E, Hofmann I, Cahan P, Tai AK, Agarwal S (prosinec 2015). „Poly (A) -specifická ribonukleáza (PARN) zprostředkovává zrání 3'-konce komponenty RNA telomerázy“. Genetika přírody. 47 (12): 1482–8. doi:10,1038 / ng.3423. PMC 4791094. PMID 26482878.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

Enzymy
Aktivita	Aktivní stránky Závazný web Katalytická triáda Oxyanionový otvor Enzymová promiskuita Katalyticky dokonalý enzym Koenzym Kofaktor Enzymatická katalýza
Nařízení	Alosterická regulace Spolupráce Inhibitor enzymu Aktivátor enzymu
Klasifikace	EC číslo Nadčeleď enzymů Rodina enzymů Seznam enzymů
Kinetika	Kinetika enzymů Eadie – Hofsteeův diagram Hanes – Woolfův děj Lineweaver – Burkův graf Kinetika Michaelis – Menten
Typy	EC1 Oxidoreduktázy (seznam ) EC2 Transferázy (seznam ) EC3 Hydrolázy (seznam ) EC4 Lyázy (seznam ) EC5 Izomerázy (seznam ) EC6 Ligázy (seznam ) EC7 Translocases (seznam )