Modulibakterie - Modulibacteria
Modulibakterie | |
---|---|
Vědecká klasifikace | |
Doména: | |
Kmen: | Modulibakterie |
Modulibakterie je bakteriální kmen dříve známý jako KS3B3 nebo GN06. Je to kandidát kmen, což znamená, že neexistují žádní kultivovaní zástupci této skupiny. Je známo, že členové kmene Modulibacteria způsobují smrtelný růst vláken (směsný) v průmyslovém odvětví s vysokou rychlostí anaerobní čištění odpadních vod bioreaktory.[1][2]
Modulibacteria phylum byla poprvé navržena v roce 2006 dvěma nezávislými výzkumnými skupinami na základě analýz 16S rRNA genové sekvence. Jedna skupina získala sekvence Modulibacteria z a hypersalin mikrobiální rohož z Guerrero Negro (Baja California Sur, Mexiko) a pro román použil prozatímní název GN06 kmen,[3] zatímco ostatní získali sekvence z černého bahna bohatého na síru mořské sedimenty (CA, USA) a používal prozatímní název KSB3.[4]
První genomický vhledů do kmenů bylo dosaženo v roce 2015, kdy byl navržen název „Modulibacteria“.[5] Byly získány dva genomy methanogenní vzorky kalu v plném rozsahu přítoková anaerobní kalová deka (UASB) reaktor zpracovávající vysoce pevný organický odpadní voda vypouštěn z potravinářské továrny.
Prostřednictvím kombinace založené na genomu metabolické rekonstrukcí a mikroskopickým pozorováním bylo zjištěno, že dva studované druhy Modulibacteria (Moduliflexus flocculans a Vecturithrix granuli) produkují vláknité struktury a jsou Gramnegativní, přísně anaerobní fermentory schopný ne-bičíkovec založená na klouzavosti. Oba mají neobvykle velký počet senzorických a reakčních schopností regulační geny ve srovnání s jinými bakteriemi.[5]
Členové kmene Modulibacteria byly kromě bioreaktorů a hypersalinních rohoží, jako jsou mokřadní sedimenty, detekovány v různých prostředích (FJ516883.1 ), delfín ústa,[6][7] a a trubkovitý od a studený spánek (FM165273 ).
Taxonomie
Následující taxonomii navrhli Sekiguchi et al (2015)[5]
- Třída Moduliflexia
- Objednejte si Moduliflexales
- Rodina Moduliflexaceae
- Rod Moduliflexus
- Druh Moduliflexus flocculans
- Rod Moduliflexus
- Rodina Moduliflexaceae
- Objednejte si Moduliflexales
- Třída Vecturitrichia
- Objednejte si Vecturatrichales
- Rodina Vecturatrichaceae
- Rod Vecturithrix
- Druh Vecturithrix granuli
- Rod Vecturithrix
- Rodina Vecturatrichaceae
- Objednejte si Vecturatrichales
Reference
- ^ Yamada, Takeshi; Yamauchi, Toshihiro; Shiraishi, Koji; Hugenholtz, Philip; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori; Sekiguchi, Yuji (2007-05-31). "Charakterizace vláknitých bakterií, patřících do kandidátského kmene KSB3, které jsou spojeny s objemem v methanogenních granulovaných kalech". Časopis ISME. 1 (3): 246–255. doi:10.1038 / ismej.2007.28. ISSN 1751-7362. PMID 18043635.
- ^ Yamada, Takeshi; Kikuchi, Kae; Yamauchi, Toshihiro; Shiraishi, Koji; Ito, Tsukasa; Okabe, satoshi; Hiraishi, Akira; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori (21.01.2011). „Ekofyziologie nekulturních vláknitých anaerobů patřících do kmene KSB3, které způsobují hromadění v methanogenním granulovaném kalu“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 77 (6): 2081–2087. doi:10.1128 / aem.02475-10. ISSN 0099-2240. PMC 3067334. PMID 21257808.
- ^ Ley, Ruth E .; Harris, J. Kirk; Wilcox, Joshua; Spear, John R .; Miller, Scott R .; Bebout, Brad M .; Maresca, Julia A .; Bryant, Donald A .; Sogin, Mitchell L .; Pace, Norman R. (01.05.2006). „Neočekávaná rozmanitost a složitost mikrobiální podložky Guerrero Negro Hypersaline“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 72 (5): 3685–3695. doi:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN 0099-2240. PMC 1472358. PMID 16672518.
- ^ Tanner, Michael (2006). „Komplexní mikrobiální společenství obývající černý bahno bohatý na sulfidy z mořských pobřežních prostředí“. Biotechnology et Alia. 8: 1–16.
- ^ A b C Sekiguchi, Yuji; Ohashi, Akiko; Parks, Donovan H .; Yamauchi, Toshihiro; Tyson, Gene W .; Hugenholtz, Philip (2015-01-27). „První genomické poznatky o členech kandidátního bakteriálního kmene odpovědného za spojování odpadních vod“. PeerJ. 3: e740. doi:10,7717 / peerj.740. ISSN 2167-8359. PMC 4312070. PMID 25650158.
- ^ Bik, Elisabeth M .; Costello, Elizabeth K .; Switzer, Alexandra D .; Callahan, Benjamin J .; Holmes, Susan P .; Wells, Randall S .; Carlin, Kevin P .; Jensen, Eric D .; Venn-Watson, Stephanie; Relman, David A. (2016-02-03). „Mořští savci ukrývají jedinečné mikrobioty formované mořem a přesto odlišné od moře“. Příroda komunikace. 7 (1): 10516. Bibcode:2016NatCo ... 710516B. doi:10.1038 / ncomms10516. ISSN 2041-1723. PMC 4742810. PMID 26839246.
- ^ Dudek, Nataša K .; Sun, Christine L .; Burstein, David; Kantor, Rose S .; Aliaga Goltsman, Daniela S .; Bik, Elisabeth M .; Thomas, Brian C .; Banfield, Jillian F .; Relman, David A. (2017-12-18). „Nová mikrobiální rozmanitost a funkční potenciál v ústním mikrobiomu mořských savců“. Aktuální biologie. 27 (24): 3752–3762.e6. doi:10.1016 / j.cub.2017.10.040. ISSN 1879-0445. PMID 29153320.