HaeIII - HaeIII

Restrikční enzym typu 2 HaeIII
HaeIII-methyltransferáza-dna-pdb-1DCT.png
Krystalová struktura enzymu HaeIII se komplexovala s DNA: extrahelical cytosin a přeskupené párování bází.
Identifikátory
OrganismusHaemophilus aegyptius
SymbolhaeIIIR
RefSeq (Prot)WP_006996034.1
UniProtO68584
Další údaje
EC číslo3.1.21.4
ChromozómGenomické: 0,7 - 0,7 Mb
HaeIIIR
Identifikátory
SymbolRE_HaeIII
PfamPF09556
InterProIPR019059

HaeIII je jedním z mnoha restrikční enzymy (endonukleázy ) typ prokaryotické DNA, který chrání organismy před neznámou cizí DNA.[1] Jedná se o restrikční enzym používaný v laboratořích molekulární biologie. Byla to třetí endonukleáza, která byla izolována z Haemophilus aegyptius bakterie. Místo rozpoznávání enzymu - místo, kde se štěpí DNA molekuly - je GGCC nukleotid sekvence, což znamená, že štěpí DNA v místě 5'-GG / CC-3. Místo rozpoznávání je obvykle kolem 4–8 b / s[1].Tento enzym gen byl sekvenován a klonován. To se provádí za účelem vytvoření fragmentů DNA v tupých koncích. HaeIII není účinný pro jednořetězcové štěpení DNA.

Vlastnosti

HaeIII má molekulovou hmotnost 37 126. Po 2–10násobku Hae III dojde k nadměrnému trávení DNA substrátu. To má za následek 100% rozřezání, více než 50% fragmentů ligací a více než 95% opětovné rozřezání. Inaktivace teplem probíhá při asi 80 ° C po dobu 20 minut. Lokus enzymu HaeIII je na AF05137 a je lineární s 957 bazickými páry.

Dějiny

HaeIII spolu s dalšími restrikčními enzymy objevili v roce 1970 Werner Arber a Matthew Meselson. The HaeIII methyltransferáza také známá jako MTase gen z Haemophilus aegyptius (rozpoznávací sekvence: 5'-GGCC-3 ') byla zpracována Escherichia coli (E. coli) v plazmidovém vektoru pBR322. Gen byl extrahován z jediného EcoRI fragment a jeden ZadníFragment enzymu III. Bylo zjištěno, že klony nesoucí další sousední fragmenty kódují HaeIII restrikční enzym.

Funkce

Enzym štěpí DNA v pozicích, kde se nachází sekvence GGCC. Štěpení nastává mezi druhým a třetím nukleotidem (G a C ). Výsledné fragmenty DNA jsou známé jako restrikční fragmenty. HaeIII štěpí oba řetězce DNA na stejném místě a poskytuje restrikční fragmenty s tupé konce. K denaturaci tepla dochází po 20 minutách při 80 ° C.[2]

Methyláza

Haemophilus aegyptius také nese methylázu nazvanou HaeIIIM (P20589), který metyluje vnitřní cytosiny v sekvenci GGCC. Chrání sekvence před řezáním HaeIII a tvoří a systém modifikace omezení. Enzym HaeIII pochází z E-coli kmen, který nese klonovaný gen modifikace HaeIII z Haemophilus aegyptius.

Reference

  1. ^ A b „InterPro“. www.ebi.ac.uk. Citováno 2020-04-06.
  2. ^ „Omezovací enzym HaeIII“. theLabRat.com. 2005.

Další čtení

  • Rawn JD (1989). Biochemie (International ed.). ISBN  0-89278-405-9.
  • Slatko BE, Croft R, Moran LS, Wilson GG (prosinec 1988). „Klonování a analýza genů methyltransferázy HaeIII a HaeII“. Gen. 74 (1): 45–50. doi:10.1016 / 0378-1119 (88) 90248-x. PMID  3248732.
  • Blakesley RW, Dodgson JB, Nes IF, Wells RD (říjen 1977). „Duplexní oblasti v„ jednořetězcové “DNA phiX174 jsou štěpeny restrikční endonukleázou z Haemophilus aegyptius“. The Journal of Biological Chemistry. 252 (20): 7300–6. PMID  71298.
  • Hoffman JL (červenec 1986). "Chromatografická analýza chirální a kovalentní nestability S-adenosyl-L-methioninu". Biochemie. 25 (15): 4444–9. doi:10.1021 / bi00363a041. PMID  3530324.