Struktura bílkovin - Protein structure

Proteinová primární strukturaSekundární struktura bílkovinTerciární struktura bílkovinKvartérní struktura bílkovin
Obrázek výše obsahuje odkazy, na které lze kliknout
Interaktivní diagram z proteinová struktura, použitím PCNA jako příklad. (PDB: 1AXC​)

Struktura bílkovin je trojrozměrné uspořádání atomů v aminokyselina -řetěz molekula. Proteiny jsou polymery - konkrétně polypeptidy - vytvořeno ze sekvencí aminokyseliny, monomery polymeru. Jeden aminokyselinový monomer může být také nazýván a zbytek označující opakující se jednotku polymeru. Proteiny se tvoří podstupovanými aminokyselinami kondenzační reakce, ve kterém aminokyseliny jednu ztratí molekula vody za reakce za účelem vzájemného připojení pomocí a peptidová vazba. Podle konvence je řetězec s 30 aminokyselinami často identifikován jako a peptid spíše než protein.[1] Aby bylo možné vykonávat svou biologickou funkci, proteiny se skládají do jedné nebo více specifických prostorových konformací řízených řadou nekovalentní interakce jako vodíkové vazby, iontové interakce, Van der Waalsovy síly, a hydrofobní balení. Abychom porozuměli funkcím proteinů na molekulární úrovni, je často nutné určit jejich trojrozměrnou strukturu. Toto je téma vědecké oblasti strukturní biologie, který využívá techniky jako Rentgenová krystalografie, NMR spektroskopie, kryoelektronová mikroskopie (cryo-EM) a duální polarizační interferometrie k určení struktury proteinů.

Velikost proteinových struktur se pohybuje v rozmezí desítek až několika tisíc aminokyselin.[2] Podle fyzické velikosti jsou proteiny klasifikovány jako nanočástice mezi 1–100 nm. Mohou být vytvořeny velmi velké agregáty proteinové podjednotky. Například mnoho tisíc aktin molekuly se spojí do mikrofilament.

Protein obecně prochází reverzibilní strukturální změny při výkonu jeho biologické funkce. Alternativní struktury stejného proteinu jsou označovány jako odlišné konformační izomery nebo jednoduše se nazývají konformace a přechody mezi nimi konformační změny.

Úrovně struktury bílkovin

Existují čtyři odlišné úrovně proteinové struktury.

Čtyři proteinové struktury

Primární struktura

Hlavní článek: Proteinová primární struktura

The primární struktura proteinu označuje sekvenci aminokyseliny v polypeptidovém řetězci. Primární strukturu drží pohromadě peptidové vazby které se vyrábějí během procesu biosyntéza bílkovin. Oba konce polypeptidový řetězec jsou označovány jako karboxylový konec (C-konec) a amino konec (N-konec) na základě povahy volné skupiny na každé končetině. Počítání zbytků vždy začíná na N-terminálním konci (NH2-skupina), což je konec, kde aminoskupina není zahrnuta v peptidové vazbě. Primární struktura proteinu je určena gen odpovídající proteinu. Specifická posloupnost nukleotidy v DNA je přepsal do mRNA, který čte ribozom v procesu zvaném překlad. Sekvence aminokyselin v inzulínu byla objevena Frederick Sanger, kterým se stanoví, že proteiny mají definující aminokyselinové sekvence.[3][4] Sekvence proteinu je pro tento protein jedinečná a definuje strukturu a funkci proteinu. Sekvence proteinu může být stanovena způsoby, jako je Edmanova degradace nebo tandemová hmotnostní spektrometrie. Často se však čte přímo ze sekvence genu pomocí genetický kód. Při diskusi o proteinech se striktně doporučuje používat slova „aminokyselinové zbytky“, protože když se vytvoří peptidová vazba, a molekula vody se ztrácí, a proto jsou bílkoviny tvořeny aminokyselinovými zbytky. Posttranslační modifikace jako fosforylace a glykosylace jsou obvykle také považovány za součást primární struktury a nelze je číst z genu. Například, inzulín se skládá z 51 aminokyselin ve 2 řetězcích. Jeden řetězec má 31 aminokyselin a druhý 20 aminokyselin.

