Cyrus Chothia - Cyrus Chothia - Wikipedia

Cyrus Chothia

FRS
Cyrus Chothia ISMB 2015.jpg
Cyrus Chothia na ISMB konference v roce 2015.
narozený
Cyrus Homi Chothia

(1942-02-19)19. února 1942[1]
Zemřel26. listopadu 2019(2019-11-26) (ve věku 77)[2]
VzděláváníAlleynova škola[3]
Alma mater
Ocenění
Vědecká kariéra
Instituce
TezeKrystalové struktury některých molekul aktivních na cholinergních nervových receptorech  (1973)
Doktorský poradcePeter J. Pauling[7]
Ostatní akademičtí poradciMichael Levitt[8]
Frederic M. Richards[8]
Doktorandi
Další významní studentiArthur Lesk (postdoc )
webová stránkawww2.mrc-lmb.vačka.ac.Spojené království/ vedoucí skupiny/ emeritní/ cyrus-chothia

Cyrus Homi Chothia (19. února 1942-26. Listopadu 2019)[1] FRS[21][2] byl Angličan biochemik který byl emeritním vědcem v Rada pro lékařský výzkum (MRC) Laboratoř molekulární biologie (LMB) v Univerzita v Cambridge[22][23] a emeritní člen Wolfson College, Cambridge.[21][24][25][26][27][28][29]

Vzdělávání

Chothia byla vzdělávána v Alleynova škola,[3] pak šel studovat na Durham University promoval s bakalářem v roce 1965.[1] Chothia poté dokončila magisterský titul na Birkbeck College v roce 1967 a doktorát z University College v Londýně[30] pod dohledem Peter Pauling [Wikidata ],[31] syn Linus Pauling.

Výzkum a kariéra

Po jeho PhD pracoval Chothia v Laboratoř molekulární biologie (LMB) po tři roky. Poté pracoval s Michael Levitt[8] na Weizmann Institute of Science[32][33] následovaly dva roky s Joelem Janinem na Institut Pasteur v Paříži.[34]

V roce 1976 se Chothia vrátila do Anglie, aby pracovala na University College London a LMB. S Arthur Lesk[6][35] ukázal, že proteiny se přizpůsobují mutacím změnami struktury.

V roce 1992 navrhl, aby většina proteinů byla vytvořena z domén pocházejících z malého počtu rodin.[36] Spolupracoval s Alexejem Murzinem, Steven Brenner a Tim Hubbard vytvořit Databáze strukturní klasifikace proteinů (SCOP),[37][38] A periodická tabulka pro všechny známé proteinové struktury. S Julian Gough[17] on vytvořil Nadrodinová databáze[39] který používá Skryté Markovovy modely identifikovat proteinové sekvence, které souvisejí se sekvencemi známých struktur.

Během své kariéry Chothia dohlížel na dokončení 19 úspěšných doktorandů[40] počítaje v to Alex Bateman,[9] Steven E. Brenner,[13] Mark Bender Gerstein,[14] Julian Gough,[16] Sarah Teichmann,[18] Bissan Al-Lazikani,[41][42][43] Goga Apic,[44] Samantha Barré[Citace je zapotřebí ][45] Matthew Bashton,[46][47][48][49] Dan Bolser,[50] Michael Bremang,[51] Bernard de Bono,[52][53] Emma Ganley (rozená Hill),[54][55][56] Martin Madera,[57][58] Siarhei Maslau,[59] Susan Miller,[60][61][62] Jong Park (aka Jong Bhak),[63][64][65] Rajkumar Sasidharan,[66][67] a Christine Vogel.[68][69]

Ocenění a vyznamenání

Chothia byl zvolen Člen Královské společnosti (FRS) v roce 2000.[1] Jeho osvědčení o zvolení a kandidatuře zní:

Doktor Chothia ukázal, jak aminokyselinové sekvence proteinů určují jejich strukturu, funkci a vývoj. Z analýzy jejich strukturálních pravidelností vyvinul klasifikaci proteinových struktur, která se nyní obecně používá. Jeho obraz evoluce proteinů naznačuje, jak se proteiny rozcházejí a získávají nové funkce. Pomohl nám pochopit, jak jejich zjevně omezená sada mírně odlišných struktur umožňuje imunoglobinu rozpoznat téměř neomezenou škálu různých antigenů.[70]

