Eukaryotická velká ribozomální podjednotka (60S) - Eukaryotic large ribosomal subunit (60S)
Ribozomální částice se označují podle jejich sedimentační koeficienty v Svedbergovy jednotky. The 60S podjednotka je velká podjednotka eukaryotické 80S ribozomy. Strukturálně a funkčně souvisí s 50S podjednotka z 70S prokaryotické ribozomy.[1][2][3][4][5][6] Podjednotka 60S je však mnohem větší než prokaryotická podjednotka 50S a obsahuje mnoho dalších proteinových segmentů, stejně jako ribozomální RNA expanzní segmenty.
Celková struktura
Charakteristické rysy velké podjednotky, zobrazené níže v „Crown View“, zahrnují centrální výčnělek (CP) a dvě stonky, které jsou pojmenovány podle jejich bakteriálních proteinových složek (stonek L1 vlevo, jak je vidět z rozhraní podjednotky a L7 / L12 vpravo). Existují tři vazebná místa pro tRNA, A-stránky, P-stránky a E-stránky (viz článek na překlad bílkovin Jádro podjednotky 60S je tvořeno 28S ribozomální RNA (zkráceně 28S rRNA), který je homologní s prokaryotem 23S rRNA, který také přispívá k aktivní stránce (peptidyltransferáza centrum, PTC) ribozomu.[2][4] Jádro rRNA je zdobeno desítkami proteinů. Na obrázku "Krystalová struktura eukaryotické 60S ribozomální podjednotky z T. thermophila", jádro ribozomální RNA je znázorněno jako šedá trubice a expanzní segmenty jsou zobrazeny červeně. Proteiny, které mají homology v eukaryotech, archea a bakterie, jsou zobrazeny jako modré pásky. Proteiny sdílené pouze mezi eukaryoty a archea jsou zobrazeny jako oranžové pásky a proteiny specifické pro eukaryoty jsou zobrazeny jako červené stužky.
- Krystalová struktura eukaryotické 60S ribozomální podjednotky z T. thermophila
60S ribozomální proteiny
Tabulka „Ribosomální proteiny 60S“ ukazuje jednotlivé proteinové záhyby podjednotky 60S zabarvené konzervací, jak je uvedeno výše. Rozšíření specifická pro eukaryota, od několika zbytků nebo smyček až po velmi dlouhé alfa helixy a další domény, jsou zvýrazněna červeně.[2]
Historicky se pro ribozomální proteiny používaly různé nomenklatury. Například proteiny byly očíslovány podle jejich migračních vlastností v Gelová elektroforéza experimenty. Proto mohou různé názvy odkazovat na homologní proteiny z různých organismů, zatímco identické názvy nutně neznamenají homologní proteiny. Tabulka „60S ribozomální proteiny“ obsahuje křížové odkazy na názvy lidských ribozomálních proteinů s homology kvasinek, bakterií a archaeal.[7] Další informace lze najít v databáze genů ribosomálních proteinů (RPG).[7]
| Struktura (eukaryotická)[8] | H. sapiens[7][9] | Univerzální název [10] | Aminokyseliny[11] | Zachování[12] | S. cerevisiae[13] | Bakteriální homolog (E-coli) | Archaeal homolog |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | RPLP0 | uL10 | 318 | EAB | P0 | L10 | L10 |
 | RPL3 | uL3 | 404 | EAB | L3 | L3 | L3 |
 | RPL4 | uL4 | 428 | EAB | L4 | L4 | L4 |
 | RPL5 | uL18 | 298 | EAB | L5 | L18 | L18p |
 | RPL6 | eL6 | 289 | E | L6 | n / a | n / a |
 | RPL7 | uL30 | 254 | EAB | L7 | L30 | L30 |
 | RPL7A | eL8 | 267 | EA | L8 | n / a | L7Ae |
 | RPL8 | uL2 | 258 | EAB | L2 | L2 | L2 |
 | RPL9 | uL6 | 193 | EAB | L9 | L6 | L6 |
 | RPL10 | uL16 | 215 | EAB | L10 | L16 | L10e |
 | RPL11 | uL5 | EAB | L11 | L5 | L5 | |
 | RPL13 | eL13 | EA | L13 | n / a | L13e | |
 | RPL13A | uL13 | 204 | EAB | L16 | L13 | L13 |
 | RPL14 | eL14 | 221 | EA | L14 | n / a | L14e |
 | RPL15 | eL15 | 205 | EA | L15 | n / a | L15e |
 | RPL17 | uL22 | 185 | EAB | L17 | L22 | L22 |
 | RPL18 | eL18 | 189 | EA | L18 | n / a | L18e |
 | RPL18A | eL20 | 177 | EA | L20 | n / a | Lx |
 | RPL19 | eL19 | 197 | EA | L19 | n / a | L19 |
 | RPL21 | eL21 | 161 | EA | L21 | n / a | L21e |
