FLNA - FLNA
Filamin A, alfa (FLNA) je protein že u lidí je kódován FLNA gen.[5][6]
Funkce
Aktin vázající protein, nebo filamin, je protein 280 kD, který zesíťuje aktinová vlákna do ortogonálních sítí v kortikální cytoplazmě a podílí se na ukotvení membránových proteinů pro aktinový cytoskelet. Remodelace cytoskeletu je ústřední pro modulaci buněčného tvaru a migraci. Filamin A, kódovaný genem FLNA, je široce exprimovaný filamin, který reguluje reorganizaci aktinového cytoskeletu interakcí s integriny, komplexy transmembránových receptorů a sekundárními posly. [Dodává OMIM][7]
Struktura
Proteinová struktura zahrnuje aktin vázající N terminální doménu, 24 vnitřních repeticí a 2 pantové oblasti.[8][9]
Interakce
Filamin byl prokázán komunikovat s:
Úpravy RNA
Upravený zbytek byl dříve zaznamenán jako polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) v dbSNP.
Typ
A až já Úpravy RNA je katalyzován rodinou adenosindeamináz působících na RNA (ADAR), které specificky rozpoznávají adenosiny v dvouvláknových oblastech pre-mRNA a deaminují je na inosin. Inosiny jsou uznávány jako guanosin translačním aparátem buněk. Existují tři členové rodiny ADAR ADAR 1-3, přičemž jedinými enzymaticky aktivními členy jsou ADAR 1 a ADAR 2. Předpokládá se, že ADAR3 má v mozku regulační úlohu. ADAR1 a ADAR 2 jsou široce exprimovány ve tkáních, zatímco ADAR 3 je omezen na mozek. Dvouvláknové oblasti RNA jsou vytvořeny párováním bází mezi zbytky v oblasti komplementární k oblasti editačního místa. Tato doplňková oblast se obvykle nachází v sousední oblasti intron ale mohou být také lokalizovány v exonové sekvenci. Oblast, která se páruje s oblastí úpravy, je známá jako Editing Complentary Sequence (ECS).
Stránky
Jedno editační místo FLNA pre-mRNA se nachází v aminokyselině 2341 finálního proteinu. The Glutamin (Q) kodon je změněn kvůli místně specifické deaminaci adenosinu na místě úpravy na Arginin (R) kodon. Předpokládá se, že editační oblast vytvoří dvouvláknovou oblast o délce 32 párů bází s komplementární sekvencí asi 200 nukleotidů za editačním místem. Tento ECS se nachází v intronové sekvenci.[24] Úpravy v místě Q / R pravděpodobně zahrnují jak ADAR1, tak ADAR2. Vyřazení myší ADAR2 vykazuje snížení úprav v místě Q / R. Dvojité vyřazení ADAR1 nemá na úpravy žádný vliv.[25]
Struktura
Upravený adenosin je lokalizován v opakování proteinu podobného 22 imunogloulinům. Tato oblast je integrin β vazebná doména[26] a a RAC1 vazebná doména.[19] Změna aminokyselin pravděpodobně ovlivní elektrostatický potenciál vazebných domén.[24] Místo pro editaci FLNA jsou 2 nukleotidy z místa sestřihu, jako je R / G místo GluR-2. Oba přepisy mají kolem svých editačních stránek 7/8 identických nukleotidů. Vzhledem k tomu, že se obecně předpokládá, že úpravy v místě GLUR-2 Q / R ovlivňují sestřih, posloupnost a podobnost místa úprav mohou znamenat, že úpravy v místě FLNA mohou také regulovat sestřih. In vitro experimenty s gluR-2 ukázaly, že přítomnost ADAR2 vede k inhibici sestřihu.[27] Analýza dat EST pro FLNA ukazuje, že existuje souvislost mezi editací posledního exonového kodonu a retencí následujícího intronu.[24]
Funkce
Změna elektrostatického potenciálu pravděpodobně ovlivní vazbu FLNA na mnoho proteinů, s nimiž interaguje.[28]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000196924 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031328 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Gorlin JB, Henske E, Warren ST, Kunst CB, D'Urso M, Palmieri G, Hartwig JH, Bruns G, Kwiatkowski DJ (říjen 1993). „Actin-binding protein (ABP-280) filamin gen (FLN) mapuje telomeric na lokus barevného vidění (R / GCP) a centromerní na G6PD v Xq28“. Genomika. 17 (2): 496–8. doi:10.1006 / geno.1993.1354. PMID 8406501.
