Restrikční enzym - Restriction enzyme

Wikislovník-logo-v2.svg
Slovník restrikčních enzymů
Omezení
Řezání DNA na konkrétních místech
Enzym
A protein že katalyzuje A chemická reakce
Molekulární rozpoznávání
Používá se restrikčními enzymy k vyhledání specifických sekvencí DNA, na které se váže a následně štěpí
Sekvence rozpoznávání
Sekvence DNA, na kterou se váží restrikční enzymy
Omezení
Místo sekvence DNA, kde je štěpeno restrikčním enzymem
Fragment omezení
Fragment DNA vzniklý štěpením řetězce DNA restrikčním enzymem

A restrikční enzym, restrikční endonukleázanebo omezit je enzym který štěpí DNA do fragmentů na nebo v blízkosti specifických rozpoznávacích míst v molekulách známých jako restrikční weby.[1][2][3] Restrikční enzymy jsou jednou z tříd širšího endonukleáza skupina enzymů. Restrikční enzymy se běžně dělí na pět typů, které se liší svou strukturou a tím, zda štěpí svou DNA Podklad na jejich rozpoznávacím místě, nebo pokud jsou rozpoznávací a štěpná místa navzájem oddělená. K štěpení DNA provedou všechny restrikční enzymy dva řezy, jednou skrz každý páteř cukr-fosfát (tj. každé vlákno) z DNA dvojitá šroubovice...

Tyto enzymy se nacházejí v bakterie a archaea a poskytnout obranný mechanismus proti invazi viry.[4][5] Uvnitř a prokaryot, se restrikční enzymy selektivně rozřezávají zahraniční, cizí DNA v procesu zvaném omezené trávení; zatím je hostitelská DNA chráněna modifikačním enzymem (a methyltransferáza ) že upravuje prokaryotická DNA a blokuje štěpení. Společně tyto dva procesy tvoří systém modifikace omezení.[6]

Přes 3 000 restrikčních enzymů bylo podrobně studováno a více než 600 z nich je komerčně dostupných.[7] Tyto enzymy se běžně používají pro modifikaci DNA v laboratořích a jsou důležitým nástrojem molekulární klonování.[8][9][10]

Dějiny

Termín restrikční enzym pochází ze studií fág λ, virus, který infikuje bakterie, a fenomén hostitelem řízeného omezení a modifikace takového bakteriálního fága nebo bakteriofág.[11] Tento jev byl poprvé identifikován při práci provedené v laboratořích Salvador Luria, Weigle a Giuseppe Bertani na počátku 50. let.[12][13] Bylo zjištěno, že u bakteriofága λ, který může dobře růst u jednoho kmene Escherichia coli, například E-coli C, když se pěstuje například v jiném kmeni E-coli K, jeho výnosy mohou výrazně poklesnout, a to až o 3–5 řádů. Hostitelská buňka, v tomto příkladu E-coli K, je známý jako omezující hostitel a zdá se, že má schopnost snížit biologickou aktivitu fága λ. Pokud se fág usadí v jednom kmeni, schopnost růst tohoto fága se také sníží u jiných kmenů. V šedesátých letech se ukázalo, že se jedná o práci prováděnou v laboratořích Werner Arber a Matthew Meselson že omezení je způsobeno enzymatickým štěpením fágové DNA, a zúčastněný enzym byl proto nazýván restrikčním enzymem.[4][14][15][16]

Restrikční enzymy studované Arberem a Meselsonem byly restrikční enzymy typu I, které štěpí DNA náhodně od rozpoznávacího místa.[17] V roce 1970 Hamilton O. Smith, Thomas Kelly a Kent Wilcox izolovali a charakterizovali první restrikční enzym typu II, ZadníII z bakterie Haemophilus influenzae.[18][19] Restrikční enzymy tohoto typu jsou užitečnější pro laboratorní práci, protože štěpí DNA v místě jejich rozpoznávací sekvence a jsou nejčastěji používány jako nástroj molekulární biologie.[20] Později, Daniel Nathans a Kathleen Danna ukázala tento štěpení opičí virus 40 (SV40) DNA restrikčními enzymy poskytuje specifické fragmenty, které lze oddělit pomocí elektroforéza na polyakrylamidovém gelu, což ukazuje, že restrikční enzymy mohou být také použity pro mapování DNA.[21] Za jejich práci při objevování a charakterizaci restrikčních enzymů 1978 Nobelova cena za fyziologii nebo medicínu byla udělena Werner Arber, Daniel Nathans, a Hamilton O. Smith.[22] Objev restrikčních enzymů umožňuje manipulaci s DNA, což vede k vývoji rekombinantní DNA technologie, která má mnoho aplikací, například umožňuje produkci proteinů ve velkém měřítku, jako jsou lidské inzulín používá diabetici.[12][23]

Počátky

Restrikční enzymy se pravděpodobně vyvinuly ze společného předka a rozšířily se prostřednictvím horizontální přenos genů.[24][25] Kromě toho existují rostoucí důkazy o tomto omezení endonukleázy se vyvinul jako sobecký genetický prvek.[26]

Místo pro rozpoznávání

Palindromické rozpoznávací místo čte stejné na reverzním řetězci, stejně jako na předním řetězci, když jsou obě čteny ve stejné orientaci

Restrikční enzymy rozpoznávají specifickou sekvenci nukleotidů[2] a produkují dvouřetězcový řez v DNA. Rozpoznávací sekvence mohou být také klasifikovány podle počtu bází v jeho rozpoznávacím místě, obvykle mezi 4 a 8 bázemi, a počet bází v sekvenci určuje, jak často se místo náhodně objeví v daném genomu, např. Sekvence 4-bázových párů by se teoreticky vyskytovala jednou za 4 ^ 4 nebo 256 bp, 6 bází, 4 ^ 6 nebo 4 096 bp a 8 bází by bylo 4 ^ 8 nebo 65 536 bp.[27] Mnoho z nich je palindromický, což znamená, že základní sekvence čte vzad i vpřed.[28] Teoreticky existují dva typy palindromických sekvencí, které jsou možné v DNA. The zrcadlově palindrom je podobný těm, které se nacházejí v běžném textu, ve kterém sekvence čte na jednom řetězci DNA vpřed a vzad stejně jako v GTAATG. The obrácené opakování palindrom je také sekvence, která čte stejné dopředu a dozadu, ale dopředu a dozadu sekvence se nacházejí v komplementárních řetězcích DNA (tj. dvouvláknové DNA), jako v GTATAC (GTATAC je komplementární do CATATG).[29] Invertované opakované palindromy jsou častější a mají větší biologický význam než zrcadlové palindromy.

