Bakteriální kmen - Bacterial phyla

Fylogenetický strom ukazující rozmanitost bakterií, archaeí a eukaryot.[1] Strom obsahuje 92 pojmenovaných bakteriálních kmenů, 26 archaeálních kmenů a všech pět eukaryotických superskupin. Hlavním liniím jsou přiřazeny libovolné barvy a pojmenovány kurzívou s dobře charakterizovanými názvy linií. Řádky, kterým chybí izolovaný zástupce, jsou zvýrazněny názvy, které nejsou kurzívou, a červenými tečkami.

Bakteriální phyla tvoří hlavní linie domény Bakterie. Zatímco se diskutuje o přesné definici bakteriálního kmene, populární definice je, že bakteriální kmen je a monofyletický linie bakterií, jejichž 16S rRNA geny sdílet párovou sekvenční identitu ~ 75% nebo méně s identitou členů jiných bakteriálních kmenů.[2]

Odhaduje se, že existuje ~ 1300 bakteriálních kmenů.[2] Od května 2020 je formálně přijímáno 41 bakteriálních kmenů LPSN,[3] Na bakterii je rozpoznáno 89 bakteriálních kmenů Silva databáze, byly navrženy desítky dalších,[4][5] a stovky pravděpodobně zůstanou objeveny.[2] Od roku 2017 bylo přibližně 72% široce uznávaných bakteriálních kmenů kandidát phyla[6] (tj. nemají kultivované zástupce).

Pro názvosloví bakteriálních kmenů neexistují žádná pevná pravidla. Bylo navrženo, aby se u kmene používala přípona „-bacteria“.

Seznam bakteriálních kmenů

Následuje seznam bakteriálních kmenů, které byly navrženy.

KmenAlternativní názvySkupinaKultivovaný zástupcePoznámky
10bav-F6[7]Ne
Abawacabacteria[4][8]RIF46CPR; KPR související s GracilibacteriaNe
Abditibacteriota[9]FBPAno[9]
Absconditabacteria[10][8]SR1CPR; KPR související s GracilibacteriaNe
ABY1[11]OD1-ABY1[12]CPR; ParcubacteriaNe
Acetotermie[13]OP1
AcidobakterieAno[14]
AktinobakterieTerrabakterieAno[15]
Adlerbacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Aerophobota / AerophobetesCD12, BHI80-139
Amesbakterie[16]CPR; Patescibacteria;

