T7 DNA helikáza - T7 DNA helicase

DNA primáza / helikáza
Identifikátory
OrganismusFág Enterobacteria T7
Symbol4
UniProtP03692

T7 DNA helikáza (gp4) je hexamerní motorický protein kódovaný Fágy T7 který využívá energii z dTTP hydrolýza zpracovávat jednosměrně podél jednoho lanka DNA, oddělující (helikáza ) dvě vlákna, jak postupuje. Je to také a primase, vytvářející krátké úseky RNA, které iniciují syntézu DNA.[1] Tvoří komplex s T7 DNA polymeráza. Jeho homology se nacházejí v mitochrondriích (as Blikat ) a chloroplasty.[2][3]

Krystalická struktura

Krystalová struktura byla v roce 2000 vyřešena na rozlišení 3,0 Á, jak je znázorněno na obrázku v odkazu.[4] V části (A) si všimněte, že se zdá, že jednotlivé podjednotky jsou ukotveny prostřednictvím interakcí mezi alfa šroubovice a sousední podjednotku. V (B) je šest sad tří smyček. Červená smyčka, známá jako smyčka II, obsahuje tři lysinové zbytky a předpokládá se, že se podílí na vázání ssDNA, která je přiváděna středem enzymu.

Mechanismus postupné hydrolýzy dTTP

Crampton a kol. navrhli mechanismus pro hydrolýzu dTTP závislou na ssDNA pomocí T7 DNA helikázy, jak je znázorněno na obrázku níže.[5] Ve svém modelu proteinové smyčky umístěné na každé hexamerní podjednotce, z nichž každá obsahuje tři lysin zbytky, postupně interagují se záporně nabitou fosfátovou kostrou ssDNA. Tato interakce pravděpodobně způsobí konformační změnu v aktivně vázané podjednotce, což zajistí účinné uvolnění dTDP z jeho vazebného místa dTTP. V procesu uvolňování dTDP je ssDNA přenesena do sousední podjednotky, která prochází podobným procesem. Předchozí studie již naznačují, že ssDNA je schopna vázat se na dvě hexamerní podjednotky současně.[6]

Viz také

Reference

  1. ^ Lee SJ, Richardson CC (říjen 2011). "Choreografie replikace DNA bakteriofága T7". Aktuální názor na chemickou biologii. 15 (5): 580–6. doi:10.1016 / j.cbpa.2011.07.024. PMC  3195405. PMID  21907611.
  2. ^ Spelbrink JN, Li FY, Tiranti V, Nikali K, Yuan QP, Tariq M a kol. (Červenec 2001). „Lidské mitochondriální delece DNA spojené s mutacemi v genu kódujícím Twinkle, protein podobný fágu T7, který je podobný 4, lokalizovaný v mitochondriích“. Genetika přírody. 28 (3): 223–31. doi:10.1038/90058. PMID  11431692.
  3. ^ Diray-Arce, J; Liu, B; Cupp, JD; Hunt, T; Nielsen, BL (4. března 2013). „Gen Arabidopsis At1g30680 kóduje homolog k proteinu fágu T7 gp4, který má aktivity DNA primázy i DNA helikázy“. Biologie rostlin BMC. 13: 36. doi:10.1186/1471-2229-13-36. PMC  3610141. PMID  23452619.
  4. ^ Singleton MR, Sawaya MR, Ellenberger T, Wigley DB (červen 2000). „Krystalová struktura kruhové helikázy genu T7 naznačuje mechanismus pro sekvenční hydrolýzu nukleotidů“. Buňka. 101 (6): 589–600. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80871-5. PMID  10892646.
  5. ^ Crampton DJ, Mukherjee S, Richardson CC (leden 2006). „DNA-indukovaný přechod z nezávislé na sekvenční dTTP hydrolýzu v bakteriofágu T7 DNA helikázy“. Mol. Buňka. 21 (2): 165–74. doi:10.1016 / j.molcel.2005.11.027. PMID  16427007.
  6. ^ Yu X, Hingorani MM, Patel SS, Egelman EH (září 1996). „DNA je navázána v centrálním otvoru na jednu nebo dvě ze šesti podjednotek helikázy T7 DNA“. Nat. Struct. Biol. 3 (9): 740–3. doi:10.1038 / nsb0996-740. PMID  8784344.

externí odkazy