 | RPL22, RPL22L1 | eL22 | 129 | E | L22 | n / a | n / a |
 | RPL23 | uL14 | 141 | EAB | L23 | L14 | L14p |
 | RPL23A | uL23 | 157 | EAB | L25 | L23 | L23 |
 | RPL24 | eL24 | 158 | EA | L24 | n / a | L24e |
 | RPL26 | uL24 | 146 | EAB | L26 | L24 | L24 |
 | RPL27 | eL27 | 137 | E | L27 | n / a | n / a |
 | RPL27A | uL15 | 149 | EAB | L28 | L15 | L15 |
 | RPL28 | eL28 | E | n / a[2][3][14] | n / a | n / a | |
 | RPL29 | eL29 | E | L29 | n / a | n / a | |
 | RPL30 | eL30 | 116 | EA | L30 | n / a | L30e |
 | RPL31 | eL31 | 126 | EA | L31 | n / a | L31e |
 | RPL32 | eL32 | 136 | EA | L32 | n / a | L32e |
 | RPL34 | eL34 | 118 | EA | L34 | n / a | L34e |
 | RPL35 | uL29 | 124 | EAB | L35 | L29 | L29 |
 | RPL35A | eL33 | EA | L33 | n / a | L35Ae | |
 | RPL36 | eL36 | 106 | E | L36 | n / a | n / a |
 | RPL36A | eL42 | 107 | EA | L42 | n / a | L44e |
 | RPL37 | eL37 | 98 | EA | L37 | n / a | L37e |
 | RPL37A | eL43 | EA | L43 | n / a | L37Ae | |
 | RPL38 | eL38 | EA | L38 | n / a | L38e | |
 | RPL39 | eL39 | 52 | EA | L39 | n / a | L37Ae |
 | RPL40 | eL40 | 129 | EA | L40 | n / a | L40e |
Viz také
Reference
- ^ 60S + ribozom + podjednotky v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- ^ A b C d Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Krystalová struktura eukaryotické 60S ribozomální podjednotky v komplexu s iniciačním faktorem 6". Věda. 334 (6058): 941–948. doi:10.1126 / science.1211204. PMID 22052974.
- ^ A b Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (prosinec 2011). "Struktura eukaryotického ribozomu v rozlišení 3,0 Å". Věda. 334 (6062): 1524–1529. doi:10.1126 / science.1212642. PMID 22096102.
- ^ A b Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (srpen 2000). "Kompletní atomová struktura velké ribozomální podjednotky v rozlišení 2,4 A". Věda. 289 (5481): 905–920. doi:10.1126 / science.289.5481.905. PMID 10937989.
- ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (září 1999). „Rentgenové krystalové struktury 70S ribozomových funkčních komplexů“. Věda. 285 (5436): 2095–2104. doi:10.1126 / science.285.5436.2095. PMID 10497122.
- ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (květen 2001). "Krystalová struktura ribozomu v rozlišení 5,5 A". Věda. 292 (5518): 883–896. doi:10.1126 / science.1060089. PMID 11283358.
- ^ A b C Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). „RPG: databáze ribozomálních proteinů“. Nucleic Acids Res. 32 (90001): D168–70. doi:10.1093 / nar / gkh004. PMC 308739. PMID 14681386.
- ^ Struktura ‚T. thermophila, proteiny ze struktur velké podjednotky PDBS 417, 4A19
- ^ Nomenklatura podle databáze genů ribosomálních proteinů platí pro H. sapiens a T. thermophila
- ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Drak, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). „Nový systém pro pojmenování ribozomálních proteinů“. Aktuální názor na strukturní biologii. Elsevier BV. 24: 165–169. doi:10.1016 / j.sbi.2014.01.002. ISSN 0959-440X. PMC 4358319. PMID 24524803.
- ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). „Geny pro lidský ribozomální protein: sekvenování a srovnávací analýza 73 genů“. Výzkum genomu. 12 (3): 379–390. doi:10,1101 / gr. 214202. PMC 155282. PMID 11875025.
- ^ EAB znamená konzervované v eukaryotech, archeaách a bakteriích, EA znamená konzervované v eukaryotech a archaeách a E znamená eukaryoticky specifický protein
- ^ Tradičně byly ribozomální proteiny pojmenovány podle jejich zjevné molekulové hmotnosti v gelové elektroforéze, což vedlo k různým názvům pro homologní proteiny z různých organismů. RPG nabízí jednotnou nomenklaturu pro geny ribozomálních proteinů na základě homologie.
- ^ RPL28 nemá v kvasnicích detekovatelný homolog