Microgenomates

Ne
Andersenbacteria[4]RIF9CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Armatimonadetes[13]OP10TerrabakterieAno[17]
Aminicenantes[13]OP8
AncK6[7]
Apal-E12[7]
Atribakterie[13]OP9, JS1Ne
Aquificae
Azambakterie i[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNerozdělil Anantharaman et al. …
Azambakterie ii[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNe… (Říjen 2016) jako polyphyletický
BacteroidetesSkupina FCBAno
Balneolaeota[18]Ano
Bdellovibrionota
Beckwithbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Berkelbacteria[19][8]ACD58CPR; CPR související se SaccharibacteriaNe
BHI80-139[7]
Blackburnbacteria[4]RIF35CPR; MicrogenomatesNe
Brennerbacteria[4][8]RIF18CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Hnědé bakterie[20]CPR; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNe
Buchananbacteria[4][8]RIF37; Parcubacteria; Parcubacteria 1CPRNe
Caldiserica[13]OP5[21]Skupina FCBAno[22]
Calditrichaeota[23]CaldithrixSkupina FCB[24]
CalescamantesEM19
Campbellbacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 4Nese zdají být polyfyletické: dva subtypy
Chlamydie[25]Skupina PVC
ChlorobiSkupina FCB
ChloroflexiTerrabakterie
Chisholmbacteria[4]RIF36CPR; MicrogenomatesNe
Chrysiogenetes
Cloacimonetes[26]WWE1Skupina FCB[24]
Coatesbacteria[4]RIF8Ne
Collierbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Colwellbacteria[4][8]RIF41CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Curtissbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
CPR-1[1]CPRNe
CPR-3[1]CPRNe
SiniceTerrabakterie
Dadabakterie[27]Ne
Daviesbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Delfibakterie[6]Skupina FCBNe
Delongbakterie[4]RIF26, H-178Ne
Deferribacteres
Deinococcus – ThermusTerrabakterie
Závislé[28]TM6
Dictyoglomi[29]
Dojkabakterie[8]WS6CPR; KPR související s mikrogenomaty
Dormibacteraeota[30]AD3Ne
Doudnabacteria[16][8]SM2F11CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 1Ne
Edwardsbacteria[5][4]RIF29, UBP-2 [31]Ne
Eisenbacteria[4]RIF28Skupina FCBNe
Elusimikrobie[13]OP7, skupina termitů 1 (TG1)[21]Ano[32]
Eremiobacteraeota[33][30]WPS-2, Palusbacterota[34]Ne
Falkowbacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Fermentibakterie[35]Hyd24-12Ne
Fertabakterie[6]CPR; KPR související s GracilibacteriaNe
FibrobakterieSkupina FCB
Firestonebacteria[4]RIF1Ne
FervidibakterieOctSpa1-106
Fischerbakterie[4]RIF25Ne
FirmicutesTerrabakterie
Fraserbakterie[4]RIF31Ne
Fusobakterie
Gemmatimonadetes[36]Skupina FCB[24]Ano[36]
Skleněné bakterie[4]RIF5Ne
Giovannonibakterie[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Gottesmanbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Gracilibacteria[37][8]GN02, BD1-5, SN-2CPR; Patescibacteria; KPR související s GracilibacteriaNe
Gribaldobacteria[4][8]CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Handelsmanbacteria[4]RIF27Ne
Harrisonbacteria[4][8]RIF43CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Howlettbacteria[8]CPR; CPR související se SaccharibacteriaNe
Hugbacteria[20]CPR; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNe
HydrogenedentesNKB19Ne
IgnavibakterieZB1Skupina FCB
Jacksonbacteria[4][8]RIF38CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Jorgensenbacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Kaiserbacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Katanobakterie[38][8]WWE3CPR; Související s mikrogenomatyNe
Kazanbakterie[8][4]CPR; CPR související se SaccharibacteriaNe
Kerfeldbacteria[4][8]RIF4CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Komeilibakterie[4][8]RIF6CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 1Neněkdy chybně napsané jako „Komelilbacteria“[4]
Kryptonie[39]Ne
KSB1Ne
Krumholzibacteriota[31]
Kuenenbakterie[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Lambdaproteobakterie[4]RIF24ProteobakterieNe
LatescibacteriaWS3Skupina FCB[24]Ne
LCP-89[40]
LentisphaeraevadinBE97Skupina PVC
Levybakterie[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Lindowbakterie[4]RIF2CPR; CPR související se SaccharibacteriaNe
Liptonbacteria[4][8]RIF42CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Lloydbacteria[4][8]RIF45CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Magasanikbakterie[16][41][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Margulisbacteria[4]RIF30Ne
MarinimikrobieSAR406, Marine Group ASkupina FCB[24]Ano
Melainabakterie[42]Ne
Microgenomates[43]OP11CPR; PatescibacteriaNeSuperphylum
Modulibakterie[37][44]KSB3, GN06Ne
Moranbakterie[16][8]OD1-i[16]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNe
Muproteobakterie[4]RIF23ProteobakterieNe
NC10[45][11]Ne
Nealsonbacteria[4][8]RIF40CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Niyogibakterie[4]RIF11CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Nitrospinae[46]
Nitrospirae
Nomurabakterie[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 1Ne
Omnitrophica[13]OP3Skupina PVCNe
Pacebacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Parcubacteria[10]OD1CPRNeSuperphylum
Parcubacteria 1[8]CPR; ParcubacteriaNe
Parcubacteria 2[8]CPR; ParcubacteriaNe
Parcubacteria 3[8]CPR; ParcubacteriaNe
Parcubacteria 4[8]CPR; ParcubacteriaNe
Parcunitrobacteria[47]CPR; Parcubacteria; nezařazené parcubakterie[48]NeSuperphylum
PAUC34f[49]neklasifikovaná linie spojená s houbami (SAUL)Skupina FCB
Peregrinibakterie[50][51][52][53][8]ZACPR; KPR související s GracilibacteriaNe
Peribakterie[8]CPR; KPR související s GracilibacteriaNe
PlanctomycetesSkupina PVC
Poribakterie[54]Skupina PVC
Portnoybacteria[4]RIF22CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Proteobakterie
Raymondbacteria[4]RIF7Ne
Riflebakterie[4]RIF32Ne
Roizmanbacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Rokubacteria[27]Ne
Ryanbacteria[4][8]RIF10CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteri 4Ne
Saccharibacteria[28][8]TM7CPR; CPR související se SaccharibacteriaAno
Saltatorellota[55]
Schekmanbacteria[4]RIF3ProteobakterieNe
Shapirobacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Spechtbakterie[4][8]RIF19CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Spirochety
Bakterie Staskawicz[4][8]RIF20CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Sumerlaeota[56][57]BRC1
Sungbakterie[4][8]RIF17CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Synergistetes
TA06[58]Ne
Tagabakterie[4][8]RIF12CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 4Ne
Taylorbacteria[4][8]RIF16CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Tektomikrobie[59]
Tenericutes
Terrybakterie[4][8]RIF13CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Thermodesulfobacteria
Termomikrobie
ThermotogaeOP2, EM3[21]Ano[60]
Torobakterie[8]CPR; Parcubacteria; unclssified ParcubacteriaNe
UBP-1[5]Ne
UBP-3[5]Ne
UBP-4[5]Ne
UBP-5[5]Ne
UBP-6[5]Ne
UBP-7[5]Ne
UBP-8[5]Ne
UBP-9[5]Ne
UBP-10[5]Ne
UBP-11[5]Ne
UBP-12[5]Ne
UBP-13[5]Ne
UBP-14[5]Ne
UBP-15[5]Ne
UBP-16[5]Ne
UBP-17[5]Ne
Uhrbakterie[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 1Nese zdají být polyfyletické: dva subtypy
Veblenbakterie[4]RIF39CPR; Parcubacteria; Související s parcubacteria 1Ne
VerukomikrobieSkupina PVC
Vogelbakterie[4][8]RIF14CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Wallbacteria[4]RIF33Ne
Wildermuthbacteria[4][8]RIF21CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Ne
Wirthbacteria[61]Bakterie související s CPRNe
Woesebacteria[16]CPR; Patescibacteria; MicrogenomatesNe
Vlčí bakterie[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; Parcubacteria 3Ne
Woykebacteria[4][20]RIF34CPR; MicrogenomatesNe
WOR-1[58]Ne
WOR-2[58]Ne
WOR-3[58]Ne
Yanofskybacteria[16][8]CPR; Patescibacteria; Parcubacteria; nezařazené parcubakterieNe
Yonathbacteria[4][8]RIF44CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
Zambryskibakterie[4][8]RIF15CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Ne
ZB2OD1-ZB2[12]CPR; ParcubacteriaNe
Zixibakterie[62]Skupina FCBNe

Superskupiny

Navzdory nejasnému pořadí větvení většiny bakteriálních kmenů se několik skupin kmenů soustavně shlukuje a označuje se jako superskupiny nebo superfyla. V některých případech se bakteriální kmeny zjevně konzistentně shlukují, ale není jasné, jak skupinu nazvat. Například kandidátní fylační záření zahrnuje skupinu Patescibacteria, která zahrnuje skupinu Microgenomates, která zahrnuje více než 11 bakteriálních kmenů.

Kandidátské záření phyla (CPR)

Hlavní článek: Kandidátské záření phyla

CPR je popisný termín označující masivní monofyletické záření kandidátské fyly, které existuje v bakteriální doméně.[63] Zahrnuje dva hlavní kmeny, skupiny Microgenomates a Parcubacteria, z nichž každá obsahuje stejnojmennou superfylu a několik dalších kmenů.

Patescibacteria

Původně byl navržen nadkmen Patescibacteria, který zahrnuje kmeny Microgenomates (OP11), Parcubacteria (OD1) a Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5).[24] Novější fylogenetické analýzy ukazují, že poslední společný předek těchto taxonů je stejný uzel jako CPR.[64]

Sfingobakterie

Hlavní článek: Sfingobakterie

The Sfingobakterie (Skupina FCB) zahrnuje Bacteroidetes, Calditrichaeota, Chlorobi, kandidátský kmen Cloacimonetes, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, kandidátský kmen Ignavibacteriae, kandidátský kmen Latescibacteria, kandidátský kmen Marinimicrobia a kandidátský kmen Zixibacteria.[24][65]

Microgenomates

Microgenomates byl původně považován za jediný kmen, i když důkazy naznačují, že ve skutečnosti zahrnuje více než 11 bakteriálních kmenů,[16][4] včetně Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Parcubacteria

Parcubacteria byla původně popsána jako jediný kmen s použitím méně než 100 16S rRNA sekvencí. S větší rozmanitostí 16S rRNA sekvencí z nekulturních organismů, které jsou nyní k dispozici, se odhaduje, že se může skládat až z 28 bakteriálních kmenů.[2] V souladu s tím bylo ve skupině Parcubacteria popsáno více než 14 kmenů,[16][4] včetně Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria, Uhrbacteria a Magasanikbacteria.