V roce 2015 byla Chothia zvolena Fellow of the Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB)[71] a byl oceněn ISCB Achillment by Senior Scientist Award na počest jeho práce při používání výpočetních metod k pochopení struktury proteinů.[4][72]

Vedle David Haussler a Michael Waterman, Chothia byla oceněna v roce 2015 Cena Dana Davida za jeho příspěvky v oboru bioinformatika.[5]

Reference

  1. ^ A b C d Anon (2014). „Chothia, Cyrus Homi“. Kdo je kdo. ukwhoswho.com (online Oxford University Press vyd.). A & C Black, otisk Bloomsbury Publishing plc. doi:10.1093 / ww / 9780199540884.013.10866. (předplatné nebo Členství ve veřejné knihovně ve Velké Británii Požadované) (vyžadováno předplatné)
  2. ^ A b „Cyrus Chothia (1942–2019)“. Citováno 27. listopadu 2019.
  3. ^ A b „Cena Dana Davida udělena Dr. Cyrusovi Chothii“. Alleynova škola. Archivovány od originál dne 23. března 2015.
  4. ^ A b „ISCB Cyrus Chothia, Curtis Huttenhower a Larry Hunter jmenováni vítězi ISCB za rok 2015“. Archivovány od originál dne 11. února 2015.
  5. ^ A b „Spoluzakladatel Wikipedie Jimmy Wales mezi vítězi Ceny Dana Davida za rok 2015“. Citováno 13. února 2015.
  6. ^ A b Lesk, A .; Chothia, C. (1980). „Jak různé aminokyselinové sekvence určují podobné proteinové struktury: Struktura a vývojová dynamika globinů“. Journal of Molecular Biology. 136 (3): 225–270. doi:10.1016/0022-2836(80)90373-3. PMID  7373651.
  7. ^ A b Cyrus Chothia na Matematický genealogický projekt
  8. ^ A b C „Cyrus H. Chothia, chemický strom“. Archivovány od originál dne 27. února 2015.
  9. ^ A b Bateman, Alexander George (1997). Vývoj struktury a funkce nadrodiny imunoglobulinů (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  10. ^ „Dr. Alex Bateman - Wellcome Trust Sanger Institute“. Archivovány od originál dne 25. února 2012.
  11. ^ Bateman, A; Eddy, S. R.; Chothia, C. (1996). „Členové nadrodiny imunoglobulinů v bakteriích“. Věda o bílkovinách. 5 (9): 1939–41. doi:10,1002 / pro.5560050923. PMC  2143528. PMID  8880921.
  12. ^ Bateman, A; Chothia, C (1995). "Obrysové struktury pro extracelulární domény receptorů fibroblastového růstového faktoru". Přírodní strukturní biologie. 2 (12): 1068–74. doi:10.1038 / nsb1295-1068. PMID  8846218. S2CID  20501031.
  13. ^ A b Brenner, Steven Elliot (1996). Molekulární propustnost: evoluční a strukturní vztahy proteinů. lib.cam.ac.uk (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. EThOS  uk.bl.ethos.596888.
  14. ^ A b Gerstein, Mark Bender (1992). Rozpoznávání proteinů: povrchy a konformační změny (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  15. ^ Gerstein, M.; Chothia, C. (1991). „Analýza uzavření proteinové smyčky. Dva typy pantů produkují jeden pohyb v laktátdehydrogenáze“. Journal of Molecular Biology. 220 (1): 133–149. doi:10.1016 / 0022-2836 (91) 90387-L. PMID  2067013.
  16. ^ A b Gough, Julian John Thurstan (2002). Skryté Markovovy modely a jejich aplikace na analýzu genomu v kontextu proteinové struktury (PDF) (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. EThOS  uk.bl.ethos.599547. Archivovány od originál (PDF) dne 11. března 2015.
  17. ^ A b „Domovská stránka Dr. Juliana Gougha na univerzitě v Bristolu“. Archivovány od originál dne 25. února 2012.
