Janet Thornton - Janet Thornton - Wikipedia

Dame Janet Thornton

DBE FRS FMedSci FRSC
Plos thornton.jpg
Janet Thornton
narozený
Janet Maureen McLoughlin[1]

(1949-05-23) 23. května 1949 (věk 71)
Národnostbritský
Alma mater
Známý jako
Manžel (y)
Alan D. Thornton
​
(m. 1970)​
Děti2[1]
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeKonformace dinukleotidů  (1975)
Pozoruhodné studenty
webová stránkawww.ebi.ac.Spojené království/výzkum/ Thornton Upravte to na Wikidata

Dame Janet Maureen Thornton, DBE FRS FMedSci FRSC (narozen 23. května 1949)[1] je vedoucí vědecký pracovník a emeritní ředitel v Evropský bioinformatický institut (EBI), součást Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL).[11][12][13] Je jednou z předních světových výzkumných pracovnic v oblasti strukturálních technologií bioinformatika pomocí výpočetních metod k pochopení struktury a funkce proteinů.[5][14][15][16] Od října 2001 do června 2015 byla dříve ředitelkou EBI, v níž hrála klíčovou roli ELIXÍR.[3]

Vzdělávání

Po absolvování fyziky z University of Nottingham Thornton dokončil magisterský titul v oboru biofyzika na King's College London a doktorát z biofyziky na Univerzitě Palackého v Olomouci Národní institut pro lékařský výzkum, Mill Hill, Londýn v roce 1973.[17]

Kariéra a výzkum

Po ukončení doktorského studia pracovala Thornton v oboru molekulární biofyziky David Chilton Phillips na University of Oxford.[18][19] V roce 1978 se vrátila do Národního ústavu pro lékařský výzkum a poté se zúčastnila Fellowship at Birkbeck College, část University of London. V roce 1990 byla jmenována profesorkou a ředitelkou Oddělení biomolekulární struktury a modelování na Katedře biochemie a molekulární biologie na University College v Londýně a později byl také jmenován do Bernalského křesla v oddělení krystalografie v Birkbeck College.[Citace je zapotřebí ]

Thornton byl ředitelem Evropský bioinformatický institut (EBI) od roku 2001 do roku 2015 Wellcome Trust Genome Campus na Hinxton u Cambridge.[20] Byla organizátorkou Inteligentní systémy pro molekulární biologii (ISMB) a společná konference Evropské konference o výpočetní biologii (ECCB) v Glasgow v roce 2004.[21]

Thorntonova práce je vysoce interdisciplinární a propojuje se mimo jiné se strukturální biologií, bioinformatikou, biologickou chemií a chemoinformatikou. Byla časnou průkopnicí v ověření struktury pro krystalografie bílkovin, vyvíjející široce používaný software ProCheck.[22] Dohromady s Christine Orengo, představila KOCOUR[23] klasifikace proteinové struktury.[7][9][24][25][26][27][28][29][30] Její skupina vyvinula robustní nástroj pro klasifikaci, srovnání a anotaci enzymů - EC-BLAST[31] který vypočítává podobnost mezi enzymy na základě chemických reakcí tak, že zachycuje změny vazeb, reakční střediska nebo strukturní podobnost mezi nimi.[32][31]

Od roku 2008 do roku 2012 koordinovala čtyřletou přípravnou fázi evropské datové infrastruktury pro vědy o živé přírodě ELIXÍR.[3] Od roku 2013 zůstává na palubě ELIXIR jako jedna z EMBL vědečtí delegáti.[33] Její výzkum byl financován Rada pro lékařský výzkum, Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd (BBSRC),[12][34] the Wellcome Trust a Evropská unie.

Studenti doktorského studia a postdoktorandi

Thornton několik dohlížel PhD[35] a postdoktorandští vědci počítaje v to Sarah Teichmann[9] a David Tudor Jones.[8]

Ocenění a vyznamenání

Thornton byl zvolen Člen Královské společnosti (FRS) v roce 1999.[36] Stala se členkou Evropská organizace pro molekulární biologii (EMBO) v roce 2000,[4] zahraniční spolupracovník USA Národní akademie věd v roce 2003 a Člen Akademie lékařských věd (FMedSci) v roce 2014. Thornton je a Nadpočet Kolega z Churchill College, Cambridge.[1][37] Byla zvolena a Člen Královské společnosti chemie (FRSC) v roce 2017.[38] Thorntonova nominace do Královské společnosti zní