Proteobakterie

Bylo navrženo, že některé třídy kmene Proteobakterie mohou být samy o sobě phyla, což by z Proteobacteria vytvořilo superkmen.[66] Například skupina Deltaproteobacteria netvoří důsledně monofyletickou linii s ostatními třídami Proteobacteria.[67]

Planktobakterie

Hlavní článek: Planktobakterie

The Planktobakterie (Skupina PVC) zahrnuje Chlamydiae, Lentisphaerae, kandidátský kmen Omnitrophica, Planctomycetes, kandidátský kmen Poribacteria a Verrucomicrobia.[24][65]

Terrabakterie

Navrhované superkmen, Terrabacteria,[68] zahrnuje Actinobacteria, Cyanobacteria, Deinococcus – Thermus, Chloroflexi, Firmicutes a kandidátský kmen OP10.[68][69][24][65]

Kryptická superfyla

Několik kandidátů phyla (Microgenomates, Omnitrophica, Parcubacteria a Saccharibacteria ) a několik přijímaných kmenů (Elusimicrobia, Caldiserica a Armatimonadetes) bylo navrženo, aby byly ve skutečnosti superfyly, které byly nesprávně popsány jako kmeny, protože chybí pravidla pro definici bakteriálního kmene nebo kvůli nedostatku sekvenční rozmanitosti v databázích, když byl kmen poprvé založit.[2] Například se navrhuje, aby kandidátský kmen Parcubacteria byl ve skutečnosti superkmenem, který zahrnuje 28 podřízených kmenů, a že kmen Elusimicrobia je ve skutečnosti nadkmenem, který zahrnuje 7 podřízených kmenů.[66]

Historická perspektiva

Historické klasifikace bakterií viz Bakteriální taxonomie.
Pořadí větvení viz Pořadí větvení bakteriální kmene (Woese, 1987).
Atomová struktura ribozomální podjednotky 30S z Thermus thermophilus z toho 16S tvoří součást. Proteiny jsou zobrazeny modře a jednotlivé řetězce RNA jsou opálené.[70]

Vzhledem k bohaté historii oblasti bakteriální taxonomie a rychlosti jejích změn v moderní době je často užitečné mít historický pohled na to, jak pole pokročilo, aby bylo možné porozumět odkazům na zastaralé definice nebo pojmy.

Když byla bakteriální nomenklatura kontrolována pod Botanický zákoník, termín divize bylo použito, ale nyní ta bakteriální nomenklatura (s výjimkou sinice ) je řízen pod Bakteriologický kód, termín kmen je výhodné.

V roce 1987 Carl Woese, považovaný za předchůdce revoluce molekulární fylogeneze, rozdělil Eubacteria do 11 divizí na základě 16S ribozomální RNA (SSU) sekvence uvedené níže.[71][72]

Tradičně, fylogeneze bylo vyvozeno a taxonomie stanovena na základě studií morfologie. Příchod molekulární fylogenetika umožnil lepší objasnění evolučního vztahu druhů analýzou jejich druhů DNA a protein sekvence, například jejich ribozomální DNA.[83] Nedostatek snadno dostupných morfologických znaků, jako jsou ty, které jsou přítomny v zvířata a rostliny, brzdil časné úsilí o klasifikaci a vedl k chybné, zkreslené a zmatené klasifikaci, jejíž příklad je uveden Carl Woese, je Pseudomonas jehož etymologie ironicky odpovídala jeho taxonomii, konkrétně „falešné jednotce“.[71] Mnoho bakteriálních taxonů bylo překlasifikováno nebo znovu definováno pomocí molekulární fylogenetiky.

Nástup technologií molekulárního sekvenování umožnil izolaci genomů přímo ze vzorků prostředí (tj. Obcházení kultivace), což vedlo k rychlému rozšíření našich znalostí o rozmanitosti bakteriální fyly. Tyto techniky jsou vyřešeny genomem metagenomika a jednobuněčná genomika.

Viz také

Poznámky pod čarou

  1. ^ Až donedávna se věřilo, že pouze Firmicutes a Actinobacteria jsou grampozitivní. Nicméně kandidát kmen TM7 může být také grampozitivní.[74] Chloroflexi mají však jednu dvojvrstvu, ale jsou negativní (až na některé výjimky)[75]).[76]
  2. ^ Pasteuria je nyní přiřazen kmenu Bacilli, ne na kmen Planctomycetes.
  3. ^ Bylo navrženo volat clade Xenobacteria[79] nebo Hadobakterie[80] (toto je považováno za nelegitimní jméno[81]).

