Mikrokokální nukleáza - Micrococcal nuclease

Mikrokokální nukleáza
Staph nukleáza 3h6m ribbon.jpg
Schematické znázornění 3D struktury mikrokokokové nukleázy s Ca2+ a inhibitor TdtP
Identifikátory
EC číslo3.1.31.1
Číslo CAS9013-53-0
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Termonukleáza
Identifikátory
OrganismusZlatý stafylokok
Symbolnuc
UniProtP00644
Stafylokoková nukleáza
Identifikátory
Symbol?
PfamPF00565
Pfam klanCL0049
InterProIPR016071
STRÁNKAPDOC00865
KOCOUR1tt2
SCOP21tt2 / Rozsah / SUPFAM

Mikrokokální nukleáza (ES 3.1.31.1, S7 Nukleáza, MNase, endonukleáza sleziny, termonukleáza, nukleáza T, mikrokokální endonukleáza, nukleáza T ', stafylokoková nukleáza, slezinová fosfodiesteráza, Nukleáza Staphylococcus aureus, Nukleáza Staphylococcus aureus B, ribonukleát (deoxynukleát) 3'-nukleotidohydroláza) je endo -exonukleáza že přednostně tráví jednovláknové nukleové kyseliny. Míra štěpení je 30krát větší na 5 'straně A nebo T než na G nebo C a vede k produkci mononukleotidy a oligonukleotidy s terminálem 3'-fosfáty. Enzym je také aktivní proti dvouvláknová DNA a RNA a všechny sekvence budou nakonec štěpeny.

Vlastnosti

The enzym má molekulární váha 16,9 kDa.

The pH optimum se uvádí jako 9.2. The enzym aktivita je přísně závislá na Ca2+ a pH optimum se liší podle Ca2+ koncentrace.[1] The enzym je proto snadno inaktivován pomocí EGTA.

Zdroje

Tento enzym je extracelulární nukleáza z Zlatý stafylokok. Dva kmeny, V8 a Foggi, poskytují téměř identické enzymy.[2] Běžným zdrojem je E-coli buňky nesoucí klonovaný nuc gen kódování Staphylococcus extracelulární nukleáza aureus (mikrokokoková nukleáza).

Struktura

Trojrozměrná struktura mikrokokokové nukleázy (tehdy nazývané stafylokoková nukleáza) byla vyřešena velmi brzy v historii bílkovin krystalografie v roce 1969,[3] uloženo jako nyní zastaralé Proteinová datová banka soubor 1SNS. Novější krystalové struktury s vyšším rozlišením jsou k dispozici pro formu apo jako soubor Protein Data Bank 1SNO: [1] a pro formu inhibovanou thymidin-difosfátem jako soubor Protein Data Bank 3H6M: [2] nebo 1SNC: [3]. Jak je vidět na pásový diagram výše má molekula nukleázy 3 dlouhé alfa helixy a 5vláknové, ve tvaru sudu beta list, v uspořádání známém jako OB-fold (pro oligonukleotid vázající fold), jak je klasifikováno v SCOP databáze.

Aplikace

Reference

  1. ^ Heins JN, Suriano JR, Taniuchi H, Anfinsen CB (1967). "Charakterizace nukleázy produkované Staphylococcus aureus". J. Biol. Chem. 242 (5): 1016–20. PMID  6020427.
  2. ^ Cusumano CL, Taniuchi H, Anfinsen CB (1968). "Stafylokoková nukleáza (kmen Foggi). I. Řád fragmentů bromkyanu a" čtvrtý "zbytek histidinu." J. Biol. Chem. 243 (18): 4769–77. PMID  5687719.
  3. ^ Arnone A, Bier J a kol. (1971). "Struktura s vysokým rozlišením inhibičního komplexu extracelulární nukleázy Staphylococcus aureus: I. Experimentální postupy a sledování řetězce". J. Biol. Chem. 246 (7): 2303–2316. PMID  5555571.

externí odkazy