EcoRI trávení produkuje „lepkavé“ konce,

Místo rozpoznávání restrikčních enzymů EcoRI.svg

zatímco SmaI vzniká štěpení restrikčním enzymem „tupý“ konec:

Místo rozpoznávání restrikčních enzymů Smal.svg

Rozpoznávací sekvence v DNA se liší pro každý restrikční enzym, což vytváří rozdíly v délce, sekvenci a orientaci řetězce (5 'konec nebo 3 'konec ) a lepivý konec „převis“ omezení enzymu.[30]

Různé restrikční enzymy, které rozpoznávají stejnou sekvenci, jsou známé jako neoschizomery. Ty se často štěpí v různých lokalitách sekvence. Různé enzymy, které rozpoznávají a štěpí na stejném místě, jsou známé jako isoschizomery.

Typy

Přirozeně se vyskytující restrikční endonukleázy jsou rozděleny do čtyř skupin (typy I, II III a IV) na základě jejich složení a enzymový kofaktor požadavky, povaha jejich cílové sekvence a poloha jejich místa štěpení DNA vzhledem k cílové sekvenci.[31][32][33] Analýzy sekvence DNA restrikčních enzymů však ukazují velké variace, což naznačuje, že existují více než čtyři typy.[34] Všechny typy enzymů rozpoznávají specifické krátké sekvence DNA a provádějí endonukleolytické štěpení DNA za vzniku specifických fragmentů s koncovými 5'-fosfáty. Liší se svou sekvencí rozpoznávání, složením podjednotky, polohou štěpení a požadavky na kofaktor,[35][36] jak je shrnuto níže:

  • Enzymy typu I (ES 3.1.21.3 ) štěpit na místech vzdálených od místa rozpoznávání; vyžadují funkci jak ATP, tak S-adenosyl-L-methioninu; multifunkční protein s restrikčním trávením a methylázou (ES 2.1.1.72 ) činnosti.
  • Enzymy typu II (ES 3.1.21.4 ) štěpí se uvnitř rozpoznávacího místa nebo na jeho krátké specifické vzdálenosti; většina vyžaduje hořčík; jednofunkční (restrikční trávení) enzymy nezávislé na methyláze.
  • Enzymy typu III (ES 3.1.21.5 ) štěpit na místech kousek od místa rozpoznávání; vyžadují ATP (ale nehydrolizují jej); S-adenosyl-L-methionin stimuluje reakci, ale není to nutné; existují jako součást komplexu s modifikací methylázy (ES 2.1.1.72 ).
  • Enzymy typu IV cílí na modifikovanou DNA, např. methylovaná, hydroxymethylovaná a glukosyl-hydroxymethylovaná DNA

Typ l

Jako první byly identifikovány restrikční enzymy typu I a byly nejprve identifikovány ve dvou různých kmenech (K-12 a B) E-coli.[37] Tyto enzymy štěpí na místě, které se liší a je náhodné vzdálenosti (alespoň 1000 bp) od jejich rozpoznávacího místa. Štěpení na těchto náhodných místech sleduje proces translokace DNA, což ukazuje, že tyto enzymy jsou také molekulárními motory. Poznávací místo je asymetrické a skládá se ze dvou specifických částí - jedna obsahující 3–4 nukleotidy a druhá obsahující 4–5 nukleotidů - oddělené nespecifickým spacerem o délce přibližně 6–8 nukleotidů. Tyto enzymy jsou multifunkční a jsou schopné jak restrikčního štěpení, tak modifikačních aktivit, v závislosti na stavu methylace cílové DNA. Kofaktory S-adenosyl methionin (AdoMet), hydrolyzovaný adenosintrifosfát (ATP ), a hořčík (Mg2+) ionty, jsou povinni pro svou plnou činnost. Restrikční enzymy typu I mají tři podjednotky zvané HsdR, HsdM a HsdS; HsdR je vyžadován pro restrikční trávení; HsdM je nezbytný pro přidání methyl skupiny k hostiteli DNA (aktivita methyltransferázy) a HsdS je důležitý pro specifičnost rozpoznávacího (DNA vázajícího) místa kromě aktivity restrikčního štěpení (štěpení DNA) i modifikace (DNA methyltransferáza).[31][37]

Typ II

Lokálně specifická deoxyribonukleáza typu II
1QPS.png
Struktura homodimerní restrikční enzym EcoRI (azurový a zelený kreslený diagram) vázán na dvouvláknové DNA (hnědé trubky).[38] Dva katalytické hořčík ionty (jeden od každého monomer ) jsou zobrazeny jako purpurové koule a sousedí se štěpenými místy v DNA vytvořenými enzymem (zobrazeny jako mezery v páteři DNA).
Identifikátory
SymbolRestrct_endonuc-II
Pfam klanCL0236
InterProIPR011335
SCOP21wte / Rozsah / SUPFAM

Typické restrikční enzymy typu II se liší od restrikčních enzymů typu I několika způsoby. Tvoří se homodimery, s rozpoznávacími místy, která jsou obvykle nerozdělená a palindromická a mají délku 4–8 nukleotidů. Rozpoznávají a štěpí DNA na stejném místě a ke své aktivitě nepoužívají ATP nebo AdoMet - obvykle vyžadují pouze Mg2+ jako kofaktor.[28] Tyto enzymy štěpí fosfodiesterovou vazbu DNA s dvojitou spirálou. Může se buď štěpit ve středu obou pramenů, čímž získá tupý konec, nebo ve střídavém postavení a ponechat převisy nazývané lepivé konce.[39] Jedná se o nejčastěji dostupné a používané restrikční enzymy. V 90. letech a počátkem roku 2000 byly objeveny nové enzymy z této rodiny, které nesplňovaly všechna klasická kritéria této třídy enzymů, a nová podrodina nomenklatura byl vyvinut k rozdělení této velké rodiny do podkategorií na základě odchylek od typických charakteristik enzymů typu II.[28] Tyto podskupiny jsou definovány pomocí přípony písmen.