Reference

  1. ^ A b C Hug, Laura A .; Baker, Brett J .; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T .; Probst, Alexander J .; Castelle, Cindy J .; Butterfield, Cristina N .; Hernsdorf, Alex W .; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey (11. dubna 2016). „Nový pohled na strom života“. Přírodní mikrobiologie. 1 (5): 16048. doi:10.1038 / nmicrobiol.2016.48. ISSN  2058-5276. PMID  27572647.
  2. ^ A b C d E Yarza, Pablo; Yilmaz, Pelin; Pruesse, Elmar; Glöckner, Frank Oliver; Ludwig, Wolfgang; Schleifer, Karl-Heinz; Whitman, William B .; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Rosselló-Móra, Ramon (září 2014). „Sjednocení klasifikace kultivovaných a nekulturních bakterií a archea pomocí 16S rRNA genových sekvencí“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 12 (9): 635–645. doi:10.1038 / nrmicro3330. ISSN  1740-1534. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  3. ^ Vstup bakteriálních kmenů v LPSN; Euzéby, J.P. (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.
  4. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae af ag ah ai aj ak al dopoledne an ao ap vod ar tak jako na au av aw sekera ano az Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T .; Hug, Laura A .; Sharon, Itai; Castelle, Cindy J .; Probst, Alexander J .; Thomas, Brian C .; Singh, Andrea; Wilkins, Michael J .; Karaoz, Ulas; Brodie, Eoin L. (24. října 2016). „Tisíce mikrobiálních genomů osvětlují vzájemně propojené biogeochemické procesy v systému aquifer“. Příroda komunikace. 7 (1): 13219. Bibcode:2016NatCo ... 713219A. doi:10.1038 / ncomms13219. ISSN  2041-1723. PMC  5079060. PMID  27774985.
  5. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r Parks, Donovan H .; Rinke, Christian; Chuvochina, Maria; Chaumeil, Pierre-Alain; Woodcroft, Ben J .; Evans, Paul N .; Hugenholtz, Philip; Tyson, Gene W. (listopad 2017). „Obnova téměř 8 000 genomů shromážděných metagenomy podstatně rozšiřuje strom života“. Přírodní mikrobiologie. 2 (11): 1533–1542. doi:10.1038 / s41564-017-0012-7. ISSN  2058-5276. PMID  28894102.
  6. ^ A b C Dudek, Nataša K .; Sun, Christine L .; Burstein, David; Kantor, Rose S .; Aliaga Goltsman, Daniela S .; Bik, Elisabeth M .; Thomas, Brian C .; Banfield, Jillian F .; Relman, David A. (18. prosince 2017). „Nová mikrobiální rozmanitost a funkční potenciál v ústním mikrobiomu mořských savců“. Aktuální biologie. 27 (24): 3752–3762.e6. doi:10.1016 / j.cub.2017.10.040. ISSN  1879-0445. PMID  29153320.
  7. ^ A b C d „ARB-Silva: komplexní databáze ribozomálních RNA“. Vývojový tým ARB. Citováno 2. ledna 2016.
  8. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae af ag ah ai aj ak al dopoledne an ao ap vod ar tak jako na au av aw sekera ano az ba bb Alexander L. Jaffe, Cindy J. Castelle, Paula B. Matheus Carnevali, Simonetta Gribaldo, Jillian F. Banfield: Vzestup diverzity v metabolických platformách napříč radiací kandidátní fyly. In: BMC Biology Vol. 18, č. 69; Červen 2020); doi: 10,1186 / s12915-020-00804-5
  9. ^ A b Tahon, Guillaume; Tytgat, Bjorn; Lebbe, Liesbeth; Carlier, Aurélien; Willems, Anne (1. července 2018). „Abditibacterium utsteinense sp. Nov., První kultivovaný člen kandidátního kmene FBP, izolovaný ze vzorků antarktické půdy bez ledu“. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 41 (4): 279–290. doi:10.1016 / j.syapm.2018.01.009. ISSN  0723-2020. PMID  29475572.
  10. ^ A b Harris, J. Kirk; Kelley, Scott T .; Pace, Norman R. (únor 2004). „Nový pohled na nekulturní bakteriální fylogenetickou divizi OP11“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 70 (2): 845–849. doi:10.1128 / AEM.70.2.845-849.2004. ISSN  0099-2240. PMC  348892. PMID  14766563.
  11. ^ A b Rappé, Michael S .; Giovannoni, Stephen J. (2003). „Nekultivovaná mikrobiální většina“. Výroční přehled mikrobiologie. 57: 369–94. doi:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284.
  12. ^ A b Kenly A. Hiller, Kenneth H. Foreman, David Weisman, Jennifer L. Bowen: Propustné reaktivní bariéry určené ke zmírnění eutrofizace mění složení bakteriálních komunit a podmínky aquifer redox. In: Appl Environ Microbiol v.81 (20); 2015 říj; s. 7114–7124. doi: 10,1128 / AEM.01986-15. PMC  4579450. PMID  26231655.
  13. ^ A b C d E F G Hugenholtz P; et al. (1998). „Nová bakteriální rozmanitost na úrovni divizí v Yellowstonském horkém prameni“. Journal of Bacteriology. 180 (2): 366–76. doi:10.1128 / JB.180.2.366-376.1998. PMC  106892. PMID  9440526.
  14. ^ Thrash, J. Cameron; Coates, John D. (2010), „Kmen XVII. Acidobacteria phyl. Nov.“, Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology, Springer New York, str. 725–735, doi:10.1007/978-0-387-68572-4_6, ISBN  978-0-387-95042-6
  15. ^ Goodfellow, Michael (2012). Kmen XXVI. Actinobacteria phyl. listopad. Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology. Springer New York. str. 33–2028. doi:10.1007/978-0-387-68233-4_3. ISBN  978-0-387-95043-3.
  16. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát Christopher T. Brown, Laura A. Hug, Brian C. Thomas et al.; et al. (2015). „Neobvyklá biologie ve skupině zahrnující více než 15% doménových bakterií“. Příroda. 523 (7559): 208–11. Bibcode:2015 Natur.523..208B. doi:10.1038 / příroda14486. OSTI  1512215. PMID  26083755. S2CID  4397558.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  17. ^ Tamaki, Hideyuki; Tanaka, Yasuhiro; Matsuzawa, Hiroaki; Muramatsu, Mizuho; Meng, Xian-Ying; Hanada, satoshi; Mori, Kazuhiro; Kamagata, Yoichi (červen 2011). „Armatimonas rosea gen. Nov., Sp. Nov., Nového bakteriálního kmene, Armatimonadetes phyl. Nov., Formálně nazývaného kandidátský kmen OP10“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61 (Pt 6): 1442–1447. doi:10.1099 / ijs.0.025643-0. ISSN  1466-5034. PMID  20622056.
