Kynurenináza - Kynureninase

KYNU
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2HZP, 3E9K
Identifikátory
Aliasy	KYNU, KYNUU, kynurenináza, VCRL2
Externí ID	OMIM: 605197 MGI: 1918039 HomoloGene: 2925 Genové karty: KYNU
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 2 (lidský)
Konec	143,055,833 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	43,682,715 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita homodimerizace proteinu; • aktivita kynureninázy; • katalytická aktivita; • vazba pyridoxal fosfátu; • aktivita hydrolázy; • Aktivita 3-hydroxykynureninázy;
Buněčná složka	• cytosol; • mitochondrie; • cytoplazma; • nukleoplazma;
Biologický proces	• pyridinový nukleotidový biosyntetický proces; • reakce na vitamin B6; • reakce na interferon-gama; • tryptofan katabolický proces na acetyl-CoA; • Katabolický proces L-kynureninu; • tryptofanový katabolický proces; • tryptofan katabolický proces na kynurenin; • proces biosyntézy chinolinátu; • antranilátový metabolický proces; • NAD biosyntetický proces; • „de novo“ biosyntetický proces NAD z tryptofanu; • stárnutí;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8942
	70789
	ENSG00000115919
	ENSMUSG00000026866
	Q16719
	Q9CXF0
	NM_001032998; NM_001199241; NM_003937
	NM_027552; NM_001289593; NM_001289594
	NP_001028170; NP_001186170; NP_003928
	NP_001276522; NP_001276523; NP_081828
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Vyhledávání
PMC	článků
PubMed	článků
NCBI	bílkoviny

kynurenináza
	Krystalová struktura Homo sapiens kynurenináza.
Identifikátory
EC číslo	3.7.1.3
Číslo CAS	9024-78-6
Databáze
IntEnz	IntEnz pohled
BRENDA	Vstup BRENDA
EXPASY	Pohled NiceZyme
KEGG	Vstup KEGG
MetaCyc	metabolická cesta
PRIAM	profil
PDB struktur	RCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologie	AmiGO / QuickGO
Vyhledávání
PMC	článků
PubMed	článků
NCBI	bílkoviny

Kynurenináza nebo L-kynurenin hydroláza (KYNU) (ES 3.7.1.3 ) je PLP závislý enzym který katalyzuje štěpení kynurenin (Kyn) do kyselina antranilová (Mravenec). Může také jednat 3hKyn (k výrobě 3hAnt ) a některé další (3-arylkarbonyl) -alaniny. Lidé exprimují jeden enzym kynureninázy, který je kódován KYNU gen nachází se na chromozomu 2.^[6]^[7]

KYNU je součástí cesty pro katabolismus z Trp a biosyntéza NAD kofaktory z tryptofan (Trp).

Kynurenináza katalyzuje následující reakci:

L-kynurenin + H₂O = antranilát + L-alanin

Struktura

Kynurenináza patří k třída V skupina aspartátaminotransferáza nadčeleď strukturně homologního pyridoxal 5'-fosfátu (PLP ) závislé enzymy. Dosud byly stanoveny dvě struktury lidské kynureninázy rentgenovou difrakcí s rozlišením 2,0 a 1,7 Á.^[1]^[8] Čtyřicet procent aminokyselin je uspořádáno do alfa šroubovice a dvanáct procent je uspořádáno do beta listů. Ukotvení kynureninového substrátu do aktivního místa naznačuje, že Asn-333 a His-102 jsou zapojeny do vazby na substrát.^[1]

Funkce

V reakci KYNU usnadňuje PLP C._β-C_y štěpení vazby. Reakce probíhá podle stejných kroků jako reakce transaminace reakce, ale nehydrolyzuje tautomerizováno Schiffova základna. Navrhovaný reakční mechanismus zahrnuje útok enzymu nukleofil na karbonylovém uhlíku (C_y) tautomerizované 3hKyn-PLP Schiffovy báze. Následuje C_β-C_y štěpení vazby za vzniku meziproduktu acyl-enzym spolu s tautomerizovaným aduktem Ala-PLP. Hydrolýzou acyl-enzymu se získá 3hAnt.

Reakční mechanismus KYNU.

Barevné schéma je následující: KYNU, PLP, názvy substrátů, anorganické molekuly, Skupina 3hAn, Alaina skupina

Reference

^ ^A ^b ^C PDB: 2HZP; Lima S, Khristoforov R, Momany C, Phillips RS (březen 2007). "Krystalová struktura Homo sapiens kynureninase". Biochemie. 46 (10): 2735–44. doi:10.1021 / bi0616697. PMC 2531291. PMID 17300176.
^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000115919 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026866 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Alberati-Giani D, Buchli R, Malherbe P, Broger C, Lang G, Köhler C, Lahm HW, Cesura AM (červenec 1996). "Izolace a exprese cDNA klonu kódujícího lidskou kynureninázu". Eur. J. Biochem. 239 (2): 460–8. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.0460u.x. PMID 8706755.
^ Toma S, Nakamura M, Toné S, Okuno E, Kido R, Breton J, Avanzi N, Cozzi L, Speciale C, Mostardini M, Gatti S, Benatti L (květen 1997). "Klonování a rekombinantní exprese krysy a lidské kynureninázy". FEBS Lett. 408 (1): 5–10. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 00374-8. PMID 9180257. S2CID 36265922.
^ PDB: 3E9K; Lima S, Kumar S, Gawandi V, Momany C, Phillips RS (leden 2009). „Krystalová struktura komplexu inhibitorů kyseliny kynureninázy-3-hydroxyhippurové Homo sapiens: vhled do molekulárního základu substrátové specificity kynureninázy“. J. Med. Chem. 52 (2): 389–96. doi:10.1021 / jm8010806. PMID 19143568.

