Seznam míst pro řezání restrikčními enzymy - List of restriction enzyme cutting sites

A restrikční enzym nebo omezení endonukleáza je speciální druh biologického makromolekula který funguje jako součást „imunitní systém " v bakterie. Jeden speciální druh restrikčních enzymů je třída „naváděcí endonukleázy ", tyto jsou přítomny ve všech tři domény života, i když se zdá, že se jejich funkce v jednotlivých doménách velmi liší.

Klasické restrikční enzymy rozřezávají, a tím zneškodňují jakékoli neznámé (nebuněčný ) DNA který vstupuje do bakteriální buňky v důsledku a virová infekce. Rozpoznávají specifickou sekvenci DNA, obvykle krátkou (3 až 8 bp ) a rozřízněte jej, přičemž vytvoříte tupé nebo převislé konce, buď na nebo v blízkosti web pro rozpoznávání.

Restrikční enzymy jsou velmi variabilní v krátkých sekvencích DNA, které rozpoznávají. Organismus má často několik různých enzymů, z nichž každý je specifický pro odlišnou krátkou sekvenci DNA.[1]

Viz hlavní článek na restrikční enzym.
Další čtení: Naváděcí endonukleáza.

Katalog restrikčních enzymů

Seznam obsahuje některé z nejvíce studovaných příkladů omezení endonukleáz. Jsou uvedeny následující informace:

  • Enzym: Přijatý název molekula, v souladu s mezinárodně přijatými nomenklatura[2][3], a bibliografické odkazy. (Další čtení: viz část „Nomenklatura „v článku“Restrikční enzym ".)
  • Kód PDB: Kód používaný k identifikaci struktury proteinu v PDB databáze proteinových struktur. 3D atomová struktura proteinu poskytuje velmi cenné informace pro pochopení intimních detailů jeho mechanismu působení[4][5].
  • Zdroj: Organismus, který přirozeně produkuje enzym.
  • Sekvence rozpoznávání: Sekvence DNA rozpoznávaná enzymem, na kterou se specificky váže.
  • Střih: Místo řezu a produkty DNA řezu. The sekvence rozpoznávání a místo řezu se obvykle shoduje, ale někdy může být řezací místo vzdálené od rozpoznávacího místa desítky nukleotidů[6][7].
  • Isoschizomery a neoschizomery: An isoschizomer je enzym který rozpozná stejnou sekvenci jako další. A neoschizomer je speciální typ isoschizomeru, který rozpoznává stejnou sekvenci jako jiný, ale dělí se jiným způsobem. U každého enzymu je uveden maximální počet 8–10 nejběžnějších isoschizomerů, ale může jich být mnohem více. Neoschizomery jsou zobrazeny tučným a zeleným písmem (např .: BamHI). Když „Žádné zapnuto datum„je uvedeno, to znamená, že k tomuto datu nebyly v databázích s jasně definovaným místem řezání zaregistrovány žádné isoschizomery. Isoschizomery uvedené bílým písmem a šedým pozadím odpovídají enzymům, které nejsou uvedeny v aktuálních seznamech:
jako v tomto neuvedeném enzymu: EcoR70I 


Celý seznam obsahuje více než 1 200 enzymů, ale databáze registrují asi 4 000.[8]

Aby byl vytvořen seznam, který je přístupný navigaci, byl tento seznam rozdělen na různé stránky. Každá stránka obsahuje někde mezi 120 - 150 položkami. Vyberte písmeno a přejděte do konkrétní části seznamu:

