EcoRI - EcoRI
| EcoRI | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | EcoRI | ||||||||
| Pfam | PF02963 | ||||||||
| InterPro | IPR004221 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | 79lll | ||||||||
| |||||||||
EcoRI (vyslovuje se „eco R one“) je omezení endonukleáza enzym izolovaný z druhů E-coli. Jedná se o restrikční enzym, který štěpí dvojité šroubovice DNA na fragmenty na konkrétních místech a je také součástí systém modifikace omezení. The Eco část názvu enzymu pochází z druhu, ze kterého byl izolován - „E“ označuje obecný název, který je „Escherichia“ a „co“ označuje název druhu, „coli“ - zatímco R představuje konkrétní kmen, v tomto případě RY13 a I označuje, že se jednalo o první enzym izolovaný z tohoto kmene.
v molekulární biologie používá se jako restrikční enzym. EcoRI vytváří 4 nukleotidy lepivé konce s 5 'konec převisy AATT. Sekvence rozpoznávající nukleovou kyselinu, kde enzym štěpí, je G / AATTC, která má a palindromický, komplementární sekvence CTTAA / G. Symbol / v sekvenci označuje, kterou fosfodiesterovou vazbu enzym rozbije v molekule DNA. Jiné restrikční enzymy, v závislosti na jejich řezaných místech, mohou také ponechat 3 'převisy nebo tupé konce bez přesahů.
Struktura
Primární struktura
EcoRI obsahuje motiv PD..D / EXK na svém aktivním místě jako mnoho jiných restrikční endonukleázy.
Terciární a kvartérní struktura
Enzym je a homodimer z 31 kilodaltonové podjednotky skládající se z jedné kulové domény architektury α / β. Každá podjednotka obsahuje smyčku, která vyčnívá z kulové domény a po navázání se omotává kolem DNA.[1][2]
EcoRI byl kokrystalizován se sekvencí, kterou normálně řeže. Tento krystal byl použit k řešení struktury komplexu 1 QPS. Vyřešená krystalová struktura ukazuje, že podjednotky enzymu homodimer interagovat s DNA symetricky.[1] V komplexu dva α-šroubovice z každé podjednotky se spojí a vytvoří svazek čtyř šroubovic.[3] Na interagujících šroubovicích jsou zbytky Glu144 a Arg145, které interagují společně a vytvářejí přeslechový kruh, o kterém se předpokládá, že umožňuje komunikaci dvou aktivních míst enzymu.[4]
Použití
Restrikční enzymy, jako např EcoRI, se používají v široké škále technik molekulární genetiky včetně klonování, Screening DNA a mazání částí DNA in vitro. Restrikční enzymy, jako EcoRI, které generují lepivé konce DNA se často používá k dělení DNA před ligace, protože lepkavé konce vytvářejí ligační reakce Efektivnější. EcoRI může vykazovat nespecifické řezání, známé jako hvězdná aktivita, v závislosti na podmínkách přítomných v reakci. Podmínky, které mohou při používání vyvolat aktivitu hvězd EcoRI zahrnují nízkou koncentraci solí, vysokou koncentraci glycerolu, nadměrné množství enzymu přítomného v reakci, vysoké pH a kontaminaci některými organickými rozpouštědly. Řez provedený enzymem Eco RI produkuje lepivé konce vektoru, zejména plazmidů nebo virových DNA.[5]
Viz také
Reference
- ^ A b Pingoud A, Jeltsch A (září 2001). "Struktura a funkce restrikčních endonukleáz typu II". Výzkum nukleových kyselin. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093 / nar / 29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805.
- ^ Kurpiewski MR, Engler LE, Wozniak LA, Kobylanska A, Koziolkiewicz M, Stec WJ, Jen-Jacobson L (říjen 2004). "Mechanismy vazby mezi specificitou rozpoznávání DNA a katalýzou v endonukleáze EcoRI". Struktura. 12 (10): 1775–88. doi:10.1016 / j.str.2004.07.016. PMID 15458627.
- ^ Bitinaite J, Wah DA, Aggarwal AK, Schildkraut I (září 1998). „K štěpení DNA je nutná dimerizace FokI. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (18): 10570–5. Bibcode:1998PNAS ... 9510570B. doi:10.1073 / pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744.
- ^ Kim YC, Grable JC, Love R, Greene PJ, Rosenberg JM (září 1990). „Zdokonalení krystalové struktury Eco RI endonukleázy: revidované trasování proteinového řetězce“. Věda. 249 (4974): 1307–9. Bibcode:1990Sci ... 249,1307K. doi:10.1126 / science.2399465. PMID 2399465.
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 15. 10. 2012. Citováno 2010-01-21.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