Sekundární struktura

Α-šroubovice s vodíkovými vazbami (žluté tečky)
Hlavní článek: Sekundární struktura bílkovin

Sekundární struktura "Polypeptidový řetězec" označuje velmi pravidelné lokální substruktury na skutečném řetězci páteřního polypeptidu. Dva hlavní typy sekundární struktury, α-šroubovice a β-vlákno nebo β-listy, navrhl v roce 1951 Linus Pauling et al.[5] Tyto sekundární struktury jsou definovány vzory Vodíkové vazby mezi peptidovými skupinami s hlavním řetězcem. Mají pravidelnou geometrii, přičemž jsou omezeny na konkrétní hodnoty vzepětí úhlů ψ a φ na Ramachandran spiknutí. Jak a-helix, tak β-list představují způsob nasycení všech donorů a akceptorů vodíkové vazby v peptidové kostře. Některé části proteinu jsou uspořádány, ale netvoří žádné pravidelné struktury. Neměli by být zaměňováni s náhodná cívka, rozložený polypeptidový řetězec postrádající jakoukoli pevnou trojrozměrnou strukturu. Několik po sobě následujících sekundárních struktur může tvořitsupersekundární jednotka ".[6]

Terciární struktura

Hlavní článek: Terciární struktura bílkovin

Terciární struktura "Termín" označuje trojrozměrnou strukturu monomerních a multimerních proteinových molekul. Α-šroubovice a β-skládané listy jsou složeny do kompaktu kulová struktura. Skládání je poháněno nespecifické hydrofobní interakce pohřeb hydrofobní zbytky z voda, ale struktura je stabilní, pouze když části a proteinová doména jsou zajištěny na místě pomocí charakteristický terciární interakce, jako např solné mosty, vodíkové vazby a těsné balení postranních řetězců a disulfidové vazby. Disulfidové vazby jsou v cytosolických proteinech extrémně vzácné, protože cytosol (intracelulární tekutina) je obecně a snižování životní prostředí.

Kvartérní struktura

Hlavní článek: Kvartérní struktura bílkovin

Kvartérní struktura je trojrozměrná struktura skládající se z agregace dvou nebo více jednotlivých polypeptidových řetězců (podjednotek), které fungují jako jedna funkční jednotka (multimer ). Výsledný multimer je stejný nekovalentní interakce a disulfidové vazby jako v terciární struktuře. Existuje mnoho možných organizací kvartérní struktury.[7] Jsou nazývány komplexy dvou nebo více polypeptidů (tj. Více podjednotek) multimery. Konkrétně by se tomu říkalo a dimer pokud obsahuje dvě podjednotky, a zastřihovač pokud obsahuje tři podjednotky, a tetramer pokud obsahuje čtyři podjednotky, a pentamer pokud obsahuje pět podjednotek. Podjednotky spolu často souvisí operace symetrie, například 2-násobná osa v dimeru. Multimery vytvořené ze stejných podjednotek se označují předponou „homo-“ a ty, které se skládají z různých podjednotek, se označují předponou „hetero-“, například heterotetramer, jako jsou dva alfa a dva beta řetězy hemoglobin.

Domény, motivy a záhyby proteinové struktury

Proteinové domény. Dvě zobrazené proteinové struktury sdílejí společnou doménu (hnědou), Doména PH, který je zapojen do fosfatidylinositol (3,4,5) -trifosfát vazba

Proteiny jsou často popisovány jako sestávající z několika strukturních jednotek. Tyto jednotky zahrnují domény, motivy a záhyby. Navzdory skutečnosti, že existuje přibližně 100 000 různých proteinů exprimovaných v eukaryotický systémů, existuje mnohem méně různých domén, strukturálních motivů a záhybů.

Strukturální doména

A strukturální doména je prvek celkové struktury proteinu, který se často samo stabilizuje záhyby nezávisle na zbytku proteinového řetězce. Mnoho domén není jedinečných pro proteinové produkty jedné gen nebo jeden genová rodina ale místo toho se objevují v různých proteinech. Domény jsou často pojmenovány a vyčleněny, protože zaujímají prominentní místo v biologické funkci proteinu, ke kterému patří; například „vápník -vázací doména klimodulin ". Protože jsou nezávisle stabilní, lze domény" vyměnit "za genetické inženýrství mezi jedním a druhým proteinem chiméra bílkoviny.