Restrikční enzymy typu IIB (např. BcgI a BplI) jsou multimery, obsahující více než jednu podjednotku.[28] Štěpí DNA na obou stranách svého rozpoznávání, aby vyřízli rozpoznávací místo. Vyžadují jak AdoMet, tak Mg2+ kofaktory. Restrikční endonukleázy typu IIE (např. Nael) štěpí DNA po interakci se dvěma kopiemi jejich rozpoznávací sekvence.[28] Jedno rozpoznávací místo funguje jako cíl pro štěpení, zatímco druhé funguje jako alosterický efektor který zrychluje nebo zlepšuje účinnost štěpení enzymů. Podobně jako u enzymů typu IIE interagují restrikční endonukleázy typu IIF (např. NgoMIV) se dvěma kopiemi jejich rozpoznávací sekvence, ale štěpí obě sekvence najednou.[28] Restrikční endonukleázy typu IIG (např. RM.Eco57I) mají jednu podjednotku, jako klasické restrikční enzymy typu II, ale vyžadují, aby byl aktivní kofaktor AdoMet.[28] Restrikční endonukleázy typu IIM, jako je DpnI, jsou schopné rozpoznat a rozštěpit methylovanou DNA.[28][40][41] Typ IIS restrikční endonukleázy (např. FokI) štěpí DNA v definované vzdálenosti od jejich nepalindromických asymetrických rozpoznávacích míst;[28] tato charakteristika je široce používána k provádění technik klonování in-vitro, jako je Klonování Golden Gate. Tyto enzymy mohou fungovat jako dimery. Podobně jsou restrikční enzymy typu IIT (např. Bpu10I a BslI) složeny ze dvou různých podjednotek. Některé rozpoznávají palindromické sekvence, zatímco jiné mají asymetrická rozpoznávací místa.[28]

Typ III

Restrikční enzymy typu III (např. EcoP15) rozpoznávají dvě oddělené nepalindromické sekvence, které jsou inverzně orientovány. Řezali DNA asi 20–30 párů bází po rozpoznávacím místě.[42] Tyto enzymy obsahují více než jednu podjednotku a pro svou roli v methylaci DNA a restrikční digesci vyžadují kofaktory AdoMet a ATP.[43] Jsou součástí prokaryotický DNA restrikční modifikace mechanismy které chrání organismus před napadením cizí DNA. Enzymy typu III jsou hetero-oligomerní, multifunkční bílkoviny složený ze dvou podjednotek Res (P08764) a Mod (P08763). Mod podjednotka rozpoznává sekvenci DNA specifickou pro systém a je modifikací methyltransferáza; jako takový je funkčně ekvivalentní k M a S podjednotkám restrikční endonukleázy typu I. Res je vyžadován pro restrikční trávení, i když nemá enzymatický činnost sama o sobě. Enzymy typu III rozpoznávají krátké 5–6 bp dlouhé asymetrické sekvence DNA a štěpí 25–27 bp po proudu ponechat krátké, jednovláknové 5 'výčnělky. Vyžadují přítomnost dvou inverzně orientovaných nemetylovaných rozpoznávacích míst, aby došlo k restrikčnímu trávení. Tyto enzymy methylát pouze jedno vlákno DNA, v poloze N-6 adenosylových zbytků, takže nově replikovaná DNA bude mít pouze jedno vlákno methylované, což je dostatečné pro ochranu před restrikčním štěpením. Enzymy typu III patří do beta podrodiny N6 adenin methyltransferázy, obsahující devět motivy které charakterizují tuto rodinu, včetně motiv Já, AdoMet kapsa na vázání (FXGXG) a motiv IV katalytické region (S / D / N (PP) Y / F).[35][44]

Typ IV

Enzymy typu IV rozpoznávají modifikovanou, obvykle methylovanou DNA a jejich příklady jsou systémy McrBC a Mrr zE-coli.[34]

Typ V

Restrikční enzymy typu V (např cas9 -gRNA komplex z CRISPR[45]) využívají naváděcí RNA k cílení na specifické nepalindromické sekvence nalezené na napadajících organismech. Mohou řezat DNA proměnné délky, za předpokladu, že je poskytnuta vhodná vodicí RNA. Flexibilita a snadné použití těchto enzymů je činí slibnými pro budoucí aplikace genetického inženýrství.[45][46]

Umělé restrikční enzymy

Umělé restrikční enzymy mohou být generovány fúzováním přírodních nebo inženýrských DNA vazebná doména do a nukleáza doména (často štěpná doména restrikčního enzymu typu IIS FokJá ).[47] Takové umělé restrikční enzymy mohou cílit na velká místa DNA (až 36 bp) a mohou být konstruovány tak, aby se vážily na požadované sekvence DNA.[48] Nukleázy se zinkovým prstem jsou nejčastěji používané umělé restrikční enzymy a obecně se používají v genetické inženýrství aplikace,[49][50][51][52] ale lze je použít i pro více standardů genové klonování aplikace.[53] Další umělé restrikční enzymy jsou založeny na DNA vazebné doméně TAL efektory.[54][55]

V roce 2013 byla pro úpravu genomu vyvinuta nová technologie CRISPR-Cas9 založená na prokaryotickém virovém obranném systému, která byla rychle přijata v laboratořích.[56] Pro více podrobností si přečtěte CRISPR (Seskupené pravidelně rozložené krátké palindromické opakování).

V roce 2017 skupina z University of Illinois uvedla, že používá Argonaute protein odebraný z Pyrococcus furiosus (PfAgo) spolu s průvodcem DNA k úpravě DNA in vitro jako umělé restrikční enzymy.[57]

Vyvíjejí se také umělé ribonukleázy, které působí jako restrikční enzymy pro RNA.[potřebuje aktualizaci ] A PNA systém na bázi PNAzymes, má Cu (II) -2,9-dimethylfenanthrolin skupina, která napodobuje ribonukleázy pro specifickou sekvenci RNA a štěpí se v oblasti bez párů bází (RNA boule) cílové RNA vytvořené, když se enzym váže na RNA. Tento enzym vykazuje selektivitu štěpením pouze na jednom místě, které buď nemá nesoulad, nebo je kineticky výhodné ze dvou možných míst štěpení.[58]

Nomenklatura

Odvození názvu EcoRI
ZkratkaVýznamPopis
EEscherichiarod
cocolikonkrétní druhy
RRY13kmen
JáNejprve identifikovánopořadí identifikace
v bakterii

Od jejich objevu v 70. letech bylo identifikováno mnoho restrikčních enzymů; například bylo charakterizováno více než 3 500 různých restrikčních enzymů typu II.[59] Každý enzym je pojmenován po bakterii, ze které byl izolován, pomocí systému pojmenování založeného na bakterii rod, druh a kmen.[60][61] Například název souboru EcoRI restrikční enzym byl odvozen, jak je uvedeno v rámečku.