  18. ^ A b Teichmann, Sarah Amalia (1999). Evoluce genomu: analýza proteomů novými metodami (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  19. ^ Park, J; Teichmann, S.A.; Hubbard, T.; Chothia, C. (1997). Msgstr "Mezilehlé sekvence zvyšují detekci homologie mezi sekvencemi". Journal of Molecular Biology. 273 (1): 349–54. doi:10.1006 / jmbi.1997.1288. PMID  9367767.
  20. ^ Teichmann, S.A.; Park, J; Chothia, C. (1998). „Strukturální přiřazení proteinům Mycoplasma genitalium vykazuje rozsáhlé duplikace genů a přeskupení domén“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (25): 14658–63. Bibcode:1998PNAS ... 9514658T. doi:10.1073 / pnas.95.25.14658. PMC  24505. PMID  9843945. otevřený přístup
  21. ^ A b „Wolfson College: emeritní pracovník Dr. Cyrus Chothia MA MSc FRS“. Archivovány od originál dne 25. února 2012.
  22. ^ „Cyrus Chothia: Původ proteinů biologické složitosti, emeritní LMB“. Archivovány od originál dne 25. února 2012.
  23. ^ „Strukturální genomika a struktura proteinů“. Mrc-lmb.cam.ac.uk. Archivovány od originál dne 14. února 2015. Citováno 24. června 2014.
  24. ^ Cyrus Chothia na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  25. ^ "Cyrus chothia". Google Scholar. Citováno 24. června 2014.
  26. ^ Chothia, C.; Lesk, A. M.; Tramontano, A .; Levitt, M.; Smith-Gill, S. J .; Air, G .; Sheriff, S .; Padlan, E. A .; Davies, D .; Tulip, W. R .; Colman, P. M.; Spinelli, S .; Alzari, P. M .; Poljak, R. J. (1989). "Konformace hypervariabilních oblastí imunoglobulinu". Příroda. 342 (6252): 877–883. Bibcode:1989 Natur.342..877C. doi:10.1038 / 342877a0. PMID  2687698. S2CID  4241051.
  27. ^ Lewis, T.E .; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, T. L .; Buchan, D. W .; Chothia, C.; Cozzetto, D; Dana, J. M .; Filippis, I; Gough, J; Jones, D. T .; Kelley, L. A .; Kleywegt, G. J.; Minneci, F; Mistry, J; Murzin, A. G .; Ochoa-Montaño, B; Oates, M.E .; Punta, M; Rackham, O. J .; Stahlhacke, J; Sternberg, M. J.; Velankar, S; Orengo, C (2015). „Genome3D: Využívající struktura, která uživatelům pomůže pochopit jejich sekvence“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D382–6. doi:10.1093 / nar / gku973. PMC  4384030. PMID  25348407.
  28. ^ Chothia, C.; Gough, J; Vogel, C; Teichmann, S.A. (2003). "Vývoj proteinového repertoáru". Věda. 300 (5626): 1701–3. Bibcode:2003Sci ... 300.1701C. doi:10.1126 / science.1085371. PMID  12805536. S2CID  27681885.
  29. ^ Publikace Cyruse Chothie indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  30. ^ Chothia, Cyrus (1973). Krystalové struktury některých molekul aktivních na cholinergních nervových receptorech. proquest.com (Disertační práce). University College v Londýně.
  31. ^ Chothia, C .; Pauling, P. (1969). „O konformacích halucinogenních molekul a jejich korelaci“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 63 (4): 1063–1070. Bibcode:1969PNAS ... 63.1063C. doi:10.1073 / pnas.63.4.1063. PMC  223427. PMID  4311249.
  32. ^ Chothia, C .; Levitt, M ​​.; Richardson, D. (1977). "Struktura proteinů: Balení alfa-šroubovic a skládaných listů". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 74 (10): 4130–4134. Bibcode:1977PNAS ... 74.4130C. doi:10.1073 / pnas.74.10.4130. PMC  431889. PMID  270659.
  33. ^ Levitt, M.; Chothia, C. (1976). "Strukturální vzorce v globulárních proteinech". Příroda. 261 (5561): 552–558. Bibcode:1976Natur.261..552L. doi:10.1038 / 261552a0. PMID  934293. S2CID  4154884.
  34. ^ Sweet, R .; Wright, H .; Janin, J .; Chothia, C .; Blow, D. (1974). „Krystalová struktura komplexu prasečího trypsinu s sójovým inhibitorem trypsinu (Kunitz) při rozlišení 2,6-A“. Biochemie. 13 (20): 4212–4228. doi:10.1021 / bi00717a024. PMID  4472048.