Strukturální a sekvenční motiv

The strukturální a sekvence motivy označují krátké segmenty trojrozměrné struktury proteinu nebo aminokyselinové sekvence, které byly nalezeny ve velkém počtu různých proteinů.

Naddruhá struktura

The supersekundární struktura se týká konkrétní kombinace sekundární struktura prvky, jako jsou jednotky β-α-β nebo a helix-turn-helix motiv. Některé z nich mohou být také označovány jako strukturální motivy.

Složení bílkovin

Proteinový záhyb označuje obecnou proteinovou architekturu, jako a svazek šroubovice, β-hlaveň, Rossmann fold nebo různé "záhyby" uvedené v Databáze strukturní klasifikace proteinů.[8] Související koncept je topologie proteinů to se týká uspořádání kontaktů v proteinu.

Superdoména

Superdoména se skládá ze dvou nebo více nominálně nesouvisejících strukturálních domén, které se dědí jako jedna jednotka a vyskytují se v různých proteinech.[9] Příklad poskytuje protein tyrosin fosfatáza doména a Doména C2 spárovat PTEN, několik tensin bílkoviny, auxilin a bílkoviny v rostlinách a houbách. Superdoména PTP-C2 zřejmě vznikla před divergencí hub, rostlin a živočichů, a proto bude pravděpodobně stará asi 1,5 miliardy let.[Citace je zapotřebí ]

Dynamika proteinů

A ribozom je biologický stroj který využívá dynamika bílkovin na nanoměřítky
Hlavní článek: Dynamika proteinů

Proteiny nejsou však přísně statické objekty, ale spíše naplňují soubory konformační stavy K přechodům mezi těmito stavy obvykle dochází nanoměřítky, a byly spojeny s funkčně relevantními jevy jako např alosterická signalizace[10] a enzymová katalýza.[11] Dynamika proteinů a konformační změny allowproteins fungovat jako nanoscale biologické stroje uvnitř buněk, často ve formě multi-proteinové komplexy.[12] Mezi příklady patří motorické proteiny, jako myosin, který je odpovědný za sval kontrakce, kinesin, který pohybuje nákladem uvnitř buněk směrem od jádro podél mikrotubuly, a dynein, který pohybuje nákladem uvnitř buněk směrem k jádru a produkuje axonemální výprask pohyblivé řasinky a bičíky. „[I] n efekt, [motile cilium] je nanomachin složený z asi více než 600 proteinů v molekulárních komplexech, z nichž mnohé také fungují nezávisle jako nanomachines ...Flexibilní linkery povolit mobilní proteinové domény jimi propojené, aby přijaly své závazné partnery a přiměly dálkový dosah allostery přes dynamika proteinové domény. "[13]

Skládání bílkovin

Hlavní článek: Skládání bílkovin

Jak je přeloženo, polypeptidy opouštějí ribozom jako náhodná cívka a složí se do jeho rodný stát.[14][15] Vzhledem k tomu, že záhyb je určen sítí interakcí mezi aminokyselinami v polypeptidu, je konečná struktura proteinového řetězce určena jeho aminokyselinovou sekvencí (Anfinsenovo dogma ).[16]

Stabilita bílkovin

Stabilita proteinu závisí na několika faktorech, například 1) nekovalentní elektrostatické interakce 2) hydrofobní interakce Tyto interakční energie jsou řádově 20–40 kJ / mol.[Citace je zapotřebí ] Bílkoviny jsou velmi citlivé na měnící se teploty a změna teploty může mít za následek vývoj nebo denaturaci. Denaturace bílkovin může mít za následek ztrátu funkce a ztrátu nativního stavu. Nebo to může být také primitivní stav.

Rentgenová krystalografie a kalorimetrie naznačuje, že neexistuje žádný obecný mechanismus, který by popisoval vliv změny teploty na funkce a strukturu proteinů. To je způsobeno skutečností, že proteiny z energetického hlediska nepředstavují jednotnou třídu chemických entit. Struktura a stabilita jednotlivého proteinu závisí na poměru jeho polárních a nepolárních zbytků. Přispívají ke konformačním a čistým entalpím lokálních a nelokálních interakcí.

