ORFeome - ORFeome

V, molekulární genetika, an ORFeome odkazuje na kompletní sadu otevřené čtecí rámce (ORF) v a genom. Termín lze také použít k popisu souboru naklonovaný ORF.[1] ORF odpovídají sekvencím kódujícím protein (CDS) z geny. ORF lze nalézt v genomových sekvencích pomocí počítačových programů, jako jsou GENSCAN a poté zesílen PCR. I když je to v bakterie problém je netriviální eukaryotický genomy kvůli přítomnosti introny a exony stejně jako varianty spoje.

Použití ve výzkumu

Využití úplných ORFeomes odráží nový trend v biologii, který lze stručně shrnout jako omics. ORFeomes se používají ke studiu interakcí protein-protein,[2][3] proteinové mikročipy, studium antigenů,[4] a další studijní obory.

Klonovaný ORFeomes

Kompletní sady ORF byly klonovány pro řadu organismů včetně Brucella melitensis,[5]Chlamydia pneumoniae,[6]Escherichia coli,[7]Neisseria gonorrhoeae,[8]Pseudomonas aeruginosa,[9] Schizosaccharomyces pombe, Zlatý stafylokok[10]a lidské herpesviry[11]

Byl také vyroben částečný lidský ORFeome.[12][13]

Reference

  1. ^ Ohara, O. (2009). "Klonování ORFeome". Reverzní chemická genetika. Metody v molekulární biologii. 577. s. 3–9. doi:10.1007/978-1-60761-232-2_1. ISBN  978-1-60761-231-5. PMID  19718504.
  2. ^ Titz B, Rajagopala SV, Goll J, Häuser R, McKevitt MT, Palzkill T, Uetz P (2008). Hala N (ed.). „Binární proteinový interaktom Treponema pallidum - spirocheta syfilis“. PLOS One. 3 (5): e2292. doi:10.1371 / journal.pone.0002292. PMC  2386257. PMID  18509523. otevřený přístup
  3. ^ Uetz P, Rajagopala SV, Dong YA, Haas J (říjen 2004). „Od ORFeomů po mapy interakce proteinů ve virech“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2029–33. doi:10,1101 / gr. 2583304. PMID  15489322.
  4. ^ McKevitt, Matthew; Brinkman, Mary Beth; McLoughlin, Melanie; Perez, Carla; Howell, Jerrilyn K .; Weinstock, George M .; Norris, Steven J .; Palzkill, Timothy (01.07.2005). „Identifikace antigenu Treponema pallidum na genomové škále“. Infekce a imunita. 73 (7): 4445–4450. doi:10.1128 / IAI.73.7.4445-4450.2005. ISSN  0019-9567. PMC  1168556. PMID  15972547.
  5. ^ Viadas C, Rodríguez MC, García-Lobo JM, Sangari FJ, López-Goñi I (říjen 2009). „Konstrukce a vyhodnocení mikročipu DNA celého genomu Brucelly na bázi ORFeome.“ Mikrobiální patogeneze. 47 (4): 189–95. doi:10.1016 / j.micpath.2009.06.002. PMID  19524659.
  6. ^ Maier CJ, Maier RH, Virok DP, Maass M, Hintner H, Bauer JW, Onder K (2012). „Konstrukce vysoce flexibilní a komplexní sbírky genů představující ORFeom lidského patogenu Chlamydia pneumoniae“. BMC Genomics. 13: 632. doi:10.1186/1471-2164-13-632. PMC  3534531. PMID  23157390.
  7. ^ Rajagopala SV, Yamamoto N, Zweifel AE, Nakamichi T, Huang HK, Mendez-Rios JD, Franca-Koh J, poslanec Boorgula, Fujita K, Suzuki K, Hu JC, Wanner BL, Mori H, Uetz P (2010). „Escherichia coli K-12 ORFeome: zdroj pro srovnávací molekulární mikrobiologii“. BMC Genomics. 11: 470. doi:10.1186/1471-2164-11-470. PMC  3091666. PMID  20701780.
  8. ^ Brettin T, Altherr MR, Du Y, Mason RM, Friedrich A, Potter L, Langford C, Keller TJ, Jens J, Howie H, Weyand NJ, Clary S, Prichard K, Wachocki S, Sodergren E, Dillard JP, Weinstock G , So M, Arvidson CG (2005). "Expresní knihovna pro studium Neisseria gonorrhoeae, verze 1.0". Mikrobiologie BMC. 5: 50. doi:10.1186/1471-2180-5-50. PMC  1236931. PMID  16137322.
  9. ^ Labaer J, Qiu Q, Anumanthan A, Mar W, Zuo D, Murthy TV, Taycher H, Halleck A, Hainsworth E, Lory S, Brizuela L (říjen 2004). „Sbírka genů PA01 Pseudomonas aeruginosa PA01“. Výzkum genomu. 14 (10B): 2190–200. doi:10,1101 / gr.2482804. PMC  528936. PMID  15489342.
  10. ^ Brandner CJ, Maier RH, Henderson DS, Hintner H, Bauer JW, Onder K (2008). „ORFeome Staphylococcus aureus v 1.1“. BMC Genomics. 9: 321. doi:10.1186/1471-2164-9-321. PMC  2474624. PMID  18605992.
  11. ^ Fossum E, Friedel CC, Rajagopala SV, Titz B, Baiker A, Schmidt T, Kraus T, Stellberger T, Rutenberg C, Suthram S, Bandyopadhyay S, Rose D, von Brunn A, Uhlmann M, Zeretzke C, Dong YA, Boulet H, Koegl M, Bailer SM, Koszinowski U, Ideker T, Uetz P, Zimmer R, Haas J (září 2009). Sun R (ed.). „Evolučně konzervované sítě pro interakci herpesvirových proteinů“. PLoS patogeny. 5 (9): e1000570. doi:10.1371 / journal.ppat.1000570. PMC  2731838. PMID  19730696.
  12. ^ Lamesch P, Li N, Milstein S, Fan C, Hao T, Szabo G, Hu Z, Venkatesan K, Bethel G, Martin P, Rogers J, Lawlor S, McLaren S, Dricot A, Borick H, Cusick ME, Vandenhaute J „Dunham I, Hill DE, Vidal M (březen 2007). „hORFeome v3.1: zdroj lidských otevřených čtecích rámců představujících více než 10 000 lidských genů“. Genomika. 89 (3): 307–15. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.11.012. PMC  4647941. PMID  17207965.
  13. ^ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Vydání Human ORFeome 2011