Subcelulární lokalizace - Subcellular localization
The buňky z eukaryotické organismy jsou komplikovaně rozděleny do funkčně odlišných oddílů vázaných na membránu. Některé hlavní složky eukaryotických buněk jsou: extracelulární prostor, cytoplazma, jádro, mitochondrie, Golgiho aparát, endoplazmatické retikulum (ER), peroxisom, vakuoly, cytoskelet, nukleoplazma, jádro, jaderná matice a ribozomy.
Bakterie také mají subcelulární lokalizace, které lze oddělit, když je buňka frakcionována. Mezi nejčastější zmiňované lokalizace patří cytoplazma, cytoplazmatická membrána (označovaný také jako vnitřní membrána v Gramnegativní bakterie), buněčná stěna (který je obvykle silnější v Grampozitivní bakterie) a extracelulární životní prostředí. Cytoplazma, cytoplazmatická membrána a buněčná stěna jsou subcelulární lokalizace, zatímco extracelulární prostředí zjevně není. Většina gramnegativních bakterií také obsahuje vnější membrána a periplazmatický prostor. Na rozdíl od eukaryot neobsahuje většina bakterií žádné membrány vázané organely, nicméně existují určité výjimky (tj. magnetosomy ).[1]
Databáze subcelulárních lokalizací proteinů
Experimentálně určené subcelulární polohy proteinů lze nalézt v UniProtKB, Oddíly a v několika specializovanějších zdrojích, například databáze bakteriálních sekretomů kyseliny mléčné.
Existuje také několik subcelulárních databází umístění s výpočetní předpovědi, jako znalostní databáze fungálního sekretomu a subcelulárního proteomu - verze 2 (FunSecKB2), znalostní báze rostlinného sekretomu a subcelulárního proteomu (PlantSecKB), MetazSecKB - pro subcelulární umístění proteinů u lidí a zvířat a - ProtSecKB pro proteinové subcelulární polohy všech protistů.
Viz také
Reference
- ^ Schuler D. (2004). Molekulární analýza subcelulárního kompartmentu: magnetosomová membrána v Magnetospirillum gryphiswaldense. Arch Microbiol. 181: 1-7