Vezmeme-li v úvahu slabé intermolekulární interakce odpovědné za strukturální integritu, je těžké předpovědět účinky teploty, protože existuje příliš mnoho neznámých faktorů, které přispívají k hypotetické bilanci volné energie a její teplotní závislosti. Vnitřní solné vazby produkují tepelnou stabilitu a není známo, zda má studená teplota za následek destabilizaci těchto vazeb.

Volná energie pro stabilizaci rozpustných globulárních proteinů v zásadě nepřesahuje 50-100 kJ / mol.[Citace je zapotřebí ] Stabilizace je založena na ekvivalentu několika vodíkových vazeb, iontových párů nebo hydrofobních interakcí, přestože výsledkem stabilizace je mnoho intramolekulárních interakcí. Vezmeme-li v úvahu velký počet vodíkových vazeb, které probíhají ke stabilizaci sekundárních struktur a ke stabilizaci vnitřního jádra prostřednictvím hydrofobních interakcí, se volná energie stabilizace jeví jako malý rozdíl mezi velkým počtem. Struktura nativního proteinu proto není optimalizována pro maximální stabilitu.[17]

Stanovení proteinové struktury

Příklady proteinových struktur z PDB
Rychlost stanovení struktury proteinu metodou a rokem

Asi 90% proteinových struktur dostupných v Proteinová datová banka byly určeny Rentgenová krystalografie.[18] Tato metoda umožňuje měřit trojrozměrné (3-D) rozdělení hustoty elektrony v proteinu, v vykrystalizoval stát, a tím usoudit 3-D souřadnice všech atomy být určen k určitému rozlišení. Zhruba 9% známých proteinových struktur bylo získáno pomocí nukleární magnetická rezonance (NMR) techniky.[Citace je zapotřebí ] U větších proteinových komplexů kryo-elektronová mikroskopie může určit proteinové struktury. Rozlišení je obvykle nižší než rozlišení rentgenové krystalografie nebo NMR, ale maximální rozlišení se neustále zvyšuje. Tato technika je stále zvláště cenná pro velmi velké proteinové komplexy, jako je virové obalové proteiny a amyloid vlákna.

Obecné složení sekundární struktury lze určit pomocí kruhový dichroismus. Vibrační spektroskopie lze také použít k charakterizaci konformace peptidů, polypeptidů a proteinů.[19] Dvojrozměrná infračervená spektroskopie se stala cennou metodou pro zkoumání struktur flexibilních peptidů a proteinů, které nelze studovat jinými metodami.[20][21] Kvalitativnější obraz proteinové struktury často získá proteolýza, což je také užitečné pro screening více krystalizovatelných proteinových vzorků. Nové implementace tohoto přístupu, včetně rychlá paralelní proteolýza (FASTpp), může zkoumat strukturovanou frakci a její stabilitu bez nutnosti čištění.[22] Jakmile byla struktura proteinu experimentálně stanovena, lze provést další podrobné studie výpočtově pomocí molekulární dynamika simulace této struktury.[23]

Analýza proteinové sekvence: Soubory

Schematický pohled na dva hlavní přístupy modelování souborů.[24]

Proteiny jsou často považovány za relativně stabilní struktury, které mají soubor terciární struktura a zažít konformační změny v důsledku modifikace jinými proteiny nebo jako součást enzymatické aktivity. Proteiny však mají různé stupně stability a některé méně stabilní varianty ano vnitřně neuspořádané proteiny. Tyto proteiny existují a fungují v relativně „neuspořádaném“ stavu bez stabilního stavu terciární struktura. Ve výsledku je obtížné je popsat ve standardním modelu proteinové struktury, který byl navržen pro proteiny s fixní terciární struktura. Konformační soubory byly navrženy jako způsob, jak zajistit přesnější a „dynamičtější“ reprezentaci konformačního stavu vnitřně neuspořádané proteiny. Konformační soubory funkce pokusem reprezentovat různé konformace vnitřně neuspořádané proteiny v souboru souboru (typ nalezený na Databáze proteinových souborů ).

Protein soubor soubory jsou reprezentací proteinu, který lze považovat za flexibilní strukturu. Vytváření těchto souborů vyžaduje určení, které z různých teoreticky možných konformací proteinů skutečně existují. Jedním z přístupů je použití výpočetních algoritmů na data o proteinu, aby se pokusila určit nejpravděpodobnější sadu konformací pro soubor soubor.