  35. ^ Lesk, A .; Chothia, C. (1980). „Přístup k rozpouštědlům, povrchy proteinů a skládání proteinů“. Biofyzikální deník. 32 (1): 35–47. Bibcode:1980BpJ .... 32 ... 35L. doi:10.1016 / S0006-3495 (80) 84914-9. PMC  1327253. PMID  7248454.
  36. ^ Chothia, Cyrus (1992). „Tisíc rodin pro molekulárního biologa“. Příroda. 357 (6379): 543–4. Bibcode:1992 Natur.357..543C. doi:10.1038 / 357543a0. PMID  1608464. S2CID  4355476.
  37. ^ Hubbard, T.; Murzin, A .; Brenner, S.; Chothia, C. (1997). „SCOP: Strukturální klasifikace databáze proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 25 (1): 236–239. doi:10.1093 / nar / 25.1.236. PMC  146380. PMID  9016544.
  38. ^ „Britské vládní granty uděleny Cyrusovi Chothii“. Research Councils UK. Archivovány od originál dne 15. října 2014.
  39. ^ Gough, J.; Chothia, C. (2002). "SUPERFAMILY: HMMs představující všechny proteiny známé struktury. SCOP vyhledávání sekvencí, zarovnání a přiřazení genomu". Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 268–272. doi:10.1093 / nar / 30.1.268. PMC  99153. PMID  11752312.
  40. ^ Alex Bateman (2015). „Akademický rodokmen Cyruse Chothie“. cvrlikání. Archivovány od originál dne 15. července 2015.
  41. ^ Al-Lazikani, Bissan (1999). Kanonické struktury imunoglobulinů a receptorů T buněk (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  42. ^ „Vedoucí týmu Dr. Bissan Al-Lazikani“. Institut pro výzkum rakoviny. Archivovány od originál dne 5. března 2015.
  43. ^ Al-Lazikani, B; Lesk, A. M .; Chothia, C (2000). "Kanonické struktury pro hypervariabilní oblasti receptorů abecedy T buněk". Journal of Molecular Biology. 295 (4): 979–95. doi:10.1006 / jmbi.1999.3358. PMID  10656805.
  44. ^ Apic, Gordana (2003). Vývoj vícedoménových proteinů v genomech. lib.cam.ac.uk (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. OCLC  894594841. EThOS  uk.bl.ethos.619919.
  45. ^ Barré, Samantha; Greenberg, Andrew S .; Flajnik, Martin F .; Chothia, Cyrus (1994). "Strukturální konzervace hypervariabilních oblastí při vývoji imunoglobulinů". Přírodní strukturní biologie. 1 (12): 915–920. doi:10.1038 / nsb1294-915. ISSN  1072-8368. PMID  7773781. S2CID  39728494.
  46. ^ Bashton, Matthew (2004). Funkční analýza doménových kombinací (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  47. ^ „Dr. Matthew Bashton: Výzkumný pracovník: Projekt INSTINCT“. Archivovány od originál dne 5. března 2015.
  48. ^ Bashton, M; Chothia, C (2002). Msgstr "Geometrie kombinace domén v proteinech". Journal of Molecular Biology. 315 (4): 927–39. doi:10.1006 / jmbi.2001.5288. PMID  11812158.
  49. ^ Bashton, M; Chothia, C (2007). "Generování nových proteinových funkcí kombinací domén". Struktura. 15 (1): 85–99. doi:10.1016 / j.str.2006.11.009. PMID  17223535.
  50. ^ Bolser, Daniel Murray (2007). Povrchy podílející se na tvorbě proteinových komplexů (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  51. ^ Bremang, Michael Anthony (2012). Repertoár myšího proteinu: studie alternativního sestřihu, funkce a kvality (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  52. ^ de Bono, Bernard (2004). Imunoglobulinové nadrodiny proteinů u lidí a myší (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  53. ^ de Bono, B. (2003). „Exegeze: postup ke zlepšení genových předpovědí a jeho použití k nalezení proteinů nadrodiny imunoglobulinů v lidských a myších genomech“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (21): 6096–6103. doi:10.1093 / nar / gkg828. ISSN  1362-4962. PMC  275470. PMID  14576296.