Janet Thornton se vyznačuje přínosem pro porozumění trojrozměrné struktuře bílkovin: její vnímavé srovnávací studie vedly k vývoji algoritmů, které se používají k analýze a predikci nadsekundární a terciární struktura. V 70. letech v Oxfordu (s M J Sternberg ) stanovila jasná a užitečná pravidla pro předání B-a-B jednotek a prokázal platné metody pro predikci řazení pramenů v B-listy. V Birkbecku vyvinula tuto práci, aby definovala rodiny konformací v B-vlásenky a aB-odkazy, kde se struktury dříve předpokládaly náhodně. Udělala nejkomplexnější a nejužitečnější analýzy terciárních interakcí proteinových postranních řetězců, které vedly k atlasu, který je cenný pro design proteinů a ligandů. Atlas je široce používán jak v akademické sféře, tak ve farmaceutickém průmyslu. Na University College vyvinula studie konformace postranního řetězce a stereochemie do postupu PROCHECK pro hodnocení kvality experimentálně definovaných proteinových struktur: toto se široce používá ke kontrole proteinových struktur. Představila metodu známou jako threading, která poskytuje silné důkazy o terciární struktuře proteinové sekvence, která není zjevně homologní s žádnou jinou známou strukturou.[39]

Její citace o volbách do Akademie lékařských věd zní:

Dame Janet Thorntonová je ředitelkou Evropského institutu pro bioinformatiku a je světovým lídrem v bioinformatice. Významně přispěla k lékařské vědě tím, že zvýšila naše základní chápání struktury proteinů a toho, jak přispívají k nemocem a stárnutí. Nástroje a databáze, které vyvinula, se celosvětově používají pro základní výzkum, na akademické půdě a také ve farmaceutických společnostech. Jako ředitelka EBI byla zodpovědná za strategický vývoj související s dopadem údajů o biologických vědách na lékařskou vědu. Aktivně se věnuje výzvě, jak spojit biologické a lékařské údaje ve Velké Británii a vytvářet nástroje, které usnadní využívání těchto údajů pro výzkum a na klinice.[40]

Thornton byl jmenován Velitel Řádu britského impéria (CBE) v roce 2000 a Dame velitelka Řádu britského impéria (DBE) v Vyznamenání k narozeninám 2012 pro služby bioinformatice.[41] Časy v roce 2010 jmenovali Thorntona číslem 86 z jejich britských vědců „Eureka 100“.[42] Byla oceněna Cena za volební právo v roce 2011.[6]

