Databáze struktury proteinů - Protein structure database

v biologie, a databáze proteinové struktury je databáze, která je modelován kolem různých experimentálně stanoveno proteinové struktury. Cílem většiny databází proteinových struktur je uspořádat a anotovat proteinové struktury a poskytnout biologické komunitě přístup k experimentálním datům užitečným způsobem. Data obsažená v databázích proteinové struktury často zahrnují trojrozměrné souřadnice a také experimentální informace, jako jsou rozměry a úhly jednotkových buněk pro rentgenová krystalografie určené struktury. Ačkoli většina případů, v tomto případě buď proteiny, nebo stanovení specifické struktury proteinu, obsahují také informace o sekvenci a některé databáze dokonce poskytují prostředky pro provádění dotazů na sekvenci, primárním atributem struktury databáze jsou strukturální informace, zatímco sekvenční databáze zaměřte se na informace o sekvenci a pro většinu položek neobsahujte žádné strukturální informace. Databáze struktur proteinů jsou pro mnoho snah kritické výpočetní biologie jako návrh léku založený na struktuře, a to jak při vývoji použitých výpočetních metod, tak při poskytování velkého experimentálního datového souboru používaného některými metodami k získání poznatků o funkci proteinu.^[1]

Proteinová datová banka

Proteinová datová banka (PDB) byla založena v roce 1971 jako ústřední archiv ze všech experimentálně určených dat struktury proteinů. Dnes je PNR udržován mezinárodními konsorcii kolektivně známými jako Celosvětová proteinová banka (wwPDB). Posláním wwPDB je udržovat jediný archiv makromolekulární strukturální data, která jsou volně a veřejně dostupná globální komunitě.^[2]^[3]

Seznam dalších databází proteinové struktury

Protože PDB uvolňuje data do veřejná doména, data byla použita v různých jiných databázích proteinové struktury.

Mezi příklady databází proteinové struktury patří (v abecedním pořadí);

Databáze makromolekulárních pohybů: popisuje pohyby, které se vyskytují v proteinech a jiných makromolekulách, zejména pomocí filmů
Dynameomika: datový sklad simulací a analýz molekulární dynamiky proteinů představujících všechny známé rodiny proteinových záhybů
JenaLib: Knihovna biologických makromolekul v Jeně je zaměřena na lepší šíření informací o trojrozměrných strukturách biopolymerů s důrazem na vizualizaci a analýzu.
ModBase: databáze trojrozměrných proteinových modelů vypočítaných srovnávacím modelováním
OCA: databáze prohlížeče pro proteinovou strukturu / funkci - OCA integruje informace z KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, a další.
OPM: poskytuje prostorové polohy proteinových trojrozměrných struktur vzhledem k lipidová dvojvrstva.
PDB Lite: odvozený z OCA, byl poskytnut PDB Lite, aby bylo co nejjednodušší najít a zobrazit makromolekulu v PDB
PDBsum: poskytuje přehled makromolekulárních struktur v PDB a poskytuje schematické diagramy molekul v každé struktuře a interakcí mezi nimi
PDBTM: Proteinová datová banka Transmembránové proteiny - výběr PNR.
PDBWiki: komunita komentovaná znalostní báze biologických molekulárních struktur [1]
ProtCID: Společná databáze rozhraní proteinů (ProtCID ) je databáze podobných rozhraní protein-protein v krystalových strukturách homologních proteinů.
Protein: the NIH proteinová databáze, sbírka sekvencí z několika zdrojů, včetně překladů z anotovaných kódujících oblastí v GenBank, RefSeq a Anotace třetí strany, stejně jako záznamy z SwissProt, PIR, PRF a PDB
Proteopedia: kolaborativní 3D encyklopedie proteinů a dalších molekul. Wiki, která obsahuje stránku pro každou položku v PDB (> 100 000 stránek), s a Jmol pohled, který zvýrazní funkční stránky a ligandy. Nabízí snadno použitelný nástroj pro vytváření scén, takže se nemusíte učit skriptovací jazyk Jmol, abyste mohli vytvářet přizpůsobené molekulární scény. Vlastní scény lze snadno připojit k „zeleným odkazům“ v popisném textu, který tyto scény zobrazuje v Jmol.
ProteinLounge: databáze proteinů, která zahrnuje vizuály struktury proteinů. Zahrnuje také proteinové dráhy a genové sekvence včetně dalších nástrojů.
SCOP: strukturní klasifikace proteinů [2] podrobný a komplexní popis strukturních a evolučních vztahů mezi všemi proteiny, jejichž struktura je známá.
Úložiště SWISS-MODEL: databáze anotovaných proteinových modelů vypočítaných pomocí homologního modelování
TOPSAN: Open Protein Structure Annotation Network - wiki určená ke shromažďování, sdílení a distribuci informací o trojrozměrných strukturách proteinů.

Reference

^ Laskowski, RA (2011). Msgstr "Databáze struktur proteinů". Mol Biotechnol. 48: 183–98. doi:10.1007 / s12033-010-9372-4. PMID 21225378.
^ Berman, H. M. (leden 2008). „Proteinová datová banka: historická perspektiva“ (PDF). Acta Crystallographica oddíl A. A64 (1): 88–95. doi:10.1107 / S0108767307035623. PMID 18156675.
^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (prosinec 1997). "PDBsum: webová databáze shrnutí a analýz všech struktur PDB". Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488–90. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7. PMID 9433130.

[1] Laskowski, RA (2011). Msgstr "Databáze struktur proteinů". Mol Biotechnol. 48: 183–98. doi:10.1007 / s12033-010-9372-4. PMID 21225378.

[Historical-2] Berman, H. M. (leden 2008). „Proteinová datová banka: historická perspektiva“ (PDF). Acta Crystallographica oddíl A. A64 (1): 88–95. doi:10.1107 / S0108767307035623. PMID 18156675.

[pmid9433130-3] Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (prosinec 1997). "PDBsum: webová databáze shrnutí a analýz všech struktur PDB". Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488–90. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7. PMID 9433130.

[1]

[2]

[3]