Aplikace

Hlavní článek: Omezení trávení

Izolované restrikční enzymy se používají k manipulaci s DNA pro různé vědecké aplikace.

Používají se k usnadnění vložení genů do plazmidové vektory v době genové klonování a produkce bílkovin experimenty. Pro optimální použití jsou plazmidy, které se běžně používají pro genové klonování, upraveny tak, aby obsahovaly krátký polylinker sekvence (tzv více klonovacích stránek nebo MCS) bohaté na sekvence rozpoznávající restrikční enzymy. To umožňuje flexibilitu při inzerci genových fragmentů do plazmidového vektoru; restrikční místa přirozeně obsažená v genech ovlivňují výběr endonukleázy pro trávení DNA, protože je nutné se vyhnout omezení požadované DNA při úmyslném řezání konců DNA. Pro klonování fragmentu genu do vektoru se plazmidová DNA i genová vložka obvykle štěpí stejnými restrikčními enzymy a poté se slepí za pomoci enzymu známého jako DNA ligáza.[62][63]

K odlišení genu lze také použít restrikční enzymy alely specifickým rozpoznáním změn jedné báze v DNA známých jako jedno-nukleotidové polymorfismy (SNP).[64][65] To je však možné pouze v případě, že SNP změní restrikční místo přítomné v alele. V této metodě lze restrikční enzym použít genotyp vzorek DNA bez nutnosti nákladného genové sekvenování. Vzorek se nejprve digeruje restrikčním enzymem, aby se vytvořily fragmenty DNA, a poté se fragmenty různé velikosti oddělí Gelová elektroforéza. Obecně alely se správnými restrikčními místy vygenerují na gelu dva viditelné pásy DNA a ty se změněnými restrikčními místy nebudou štěpeny a vygenerují pouze jeden pás. A Mapa DNA restrikčním štěpením lze také generovat, které mohou poskytnout relativní polohy genů.[66] Různé délky DNA generované restrikčním štěpením také produkují specifický vzor pásů po gelové elektroforéze a lze je použít pro DNA otisky prstů.

Podobným způsobem se k trávení používají restrikční enzymy genomický DNA pro genovou analýzu pomocí Southern blot. Tato technika umožňuje vědcům určit, kolik kopií (nebo paralogy ) genu jsou přítomny v genomu jednoho jedince nebo kolik genů mutace (polymorfismy ) se vyskytly v populaci. Druhý příklad se nazývá polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP).[67]

Umělé restrikční enzymy vytvořené propojením FokI štěpící doména DNA s řadou proteinů vázajících DNA nebo maticemi zinkových prstů, označovanými nukleázami zinkových prstů (ZFN), jsou díky své zvýšené sekvenční specificitě mocným nástrojem pro editaci hostitelského genomu. ZFN pracují ve dvojicích, jejichž dimerizace je zprostředkována in situ prostřednictvím FokJá doména. Každé pole zinkových prstů (ZFA) je schopné rozpoznat 9–12 párů bází, což pro tento pár činí 18–24. Distanční prvek mezi štěpnými místy o velikosti 5–7 bp dále zvyšuje specificitu ZFN, což z nich činí bezpečný a přesnější nástroj, který lze použít u lidí. Byla provedena nedávná klinická studie fáze I se ZFN pro cílené zrušení CCR5 ko-receptoru pro HIV-1.[68]

Jiní navrhli použití systému bakterií R-M jako modelu pro vývoj lidských antivirových genových nebo genomových vakcín a terapií, protože systém RM slouží vrozené obranné roli v bakteriích omezením tropismu bakteriofágy.[69] Existuje výzkum REáz a ZFN, které mohou štěpit DNA různých lidských virů, včetně HSV-2, vysoké riziko HPV a HIV-1 s konečným cílem vyvolat cílovou mutagenezi a aberace virů infikujících člověka.[70][71][72] Lidský genom již obsahuje zbytky retrovirových genomů, které byly inaktivovány a využity pro vlastní zisk. Ve skutečnosti se zdá, že mechanismy pro umlčení aktivních genomových retroelementů L1 třemi primárními opravnými exonukleázami 1 (TREX1) a excision repair cross doplňujícími se 1 (ERCC) napodobují působení RM-systémů v bakteriích a nehomologní spojování konců ( NHEJ), který následuje po použití ZFN bez šablony opravy.[73][74]

Příklady

Viz také: Seznam míst pro řezání restrikčními enzymy

Mezi příklady restrikčních enzymů patří:[75]