Existuje několik metod pro přípravu dat pro Databáze proteinových souborů které spadají do dvou obecných metodologií - přístupy pool a molekulární dynamiky (MD) (znázorněné na obrázku). Přístup založený na poolu využívá aminokyselinovou sekvenci proteinu k vytvoření obrovské zásoby náhodných konformací. Tento fond je poté podroben více výpočetnímu zpracování, které vytváří sadu teoretických parametrů pro každou konformaci založenou na struktuře. Jsou vybrány konformační podskupiny z tohoto souboru, jejichž průměrné teoretické parametry se velmi shodují se známými experimentálními daty pro tento protein.[24]

Přístup molekulární dynamiky vyžaduje více náhodných konformací najednou a všechny podrobuje experimentálním datům. Zde experimentální data slouží jako omezení pro konformace (např. Známé vzdálenosti mezi atomy). Přijaty jsou pouze konformace, kterým se podaří zůstat v mezích stanovených experimentálními daty. Tento přístup často aplikuje velké množství experimentálních dat na konformace, což je výpočetně velmi náročný úkol.[24]

ProteinDatový typProtokolPED IDReference
Sic1 /Cdc4NMR a SAXSNa základě bazénuPED9AAA[25]
p15 PAFNMR a SAXSNa základě bazénuPED6AAA[26]
MKK7NMRNa základě bazénuPED5AAB[27]
Beta-synukleinNMRNa bázi MDPED1AAD[28]
P27 DÍTĚNMRNa bázi MDPED2AAA[29]

(převzato z obraz v „Výpočtových přístupech pro odvození funkcí vnitřně neuspořádaných proteinů“[24])

Databáze proteinové struktury

A databáze proteinové struktury je databáze, která je modelován kolem různých experimentálně stanoveno proteinové struktury. Cílem většiny databází proteinových struktur je uspořádat a anotovat proteinové struktury a poskytnout biologické komunitě přístup k experimentálním datům užitečným způsobem. Data obsažená v databázích proteinových struktur často obsahují 3D souřadnice i experimentální informace, jako jsou rozměry a úhly jednotkových buněk rentgenová krystalografie určené struktury. Ačkoli většina případů, v tomto případě buď proteiny, nebo stanovení specifické struktury proteinu, obsahují také informace o sekvenci a některé databáze dokonce poskytují prostředky pro provádění dotazů na sekvenci, primárním atributem struktury databáze jsou strukturální informace, zatímco sekvenční databáze zaměřit se na informace o sekvenci a neobsahovat žádné strukturální informace pro většinu záznamů. Databáze struktur proteinů jsou pro mnoho snah kritické výpočetní biologie jako návrh léku na základě struktury, a to jak při vývoji použitých výpočetních metod, tak při poskytování velkého experimentálního datového souboru používaného některými metodami k získání poznatků o funkci proteinu.[30]

Klasifikace struktury

Proteinové struktury lze seskupit na základě jejich strukturní podobnosti, topologická třída nebo obyčejný evoluční původ. The Databáze strukturní klasifikace proteinů[31] a KOCOUR databáze[32] poskytují dvě různé strukturní klasifikace proteinů. Když je strukturální podobnost velká, oba proteiny se pravděpodobně lišily od společného předka[33]a sdílená struktura mezi proteiny je považována za důkaz homologie. Podobnost struktury pak může být použita ke seskupení proteinů do proteinové superrodiny.[34]. Pokud je sdílená struktura významná, ale sdílený zlomek je malý, sdílený fragment může být důsledkem dramatičtější evoluční události, jako je horizontální přenos genů a připojení proteinů sdílejících tyto fragmenty do proteinových superrodin již není oprávněné.[33] Topologii proteinu lze také použít ke klasifikaci proteinů. Teorie uzlů a topologie obvodu jsou dva topologické rámce vyvinuté pro klasifikaci proteinových záhybů na základě křížení řetězců a intrachainových kontaktů.

Výpočetní predikce proteinové struktury

Hlavní článek: Predikce struktury proteinů

Generace a proteinová sekvence je mnohem jednodušší než stanovení proteinové struktury. Struktura proteinu však poskytuje mnohem více informací o funkci proteinu než o jeho sekvenci. Proto byla vyvinuta řada metod pro výpočetní predikci proteinové struktury z její sekvence.[35] Ab initio metody predikce používají pouze sekvenci proteinu. Závitování a homologické modelování metody mohou postavit 3-D model pro protein neznámé struktury z experimentálních struktur evolučně příbuzných proteinů, nazývaných a rodina bílkovin.