Reference

  1. ^ A b C d Anon (2015). „Thornton, Dame Janet (M.)“. Kdo je kdo. ukwhoswho.com (online Oxford University Press vyd.). A & C Black, otisk Bloomsbury Publishing plc. doi:10.1093 / ww / 9780199540884.013.U37638. (předplatné nebo Členství ve veřejné knihovně ve Velké Británii Požadované)
  2. ^ Pearl, F. M .; Bennett, C. F .; Bray, J. E.; Harrison, A. P .; Martin, N; Shepherd, A; Sillitoe, I; Thornton, J; Orengo, C. A. (2003). „Databáze CATH: Zdroj rozšířené rodiny proteinů pro strukturální a funkční genomiku“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 452–5. doi:10.1093 / nar / gkg062. PMC  165509. PMID  12520050.
  3. ^ A b C Crosswell, L. C .; Thornton, J. M. (2012). „ELIXIR: Distribuovaná infrastruktura pro evropská biologická data“. Trendy v biotechnologii. 30 (5): 241–242. doi:10.1016 / j.tibtech.2012.02.002. PMID  22417641.
  4. ^ A b „Kapesní adresář EMBO“ (PDF). Evropská organizace pro molekulární biologii. Archivovány od originál dne 16. března 2015.
  5. ^ A b Zagorski, N. (2005). „Profil Janet M. Thorntonové“. Sborník Národní akademie věd. 102 (35): 12296–12298. Bibcode:2005PNAS..10212296Z. doi:10.1073 / pnas.0505819102. PMC  1194944. PMID  16118281. otevřený přístup
  6. ^ A b „Čest a dědictví pro Sarah Teichmann“. 9. března 2012.
  7. ^ A b Janet Thornton publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  8. ^ A b Jones, D. T.; Taylor, W. R .; Thornton, J. M. (1992). „Nový přístup k rozpoznávání proteinových záhybů“. Příroda. 358 (6381): 86–89. Bibcode:1992 Natur.358 ... 86J. doi:10.1038 / 358086a0. ISSN  0028-0836. PMID  1614539. S2CID  4266346.
  9. ^ A b C Marx, V. (2014). "Autorský soubor: Janet Thornton". Přírodní metody. 11 (2): 115. doi:10.1038 / nmeth.2831. PMID  24645189. S2CID  1970327.
  10. ^ Teichmann, S.A.; Rison, S. C .; Thornton, J. M.; Riley, M; Gough, J; Chothia, C. (2001). „Evoluce a strukturní anatomie metabolických drah malých molekul v Escherichia coli“. Journal of Molecular Biology. 311 (4): 693–708. CiteSeerX  10.1.1.121.1628. doi:10.1006 / jmbi.2001.4912. PMID  11518524.
  11. ^ „Profesorka Dame Janet Thorntonová: ředitelka Evropského institutu pro bioinformatiku“. Archivovány od originál dne 9. června 2013.
  12. ^ A b „Velké britské průkopníky biologických věd - profesorka Dame Janet Thorntonová“. Archivovány od originál dne 9. února 2015.
  13. ^ Janet Thornton publikace od Evropa PubMed Central
  14. ^ Dean, Caroline; Osborn, Mary; Oshlack, Alicia; Thornton, Janet (2012). „Ženy ve vědě“. Genome Biology. 13 (3): 148–201. doi:10,1186 / gb4005. PMC  3439960. PMID  22405408.
  15. ^ „Stránka Thornton Research Group“. Archivovány od originál dne 18. dubna 2011.
  16. ^ Výsledky hledání pro autora Thornton JM na PubMed.
  17. ^ Thornton, Janet (1975). Konformace dinukleotidů (Disertační práce). King's College London.
  18. ^ Thornton, J. M.; Bayley, P. M. (1976). "Výpočty konformační energie pro molekuly dinukleotidů. Systematické studium konformace dinukleotidů s aplikací na diadenosin pyrofosfát." Biopolymery. 15 (5): 955–975. doi:10,1002 / bip.1976.360150511. PMID  177120. S2CID  30211950.
  19. ^ Perkins, W. J .; Piper, E. A .; Thornton, J. (1976). "Počítačové techniky pro konformační studie biologických molekul". Počítače v biologii a medicíně. 6 (1): 23–31. doi:10.1016/0010-4825(76)90034-2. PMID  1253578.
  20. ^ „Janet Thornton odstoupí“. Evropský bioinformatický institut. Archivovány od originál dne 3. července 2015.
  21. ^ „ISMB / ECCB 2004“. www.iscb.org.
  22. ^ Laskowski, R. A .; MacArthur, M. W .; Moss, D. S .; Thornton, J. M. (1993). „PROCHECK: Program ke kontrole stereochemické kvality proteinových struktur“. Journal of Applied Crystallography. 26 (2): 283–291. doi:10.1107 / S0021889892009944.
  23. ^ Orengo, C. A .; Michie, A. D .; Jones, S .; Jones, D. T.; Swindells, M. B .; Thornton, J. M. (1997). „CATH - hierarchická klasifikace struktur proteinových domén“. Struktura. 5 (8): 1093–1109. doi:10.1016 / S0969-2126 (97) 00260-8. PMID  9309224.