- ^ Robertson SP, Twigg SR, Sutherland-Smith AJ, Biancalana V, Gorlin RJ, Horn D, Kenwrick SJ, Kim CA, Morava E, Newbury-Ecob R, Orstavik KH, Quarrell OW, Schwartz CE, nůžky DJ, Suri M, Kendrick -Jones J, Wilkie AO (březen 2003). „Lokalizované mutace v genu kódujícím cytoskeletální protein filamin A způsobují u lidí různé malformace“. Nat Genet. 33 (4): 487–91. doi:10.1038 / ng1119. PMID 12612583.
- ^ "Entrez Gene: FLNA filamin A, alfa (aktin vázající protein 280)".
- ^ Gräber P, Witt HT (únor 1976). "Vztahy mezi elektrickým potenciálem, gradientem pH, tokem protonů a fosforylací ve fotosyntetické membráně". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bioenergetika. 423 (2): 141–63. doi:10.1016/0005-2728(76)90174-2. PMID 2316.
- ^ "P21333 (FLNA_HUMAN): Filamin-A". UniProt.
- ^ Yuan Y, Shen Z (prosinec 2001). „Interakce s BRCA2 naznačuje roli filaminu-1 (hsFLNa) v reakci na poškození DNA“. J. Biol. Chem. 276 (51): 48318–24. doi:10,1074 / jbc.M102557200. PMID 11602572.
- ^ van der Flier A, Kuikman I, Kramer D, Geerts D, Kreft M, Takafuta T, Shapiro SS, Sonnenberg A (leden 2002). „Různé varianty sestřihu filaminu-B ovlivňují myogenezi, subcelulární distribuci a určují vazbu na podjednotky integrinu p“. J. Cell Biol. 156 (2): 361–76. doi:10.1083 / jcb.200103037. PMC 2199218. PMID 11807098.
- ^ Loo DT, Kanner SB, Aruffo A (září 1998). "Filamin se váže na cytoplazmatickou doménu beta1-integrinu. Identifikace aminokyselin odpovědných za tuto interakci". J. Biol. Chem. 273 (36): 23304–12. doi:10.1074 / jbc.273.36.23304. PMID 9722563.
- ^ Hjälm G, MacLeod RJ, Kifor O, Chattopadhyay N, Brown EM (září 2001). „Filamin-A se váže na karboxylový koncový konec receptoru citlivého na vápník, což je interakce, která se účastní CaR zprostředkované aktivace mitogenem aktivované proteinkinázy“. J. Biol. Chem. 276 (37): 34880–7. doi:10,1074 / jbc.M100784200. PMID 11390380.
- ^ Awata H, Huang C, Handlogten ME, Miller RT (září 2001). „Interakce vápníkového receptoru a filaminu, potenciálního proteinu lešení“. J. Biol. Chem. 276 (37): 34871–9. doi:10,1074 / jbc.M100775200. PMID 11390379.
- ^ Tu Y, Wu S, Shi X, Chen K, Wu C (duben 2003). „Migfilin a Mig-2 spojují fokální adheze s filaminem a aktinovým cytoskeletem a fungují v modulaci buněčného tvaru“. Buňka. 113 (1): 37–47. doi:10.1016 / s0092-8674 (03) 00163-6. PMID 12679033.
- ^ Nagano T, Yoneda T, Hatanaka Y, Kubota C, Murakami F, Sato M (červenec 2002). „Filamin A-interagující protein (FILIP) reguluje migraci kortikálních buněk z ventrikulární zóny“. Nat. Cell Biol. 4 (7): 495–501. doi:10.1038 / ncb808. PMID 12055638.
- ^ Sheen VL, Feng Y, Graham D, Takafuta T, Shapiro SS, Walsh CA (listopad 2002). „Filamin A a Filamin B jsou společně exprimovány v neuronech během období migrace neuronů a mohou fyzicky interagovat“. Hučení. Mol. Genet. 11 (23): 2845–54. doi:10,1093 / hmg / 11,23,2845. PMID 12393796.
- ^ Donaldson JC, Dise RS, Ritchie MD, Hanks SK (srpen 2002). „Domény konzervované nefrocystiny zapojené do cílení na spojení epitelové buňky a buňky, interakce s filaminy a stanovení polarity buněk“. J. Biol. Chem. 277 (32): 29028–35. doi:10,1074 / jbc.M111697200. PMID 12006559.