EnzymZdrojSekvence rozpoznáváníStřih
EcoRIEscherichia coli
5'GAATTC3'CTTAAG
5 '--- G AATTC --- 3'3' --- CTTAA G --- 5 '
EcoRIIEscherichia coli
5'CCWGG3'GGWCC
5 '--- CCWGG --- 3'3' --- GGWCC --- 5 '
BamHIBacillus amyloliquefaciens
5'GGATCC3'CCTAGG
5 '--- G GATCC --- 3'3' --- CCTAG G --- 5 '
HindIIIHaemophilus influenzae
5'AAGCTT3'TTCGAA
5 '--- A AGCTT --- 3'3' --- TTCGA A --- 5 '
TaqIThermus aquaticus
5'TCGA3'AGCT
5 '--- T CGA --- 3'3' --- AGC T --- 5 '
Já neNocardia otitidis
5'GCGGCCGC3'CGCCGGCG
5 '--- GC GGCCGC --- 3'3' --- CGCCGG CG --- 5 '
HinFIHaemophilus influenzae
5'GANTC3'CTNAG
5 '--- G ANTC --- 3'3' --- CTNA G --- 5 '
Sau3AIZlatý stafylokok
5'GATC3'CTAG
5 '--- GATC --- 3'3' --- CTAG --- 5 '
PvuII *Proteus vulgaris
5'CAGCTG3'GTCGAC
5 '--- CAG CTG --- 3'3' --- GTC GAC --- 5 '
Smajl *Serratia marcescens
5'CCCGGG3'GGGCCC
5 '--- CCC GGG --- 3'3' --- GGG CCC --- 5 '
HaeIII *Haemophilus aegyptius
5'GGCC3'CCGG
5 '--- GG CC --- 3'3' --- CC GG --- 5 '
HgaI[76]Haemophilus gallinarum
5'GACGC3'CTGCG
5 '--- NN NN --- 3'3' --- NN NN --- 5 '
AluI *Arthrobacter luteus
5'AGCT3'TCGA
5 '--- AG CT --- 3'3' --- TC GA --- 5 '
EcoRV *Escherichia coli
5'GATATC3'CTATAG
5 '--- GAT ATC --- 3'3' --- CTA TAG --- 5 '
EcoP15IEscherichia coli
5'CAGCAGN25NN3'GTCGTCN25NN
5 '--- CAGCAGN25   NN --- 3'3 '--- GTCGTCN25NN --- 5 '
KpnI[77]Klebsiella pneumoniae
5'GGTACC3'CCATGG
5 '--- GGTAC C --- 3'3' --- C CATGG --- 5 '
PstI[77]Providencia stuartii
5'CTGCAG3'GACGTC
5 '--- CTGCA G --- 3'3' --- G ACGTC --- 5 '
SacI[77]Streptomyces achromogenes
5'GAGCTC3'CTCGAG
5 '--- GAGCT C --- 3'3' --- C TCGAG --- 5 '
SalI[77]Streptomyces albus
5'GTCGAC3'CAGCTG
5 '--- G TCGAC --- 3'3' --- CAGCT G --- 5 '
ScaI *[77]Streptomyces caespitosus
5'AGTACT3'TCATGA
5 '--- AGT ACT --- 3'3' --- TCA TGA --- 5 '
SpeISphaerotilus natans
5'ACTAGT3'TGATCA
5 '--- A CTAGT --- 3'3' --- TGATC A --- 5 '
SphI[77]Streptomyces phaeochromogenes
5'GCATGC3'CGTACG
5 '--- GCATG C --- 3'3' --- C GTACG --- 5 '
STUI *[78][79]Streptomyces tubercidicus
5'AGGCCT3'TCCGGA
5 '--- AGG CCT --- 3'3' --- TCC GGA --- 5 '
XbaI[77]Xanthomonas badrii
5'TCTAGA3'AGATCT
5 '--- T CTAGA --- 3'3' --- AGATC T --- 5 '