Poznámky a odkazy

  1. ^ Roberts RJ (leden 1980). "Omezení a modifikace enzymů a jejich rozpoznávací sekvence". Nucleic Acids Res. 8 (1): r63 – r80. doi:10.1093 / nar / 8.1.197-d. PMC  327257. PMID  6243774.
  2. ^ Smith HO, Nathans D (prosinec 1973). „Dopis: Navrhovaná nomenklatura pro modifikace a restrikční systémy bakteriálních hostitelů a jejich enzymy“. J. Mol. Biol. 81 (3): 419–23. doi:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID  4588280.
  3. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, Bhagwat AS, Bickle TA, Bitinaite J, Blumenthal RM, Degtyarev SK, Dryden DT, Dybvig K, Firman K, Gromova ES, Gumport RI, Halford SE, Hattman S, Heitman J, Hornby DP , Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh E, Rao DN, Reich N, Repin VE, Selker EU, Shaw PC, Stein DC, Stoddard BL, Szybalski W, Trautner TA, Van Etten JL, Vitor JM, Wilson GG, Xu SY (duben 2003). „Nomenklatura pro restrikční enzymy, DNA metyltransferázy, naváděcí endonukleázy a jejich geny“. Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093 / nar / g 274. PMC  152790. PMID  12654995.
  4. ^ Jeremy MB, John LT, Lubert S (2002). "3. Struktura a funkce proteinů". Biochemie. San Francisco: W. H. Freeman. ISBN  0-7167-4684-0.
  5. ^ Anfinsen C.B. (1973). „Zásady, kterými se řídí skládání proteinových řetězců“. Věda. 181 (4096): 223–30. doi:10.1126 / science.181.4096.223. PMID  4124164.
  6. ^ Kessler C, Manta V (srpen 1990). "Specifičnost restrikčních endonukleáz a modifikace DNA methyltransferáz a recenze (vydání 3)". Gen. 92 (1–2): 1–248. doi:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-B. PMID  2172084.
  7. ^ Pingoud A, Jeltsch A (září 2001). "Struktura a funkce restrikčních endonukleáz typu II". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093 / nar / 29.18.3705. PMC  55916. PMID  11557805.
  8. ^ Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. „REBASE“. Citováno 2010-05-23. Databáze restrikčních enzymů.

Viz také

externí odkazy

Databáze a seznamy restrikčních enzymů:

  • Velmi komplexní databáze restrikčních enzymů podporovaná společností New England Biolabs ©. Zahrnuje všechny druhy biologických, strukturálních, kinetických a obchodních informací o tisících enzymů. Zahrnuje také související literaturu pro každou molekulu: Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. „REBASE“. Citováno 2010-05-23. Databáze restrikčních enzymů.
  • Podrobné informace pro biochemické experimenty: "Vyhledávač enzymů". Archivovány od originál dne 08.01.2010. Citováno 2010-01-07. Vyhledávač enzymů New England Biolabs ©.
  • Abecední seznam enzymů a jejich restrikčních míst: „Webová stránka Enzymu s omezením GenScript ©“. Archivovány od originál dne 4. 7. 2009. Citováno 2010-01-07.
  • Obecné informace o restrikčních místech a biochemických podmínkách pro restrikční reakce: „Zdroj omezení enzymů“. Archivovány od originál dne 2002-02-03. Citováno 2010-01-07. Webová stránka restrikčních enzymů Promega ©.

Databáze proteinů:

  • Databáze struktur proteinů, řešená při atomovém rozlišení: "PDB". Citováno 2010-01-25. Celosvětová proteinová banka.
  • Databáze proteinů: Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB) & Evropský bioinformatický institut (EBI). „UniProtKB / Swiss-Prot & TrEMBL“. Citováno 2010-01-25. Swiss-Prot je kurátorovaná databáze sekvencí proteinů, která se snaží poskytovat vysokou úroveň anotací (jako je popis funkce proteinu, jeho struktura domén, posttranslační úpravy, varianty atd.), minimální úroveň redundance a vysoká úroveň integrace s jinými databázemi. TrEMBL je počítačově anotovaný doplněk Swiss-Prot, který obsahuje všechny překlady EMBL položky nukleotidové sekvence ještě nejsou integrovány do Swiss-Prot.