CX3CL1 - CX3CL1

CX3CL1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1B2T, 1F2L, 3ONA, 4XT1, 4XT3
Identifikátory
Aliasy	CX3CL1, ABCD-3, C3Xkine, CXC3, CXC3C, NTN, NTT, SCYD1, fraktalkin, neurotaktin, ligand chemokinového motivu C-X3-C 1
Externí ID	OMIM: 601880 MGI: 1097153 HomoloGene: 2251 Genové karty: CX3CL1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	57,385,044 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	94,782,427 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita cytokinů; • chemokinová aktivita; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba na chemokinový receptor CCR; • vazba na receptory; • integrinová vazba; • Vazba na chemokinový receptor CX3C;
Buněčná složka	• integrální součást membrány; • membrána; • buněčná membrána; • extracelulární oblast; • povrch buňky; • extracelulární;
Biologický proces	• Signální dráha receptoru spřaženého s G-proteinem; • obranná reakce; • pozitivní regulace zánětlivé reakce; • chemotaxe monocytů; • cytokiny zprostředkovanou signální cestu; • chemokiny zprostředkovaná signální dráha; • angiogeneze podílející se na hojení ran; • buněčná odpověď na faktor nekrózy nádoru; • hojení ran; • chemotaxe leukocytů; • chemotaxe neutrofilů; • pozitivní regulace angiogeneze; • pozitivní regulace produkce transformačního růstového faktoru beta1; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy; • buněčná adheze; • imunitní odpověď; • buněčná odpověď na interleukin-1; • aktivace lepidla leukocytů; • pozitivní regulace kaskády ERK1 a ERK2; • buněčná odpověď na interferon-gama; • buněčná chemotaxe; • chemotaxe lymfocytů; • negativní regulace vnější apoptotické signální dráhy v nepřítomnosti ligandu; • pozitivní regulace adheze buněk na buňkách nezávislá na vápníku; • chemotaxe; • aktivace integrinu; • negativní regulace buněčné migrace; • migrace leukocytů podílející se na zánětlivé reakci; • makrofágová chemotaxe; • regulace aktivity receptoru;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6376
	20312
	ENSG00000006210
	ENSMUSG00000031778
	P78423
	O35188
	NM_002996; NM_001304392
	NM_009142
	NP_001291321; NP_002987
	NP_033168
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Fraktalkin také známý jako chemokinový ligand (motiv C-X3-C) je protein že u lidí je kódován CX3CL1 gen.

Funkce

Fractalkine je velký cytokin protein o 373 aminokyselinách, obsahuje více domén a je jediným známým členem CX₃C chemokin rodina. To je také běžně známé pod jmény fractalkine (u lidí) a neurotactin (u myší).^[5]^[6] Struktura polypeptidu CX3CL1 se liší od typické struktury jiných chemokinů. Například rozestup charakteristiky N-terminál cysteiny se liší; tam jsou tři aminokyseliny oddělující počáteční pár cysteinů v CX3CL1, žádný v CC chemokiny a pouze jedna intervenující aminokyselina v CXC chemokiny. CX3CL1 se vyrábí jako dlouhý protein (s 373 aminokyselinami u lidí) s prodlouženou mucin -jako stonek a chemokinová doména nahoře. Stonek podobný mucinu mu umožňuje vázat se na povrch určitých buněk. Byla však také pozorována rozpustná (90 kD) verze tohoto chemokinu. Rozpustný CX3CL1 silně chemoatraktuje T buňky a monocyty zatímco buněčně vázaný chemokin podporuje silnou adhezi leukocytů k aktivovaným endoteliálním buňkám, kde je primárně exprimován.^[6] CX3CL1 vyvolává své adhezivní a migrační funkce interakcí s chemokinovým receptorem CX3CR1.^[7] Jeho gen se nachází na člověku chromozom 16 spolu s některými CC chemokiny známými jako CCL17 a CCL22.^[6]^[8]