Klíč:
* = tupé konce
N = C nebo G nebo T nebo A
W = A nebo T

Viz také

Reference

  1. ^ Roberts RJ (listopad 1976). "Restrikční endonukleázy". CRC kritické recenze v biochemii. 4 (2): 123–64. doi:10.3109/10409237609105456. PMID  795607.
  2. ^ A b Kessler C, Manta V (srpen 1990). "Specifičnost restrikčních endonukleáz a modifikace DNA methyltransferáz a recenze (vydání 3)". Gen. 92 (1–2): 1–248. doi:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-B. PMID  2172084.
  3. ^ Pingoud A, Alves J, Geiger R (1993). „Kapitola 8: Omezovací enzymy“. V Burrell M (ed.). Enzymy molekulární biologie. Metody molekulární biologie. 16. Totowa, NJ: Humana Press. 107–200. ISBN  0-89603-234-5.
  4. ^ A b Arber W, Linn S (1969). Msgstr "Modifikace a omezení DNA". Roční přehled biochemie. 38: 467–500. doi:10.1146 / annurev.bi.38.070169.002343. PMID  4897066.
  5. ^ Krüger DH, Bickle TA (září 1983). „Přežití bakteriofágů: mnoho mechanismů, jak se vyhnout restrikčním systémům deoxyribonukleových kyselin jejich hostitelů“. Mikrobiologické recenze. 47 (3): 345–60. doi:10.1128 / MMBR.47.3.345-360.1983. PMC  281580. PMID  6314109.
  6. ^ Kobayashi I (září 2001). „Chování systémů restrikčních modifikací jako sobeckých mobilních prvků a jejich dopad na evoluci genomu“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (18): 3742–56. doi:10.1093 / nar / 29.18.3742. PMC  55917. PMID  11557807.
  7. ^ Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D (leden 2007). „REBASE - enzymy a geny pro restrikci a modifikaci DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s databází): D269-70. doi:10.1093 / nar / gkl891. PMC  1899104. PMID  17202163.
  8. ^ Primrose SB, Old RW (1994). Principy genové manipulace: úvod do genetického inženýrství. Oxford: Blackwell Scientific. ISBN  0-632-03712-1.
  9. ^ Micklos DA, Bloom MV, Freyer GA (1996). Věda o laboratorní DNA: úvod do technik rekombinantní DNA a metod genomové analýzy. Menlo Park, Kalifornie: Benjamin / Cummings Pub. Co. ISBN  0-8053-3040-2.
  10. ^ Massey A, Kreuzer H (2001). Rekombinantní DNA a biotechnologie: Průvodce pro studenty. Washington, DC: ASM Press. ISBN  1-55581-176-0.
  11. ^ Winnacker E-L (1987). „Kapitola 2: Izolace, identifikace a charakterizace fragmentů DNA“. Od genů po klony. VCH. ISBN  0-89573-614-4.
  12. ^ A b Luria SE, Human ML (říjen 1952). „Nedědičná, hostitelem vyvolaná variace bakteriálních virů“. Journal of Bacteriology. 64 (4): 557–69. doi:10.1128 / JB.64.4.557-569.1952. PMC  169391. PMID  12999684.
  13. ^ Bertani G, Weigle JJ (únor 1953). „Hostitelem řízená variace bakteriálních virů“. Journal of Bacteriology. 65 (2): 113–21. doi:10.1128 / JB.65.2.113-121.1953. PMC  169650. PMID  13034700.
  14. ^ Meselson M, Yuan R (březen 1968). "DNA restrikční enzym z E. coli". Příroda. 217 (5134): 1110–4. Bibcode:1968 Natur.217.1110M. doi:10.1038 / 2171110a0. PMID  4868368. S2CID  4172829.
  15. ^ Dussoix D, Arber W (červenec 1962). „Hostitelská specificita DNA produkované Escherichia coli. II. Kontrola nad přijetím DNA z infekce fágovou lambdou“. Journal of Molecular Biology. 5 (1): 37–49. doi:10.1016 / S0022-2836 (62) 80059-X. PMID  13888713.
  16. ^ Lederberg S, Meselson M (květen 1964). "Degradace nereplikujícího se bakteriofága dna v nepřijímajících buňkách". Journal of Molecular Biology. 8 (5): 623–8. doi:10.1016 / S0022-2836 (64) 80112-1. PMID  14187389.
  17. ^ Roberts RJ (duben 2005). „Jak se restrikční enzymy staly pracovníky molekulární biologie“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 102 (17): 5905–8. Bibcode:2005PNAS..102.5905R. doi:10.1073 / pnas.0500923102. PMC  1087929. PMID  15840723.
  18. ^ Smith HO, Wilcox KW (červenec 1970). "Restrikční enzym z Hemophilus influenzae. I. Čištění a obecné vlastnosti". Journal of Molecular Biology. 51 (2): 379–91. doi:10.1016 / 0022-2836 (70) 90149-X. PMID  5312500.
  19. ^ Kelly TJ, Smith HO (červenec 1970). „Restrikční enzym z Hemophilus influenzae. II“. Journal of Molecular Biology. 51 (2): 393–409. doi:10.1016/0022-2836(70)90150-6. PMID  5312501.
  20. ^ Loenen WA, Dryden DT, Raleigh EA, Wilson GG, Murray NE (leden 2014). „Nejdůležitější vlastnosti řezačů DNA: krátká historie restrikčních enzymů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (1): 3–19. doi:10.1093 / nar / gkt990. PMC  3874209. PMID  24141096.
  21. ^ Danna K, Nathans D (prosinec 1971). "Specifické štěpení DNA opičího viru 40 restrikční endonukleázou Hemophilus influenzae". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 68 (12): 2913–7. Bibcode:1971PNAS ... 68.2913D. doi:10.1073 / pnas.68.12.2913. PMC  389558. PMID  4332003.
  22. ^ „Nobelova cena za fyziologii nebo medicínu“. Nobelova nadace. 1978. Citováno 2008-06-07. za objev restrikčních enzymů a jejich aplikace na problémy molekulární genetiky
  23. ^ Villa-Komaroff L, Efstratiadis A, Broome S, Lomedico P, Tizard R, Naber SP a kol. (Srpen 1978). „Bakteriální klon syntetizující proinzulin“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 75 (8): 3727–31. Bibcode:1978PNAS ... 75,3727V. doi:10.1073 / pnas.75.8.3727. PMC  392859. PMID  358198.
  24. ^ Jeltsch A, Kröger M, Pingoud A (červenec 1995). "Důkaz evolučního vztahu mezi restrikčními endonukleázami typu II". Gen. 160 (1): 7–16. doi:10.1016/0378-1119(95)00181-5. PMID  7628720.
  25. ^ Jeltsch A, Pingoud A (únor 1996). „Horizontální přenos genů přispívá k široké distribuci a vývoji systémů omezení a modifikace typu II“. Journal of Molecular Evolution. 42 (2): 91–6. Bibcode:1996JMolE..42 ... 91J. doi:10.1007 / BF02198833. PMID  8919860. S2CID  19989648.
  26. ^ Naito T, Kusano K, Kobayashi I (únor 1995). „Sobecké chování systémů omezení a modifikace“. Věda. 267 (5199): 897–9. Bibcode:1995Sci ... 267..897N. doi:10.1126 / science.7846533. PMID  7846533. S2CID  31128438.