Viz také

Reference

  1. ^ H. Stephen Stoker (1. ledna 2015). Organická a biologická chemie. Cengage Learning. p. 371. ISBN  978-1-305-68645-8.
  2. ^ Brocchieri L, Karlin S (10. června 2005). "Délka proteinu v eukaryotických a prokaryotických proteomech". Výzkum nukleových kyselin. 33 (10): 3390–3400. doi:10.1093 / nar / gki615. PMC  1150220. PMID  15951512.
  3. ^ Sanger, F .; Tuppy, H. (1. září 1951). „Aminokyselinová sekvence ve fenylalanylovém řetězci inzulínu. I. Identifikace nižších peptidů z parciálních hydrolyzátů“. The Biochemical Journal. 49 (4): 463–481. doi:10.1042 / bj0490463. ISSN  0264-6021. PMC  1197535. PMID  14886310.
  4. ^ Sanger, F. (15. května 1959). "Chemie inzulínu". Věda. 129 (3359): 1340–1344. Bibcode:1959Sci ... 129.1340G. doi:10.1126 / science.129.3359.1340. ISSN  0036-8075. PMID  13658959.
  5. ^ Pauling L, Corey RB, Branson HR (1951). "Struktura proteinů; dvě vodíkově vázané šroubovicové konfigurace polypeptidového řetězce". Proc Natl Acad Sci USA. 37 (4): 205–211. Bibcode:1951PNAS ... 37..205P. doi:10.1073 / pnas.37.4.205. PMC  1063337. PMID  14816373.
  6. ^ Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM (2007). „Nová klasifikace supersekundárních struktur sendvičových proteinů odkrývá přísné vzory sdružování řetězců“. Proteiny. 68 (4): 915–921. doi:10,1002 / prot. 21473. PMID  17557333.
  7. ^ Moutevelis E, Woolfson DN (leden 2009). "Periodická tabulka proteinových struktur ve svitcích-cívkách". J. Mol. Biol. 385 (3): 726–32. doi:10.1016 / j.jmb.2008.11.028. ISSN  0022-2836. PMID  19059267.
  8. ^ Govindarajan S, Recabarren R, Goldstein RA (17. září 1999). „Odhad celkového počtu záhybů proteinů“. Proteiny. 35 (4): 408–414. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19990601) 35: 4 <408 :: AID-PROT4> 3.0.CO; 2-A. hdl:2027.42/34969. PMID  10382668. Archivovány od originál dne 5. ledna 2013.
  9. ^ Haynie DT, Xue B (2015). „Superdoména v hierarchii proteinové struktury: případ PTP-C2“. Věda o bílkovinách. 24 (5): 874–82. doi:10.1002 / pro.2664. PMC  4420535. PMID  25694109.
  10. ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). "Proteiny POHYB! Dynamika proteinů a dálková dálnice v buněčné signalizaci". Struktura bílkovin a nemoci. Pokroky v chemii proteinů a strukturní biologii. 83. str. 163–221. doi:10.1016 / B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN  9780123812629. PMID  21570668.
  11. ^ Fraser JS, Clarkson MW, Degnan SC, Erion R, Kern D, Alber T (prosinec 2009). „Skryté alternativní struktury prolin izomerázy nezbytné pro katalýzu“. Příroda. 462 (7273): 669–673. Bibcode:2009Natur.462..669F. doi:10.1038 / nature08615. PMC  2805857. PMID  19956261.
  12. ^ Donald, Voet (2011). Biochemie. Voet, Judith G. (4. vydání). Hoboken, NJ: John Wiley & Sons. ISBN  9780470570951. OCLC  690489261.
  13. ^ Satir, Peter; Søren T. Christensen (26. března 2008). "Struktura a funkce řas savců". Histochemie a buněčná biologie. 129 (6): 687–93. doi:10.1007 / s00418-008-0416-9. PMC  2386530. PMID  18365235. 1432-119X.