  18. ^ Hahnke, Richard L .; Meier-Kolthoff, Jan P .; García-López, Marina; Mukherjee, Supratim; Huntemann, Marcel; Ivanova, Natalia N .; Woyke, Tanja; Kyrpides, Nikos C .; Klenk, Hans-Peter; Göker, Markus (2016). "Taxonomická klasifikace Bacteroidetes na základě genomu". Hranice v mikrobiologii. 7: 2003. doi:10.3389 / fmicb.2016.02003. ISSN  1664-302X. PMC  5167729. PMID  28066339.
  19. ^ Wrighton, Kelly C .; Castelle, Cindy J .; Wilkins, Michael J .; Hug, Laura A .; Sharon, Itai; Thomas, Brian C .; Handley, Kim M .; Mullin, Sean W .; Nicora, Carrie D .; Singh, Andrea; Lipton, Mary S. (červenec 2014). „Metabolické vzájemné závislosti mezi fylogeneticky novými fermentory a respiračními organismy v neomezeném kolektoru“. Časopis ISME. 8 (7): 1452–1463. doi:10.1038 / ismej.2013.249. ISSN  1751-7370. PMC  4069391. PMID  24621521.
  20. ^ A b C Robert E. Danczak, M. D. Johnston, C. Kenah, M. Slattery, K. C. Wrighton, M. J. Wilkins (září 2017). „Členové kandidátního záření phyla jsou funkčně odlišeni schopnostmi cyklování uhlíkem a dusíkem“. Mikrobiom. 5 (1): 112. doi:10.1186 / s40168-017-0331-1. PMC  5581439. PMID  28865481.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  21. ^ A b C Dunfield, Peter F .; Tamas, Ivica; Lee, Kevin C .; Morgan, Xochitl C .; McDonald, Ian R .; Stott, Matthew B. (2012). „Volba kandidáta: spekulativní historie bakteriálního kmene OP10“. Mikrobiologie prostředí. 14 (12): 3069–3080. doi:10.1111 / j.1462-2920.2012.02742.x. ISSN  1462-2920. PMID  22497633.
  22. ^ Mori, K .; Yamaguchi, K .; Sakiyama, Y .; Urabe, T .; Suzuki, K.-i. (23. července 2009). „Caldisericum exile gen. Nov., Sp. Nov., Anaerobní, termofilní, vláknitá bakterie nového bakteriálního kmene, Caldiserica phyl. Nov., Původně nazývaného kandidátský kmen OP5, a popis Caldisericaceae fam. Nov., Caldisericales ord . nov. a Caldisericia classis nov ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 59 (11): 2894–2898. doi:10.1099 / ijs.0.010033-0. ISSN  1466-5026. PMID  19628600.
  23. ^ Kublanov, Ilya V .; Sigalova, Olga M .; Gavrilov, Sergey N .; Lebedinsky, Alexander V .; Rinke, Christian; Kovaleva, Olga; Chernyh, Nikolai A .; Ivanova, Natalia; Daum, Chris; Reddy, T.B.K .; Klenk, Hans-Peter (20. února 2017). „Genomická analýza Caldithrix abyssi, termofilní anaerobní bakterie nového bakteriálního kmene Calditrichaeota“. Hranice v mikrobiologii. 8: 195. doi:10.3389 / fmicb.2017.00195. ISSN  1664-302X. PMC  5317091. PMID  28265262.
  24. ^ A b C d E F G h i Kluziště C; et al. (2013). „Pohledy na fylogenetický a kódovací potenciál mikrobiální temné hmoty“. Příroda. 499 (7459): 431–7. Bibcode:2013Natur.499..431R. doi:10.1038 / příroda12352. PMID  23851394.
  25. ^ Boone, David R .; Castenholz, Richard W .; Garrity, George M., eds. (2001). Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology. doi:10.1007/978-0-387-21609-6. ISBN  978-1-4419-3159-7. S2CID  41426624.
  26. ^ Chouari, Rakia; Le Paslier, Denis; Dauga, Catherine; Daegelen, Patrick; Weissenbach, Jean; Sghir, Abdelghani (duben 2005). „Nová divize hlavních bakteriálních kandidátů v komunálním anaerobním digestoru kalu“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 71 (4): 2145–2153. doi:10.1128 / aem.71.4.2145-2153.2005. ISSN  0099-2240. PMC  1082523. PMID  15812049.
  27. ^ A b Hug, Laura A .; Thomas, Brian C .; Sharon, Itai; Brown, Christopher T .; Sharma, Ritin; Hettich, Robert L .; Wilkins, Michael J .; Williams, Kenneth H .; Singh, Andrea; Banfield, Jillian F. (2016). „Kritické biogeochemické funkce v podpovrchové vrstvě jsou spojeny s bakteriemi z nových kmenů a málo studovanými liniemi“. Mikrobiologie prostředí. 18 (1): 159–173. doi:10.1111/1462-2920.12930. ISSN  1462-2920. OSTI  1328276. PMID  26033198.
  28. ^ A b Rheims, H; Rainey, FA; Stackebrandt, E (září 1996). "Molekulární přístup k hledání rozmanitosti bakterií v životním prostředí". Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. 17 (3–4): 159–169. doi:10.1007 / bf01574689. ISSN  0169-4146. S2CID  31868442.
  29. ^ Patel, Bharat K. C. (2010). Kmen XX. Dictyoglomi phyl. listopad. Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology. Springer New York. str. 775–780. doi:10.1007/978-0-387-68572-4_9. ISBN  978-0-387-95042-6.
  30. ^ A b Ji, Mukan; Ekologičtější, Chris; Vanwonterghem, Inka; Carere, Carlo R .; Bay, Sean K .; Steen, Jason A .; Montgomery, Kate; Lines, Thomas; Beardall, John; van Dorst, Josie; Snape, Ian (prosinec 2017). „Atmosférické stopové plyny podporují primární produkci v antarktické povrchové půdě“. Příroda. 552 (7685): 400–403. Bibcode:2017Natur.552..400J. doi:10.1038 / nature25014. ISSN  1476-4687. PMID  29211716.