  54. ^ Hill, Emma Elizabeth (2002). Vývoj proteinových rodin: sekvence genomu a trojrozměrné struktury (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  55. ^ „Domovská stránka Emmy Hillové“. University of California, Berkeley. Archivovány od originál dne 13. července 2006.
  56. ^ „Emma Ganley (rozená Hill) zaměstnanci PLOS“. PLOS. Archivovány od originál dne 24. dubna 2015.
  57. ^ Madera, Martin (2005). Skryté Markovovy modely pro detekci vzdálené homologie (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  58. ^ Madera, M. (2004). „Databáze SUPERFAMILY v roce 2004: doplňky a vylepšení“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (90001): 235D – 239. doi:10.1093 / nar / gkh117. ISSN  1362-4962. PMC  308851. PMID  14681402.
  59. ^ Maslau, Siarhei (2007). Tvorba metabolismu malých molekul Escherichia coli (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  60. ^ Miller, G. S. P. (1987). Počítačový displej a výroba 3-D modelů (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. OCLC  59769936.
  61. ^ Miller, Susan; Janin, Joël; Lesk, Arthur M .; Chothia, Cyrus (1987). "Vnitřek a povrch monomerních proteinů". Journal of Molecular Biology. 196 (3): 641–656. doi:10.1016/0022-2836(87)90038-6. ISSN  0022-2836. PMID  3681970.
  62. ^ Miller, Susan; Lesk, Arthur M .; Janin, Joël; Chothia, Cyrus (1987). "Přístupný povrch a stabilita oligomerních proteinů". Příroda. 328 (6133): 834–836. Bibcode:1987 Natur.328..834M. doi:10.1038 / 328834a0. ISSN  0028-0836. PMID  3627230. S2CID  4349684.
  63. ^ Park, Jong Hwa (1997). Analýza a metody genomové sekvence (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  64. ^ Cyrus Chothia publikace indexované podle Google Scholar
  65. ^ „Domovská stránka Jong Bhaka: podnikatel a vědec“. jongbhak.com. Archivovány od originál dne 20. prosince 2014.
  66. ^ Sasidharan, Rajkumar (2004). Vývoj proteinů: výběr přijatelných mutací (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  67. ^ Sasidharan, R .; Chothia, C. (2007). „Výběr přijatelných mutací proteinů“. Sborník Národní akademie věd. 104 (24): 10080–10085. Bibcode:2007PNAS..10410080S. doi:10.1073 / pnas.0703737104. ISSN  0027-8424. PMC  1891269. PMID  17540730.
  68. ^ Vogel, Christine (2004). Doménový pohled na vývoj proteinového repertoáru (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  69. ^ Vogel, Christine; Chothia, Cyrus (2006). „Expanze proteinových rodin a biologická složitost“. PLOS výpočetní biologie. 2 (5): e48. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 48V. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020048. ISSN  1553-734X. PMC  1464810. PMID  16733546. otevřený přístup
  70. ^ „EC / 2000/04: Chothia, Cyrus“. London: Royal Society. Archivovány od originál dne 31. srpna 2015. Citováno 18. listopadu 2013.
  71. ^ Fogg, C.N .; Kovats, D. E. (2015). „Zpráva od ISCB: 2015 ISCB Cena Senior Scientist Award: Cyrus Chothia“. Bioinformatika. 31 (13): 2238–9. doi:10.1093 / bioinformatika / btv218. PMID  26002905.
  72. ^ „Seznamte se s třídou ISCB Fellows 2015“. Archivovány od originál dne 20. února 2015. Citováno 15. února 2015.

Tento článek zahrnuje text k dispozici pod CC BY 4.0 licence.