  27. ^ Mapa omezení
  28. ^ A b C d E F G h i j Pingoud A, Jeltsch A (září 2001). "Struktura a funkce restrikčních endonukleáz typu II". Výzkum nukleových kyselin. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093 / nar / 29.18.3705. PMC  55916. PMID  11557805.
  29. ^ Clark DP (2005). Molekulární biologie. Amsterdam: Elsevier Academic Press. ISBN  0-12-175551-7.
  30. ^ Goodsell DS (2002). „Molekulární perspektiva: restrikční endonukleázy“ (PDF). Kmenové buňky. 20 (2): 190–1. doi:10.1634 / kmenové články. 20-2-190. PMID  11897876. S2CID  222199041.
  31. ^ A b Bickle TA, Krüger DH (červen 1993). "Biologie omezení DNA". Mikrobiologické recenze. 57 (2): 434–50. doi:10.1128 / MMBR.57.2.434-450.1993. PMC  372918. PMID  8336674.
  32. ^ Boyer HW (1971). "Mechanismy omezení a modifikace DNA v bakteriích". Výroční přehled mikrobiologie. 25: 153–76. doi:10.1146 / annurev.mi.25.100171.001101. PMID  4949033.
  33. ^ Yuan R (1981). "Struktura a mechanismus multifunkčních restrikčních endonukleáz". Roční přehled biochemie. 50: 285–319. doi:10.1146 / annurev.bi.50.070181.001441. PMID  6267988.
  34. ^ A b Druhy restrikčních endonukleáz NEB
  35. ^ A b Sistla S, Rao DN (2004). "S-adenosyl-L-methionin závislé restrikční enzymy". Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii. 39 (1): 1–19. doi:10.1080/10409230490440532. PMID  15121719. S2CID  1929381.
  36. ^ Williams RJ (březen 2003). "Restrikční endonukleázy: klasifikace, vlastnosti a aplikace". Molekulární biotechnologie. 23 (3): 225–43. doi:10,1385 / MB: 23: 3: 225. PMID  12665693. S2CID  29672999.
  37. ^ A b Murray NE (červen 2000). „Omezovací systémy typu I: sofistikované molekulární stroje (dědictví Bertaniho a Weigleho)“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 64 (2): 412–34. doi:10.1128 / MMBR.64.2.412-434.2000. PMC  98998. PMID  10839821.
  38. ^ PDB: 1 qps​ Gigorescu A, Morvath M, Wilkosz PA, Chandrasekhar K, Rosenberg JM (2004). „Integrace rozpoznávání a štěpení: rentgenové struktury komplexu před přechodem, postreaktivního komplexu a endonukleázy bez DNA“. V Alfred M. Pingoud (ed.). Restrikční endonukleázy (nukleové kyseliny a molekulární biologie, svazek 14). Berlín: Springer. str. 137–178. ISBN  3-540-20502-0.
  39. ^ Ninfa J A, Balou DP, Benore M (2010). Základní laboratorní přístupy pro biochemii a biotechnologii. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons. p. 341. ISBN  978-0-470-08766-4.
  40. ^ Siwek W, Czapinska H, ​​Bochtler M, Bujnicki JM, Skowronek K (srpen 2012). „Krystalová struktura a mechanismus účinku restrikční endonukleázy typu IIM závislé na N6-methyladeninu R.DpnI“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (15): 7563–72. doi:10.1093 / nar / gks428. PMC  3424567. PMID  22610857.
  41. ^ Mierzejewska K, Siwek W, Czapinska H, ​​Kaus-Drobek M, Radlinska M, Skowronek K a kol. (Červenec 2014). "Strukturní základ metylační specificity R.DpnI". Výzkum nukleových kyselin. 42 (13): 8745–54. doi:10.1093 / nar / gku546. PMC  4117772. PMID  24966351.
  42. ^ Dryden DT, Murray NE, Rao DN (září 2001). „Nukleosid trifosfát-závislé restrikční enzymy“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (18): 3728–41. doi:10.1093 / nar / 29.18.3728. PMC  55918. PMID  11557806.
  43. ^ Meisel A, Bickle TA, Krüger DH, Schroeder C (leden 1992). „Restrikční enzymy typu III potřebují pro štěpení DNA dvě inverzně orientovaná rozpoznávací místa“. Příroda. 355 (6359): 467–9. Bibcode:1992 Natur.355..467M. doi:10.1038 / 355467a0. PMID  1734285. S2CID  4354056.
  44. ^ Bourniquel AA, Bickle TA (listopad 2002). "Komplexní restrikční enzymy: molekulární motory poháněné NTP". Biochimie. 84 (11): 1047–59. doi:10.1016 / S0300-9084 (02) 00020-2. PMID  12595133.
  45. ^ A b Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, Richards M, Boyaval P, Moineau S a kol. (Březen 2007). "CRISPR poskytuje získanou rezistenci proti virům u prokaryot". Věda. 315 (5819): 1709–12. Bibcode:2007Sci ... 315.1709B. doi:10.1126 / science.1138140. hdl:20.500.11794/38902. PMID  17379808. S2CID  3888761.
  46. ^ Horvath P, Barrangou R (leden 2010). „CRISPR / Cas, imunitní systém bakterií a archea“. Věda. 327 (5962): 167–70. Bibcode:2010Sci ... 327..167H. doi:10.1126 / science.1179555. PMID  20056882. S2CID  17960960.
  47. ^ Kim YG, Cha J, Chandrasegaran S (únor 1996). „Hybridní restrikční enzymy: fúze zinkového prstu s doménou štěpení Fok I“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 93 (3): 1156–60. Bibcode:1996PNAS ... 93.1156K. doi:10.1073 / pnas.93.3.1156. PMC  40048. PMID  8577732.
  48. ^ Urnov FD, Rebar EJ, Holmes MC, Zhang HS, Gregory PD (září 2010). "Úpravy genomu s vytvořenými nukleázami zinkových prstů". Recenze přírody. Genetika. 11 (9): 636–46. doi:10.1038 / nrg2842. PMID  20717154. S2CID  205484701.
  49. ^ Townsend JA, Wright DA, Winfrey RJ, Fu F, Maeder ML, Joung JK, Voytas DF (květen 2009). „Vysokofrekvenční modifikace rostlinných genů pomocí geneticky upravených nukleáz zinku“. Příroda. 459 (7245): 442–5. Bibcode:2009 Natur.459..442T. doi:10.1038 / nature07845. PMC  2743854. PMID  19404258.
  50. ^ Shukla VK, Doyon Y, Miller JC, DeKelver RC, Moehle EA, Worden SE a kol. (Květen 2009). „Přesná modifikace genomu u druhů plodin Zea mays pomocí nukleáz se zinkovým prstem“. Příroda. 459 (7245): 437–41. Bibcode:2009 Natur.459..437S. doi:10.1038 / nature07992. PMID  19404259. S2CID  4323298.
  51. ^ Ekker SC (2008). „Razicí knoflíky na bázi zinkového prstu pro geny zebrafish“. Zebrafish. 5 (2): 121–3. doi:10.1089 / zeb.2008.9988. PMC  2849655. PMID  18554175.