  31. ^ A b Youssef, Noha H .; Farag, Ibrahim F .; Hahn, C. Ryan; Premathilake, Hasitha; Fry, Emily; Hart, Matthew; Huffaker, Krystal; Bird, Edward; Hambright, Jimmre; Hoff, Wouter D .; Elshahed, Mostafa S. (1. ledna 2019). „Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. Nov., Sp nov, první zástupce kandidátského kmene Krumholzibacteriota phyl. Nov. Se zotavil z anoxického sulfidického pramene pomocí metagenomiky vyřešené genomem“. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. Taxonomie neobdělávaných bakterií a archaeí. 42 (1): 85–93. doi:10.1016 / j.syapm.2018.11.002. ISSN  0723-2020. PMID  30477901.
  32. ^ Herlemann, D. P. R .; Geissinger, O .; Ikeda-Ohtsubo, W .; Kunin, V .; Sun, H .; Lapidus, A .; Hugenholtz, P .; Brune, A. (1. května 2009). „Genomická analýza„ Elusimicrobium minutum, “první kultivovaný zástupce kmene„ Elusimicrobia “(dříve skupina termitů 1)“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 75 (9): 2841–2849. doi:10.1128 / AEM.02698-08. ISSN  0099-2240. PMC  2681670. PMID  19270133.
  33. ^ Nogales, Balbina; Moore, Edward R. B .; Llobet-Brossa, Enrique; Rossello-Mora, Ramon; Amann, Rudolf; Timmis, Kenneth N. (1. dubna 2001). „Kombinované použití 16S ribozomální DNA a 16S rRNA ke studiu bakteriální komunity polychlorované bifenylem znečištěné půdy“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 67 (4): 1874–1884. doi:10.1128 / AEM.67.4.1874-1884.2001. ISSN  0099-2240. PMC  92809. PMID  11282645.
  34. ^ Ward, Lewis M .; Cardona, Tanai; Holland-Moritz, Hannah (29. ledna 2019). „Evoluční důsledky anoxygenní fototrofie v bakteriálním kmenu Candidatus Palusbacterota (WPS-2)“. doi:10.1101/534180. S2CID  92796436. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  35. ^ Knittel, Katrin; Boetius, Antje; Lemke, Andreas; Eilers, Heike; Lochte, Karin; Pfannkuche, Olaf; Linke, Peter; Amann, Rudolf (červenec 2003). „Aktivita, distribuce a rozmanitost reduktorů síranů a jiných bakterií v sedimentech nad hydráty plynů (Cascadia Margin, Oregon)“. Geomikrobiologický deník. 20 (4): 269–294. doi:10.1080/01490450303896. ISSN  0149-0451. S2CID  140639772.
  36. ^ A b Zhang, Hui; Sekiguchi, Yuji; Hanada, satoshi; Hugenholtz, Philip; Kim, Hongik; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori (2003). „Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Gramnegativní, aerobní, polyfosfát akumulující mikroorganismus, první kultivovaný zástupce nového bakteriálního kmene Gemmatimonadetes phyl. Nov“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (4): 1155–1163. doi:10.1099 / ijs.0.02520-0. ISSN  1466-5026. PMID  12892144.
  37. ^ A b Ley, Ruth E .; Harris, J. Kirk; Wilcox, Joshua; Spear, John R .; Miller, Scott R .; Bebout, Brad M .; Maresca, Julia A .; Bryant, Donald A .; Sogin, Mitchell L .; Pace, Norman R. (1. května 2006). „Neočekávaná rozmanitost a složitost mikrobiální podložky Guerrero Negro Hypersaline“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 72 (5): 3685–3695. doi:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. PMC  1472358. PMID  16672518.
  38. ^ Guermazi, Sonda; Daegelen, Patrick; Dauga, Catherine; Rivière, Delphine; Bouchez, Théodore; Godon, Jean Jacques; Gyapay, Gábor; Sghir, Abdelghani; Pelletier, Eric; Weissenbach, Jean; Le Paslier, Denis (srpen 2008). „Objev a charakterizace nového dělení bakteriálních kandidátů metagenomickým přístupem anaerobního odkalovače kalu“. Mikrobiologie prostředí. 10 (8): 2111–2123. doi:10.1111 / j.1462-2920.2008.01632.x. ISSN  1462-2912. PMC  2702496. PMID  18459975.
  39. ^ Eloe-Fadrosh, Emiley A .; Paez-Espino, David; Jarett, Jessica; Dunfield, Peter F .; Hedlund, Brian P .; Dekas, Anne E .; Grasby, Stephen E .; Brady, Allyson L .; Dong, Hailiang; Briggs, Brandon R .; Li, Wen-Jun (27. ledna 2016). „Globální metagenomický průzkum odhalil nový bakteriální kandidát kmen v geotermálních pramenech“. Příroda komunikace. 7 (1): 10476. Bibcode:2016NatCo ... 710476E. doi:10.1038 / ncomms10476. ISSN  2041-1723. PMC  4737851. PMID  26814032.
  40. ^ Youssef, Noha H .; Farag, Ibrahim F .; Hahn, C. Ryan; Jarett, Jessica; Becraft, Eric; Eloe-Fadrosh, Emiley; Lightfoot, Jorge; Buržoazní, Austin; Cole, Tanner; Ferrante, Stephanie; Truelock, Mandy (15. května 2019). „Genomická charakterizace kandidátské divize LCP-89 odhaluje atypickou strukturu buněčné stěny, produkci mikrokompaktů a duální respirační a fermentační kapacity“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 85 (10). doi:10.1128 / AEM.00110-19. ISSN  0099-2240. PMC  6498177. PMID  30902854.
  41. ^ NCBI: Candidatus Magasanikbacteria (kmen)
  42. ^ Di Rienzi, Sara C; Sharon, Itai; Wrighton, Kelly C; Koren, Omry; Hug, Laura A; Thomas, Brian C; Goodrich, Julia K; Bell, Jordana T; Spector, Timothy D; Banfield, Jillian F; Ley, Ruth E (1. října 2013). „Lidské střevo a podzemní voda obsahují nefotosyntetické bakterie patřící k novému kandidátskému kmeni sourozencům sinic“. eLife. 2: e01102. doi:10,7554 / eLife.01102. ISSN  2050-084X. PMC  3787301. PMID  24137540.
  43. ^ Hugenholtz, Philip; Goebel, Brett M .; Pace, Norman R. (15. prosince 1998). „Dopad studií nezávislých na kultuře na vznikající fylogenetický pohled na bakteriální rozmanitost“. Journal of Bacteriology. 180 (24): 4765–74. doi:10.1128 / jb.180.24.6793-6793.1998. ISSN  1098-5530. PMC  107498. PMID  9733676.
  44. ^ Sekiguchi, Yuji; Ohashi, Akiko; Parks, Donovan H .; Yamauchi, Toshihiro; Tyson, Gene W .; Hugenholtz, Philip (27. ledna 2015). „První genomické poznatky o členech kandidátního bakteriálního kmene odpovědného za spojování odpadních vod“. PeerJ. 3: e740. doi:10,7717 / peerj.740. ISSN  2167-8359. PMC  4312070. PMID  25650158.