  14. ^ Zhang, Gong; Ignatova, Zoya (1. února 2011). "Skládání při zrodu rodícího se řetězce: koordinace překladu s překládacím skládáním". Aktuální názor na strukturní biologii. 21 (1): 25–31. doi:10.1016 / j.sbi.2010.10.008. ISSN  0959-440X. PMID  21111607.
  15. ^ Alberts, Bruce; Alexander Johnson; Julian Lewis; Martin Raff; Keith Roberts; Peter Walters (2002). "Tvar a struktura proteinů". Molekulární biologie buňky; Čtvrté vydání. New York a London: Garland Science. ISBN  978-0-8153-3218-3.
  16. ^ Anfinsen, C. (1972). „Tvorba a stabilizace proteinové struktury“. Biochem. J. 128 (4): 737–49. doi:10.1042 / bj1280737. PMC  1173893. PMID  4565129.
  17. ^ Jaenicke, R .; Heber, U .; Franks, F .; Chapman, D .; Griffin, Mary C. A .; Hvidt, A .; Cowan, D. A. (1990). "Proteinová struktura a funkce při nízkých teplotách [a diskuse]". Filozofické transakce Královské společnosti v Londýně. Série B, Biologické vědy. 326 (1237): 535–553. doi:10.1098 / rstb.1990.0030. JSTOR  2398703. PMID  1969647.
  18. ^ Kendrew, J.C .; Bodo, G .; Dintzis, H. M .; Parrish, R. G .; Wyckoff, H .; Phillips, D.C. (1958). „Trojrozměrný model molekuly myoglobinu získaný rentgenovou analýzou“. Příroda. 181 (4610): 662–666. Bibcode:1958Natur.181..662K. doi:10.1038 / 181662a0. PMID  13517261. S2CID  4162786.
  19. ^ Krimm S, Bandekar J (1986). "Vibrační spektroskopie a konformace peptidů, polypeptidů a proteinů". Pokroky v chemii proteinů, svazek 38. Adv. Protein Chem. Pokroky v chemii proteinů. 38. 181–364. doi:10.1016 / S0065-3233 (08) 60528-8. ISBN  9780120342389. PMID  3541539.
  20. ^ Lessing, J .; Roy, S .; Reppert, M .; Baer, ​​M .; Marx, D .; Jansen, T.L.C .; Knoester, J .; Tokmakoff, A. (2012). „Identifikace zbytkové struktury v systémech s vnitřní poruchou: 2D IR spektroskopická studie peptidu GVGXPGVG“. J. Am. Chem. Soc. 134 (11): 5032–5035. doi:10.1021 / ja2114135. PMID  22356513.
  21. ^ Jansen, T.L.C .; Knoester, J. (2008). „Dvojrozměrná infračervená populační přenosová spektroskopie pro zlepšení strukturních markerů proteinů“. Biophys. J. 94 (5): 1818–1825. Bibcode:2008BpJ .... 94,1818J. doi:10.1529 / biophysj.107.118851. PMC  2242754. PMID  17981904.
  22. ^ Minde DP, Maurice MM, Rüdiger SG (2012). „Stanovení biofyzikální stability proteinu v lyzátech rychlou proteolýzou, FASTpp“. PLOS ONE. 7 (10): e46147. Bibcode:2012PLoSO ... 746147M. doi:10.1371 / journal.pone.0046147. PMC  3463568. PMID  23056252.
  23. ^ Kumari I, Sandhu P, Ahmed M, Akhter Y (srpen 2017). „Simulace, výzvy a příležitosti molekulární dynamiky: perspektiva biologa“. Curr. Proteinový peptid. Sci. 18 (11): 1163–1179. doi:10.2174/1389203718666170622074741. PMID  28637405.
  24. ^ A b C d Varadi, Mihaly; Vranken, Wim; Guharoy, Mainak; Tompa, Peter (1. ledna 2015). „Výpočtové přístupy pro odvození funkcí vnitřně neuspořádaných proteinů“. Frontiers in Molecular Biosciences. 2: 45. doi:10.3389 / fmolb.2015.00045. PMC  4525029. PMID  26301226.
  25. ^ Mittag, Tanja; Marsh, Joseph; Grishaev, Alexander; Orlický, Stephen; Lin, Hong; Sicheri, Frank; Tyers, Mike; Forman-Kay, Julie D. (14. března 2010). „Důsledky struktury / funkce v dynamickém komplexu vnitřně neuspořádaného Sic1 s podjednotkou Cdc4 ubiquitinové ligázy SCF“. Struktura. 18 (4): 494–506. doi:10.1016 / j.str.2010.01.020. ISSN  1878-4186. PMC  2924144. PMID  20399186.