- ^ A b Ohta Y, Suzuki N, Nakamura S, Hartwig JH, Stossel TP (březen 1999). „Malá GTPáza RalA cílí na filamin pro indukci filopodií“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (5): 2122–8. Bibcode:1999PNAS ... 96.2122O. doi:10.1073 / pnas.96.5.2122. PMC 26747. PMID 10051605.
- ^ He X, Li Y, Schembri-King J, Jakes S, Hayashi J (srpen 2000). "Identifikace proteinu vázajícího aktin, ABP-280, jako vazebného partnera lidského adaptorového proteinu Lnk". Mol. Immunol. 37 (10): 603–12. doi:10.1016 / s0161-5890 (00) 00070-5. PMID 11163396.
- ^ Bellanger JM, Astier C, Sardet C, Ohta Y, Stossel TP, Debant A (prosinec 2000). „Rac1- a RhoG-specifická doména GEF tria cílí na filamin k remodelaci cytoskeletálního aktinu“. Nat. Cell Biol. 2 (12): 888–92. doi:10.1038/35046533. PMID 11146652.
- ^ Tsuchiya H, Iseda T, Hino O (červenec 1996). "Identifikace nového proteinu (VBP-1), který se váže na produkt von Hippel-Lindau (VHL) pro potlačování nádoru". Cancer Res. 56 (13): 2881–5. PMID 8674032.
- ^ Zhou MI, Wang H, Ross JJ, Kuzmin I, Xu C, Cohen HT (říjen 2002). „Nádorový supresor von Hippel-Lindau stabilizuje nový rostlinný homeodoménový protein Jade-1“. J. Biol. Chem. 277 (42): 39887–98. doi:10,1074 / jbc.M205040200. PMID 12169691.
- ^ A b C Levanon EY, Hallegger M, Kinar Y, Shemesh R, Djinovic-Carugo K, Rechavi G, Jantsch MF, Eisenberg E (2005). „Evolučně konzervované lidské cíle úpravy adenosinu na inosin RNA“. Nucleic Acids Res. 33 (4): 1162–8. Bibcode:2005q.bio ..... 2045L. doi:10.1093 / nar / gki239. PMC 549564. PMID 15731336.
- ^ Riedmann EM, Schopoff S, Hartner JC, Jantsch MF (červen 2008). „Specifičnost úpravy RNA zprostředkované ADAR u nově identifikovaných cílů“. RNA. 14 (6): 1110–8. doi:10,1261 / rna.923308. PMC 2390793. PMID 18430892.
- ^ Travis MA, van der Flier A, Kammerer RA, Mold AP, Sonnenberg A, Humphries MJ (červenec 2004). „Interakce filaminu A s integrinovou beta 7 cytoplazmatickou doménou: role alternativního sestřihu a fosforylace“. FEBS Lett. 569 (1–3): 185–90. doi:10.1016 / j.febslet.2004.04.099. PMID 15225631.
- ^ Bratt E, Ohman M (březen 2003). "Koordinace úpravy a sestřihu pre-mRNA glutamátového receptoru". RNA. 9 (3): 309–18. doi:10,1261 / rna.2750803. PMC 1370398. PMID 12592005.
- ^ Popowicz GM, Müller R, Noegel AA, Schleicher M, Huber R, Holak TA (říjen 2004). "Molekulární struktura prutové domény dictyostelium filaminu". J. Mol. Biol. 342 (5): 1637–46. doi:10.1016 / j.jmb.2004.08.017. PMID 15364587.
Další čtení
- Light S, Sagit R, Ithychanda SS, Qin J, Elofsson A (září 2012). „Vývoj filaminu - perspektiva opakování proteinové domény“. Journal of Structural Biology. 179 (3): 289–98. doi:10.1016 / j.jsb.2012.02.010. PMC 3728663. PMID 22414427.
- Stossel TP, Condeelis J, Cooley L, Hartwig JH, Noegel A, Schleicher M, Shapiro SS (2001). "Filaminy jako integrátory buněčné mechaniky a signalizace". Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2 (2): 138–45. doi:10.1038/35052082. PMID 11252955.
- van der Flier A, Sonnenberg A (2001). "Strukturální a funkční aspekty filaminů". Biochim. Biophys. Acta. 1538 (2–3): 99–117. doi:10.1016 / S0167-4889 (01) 00072-6. PMID 11336782.