  45. ^ Holmes, Andrew J .; Tujula, Niina A .; Holley, Marita; Contos, Annalisa; James, Julia M .; Rogers, Peter; Gillings, Michael R. (2001). "Fylogenetická struktura neobvyklých vodních mikrobiálních útvarů v Nullarborských jeskyních v Austrálii". Mikrobiologie prostředí. 3 (4): 256–264. doi:10.1046 / j.1462-2920.2001.00187.x. ISSN  1462-2920. PMID  11359511.
  46. ^ Luecker, Sebastian; Nowka, Boris; Rattei, Thomas; Spieck, Eva; Daims, Holger (2013). „Genom Nitrospina gracilis osvětluje metabolismus a vývoj hlavního mořského oxidátoru dusitanů“. Hranice v mikrobiologii. 4: 27. doi:10.3389 / fmicb.2013.00027. ISSN  1664-302X. PMC  3578206. PMID  23439773.
  47. ^ LPSN: Kmen „Candidatus Parcunitrobacteria“
  48. ^ Cindy J. Castelle, Christopher T. Brown, Brian C. Thomas, Kenneth H. Williams, Jillian F. Banfield: Neobvyklá dechová kapacita a metabolismus dusíku v Parcubacterium (OD1) kandidátní fylové radiace. In: Sci Rep 7, 40101; 9. ledna 2017; doi: 10,1038 / srep40101
  49. ^ Astudillo-García, Carmen; Slaby, Beate M .; Waite, David W .; Bayer, Kristina; Hentschel, Ute; Taylor, Michael W. (2018). „Fylogeneze a genomika SAUL, záhadné bakteriální linie často spojené s mořskými houbami“ (PDF). Mikrobiologie prostředí. 20 (2): 561–576. doi:10.1111/1462-2920.13965. ISSN  1462-2920. PMID  29098761. S2CID  23892350.
  50. ^ Wrighton, K. C .; Thomas, B. C .; Sharon, I .; Miller, C. S .; Castelle, C. J .; VerBerkmoes, N. C .; Wilkins, M. J .; Hettich, R.L .; Lipton, M. S .; Williams, K. H .; Long, P. E. (27. září 2012). "Fermentace, vodík a metabolismus síry v mnoha nekultivovaných bakteriálních kmenech". Věda. 337 (6102): 1661–1665. Bibcode:2012Sci ... 337.1661W. doi:10.1126 / science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650. S2CID  10362580.
  51. ^ NCBI: Candidatus Peregrinibacteria (kmen)
  52. ^ UniProt: Taxonomie - Candidatus Peregrinibacteria (FYLUM)
  53. ^ Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, David Burstein, Cindy Castelle: Analýza pěti kompletních genomových sekvencí pro členy třídy Peribacteria v nedávno rozpoznaném bakteriálním kmeni Peregrinibacteria. V: PeerJ 4 (8): e1607; Ledna 2016; doi: 10,7717 / peerj.1607
  54. ^ Fieseler, Lars; Horn, Matthias; Wagner, Michael; Hentschel, Ute (červen 2004). "Objev nového kandidátského kmene" Poribacteria "v mořských houbách". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 70 (6): 3724–3732. doi:10.1128 / AEM.70.6.3724-3732.2004. ISSN  0099-2240. PMC  427773. PMID  15184179.
  55. ^ Wiegand, Sandra; Jogler, Mareike; Kohn, Timo; Awal, Ram Prasad; Oberbeckmann, Sonja; Kesy, Katharina; Jeske, Olga; Schumann, Peter; Peeters, Stijn H. (24. října 2019). "Nový tvarující bakteriální kmen Saltatorellota". doi:10.1101/817700. S2CID  208566371. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  56. ^ Derakshani, Manigee; Lukow, Thomas; Liesack, Werner (1. února 2001). „Nové bakteriální linie na úrovni (dílčí) divize zjištěné signaturou nukleotidově zaměřeného výtěžku genů 16S rRNA z hromadné půdy a rýžových kořenů zaplavených rýžových mikrokosmů“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 67 (2): 623–631. doi:10.1128 / aem.67.2.623-631.2001. ISSN  1098-5336. PMC  92629. PMID  11157225.
  57. ^ Kadnikov, Vitaly V .; Mardanov, Andrey V .; Beletsky, Alexey V .; Rakitin, Andrey L .; Frank, Yulia A .; Karnachuk, Olga V .; Ravin, Nikolai V. (leden 2019). „Fylogeneze a fyziologie kandidátského kmene BRC1 odvozena z prvního úplného genomu sestaveného metagenomu získaného z hluboké podpovrchové zvodnělé vrstvy“. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 42 (1): 67–76. doi:10.1016 / j.syapm.2018.08.013. ISSN  1618-0984. PMID  30201528.
  58. ^ A b C d Baker, Brett J .; Lazar, Cassandre Sara; Teske, Andreas P .; Dick, Gregory J. (13. dubna 2015). „Genomické rozlišení vazeb v cyklech uhlíku, dusíku a síry mezi rozšířenými bakteriemi ústí sedimentů“. Mikrobiom. 3 (1): 14. doi:10.1186 / s40168-015-0077-6. ISSN  2049-2618. PMC  4411801. PMID  25922666.
  59. ^ Wilson, Micheal C .; Mori, Tetsushi; Rückert, Christian; Uria, Agustinus R .; Helf, Maximilian J .; Takada, Kentaro; Gernert, Christine; Steffens, Ursula A. E .; Heycke, Nina; Schmitt, Susanne; Rinke, Christian (únor 2014). „Environmentální bakteriální taxon s velkým a výrazným metabolickým repertoárem“. Příroda. 506 (7486): 58–62. Bibcode:2014Natur.506 ... 58W. doi:10.1038 / příroda12959. ISSN  1476-4687. PMID  24476823.
  60. ^ Reysenbach, Anna-Louise; Huber, Robert; Stetter, Karl O .; Davey, Mary Ellen; MacGregor, Barbara J .; Stahl, David A. (2001), "Kmen BII. Thermotogae phy. Nov.", Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology, Springer New York, s. 369–387, doi:10.1007/978-0-387-21609-6_19, ISBN  978-1-4419-3159-7
  61. ^ Probst, AJ; Castelle, CJ; Singh, A; Brown, CT; Anantharaman, K; Sharon, já; Hug, LA; Burstein, D; Emerson, JB; Thomas, BC; Banfield, JF (únor 2017). „Genomické rozlišení komunity studených podpovrchových vodonosných vrstev poskytuje metabolické postřehy pro nové mikroby přizpůsobené vysokému CO2 koncentrace ". Mikrobiologie prostředí. 19 (2): 459–474. doi:10.1111/1462-2920.13362. PMID  27112493. S2CID  21126011.