Fractalkin se běžně vyskytuje v mozku, zejména v nervových buňkách, a je známo, že jeho receptor je přítomen v mikrogliálních buňkách. Bylo také zjištěno, že je to nezbytné pro migraci mikrogliálních buněk.^[9] CX3CL1 je také up-regulován v hipokampus během krátkého časového okna prostorové učení, jehož účelem může být regulace neurotransmisního tónu zprostředkovaného glutamátem. To naznačuje možnou roli chemokinu v procesu ochranné plasticity synaptické škálování.^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000006210 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031778 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Pan Y, Lloyd C, Zhou H, Dolich S, Deeds J, Gonzalo JA, Vath J, Gosselin M, Ma J, Dussault B, Woolf E, Alperin G, Culpepper J, Gutierrez-Ramos JC, Gearing D (1997). "Neurotactin, membránou ukotvený chemokin upregulovaný při zánětu mozku". Příroda. 387 (6633): 611–617. doi:10.1038/42491. PMID 9177350. S2CID 4307876.
^ ^A ^b ^C Bazan JF, Bacon KB, Hardiman G, Wang W, Soo K, Rossi D, Greaves DR, Zlotnik A, Schall TJ (1997). "Nová třída chemokinů vázaných na membránu s motivem CX3C". Příroda. 385 (6617): 640–644. doi:10.1038 / 385640a0. PMID 9024663. S2CID 4322166.
^ Imai T, Hieshima K, Haskell C, Baba M, Nagira M, Nishimura M, Kakizaki M, Takagi S, Nomiyama H, Schall TJ, Yoshie O (1997). "Identifikace a molekulární charakterizace receptoru fraktalkinu CX3CR1, který zprostředkovává migraci i adhezi leukocytů". Buňka. 91 (4): 521–530. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80438-9. PMID 9390561. S2CID 17281691.
^ Nomiyama H, Imai T, Kusuda J, Miura R, Callen DF, Yoshie O (1998). „Lidské chemokiny, fraktalkin (SCYD1), MDC (SCYA22) a TARC (SCYA17), jsou seskupeny na chromozomu 16q13“. Cytogenet. Cell Genet. 81 (1): 10–11. doi:10.1159/000015000. PMID 9691168. S2CID 46851784.
^ Maciejewski-Lenoir, D .; Chen, S .; Feng, L .; Maki, R .; Bacon, K. B. (01.08.1999). „Charakterizace fraktalkinu v mozkových buňkách potkanů: migrační a aktivační signály pro mikroglie exprimující CX3CR-1“. Journal of Immunology. 163 (3): 1628–1635. ISSN 0022-1767. PMID 10415068.
^ Sheridan GK, Wdowicz A, Pickering M, Watters O, Halley P, O'Sullivan NC, Mooney C, O'Connell DJ, O'Connor JJ, Murphy KJ (2014). „CX3CL1 je regulován v hipokampu krysy během synaptické plasticity spojené s pamětí“. Neurosci přední buňky. 8: 233. doi:10.3389 / fncel.2014.00233. PMC 4130185. PMID 25161610.

