Rickettsiales - Rickettsiales - Wikipedia
| Rickettsiales | |
|---|---|
 | |
| Rickettsia rickettsii (červené tečky) v buňce klíště jelena | |
Vědecká klasifikace  | |
| Doména: | Bakterie |
| Kmen: | Proteobakterie |
| Třída: | Alphaproteobacteria |
| Objednat: | Rickettsiales Gieszczkiewicz, 1939 |
| Rodiny | |
| |
The Rickettsiales, neformálně volal rickettsias, jsou pořadí malých Alphaproteobacteria to jsou endosymbionty eukaryotických buněk. Některé z nich jsou pozoruhodné patogeny, včetně Rickettsia, který způsobuje u člověka řadu nemocí, a Ehrlichia, který způsobuje choroby hospodářských zvířat. Další rod známých Rickettsiales je Wolbachia, které infikují asi dvě třetiny všech členovců a téměř všech vláknitých hlístic.[2] Genetický studie podporují endosymbiotická teorie podle kterého mitochondrie a související organely vyvinutý od členů této skupiny.[3]
Rickettsiales se obtížně kultivují, protože se při svém přežití spoléhají na eukaryotické hostitelské buňky.
Fylogeneze Rickettsiales
Rickettsiales dále sestávají ze tří známých rodin, Rickettsiaceae, Midichloriaceae a Anaplasmataceae. Většina studií také podporuje zařazení Holosporaceae, ale jedna studie tento názor zpochybnila.[4] Zde jsou Holosporaceae jedinými zástupci jejich vlastního řádu, Holosporales, a jako takoví nejsou součástí Rickettsiales (viz schematický strom níže). Byly popsány i jiné linie, které nejsou jednoznačně součástí žádné rodiny. Mezi příklady patří Candidatus Arcanobacter lacustris [5] a bakterie Rickettsiales Ac37b.
| Schematická ribozomální RNA fylogeneze Alphaproteobacteria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cladogram z Rickettsidae vyvodil Ferla et al. [6] ze srovnání 16S + 23S ribosomální RNA sekvence. |
Fylogenetický vztah mezi Rickettsiales a Pelagibacterales (SAR11)
Fylogenetický vztah mezi těmito dvěma skupinami musí ve vědecké literatuře dosáhnout konsensu.
První zprávy naznačovaly, že si navzájem představují sesterské klady.[7][8] Pozdější studie však naznačují, že tento vztah je falešný a byl způsoben fylogenetickým artefaktem, který uměle seskupuje nezávislé AT a bohaté a rychle se rozvíjející linie (Rickettsiales a Pelagibacterales mají obě vlastnosti) dohromady.[9][10] Po opravě tohoto artefaktu vytvoří Pelagibacterales sesterský clade k Rhizobiales, Rhodobacterales a Caulobacterales namísto.
Další studie [4] dodržuje sesterský vztah mezi dvěma subtypy (viz schematický strom). Ve své klasifikaci je vztah mezi těmito dvěma řády zachován v podtřídě Rickettsidae, mezi něž patří Rickettsiales, Pelagibacteriales a zaniklý protomitochondrion (mitochondrie samy o sobě nejsou bakterie, ale organely).[4]
Redukční evoluce
Genomy Rickettsiales procházejí redukční evolucí a jsou obvykle malé (obvykle <1,5 Mbp), bohaté na AT (obvykle <40% GC) s nízkou hustotou kódování (obvykle <85%) a relativně vysokým počtem pseudogenů.[11] Snížení velikosti genomu,% GC a hustota kódování a genů se obecně připisuje genetický drift a Mullerova ráčna. Genetický drift je zvýšen v genomech Rickettsiales kvůli nízké velikosti populace (vzhledem k jejich endosymbiotické povaze) a častým úzkým místům populace. Podobně se aktivuje Mullerova ráčna kvůli nedostatku rekombinace a horizontální přenos genů (eukaryotická hostitelská buňka je přirozenou bariérou).
Reference
- ^ Garrity, George (2005). Bergeyho příručka systematické bakteriologie. Springer. ISBN 978-0-387-24145-6.
- ^ Werren JH, Baldo L, Clark ME (2008). „Wolbachia: mistři manipulátorů biologie bezobratlých“. Nat. Rev. Microbiol. 6 (10): 741–51. doi:10.1038 / nrmicro1969. PMID 18794912.
- ^ Thomas S. (2016). Rickettsiales: Biology, Molecular Biology, Epidemiology, and Vaccine Development. 529. Springer •ISBN 978-3-319-46857-0. ,
- ^ A b C Ferla, M. P .; Thrash, J. C .; Giovannoni, S. J .; Patrick, W. M. (2013). „Nové fylogeneze Alphaproteobacteria založené na genech rRNA poskytují pohled na hlavní skupiny, mitochondriální původ a fylogenetickou nestabilitu“. PLOS ONE. 8 (12): e83383. Bibcode:2013PLoSO ... 883383F. doi:10.1371 / journal.pone.0083383. PMC 3859672. PMID 24349502.
- ^ Martijn J, Schulz F, Zaremba-Niedzwiedzka K, et al. (2015). „Jednobuněčná genomika vzácného prostředí alphaproteobacterium poskytuje jedinečný pohled na vývoj Rickettsiaceae“. ISME J. 9 (11): 2373–85. doi:10.1038 / ismej.2015.46. PMC 4497978. PMID 25848874.
- ^ Ferla MP, Thrash JC, Giovannoni SJ, Patrick WM (2013). „Nové fylogeneze Alphaproteobacteria založené na genech rRNA poskytují pohled na hlavní skupiny, mitochondriální původ a fylogenetickou nestabilitu“. PLOS One. 8 (12): e83383. doi:10.1371 / journal.pone.0083383. PMC 3859672. PMID 24349502.
- ^ Williams KP, Sobral BW, Dickerman AW (2007). "Robustní druhový strom pro alphaproteobacteria". J. Bacteriol. 189 (13): 4578–86. doi:10.1128 / JB.00269-07. PMC 1913456. PMID 17483224.
- ^ Thrash JC, Boyd A, Huggett MJ a kol. (2011). „Fylogenomický důkaz společného předka mitochondrií a kladu SAR11“. Sci Rep. 1: 13. Bibcode:2011NatSR ... 1E..13T. doi:10.1038 / srep00013. PMC 3216501. PMID 22355532.
- ^ Viklund J, Ettema TJ, Andersson SG (2012). „Nezávislá redukce genomu a fylogenetická reklasifikace oceánské kladu SAR11“. Mol. Biol. Evol. 29 (2): 599–615. doi:10.1093 / molbev / msr203. PMID 21900598.
- ^ Rodríguez-Ezpeleta N, Embley TM (2012). „Skupina alfa-proteobakterií SAR11 nesouvisí s původem mitochondrií.“. PLOS ONE. 7 (1): e30520. Bibcode:2012PLoSO ... 730520R. doi:10.1371 / journal.pone.0030520. PMC 3264578. PMID 22291975.
- ^ Darby AC, Cho NH, Fuxelius HH, Westberg J, Andersson SG (2007). „Intracelulární patogeny jsou extrémní: vývoj genomu v Rickettsiales“. Trendy Genet. 23 (10): 511–20. doi:10.1016 / j.tig.2007.08.002. PMID 17822801.
  | Tento Alphaproteobacteria související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |