RefSeq - RefSeq

Refseq
Logo US-NLM-NCBI.svg
Obsah
Popisspravovaná neredundantní databáze sekvencí genomů.
Kontakt
Výzkumné centrumNárodní centrum pro biotechnologické informace
Primární citacePruitt KD & al. (2005)[1]
Přístup
webová stránkahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq

Referenční sekvence (RefSeq) databáze[1] je otevřený přístup, komentovaná a kurátorovaná sbírka veřejně dostupných nukleotid sekvence (DNA, RNA) a jejich protein produkty. Tuto databázi vytvořil Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) a na rozdíl od GenBank, poskytuje pouze jeden záznam pro každou přirozenou biologickou molekulu (tj. DNA, RNA nebo protein) pro hlavní organismy od virů přes bakterie po eukaryoty.

Pro každého modelový organismus, RefSeq si klade za cíl poskytnout oddělené a spojené záznamy pro genomovou DNA, genové transkripty a proteiny vznikající z těchto transkriptů. RefSeq je omezeno na hlavní organismy, pro které jsou k dispozici dostatečné údaje (více než 66 000 odlišných „pojmenovaných“ organismů k září 2011),[2] zatímco GenBank zahrnuje sekvence pro každý předložený organismus (přibližně 250 000 různých pojmenovaných organismů).

Kategorie RefSeq

KategoriePopis
NCKompletní genomové molekuly
NGNeúplná genomová oblast
NMmRNA
NRncRNA
NPProtein
XMpředpovídal mRNA Modelka
XRpředpovídal ncRNA Modelka
XPpředpovídal Protein model (eukaryotické sekvence)
WPpředpovídal Protein model (prokaryotické sekvence)

Další podrobnosti a další kategorie viz stůl 1 v Kapitola 18 knihy Databáze referenční sekvence (RefSeq).

Viz také

Reference

  1. ^ A b Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR (2005). „NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, trancripts and protein“. Nucleic Acids Res. 33 (Problém s databází): D501-4. doi:10.1093 / nar / gki025. PMC  539979. PMID  15608248.
  2. ^ Statistika vydání RefSeq Release 80 (Zpráva). Národní lékařská knihovna. 2017. Citováno 13. ledna 2017.

Zdroje

externí odkazy