externí odkazy

Člověk CX3CL1 umístění genomu a CX3CL1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Bazan JF, Bacon KB, Hardiman G, Wang W, Soo K, Rossi D, Greaves DR, Zlotnik A, Schall TJ (1997). "Nová třída chemokinů vázaných na membránu s motivem CX3C". Příroda. 385 (6617): 640–4. doi:10.1038 / 385640a0. PMID 9024663. S2CID 4322166.
Combadiere C, Salzwedel K, Smith ED, Tiffany HL, Berger EA, Murphy PM (1998). "Identifikace CX3CR1. Chemotaktický receptor pro lidský chemokinový fraktalkin CX3C a fúzní coreceptor pro HIV-1". J. Biol. Chem. 273 (37): 23799–804. doi:10.1074 / jbc.273.37.23799. PMID 9726990.
Meucci O, Fatatis A, Simen AA, Bushell TJ, Gray PW, Miller RJ (1998). „Chemokiny regulují hipokampální neuronální signalizaci a neurotoxicitu gp120“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95 (24): 14500–5. doi:10.1073 / pnas.95.24.14500. PMC 24402. PMID 9826729.
Mizoue LS, Bazan JF, Johnson EC, Handel TM (1999). "Struktura řešení a dynamika chemokinové domény CX3C fraktalkinu a jeho interakce s N-terminálním fragmentem CX3CR1". Biochemie. 38 (5): 1402–14. doi:10.1021 / bi9820614. PMID 9931005.
Papadopoulos EJ, Sassetti C, Saeki H, Yamada N, Kawamura T, Fitzhugh DJ, Saraf MA, Schall T, Blauvelt A, Rosen SD, Hwang ST (1999). „Fractalkin, chemokin CX3C, je exprimován dendritickými buňkami a je regulován po zrání dendritických buněk“. Eur. J. Immunol. 29 (8): 2551–9. doi:10.1002 / (SICI) 1521-4141 (199908) 29:08 <2551 :: AID-IMMU2551> 3.0.CO; 2-T. PMID 10458770.
Loftus BJ, Kim UJ, Sneddon VP, Kalush F, Brandon R, Fuhrmann J, Mason T, Crosby ML, Barnstead M, Cronin L, Deslattes Mays A, Cao Y, Xu RX, Kang HL, Mitchell S, Eichler EE, Harris PC, Venter JC, Adams MD (1999). "Duplikace genomu a další vlastnosti ve 12 Mb sekvence DNA z lidského chromozomu 16p a 16q". Genomika. 60 (3): 295–308. doi:10.1006 / geno.1999.5927. PMID 10493829.
Tong N, Perry SW, Zhang Q, James HJ, Guo H, Brooks A, Bal H, Kinnear SA, Fine S, Epstein LG, Dairaghi D, Schall TJ, Gendelman HE, Dewhurst S, Sharer LR, Gelbard HA (2000) . „Neuronální exprese fraktalkinu v HIV-1 encefalitidě: role náboru makrofágů a neuroprotekce v centrálním nervovém systému“. J. Immunol. 164 (3): 1333–9. doi:10,4049 / jimmunol.164.3.1333. PMID 10640747. S2CID 20616076.
Faure S, Meyer L, Costagliola D, Vaneensberghe C, Genin E, Autran B, Delfraissy JF, McDermott DH, Murphy PM, Debré P, Théodorou I, Combadière C (2000). „Rychlý postup k AIDS u jedinců s HIV + se strukturní variantou chemokinového receptoru CX3CR1“. Věda. 287 (5461): 2274–7. doi:10.1126 / science.287.5461.2274. PMID 10731151.
Hoover DM, Mizoue LS, Handel TM, Lubkowski J (2000). „Krystalová struktura chemokinové domény fraktalkinu ukazuje nové kvartérní uspořádání“. J. Biol. Chem. 275 (30): 23187–93. doi:10,1074 / jbc.M002584200. PMID 10770945. S2CID 38835823.
Meucci O, Fatatis A, Simen AA, Miller RJ (2000). "Exprese CX3CR1 chemokinových receptorů na neuronech a jejich role v přežití neuronů". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (14): 8075–80. doi:10.1073 / pnas.090017497. PMC 16672. PMID 10869418.
Papadopoulos EJ, Fitzhugh DJ, Tkaczyk C, Gilfillan AM, Sassetti C, Metcalfe DD, Hwang ST (2000). „Žírné buňky migrují, ale nedegranulují, v reakci na fraktalkin, chemokin vázaný na membránu exprimovaný konstitutivně v různých buňkách kůže“. Eur. J. Immunol. 30 (8): 2355–61. doi:10.1002 / 1521-4141 (2000) 30: 8 <2355 :: AID-IMMU2355> 3.0.CO; 2- #. PMID 10940926.
Lucas AD, Chadwick N, Warren BF, Jewell DP, Gordon S, Powrie F, Greaves DR (2001). „Transmembránová forma chemokinového fraktalkinu CX3CL1 je exprimována převážně epiteliálními buňkami in vivo“. Dopoledne. J. Pathol. 158 (3): 855–66. doi:10.1016 / S0002-9440 (10) 64034-5. PMC 1850344. PMID 11238035.
Garton KJ, Gough PJ, Blobel CP, Murphy G, Greaves DR, Dempsey PJ, Raines EW (2001). „Enzym-faktor konvertující alfa-tumorový nekrotický faktor (ADAM17) zprostředkovává štěpení a vylučování fraktalkinu (CX3CL1)“. J. Biol. Chem. 276 (41): 37993–8001. doi:10,1074 / jbc.M106434200. PMID 11495925.
Umehara H, Bloom ET, Okazaki T, Nagano Y, Yoshie O, Imai T (2004). "Fractalkine ve vaskulární biologii: od základního výzkumu po klinické onemocnění". Arterioskler. Tromb. Vasc. Biol. 24 (1): 34–40. doi:10.1161 / 01.ATV.0000095360.62479.1F. PMID 12969992. S2CID 6183022.
Umehara H, Tanaka M, Sawaki T, Jin ZX, Huang CR, Dong L, Kawanami T, Karasawa H, Masaki Y, Fukushima T, Hirose Y, Okazaki T (2006). "Fractalkin při revmatoidní artritidě a příbuzných podmínkách". Mod Rheumatol. 16 (3): 124–30. doi:10.1007 / s10165-006-0471-9. PMID 16767549. S2CID 10199059.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000006210 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031778 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[5] Pan Y, Lloyd C, Zhou H, Dolich S, Deeds J, Gonzalo JA, Vath J, Gosselin M, Ma J, Dussault B, Woolf E, Alperin G, Culpepper J, Gutierrez-Ramos JC, Gearing D (1997). "Neurotactin, membránou ukotvený chemokin upregulovaný při zánětu mozku". Příroda. 387 (6633): 611–617. doi:10.1038/42491. PMID 9177350. S2CID 4307876.