Další čtení

Lima S, Khristoforov R, Momany C, Phillips RS (2007). "Krystalová struktura Homo sapiens kynureninase". Biochemie. 46 (10): 2735–2744. doi:10.1021 / bi0616697. PMC 2531291. PMID 17300176.
Heyes MP, Chen CY, Major EO, Saito K (1997). „Různé enzymy kynureninové dráhy omezují tvorbu kyseliny chinolinové různými typy lidských buněk“. Biochem. J. 326 (2): 351–6. doi:10.1042 / bj3260351. PMC 1218677. PMID 9291104.
Rose JE, Behm FM, Drgon T a kol. (2010). „Personalizované odvykání kouření: interakce mezi dávkou nikotinu, závislostí a skóre genotypu při ukončení léčby“. Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119 / molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
Zhang Y, Zhang KX, He X a kol. (2005). „[Polymorfismus genu kynureninázy v hypertenzní kandidátské chromozomální oblasti je spojen s esenciální hypertenzí]“. Zhonghua Xin Xue Guan Bing Za Zhi. 33 (7): 588–91. PMID 16080802.
Inada J, Okuno E, Kimura M, Kido R (1984). "Intracelulární lokalizace a charakterizace 3-hydroxykynureninázy v lidských játrech". Int. J. Biochem. 16 (6): 623–8. doi:10.1016 / 0020-711x (84) 90031-4. PMID 6468727.
Ubbink JB, Vermaak WJ, Bissbort SH (1991). "Vysoce účinný kapalinový chromatografický test úrovní aktivity lidských lymfocytů kynureninázy". J. Chromatogr. 566 (2): 369–75. doi:10.1016/0378-4347(91)80253-9. PMID 1939450.
Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Magni G, Amici A, Emanuelli M a kol. (2004). "Enzymologie NAD + homeostázy u člověka". Buňka. Mol. Life Sci. 61 (1): 19–34. doi:10.1007 / s00018-003-3161-1. PMID 14704851. S2CID 22041610.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Christensen M, Duno M, Lund AM a kol. (2007). "Xanthurenová acidurie způsobená mutací v KYNU kódující kynureninázu". J. Zdědit. Metab. Dis. 30 (2): 248–55. doi:10.1007 / s10545-007-0396-2. PMID 17334708. S2CID 13295336.
Walsh HA, Botting NP (2002). "Čištění a biochemická charakterizace některých vlastností rekombinantní lidské kynureninázy". Eur. J. Biochem. 269 (8): 2069–74. doi:10.1046 / j.1432-1033.2002.02854.x. PMID 11985583.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace cDNA knihovny obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.

externí odkazy

PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro lidskou kynureninázu

[pmid17300176-1] A ^b ^C PDB: 2HZP; Lima S, Khristoforov R, Momany C, Phillips RS (březen 2007). "Krystalová struktura Homo sapiens kynureninase". Biochemie. 46 (10): 2735–44. doi:10.1021 / bi0616697. PMC 2531291. PMID 17300176.

[refGRCh38Ensembl-2] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000115919 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-3] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000026866 - Ensembl, Květen 2017

[4] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8706755-6] Alberati-Giani D, Buchli R, Malherbe P, Broger C, Lang G, Köhler C, Lahm HW, Cesura AM (červenec 1996). "Izolace a exprese cDNA klonu kódujícího lidskou kynureninázu". Eur. J. Biochem. 239 (2): 460–8. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.0460u.x. PMID 8706755.

[pmid9180257-7] Toma S, Nakamura M, Toné S, Okuno E, Kido R, Breton J, Avanzi N, Cozzi L, Speciale C, Mostardini M, Gatti S, Benatti L (květen 1997). "Klonování a rekombinantní exprese krysy a lidské kynureninázy". FEBS Lett. 408 (1): 5–10. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 00374-8. PMID 9180257. S2CID 36265922.

[pmid19143568-8] PDB: 3E9K; Lima S, Kumar S, Gawandi V, Momany C, Phillips RS (leden 2009). „Krystalová struktura komplexu inhibitorů kyseliny kynureninázy-3-hydroxyhippurové Homo sapiens: vhled do molekulárního základu substrátové specificity kynureninázy“. J. Med. Chem. 52 (2): 389–96. doi:10.1021 / jm8010806. PMID 19143568.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

Enzymy
Aktivita	Aktivní stránky Závazný web Katalytická triáda Oxyanionový otvor Enzymová promiskuita Katalyticky dokonalý enzym Koenzym Kofaktor Enzymatická katalýza
Nařízení	Alosterická regulace Spolupráce Inhibitor enzymu Aktivátor enzymu
Klasifikace	EC číslo Nadčeleď enzymů Rodina enzymů Seznam enzymů
Kinetika	Kinetika enzymů Eadie – Hofsteeův diagram Hanes – Woolfův děj Lineweaver – Burkův graf Kinetika Michaelis – Menten
Typy	EC1 Oxidoreduktázy (seznam ) EC2 Transferázy (seznam ) EC3 Hydrolázy (seznam ) EC4 Lyázy (seznam ) EC5 Izomerázy (seznam ) EC6 Ligázy (seznam ) EC7 Translocases (seznam )