Polymeráza - Polymerase
A polymeráza je enzym (EC 2.7.7.6/7/19/48/49), který syntetizuje dlouhé řetězce polymery nebo nukleové kyseliny. DNA polymeráza a RNA polymeráza se používají k sestavení DNA a RNA molekul kopírováním řetězce DNA šablony pomocí párování bází interakce nebo RNA replikací napůl žebříku.
DNA polymeráza z termofilní bakterie, Thermus aquaticus (Taq) (PDB 1BGX, EC 2.7.7.7) se používá v polymerázová řetězová reakce, důležitá technika molekulární biologie.
Polymeráza může být závislá na templátu nebo na templátu nezávislá. Poly-A-polymeráza je příkladem templátu nezávislé polymerázy. Terminální deoxynukleotidyltransferáza je také známo, že mají aktivity nezávislé na šabloně a na šabloně závislé.
Typy
- DNA polymeráza
- Rodina A: DNA polymeráza I; Pol y, θ, ν
- Rodina B: DNA polymeráza II; Pol α, δ, ε, ζ
- Rodina C: Holoenzym DNA polymerázy III
- Rodina X: DNA polymeráza IV (DinB) - SOS opravná polymeráza; Pol β, λ, μ
- Terminální deoxynukleotidyltransferáza (TDT), který propůjčuje diverzitu těžkým řetězcům protilátek.[1]
- Rodina Y: DNA polymeráza V (UmuD'2C) - SOS opravná polymeráza; Pol η, ι, κ
- Reverzní transkriptáza, enzym používaný RNA retroviry jako HIV, který se používá k vytvoření doplňkového řetězce k již existujícímu řetězci viru RNA než bude možné jej integrovat do DNA z hostitel buňka. Je také hlavním cílem antivirotik.
- RNA polymeráza
- Multi-podjednotka, řízená DNA: RNA polymeráza I, RNA polymeráza II, RNA polymeráza III
- Jedna podjednotka, řízená DNA: T7 RNA polymeráza, POLRMT
- RNA replikáza
- Primase, PrimPol
Obecně mají virové jednopodjednotkové RNA polymerázy / repliky / reverzní transkriptázy společný původ s DNA polymerázou. Mají konzervovanou „palmovou“ doménu.[2] Vícepodjednotková RNA polymeráza tvoří nepříbuznou skupinu.[3] Primázy mají složitější příběh: bakteriální primázy s doménou Toprim jsou příbuzné topoizomeráza a mitochrondriální helikáza,[4] zatímco archaea a eukaryotické primázy tvoří nepříbuznou rodinu, pravděpodobně související s polymerázovou dlaní. Obě rodiny se přesto přidružují ke stejné skupině helikas.[5]
| DNA-polymeráza | RNA-polymeráza | |
|---|---|---|
| Šablona je DNA | DNA závislá DNA-polymeráza nebo běžné DNA polymerázy | DNA závislá RNA-polymeráza nebo běžné RNA polymerázy |
| Šablona je RNA | RNA dependentní DNA polymeráza nebo Reverzní transkriptáza | RNA závislá RNA polymeráza nebo RdRp nebo RNA-replikáza |
Viz také
- Centrální dogma molekulární biologie
- Exonukleáza
- Ligase
- Nukleáza
- PCR
- PARP
- Reverzní transkripční polymerázová řetězová reakce
- RNA ligáza (ATP)
Reference
- ^ Loc'h, Jérôme (2016). „Strukturální základ pro novou templátovanou aktivitu terminální deoxynukleotidyltransferázou: důsledky pro rekombinaci V (D) J“. Struktura. 24 (9): 1452–1463. doi:10.1016 / j.str.2016.06.014. PMID 27499438.
- ^ Hansen JL, Long AM, Schultz SC (srpen 1997). "Struktura RNA-dependentní RNA polymerázy polioviru". Struktura. 5 (8): 1109–22. doi:10.1016 / S0969-2126 (97) 00261-X. PMID 9309225.
- ^ Cramer, P (únor 2002). "Multisubunit RNA polymerázy". Aktuální názor na strukturní biologii. 12 (1): 89–97. doi:10.1016 / S0959-440X (02) 00294-4. PMID 11839495.
- ^ Aravind, L; Leipe, DD; Koonin, EV (15. září 1998). „Toprim - konzervovaná katalytická doména v topoizomerázách typu IA a II, primázách typu DnaG, nukleázách rodiny OLD a proteinech RecR“. Výzkum nukleových kyselin. 26 (18): 4205–13. doi:10.1093 / nar / 26.18.4205. PMC 147817. PMID 9722641.
- ^ Iyer, LM; Koonin, EV; Leipe, DD; Aravind, L (2005). „Původ a vývoj archeoeukaryotické nadrodiny primas a souvisejících proteinů palmových domén: strukturální pohledy a noví členové“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (12): 3875–96. doi:10.1093 / nar / gki702. PMC 1176014. PMID 16027112.