[bazan-6] A ^b ^C Bazan JF, Bacon KB, Hardiman G, Wang W, Soo K, Rossi D, Greaves DR, Zlotnik A, Schall TJ (1997). "Nová třída chemokinů vázaných na membránu s motivem CX3C". Příroda. 385 (6617): 640–644. doi:10.1038 / 385640a0. PMID 9024663. S2CID 4322166.

[7] Imai T, Hieshima K, Haskell C, Baba M, Nagira M, Nishimura M, Kakizaki M, Takagi S, Nomiyama H, Schall TJ, Yoshie O (1997). "Identifikace a molekulární charakterizace receptoru fraktalkinu CX3CR1, který zprostředkovává migraci i adhezi leukocytů". Buňka. 91 (4): 521–530. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80438-9. PMID 9390561. S2CID 17281691.

[8] Nomiyama H, Imai T, Kusuda J, Miura R, Callen DF, Yoshie O (1998). „Lidské chemokiny, fraktalkin (SCYD1), MDC (SCYA22) a TARC (SCYA17), jsou seskupeny na chromozomu 16q13“. Cytogenet. Cell Genet. 81 (1): 10–11. doi:10.1159/000015000. PMID 9691168. S2CID 46851784.

[9] Maciejewski-Lenoir, D .; Chen, S .; Feng, L .; Maki, R .; Bacon, K. B. (01.08.1999). „Charakterizace fraktalkinu v mozkových buňkách potkanů: migrační a aktivační signály pro mikroglie exprimující CX3CR-1“. Journal of Immunology. 163 (3): 1628–1635. ISSN 0022-1767. PMID 10415068.

[pmid25161610-10] Sheridan GK, Wdowicz A, Pickering M, Watters O, Halley P, O'Sullivan NC, Mooney C, O'Connell DJ, O'Connor JJ, Murphy KJ (2014). „CX3CL1 je regulován v hipokampu krysy během synaptické plasticity spojené s pamětí“. Neurosci přední buňky. 8: 233. doi:10.3389 / fncel.2014.00233. PMC 4130185. PMID 25161610.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]