  26. ^ De Biasio, Alfredo; Ibáñez de Opakua, Alain; Cordeiro, Tiago N .; Villate, Maider; Merino, Nekane; Sibille, Nathalie; Lelli, Moreno; Diercks, Tammo; Bernadó, Pau (18. února 2014). „p15PAF je protein s vnitřní poruchou s nerandomními strukturálními preferencemi v místech interakce s jinými proteiny“. Biofyzikální deník. 106 (4): 865–874. Bibcode:2014BpJ ... 106..865D. doi:10.1016 / j.bpj.2013.12.046. ISSN  1542-0086. PMC  3944474. PMID  24559989.
  27. ^ Kragelj, Jaka; Palencia, Andrés; Nanao, Max H .; Maurin, Damien; Bouvignies, Guillaume; Blackledge, Martin; Jensen, Malene Ringkjøbing (17. března 2015). "Struktura a dynamika signalizačního komplexu MKK7-JNK". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (11): 3409–3414. Bibcode:2015PNAS..112,3409 tis. doi:10.1073 / pnas.1419528112. ISSN  1091-6490. PMC  4371970. PMID  25737554.
  28. ^ Allison, Jane R .; Rivers, Robert C .; Christodoulou, John C .; Vendruscolo, Michele; Dobson, Christopher M. (25. listopadu 2014). „Vztah mezi přechodnou strukturou v monomerním stavu a agregačními sklony α-synukleinu a β-synukleinu“. Biochemie. 53 (46): 7170–7183. doi:10.1021 / bi5009326. ISSN  1520-4995. PMC  4245978. PMID  25389903.
  29. ^ Sivakolundu, Sivashankar G .; Bashford, Donald; Kriwacki, Richard W. (11. listopadu 2005). "Neuspořádaný p27Kip1 vykazuje vnitřní strukturu připomínající konformaci vázanou na Cdk2 / cyklin A". Journal of Molecular Biology. 353 (5): 1118–1128. doi:10.1016 / j.jmb.2005.08.074. ISSN  0022-2836. PMID  16214166.
  30. ^ Laskowski, RA (2011). Msgstr "Databáze struktur proteinů". Mol Biotechnol. 48 (2): 183–98. doi:10.1007 / s12033-010-9372-4. PMID  21225378. S2CID  45184564.
  31. ^ Murzin, A. G .; Brenner, S.; Hubbard, T.; Chothia, C. (1995). „SCOP: Strukturální klasifikace databáze proteinů pro vyšetřování sekvencí a struktur“ (PDF). Journal of Molecular Biology. 247 (4): 536–540. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80134-2. PMID  7723011. Archivovány od originál (PDF) dne 26. dubna 2012.
  32. ^ Orengo, C. A.; Michie, A. D .; Jones, S .; Jones, D. T .; Swindells, M. B .; Thornton, J. M. (1997). "CATH - hierarchická klasifikace struktur proteinových domén". Struktura. 5 (8): 1093–1108. doi:10.1016 / S0969-2126 (97) 00260-8. PMID  9309224.
  33. ^ A b Pascual-García, A .; Abia, D .; Ortiz, A.R .; Bastolla, U. (2009). „Křížení mezi diskrétním a kontinuálním prostorem proteinové struktury: pohledy na automatickou klasifikaci a sítě proteinových struktur“. PLOS výpočetní biologie. 5 (3): e1000331. Bibcode:2009PLSCB ... 5E0331P. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000331. PMC  2654728. PMID  19325884.
  34. ^ Holm, L; Rosenström, P (červenec 2010). "Dali server: ochrana mapování ve 3D". Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W545–9. doi:10.1093 / nar / gkq366. PMC  2896194. PMID  20457744.
  35. ^ Zhang Y (2008). „Pokrok a výzvy v predikci struktury proteinů“. Curr Opin Struct Biol. 18 (3): 342–348. doi:10.1016 / j.sbi.2008.02.004. PMC  2680823. PMID  18436442.

Další čtení

externí odkazy