  52. ^ Geurts AM, Cost GJ, Freyvert Y, Zeitler B, Miller JC, Choi VM a kol. (Červenec 2009). „Vyřazení krys mikroinjekcí nukleáz zinkovým prstem do embrya“. Věda. 325 (5939): 433. Bibcode:2009Sci ... 325..433G. doi:10.1126 / science.1172447. PMC  2831805. PMID  19628861.
  53. ^ Tovkach A, Zeevi V, Tzfira T (leden 2011). "Exprese, čištění a charakterizace klonové nukleární zinkové prstové nukleázy". Journal of Biotechnology. 151 (1): 1–8. doi:10.1016 / j.jbiotec.2010.10.071. PMID  21029755.
  54. ^ Christian M, Cermak T, Doyle EL, Schmidt C, Zhang F, Hummel A a kol. (Říjen 2010). „Cílení dvouvláknových zlomů DNA pomocí efektorových nukleáz TAL“. Genetika. 186 (2): 757–61. doi:10.1534 / genetika.110.120717. PMC  2942870. PMID  20660643.
  55. ^ Li T, Huang S, Jiang WZ, Wright D, Spalding MH, Weeks DP, Yang B (leden 2011). „TAL nukleázy (TALN): hybridní proteiny složené z TAL efektorů a FokI DNA-štěpné domény“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (1): 359–72. doi:10.1093 / nar / gkq704. PMC  3017587. PMID  20699274.
  56. ^ Hsu PD, Lander ES, Zhang F (červen 2014). „Vývoj a aplikace CRISPR-Cas9 pro genomové inženýrství“. Buňka. 157 (6): 1262–78. doi:10.1016 / j.cell.2014.05.010. PMC  4343198. PMID  24906146.
  57. ^ Revoluce v biotechnologii s enzymy umělého omezení. (hlášení dne Programovatelné enzymy pro umělé omezení pomocí DNA )
  58. ^ Murtola M, Wenska M, Strömberg R (červenec 2010). "PNAzymy, které jsou umělými restrikčními enzymy RNA". Journal of the American Chemical Society. 132 (26): 8984–90. doi:10.1021 / ja1008739. PMID  20545354.
  59. ^ A. Pingoud (2004). Restrikční endonukleázy (nukleové kyseliny a molekulární biologie). Springer. p. 3. ISBN  9783642188510.
  60. ^ Smith HO, Nathans D (prosinec 1973). „Dopis: Navrhovaná nomenklatura pro modifikace a restrikční systémy bakteriálních hostitelů a jejich enzymy“. Journal of Molecular Biology. 81 (3): 419–23. doi:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID  4588280.
  61. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, Bhagwat AS, Bickle TA, Bitinaite J a kol. (Duben 2003). „Názvosloví pro restrikční enzymy, DNA methyltransferázy, naváděcí endonukleázy a jejich geny“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093 / nar / g 274. PMC  152790. PMID  12654995.
  62. ^ Geerlof A. „Klonování pomocí restrikčních enzymů“. Evropská laboratoř molekulární biologie - Hamburk. Citováno 2008-06-07.
  63. ^ Russell DW, Sambrook J (2001). Molekulární klonování: laboratorní příručka. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory. ISBN  0-87969-576-5.
  64. ^ Wolff JN, Gemmell NJ (únor 2008). „Kombinace alelově specifických fluorescenčních sond a restrikčních testů v PCR v reálném čase k dosažení skóre SNP nad poměry alel 1: 1000“. Biotechniky. 44 (2): 193–4, 196, 199. doi:10.2144/000112719. PMID  18330346.
  65. ^ Zhang R, Zhu Z, Zhu H, Nguyen T, Yao F, Xia K a kol. (Červenec 2005). „SNP Cutter: komplexní nástroj pro návrh testu SNP PCR-RFLP“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s webovým serverem): W489-92. doi:10.1093 / nar / gki358. PMC  1160119. PMID  15980518.
  66. ^ "Mapování". Příroda.
  67. ^ Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2002). Biochemie (Páté vydání). San Francisco: W.H. Freemane. p. 122. ISBN  0-7167-4684-0.
  68. ^ Tebas P, Stein D, Tang WW, Frank I, Wang SQ, Lee G a kol. (Březen 2014). „Genová editace CCR5 v autologních CD4 T buňkách osob infikovaných HIV“. The New England Journal of Medicine. 370 (10): 901–10. doi:10.1056 / NEJMoa1300662. PMC  4084652. PMID  24597865.
  69. ^ Wayengera M (2003). „HIV a genová terapie: Navrhovaný [R-M enzymatický] model genové terapie proti HIV“. Makerere Med J. 38: 28–30.
  70. ^ Wayengera M, Kajumbula H, Byarugaba W (2007). „Frekvence a mapování místa štěpení genové sekvence HIV-1 / SIVcpz, HIV-2 / SIVsmm a dalšího SIV různými bakteriálními restrikčními enzymy: Prekurzory nového produktu inhibujícího HIV.“. Afr J Biotechnol. 6 (10): 1225–1232.
  71. ^ Schiffer JT, Aubert M, Weber ND, Mintzer E, Stone D, Jerome KR (září 2012). „Cílená mutageneze DNA pro léčbu chronických virových infekcí“. Journal of Virology. 86 (17): 8920–36. doi:10.1128 / JVI.00052-12. PMC  3416169. PMID  22718830.
  72. ^ Manjunath N, Yi G, Dang Y, Shankar P (listopad 2013). „Novější technologie úpravy genů směrem k genové terapii HIV“. Viry. 5 (11): 2748–66. doi:10,3390 / v5112748. PMC  3856413. PMID  24284874.
  73. ^ Stetson DB, Ko JS, Heidmann T, Medzhitov R (srpen 2008). „Trex1 brání buněčné vnitřní iniciaci autoimunity“. Buňka. 134 (4): 587–98. doi:10.1016 / j.cell.2008.06.032. PMC  2626626. PMID  18724932.
  74. ^ Gasior SL, Roy-Engel AM, Deininger PL (červen 2008). „ERCC1 / XPF omezuje retrotranspozici L1“. Oprava DNA. 7 (6): 983–9. doi:10.1016 / j.dnarep.2008.02.006. PMC  2483505. PMID  18396111.
  75. ^ Roberts RJ (leden 1980). "Omezení a modifikace enzymů a jejich rozpoznávací sekvence". Výzkum nukleových kyselin. 8 (1): r63 – r80. doi:10.1093 / nar / 8.1.197-d. PMC  327257. PMID  6243774.
  76. ^ Roberts RJ (1988). "Restrikční enzymy a jejich isoschizomery". Výzkum nukleových kyselin. 16 Suppl (Suppl): r271-313. doi:10.1093 / nar / 16.suppl.r271. PMC  340913. PMID  2835753.
  77. ^ A b C d E F G Krieger M, Scott MP, Matsudaira PT, Lodish HF, Darnell JE, Zipursky L, Kaiser C, Berk A (2004). Molekulární buněčná biologie (5. vydání). New York: W.H. Freeman a společnost. ISBN  0-7167-4366-3.
  78. ^ „Stu I ze Streptomyces tubercidicus“. Sigma-Aldrich. Citováno 2008-06-07.
  79. ^ Shimotsu H, Takahashi H, Saito H (listopad 1980). "Nová místně specifická endonukleáza StuI ze Streptomyces tubercidicus". Gen. 11 (3–4): 219–25. doi:10.1016/0378-1119(80)90062-1. PMID  6260571.

externí odkazy

Prostředky knihovny o
Restrikční enzymy