  62. ^ Castelle, Cindy J .; Hug, Laura A .; Wrighton, Kelly C .; Thomas, Brian C .; Williams, Kenneth H .; Wu, Dongying; Tringe, Susannah G .; Singer, Steven W .; Eisen, Jonathan A .; Banfield, Jillian F. (27. srpna 2013). „Mimořádná fylogenetická rozmanitost a metabolická všestrannost v sedimentu zvodnělé vrstvy“. Příroda komunikace. 4 (1): 2120. Bibcode:2013NatCo ... 4.2120C. doi:10.1038 / ncomms3120. ISSN  2041-1723. PMC  3903129. PMID  23979677.
  63. ^ Castelle CJ, Banfield JF (březen 2018). „Hlavní nové mikrobiální skupiny rozšiřují rozmanitost a mění naše chápání stromu života“. Buňka. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016 / j.cell.2018.02.016. PMID  29522741.
  64. ^ Castelle, Cindy J .; Banfield, Jillian F. (8. března 2018). „Hlavní nové mikrobiální skupiny rozšiřují rozmanitost a mění naše chápání stromu života“. Buňka. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016 / j.cell.2018.02.016. ISSN  0092-8674. PMID  29522741.
  65. ^ A b C Sekiguchi Y; et al. (2015). „První genomické poznatky o členech kandidátního bakteriálního kmene odpovědného za spojování odpadních vod“. PeerJ. 3: e740. doi:10,7717 / peerj.740. PMC  4312070. PMID  25650158.
  66. ^ A b Yarza P; et al. (2014). "Sjednocení klasifikace kultivovaných a nekulturních bakterií a archea pomocí 16S rRNA genových sekvencí". Příroda Recenze Mikrobiologie. 12 (9): 635–645. doi:10.1038 / nrmicro3330. hdl:10261/123763. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  67. ^ Hug LA; et al. (2016). „Nový pohled na strom života“. Přírodní mikrobiologie. Článek 16048 (5): 16048. doi:10.1038 / nmicrobiol.2016.48. PMID  27572647.
  68. ^ A b Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (listopad 2004). „Genomická časová osa evoluce prokaryot: pohledy na původ methanogeneze, fototrofie a kolonizace půdy“. BMC Evoluční biologie. 4: 44. doi:10.1186/1471-2148-4-44. PMC  533871. PMID  15535883.
  69. ^ Battistuzzi, F. U .; Hedges, S. B. (6. listopadu 2008). „Hlavní céda prokaryot s antickými adaptacemi na život na zemi“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (2): 335–343. doi:10.1093 / molbev / msn247. PMID  18988685.
  70. ^ Schluenzen F; et al. (2000). "Struktura funkčně aktivované malé ribozomální podjednotky s rozlišením 3,3 angstromů". Buňka. 102 (5): 615–23. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00084-2. PMID  11007480. S2CID  1024446.
  71. ^ A b Woese, ČR (1987). "Bakteriální evoluce". Mikrobiologické recenze. 51 (2): 221–71. doi:10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987. PMC  373105. PMID  2439888.
  72. ^ Holland L (22. května 1990). „Carl Woese v čele revoluce bakteriální evoluce“. Vědec. 3 (10).
  73. ^ Stackebrandt; et al. (1988). „Proteobacteria classis nov., Název fylogenetického taxonu, který zahrnuje„ fialové bakterie a jejich příbuzné “"". Int. J. Syst. Bacteriol. 38 (3): 321–325. doi:10.1099/00207713-38-3-321.
  74. ^ Hugenholtz, P .; Tyson, G. W .; Webb, R. I .; Wagner, A. M .; Blackall, L. L. (2001). „Vyšetřování kandidátské divize TM7, nedávno uznávané hlavní linie doménových bakterií bez známých zástupců čisté kultury“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 67 (1): 411–9. doi:10.1128 / AEM.67.1.411-419.2001. PMC  92593. PMID  11133473.
  75. ^ Yabe, S .; Aiba, Y .; Sakai, Y .; Hazaka, M .; Yokota, A. (2010). "Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. listopad. a Thermogemmatispora foliorum sp. nov., izolovaný z opadaného listí na geotermálních půdách a popis Thermogemmatisporaceae fam. listopad. a Thermogemmatisporales ord. listopad. ve třídě Ktedonobacteria ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61 (4): 903–910. doi:10.1099 / ijs.0.024877-0. PMID  20495028.
  76. ^ Sutcliffe, I. C. (2011). "Architektura buněčné obálky v Chloroflexi: Posunutá fronta ve válce fylogenetických trávníků". Mikrobiologie prostředí. 13 (2): 279–282. doi:10.1111 / j.1462-2920.2010.02339.x. PMID  20860732.
  77. ^ A b Stackebrandt, E .; Rainey, F. A .; Ward-Rainey, N.L. (1997). „Návrh nového hierarchického klasifikačního systému, Actinobacteria classis nov“. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (2): 479–491. doi:10.1099/00207713-47-2-479.
  78. ^ J.P.Euzéby. "Seznam prokaryotických jmen s významem v nomenklatuře: klasifikace Deinococcus – Thermus". Archivovány od originál dne 27. ledna 2013. Citováno 30. prosince 2010.
  79. ^ Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 1st Ed.
  80. ^ Cavalier-Smith, T (2002). „Neomuranský původ archebakterií, negibakteriální kořen univerzálního stromu a bakteriální megaklasifikace“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  81. ^ „Seznam prokaryotických jmen se stálým názvoslovím - třída hadobakterií“. LPSN. Archivovány od originál dne 19. dubna 2012. Citováno 30. prosince 2010. Euzéby, J.P. (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. Int J Syst Bacteriol. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. ISSN  0020-7713. PMID  9103655.
  82. ^ Boone DR; Castenholz RW (18. května 2001) [1984 (Williams & Wilkins)]. Garrity GM (ed.). Archaea a hluboce se rozvětvující a fototrofní bakterie. Bergeyho příručka systematické bakteriologie. 1 (2. vyd.). New York: Springer. str.721. ISBN  978-0-387-98771-2. Britská knihovna č. GBA561951.
  83. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). „Větry (evolučních) změn: vdechnutí nového života mikrobiologii“. Journal of Bacteriology. 176 (1): 1–6. doi:10.2172/205047. PMC  205007. PMID  8282683.