  24. ^ Sibanda, B.L .; Blundell, T. L.; Thornton, J. M. (1989). "Konformace beta-vlásenek v proteinových strukturách. Systematická klasifikace s aplikacemi pro modelování pomocí homologie, přizpůsobení elektronové hustoty a proteinového inženýrství". Journal of Molecular Biology. 206 (4): 759–77. doi:10.1016/0022-2836(89)90583-4. PMID  2500530.
  25. ^ Thornton, J. M.; Singh, J; Campbell, S; Blundell, T. L. (1988). "Rozpoznávání proteinů a proteinů prostřednictvím interakcí s postranním řetězcem". Transakce s biochemickou společností. 16 (6): 927–30. doi:10.1042 / bst0160927. PMID  3224756.
  26. ^ Blundell, T. L.; Sibanda, B.L .; Sternberg, M. J.; Thornton, J. M. (1987). „Znalostní predikce proteinových struktur a návrh nových molekul“. Příroda. 326 (6111): 347–52. Bibcode:1987 Natur.326..347B. doi:10.1038 / 326347a0. PMID  3550471. S2CID  4330510.
  27. ^ Janet Thornton publikace indexované indexem Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  28. ^ Blundell, T; Barlow, D; Borkakoti, N; Thornton, J (1983). "Zkreslení vyvolaná rozpouštědly a zakřivení alfa šroubovic". Příroda. 306 (5940): 281–3. Bibcode:1983 Natur.306..281B. doi:10.1038 / 306281a0. PMID  6646210. S2CID  4331613.
  29. ^ Reeves, G. A .; Eilbeck, K .; Magrane, M .; O'Donovan, C .; Montecchi-Palazzi, L .; Harris, M. A .; Orchard, S .; Jimenez, R. C .; Prlic, A .; Hubbard, T. J. P.; Hermjakob, H .; Thornton, J. M. (2008). „The Protein Feature Ontology: A tool for the unification of protein feature annotations“. Bioinformatika. 24 (23): 2767–2772. doi:10.1093 / bioinformatika / btn528. PMC  2912506. PMID  18936051.
  30. ^ Rahman, S. A .; Cuesta, S. M .; Furnham, N .; Holliday, G. L .; Thornton, J. M. (2014). „EC-BLAST: Nástroj pro automatické vyhledávání a porovnání enzymových reakcí“. Přírodní metody. 11 (2): 171–4. doi:10.1038 / nmeth.2803. PMC  4122987. PMID  24412978.
  31. ^ A b Rahman, Syed Asad; Cuesta, Sergio Martinez; Furnham, Nicholas; Holliday, Gemma L .; Thornton, Janet M. (1. února 2014). „EC-BLAST: nástroj pro automatické vyhledávání a porovnávání enzymových reakcí“. Přírodní metody. 11 (2): 171–174. doi:10.1038 / nmeth.2803. ISSN  1548-7091. PMC  4122987. PMID  24412978.
  32. ^ Rahman, Syed Asad; Torrance, Gilliean; Baldacci, Lorenzo; Martínez Cuesta, Sergio; Fenninger, Franz; Gopal, Nimish; Choudhary, Saket; May, John W .; Holliday, Gemma L. (1. července 2016). „Reaction Decoder Tool (RDT): extrahování vlastností z chemických reakcí“. Bioinformatika. 32 (13): 2065–2066. doi:10.1093 / bioinformatika / btw096. ISSN  1367-4811. PMC  4920114. PMID  27153692.
  33. ^ „Vedení společnosti ELIXIR: Správa ve fázi výstavby společnosti ELIXIR“. Archivovány od originál dne 14. října 2013.
  34. ^ „Vládní granty Spojeného království uděleny Janet Thorntonové“. Research Councils UK. Archivovány od originál dne 10. března 2015.
  35. ^ Anon (2014). „Publikace disertačních prací EMBL-EBI“. Archivovány od originál dne 4. března 2014.
  36. ^ „Proč byl prof. Thornton oceněn FRS“. London: Royal Society. Archivovány od originál dne 12. listopadu 2007.
  37. ^ „Profesorka Dame Janet Thorntonová PhD, CBE, FRS, DBE, Churchill College, Cambridge“. Archivovány od originál dne 10. března 2015.
  38. ^ „Naši čestní spolupracovníci“. Royal Society of Chemistry. Citováno 27. února 2018.
  39. ^ „EC / 1999/34: Thornton, Janet M“. London: The Royal Society. Archivovány od originál dne 18. února 2014.
  40. ^ „Profesorka Dame Janet Thornton DBE FRS FMedSci“. Akademie lékařských věd. Archivovány od originál dne 10. března 2015.
  41. ^ „Č. 60173“. London Gazette (Doplněk). 16. června 2012. s. 6.
  42. ^ „Eureka 100: lidé, na kterých záleží“. thetimes.co.uk. London: The Times.

externí odkazy

Prostředky knihovny o
Janet Thornton
Janet Thornton
Akademické kanceláře
Předcházet
Michael Ashburner
Graham Cameron		 Ředitel Evropský bioinformatický institut
2001–2015		Uspěl
Rolf Apweiler
Ewan Birney