DnaB helikáza - DnaB helicase
| Replikativní DNA helikáza | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||
| Symbol | DnaB | ||||||
| Gen NCBI | 948555 | ||||||
| UniProt | P0ACB0 | ||||||
| Další údaje | |||||||
| EC číslo | 3.6.1.- | ||||||
| |||||||
| DnaB podobná N terminální doména helikázy | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 nmr struktura n-terminální domény helikázy E. coli Dnab | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | DnaB | ||||||||
| Pfam | PF00772 | ||||||||
| InterPro | IPR007693 | ||||||||
| SCOP2 | 1jwe / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Terminálová doména C helikázy podobná DnaB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | DnaB_C | ||||||||
| Pfam | PF03796 | ||||||||
| Pfam klan | CL0023 | ||||||||
| InterPro | IPR007694 | ||||||||
| CDD | cd00984 | ||||||||
| |||||||||
DnaB helikáza je enzym v bakterie který otevírá replikační vidlice v době replikace DNA. Ačkoli mechanismus, kterým DnaB oba páry Hydrolýza ATP k translokaci DNA a denaturuje duplex neznámý, změna v kvartérní struktura z protein zahrnující dimerizace z N-terminál doména byl pozorován a může se objevit během enzymatický cyklus.[1] Zpočátku, když se váže DnaB dnaA, je spojen s dnaC, negativní regulátor. Po disociaci DnaC se DnaB váže den.
N-terminál má vícešnekovou strukturu, která tvoří ortogonální svazek.[1] C-koncová doména obsahuje ATP - vazebné místo, a je proto pravděpodobně místem hydrolýzy ATP.
U eukaryot zajišťuje funkci helikázy MCM (Údržba minichromozomů ) komplexní.
DicaB helikáza je produktem dnaB gen. Produkovaný enzym helikázy je hexamer v E-coli, stejně jako v mnoha dalších bakteriích. Energii pro aktivitu DnaB poskytuje hydrolýza NTP. Mechanická energie přesune DnaB do replikační vidlice a fyzicky ji rozdělí na polovinu.
E-coli dnaB
v E-coli, dnaB je hexamerní protein šesti podjednotek se 471 zbytky, které tvoří prstencovou strukturu se trojí symetrií. Během replikace DNA se zaostávající řetězec DNA váže v centrálním kanálu dnaB a druhý řetězec DNA je vyloučen. Vazba dNTP způsobuje konformační změnu, která umožňuje dnaB translokovat podél DNA, čímž mechanicky nutí oddělení řetězců DNA.[Citace je zapotřebí ]
Mechanismus zahájení replikace
 | tento článek může být pro většinu čtenářů příliš technická na to, aby je pochopili. Prosím pomozte to vylepšit na aby to bylo srozumitelné pro neodborníky, aniž by byly odstraněny technické podrobnosti. (Ledna 2018) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Na iniciační fázi replikace se podílí alespoň 10 různých enzymů nebo proteinů. Otevírají spirálu DNA na počátku a vytvářejí preprimující komplex pro následné reakce. Rozhodující složkou v iniciačním procesu je protein DnaA, člen rodiny proteinů AAA + ATPázy (ATPázy spojené s různými buněčnými aktivitami). Mnoho AAA + ATPáz, včetně DnaA, tvoří oligomery a hydrolyzuje ATP relativně pomalu. Tato ATP hydrolýza působí jako přepínač zprostředkující interkonverzi proteinu mezi dvěma stavy. V případě DnaA je aktivní forma vázaná na ATP a forma vázaná na ADP je neaktivní.
Osm molekul proteinu DnaA, všechny ve stavu vázaném na ATP, se shromáždí a vytvoří helikální komplex zahrnující místa R a I v oriC. DnaA má vyšší afinitu k R místům než I a váže R místa stejně dobře ve své ATP nebo ADP vázané formě. Lokality I, které váží pouze ATA vázané DnaA, umožňují diskriminaci mezi aktivní a neaktivní formou DnaA. Těsné ovinutí DNA kolem tohoto komplexu přináší efektivní pozitiv supercoil. Přidružený kmen v blízké DNA vede k denaturace v oblasti A: „DUE“ (DNA Unwinding Element) bohaté na T. Komplex vytvořený na počátku replikace také zahrnuje několik proteinů vázajících DNA - Hu, IHF a FIS, které usnadňují ohýbání DNA.
Protein DnaC, další AAA + ATPáza, poté zavede protein DnaB na oddělené řetězce DNA v denaturované oblasti. Hexamer DnaC, každá podjednotka vázaná na ATP, tvoří těsný komplex s hexamerní prstencovitou helikázou DnaB. Tato interakce DnaC-DnaB otevírá kruh DnaB, procesu napomáhá další interakce mezi DnaB a DnaA. Dva z kruhových hexameru DnaB jsou naneseny v DUE, jeden na každý řetězec DNA. ATP navázaný na DnaC se hydrolyzuje, uvolní DnaC a ponechá DnaB navázaný na DNA.
Načítání helikázy DnaB je klíčovým krokem při zahájení replikace. Jako replikativní helikáza migruje DnaB podél jednořetězcové DNA ve směru 5 '→ 3' a uvolňuje DNA při svém pohybu. Helikázy DnaB naložené na dva řetězce DNA se tak pohybují v opačných směrech a vytvářejí dvě potenciální replikační vidlice. Všechny ostatní proteiny na replikační vidlici jsou přímo nebo nepřímo spojeny s DnaB.[2]
Reference
externí odkazy
- DnaB + Helicases v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
