Aktinobakterie - Actinobacteria
| Aktinobakterie | |
|---|---|
 | |
| Skenovací elektronový mikrofotografie z Actinomyces israelii. | |
Vědecká klasifikace  | |
| Doména: | Bakterie |
| (bez hodnocení): | Terrabakterie |
| Kmen: | Aktinobakterie Goodfellow, 2012 |
| Třídy | |
| |
| Synonyma | |
| |
The Aktinobakterie jsou kmenem Grampozitivní bakterie. Oni mohou být pozemní nebo vodní.[1] Pro člověka mají velký ekonomický význam, protože zemědělství a lesy závisí na jejich příspěvcích do půda systémy. V půdě pomáhají rozložit the organická hmota mrtvých organismů, takže molekuly mohou být znovu přijaty rostliny. I když tuto roli hraje také houby, Actinobacteria jsou mnohem menší a pravděpodobně neobsazují stejné ekologický výklenek. V této roli kolonie často rostou rozsáhle mycelia jako houba a název důležitého řádu kmenů, Actinomycetales (aktinomycety), odráží, že se o nich dlouho věřilo, že jsou houby. Některé půdní aktinobakterie (např Frankia ) žít symbioticky s rostlinami, jejichž kořeny proniknout do půdy, fixace dusíku pro rostliny výměnou za přístup k některým rostlinám sacharidy. Jiné druhy, například mnoho členů rodu Mycobacterium, jsou důležité patogeny.
Kromě velkého zájmu o Actinobacteria o jejich půdní roli se o nich ještě mnoho nedozví. Ačkoli jsou v současné době chápány především jako půdní bakterie, ve sladkých vodách mohou být hojnější.[2] Actinobacteria je jedním z dominantních bakteriálních kmenů a obsahuje jeden z největších bakteriálních rodů, Streptomyces.[3] Streptomyces a další aktinobakterie významně přispívají k biologii ukládání do vyrovnávací paměti půd.[4] Jsou také zdrojem mnoha antibiotika.
Ačkoli některé z největších a nejsložitějších bakteriálních buněk patří do Actinobacteria, skupina mořských Actinomarinales byla popsána jako skupina s nejmenšími volně žijícími prokaryotický buňky.[5]
Nějaký sibiřský nebo antarktický O aktinobakteriích se říká, že jsou nejstarším živým organismem na Zemi, zmrazeným v permafrostu zhruba před půl milionem let.[6][7] Příznaky života byly zjištěny CO
2 uvolnění ze vzorků permafrostu 640 kya nebo mladší. [8]
Všeobecné
Většina aktinobakterií lékařského nebo ekonomického významu je v podtřídě Actinobacteridae a patří do řádu Actinomycetales. Zatímco mnoho z nich způsobuje onemocnění u lidí, Streptomyces je pozoruhodný jako zdroj antibiotika.
Z těch Actinobacteria, které nejsou v Actinomycetales, Gardnerella je jedním z nejvíce prozkoumaných. Klasifikace Gardnerella je kontroverzní a Pletivo jej katalogizuje jako grampozitivní i Gramnegativní organismus.[9]
Aktinobakterie, zejména Streptomyces spp., jsou uznáváni jako producenti mnoha bioaktivních metabolitů, které jsou pro člověka užitečné v medicíně, jako jsou antibakteriální látky,[10] antimykotika,[11] antivirotika, antitrombotika, imunomodifikátory, protinádorová léčiva a inhibitory enzymů; a v zemědělství, včetně insekticidů, herbicidů, fungicidů a látek podporujících růst rostlin a zvířat.[12][13] Antibiotika odvozená od aktinobakterií, která jsou důležitá v medicíně, zahrnují aminoglykosidy, antracykliny, chloramfenikol, makrolid, tetracykliny atd.
Aktinobakterie mají vysoké obsah guaninu a cytosinu v jejich DNA.[14] Obsah G + C v aktinobakteriích může být až 70%, i když některé mohou mít nízký obsah G + C.[15]
Analýza glutamin syntetáza byla navržena sekvence pro fylogenetickou analýzu aktinobakterií.[16]
Fylogeneze
Fylogeneze je založena na uvolňování LTP 16S rRNA 123 by Projekt „All-Species Living Tree“.[17]
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Taxonomie
Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)[18] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).[19]
- Druh "Cathayosporangium alboflavum " ♠ Runmao et al. 1995
- Druh "Candidatus Planktophila limnetica " Jezbera et al. 2009
- Druh "Tonsillophilus suis " ♠ Azuma a Bak 1980
- Třída Rubrobakterie Suzuki 2013 (Rubrobacteridae Rainey et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009)
- Objednat Rubrobacterales Rainey et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009
- Rodina Rubrobacteraceae Rainey a kol. 1997
- Objednat Rubrobacterales Rainey et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009
- Třída Termoleofilie Suzuki & Whitman 2013 (Thermoleophilidae )
- Objednat Gaiellales Albuquerque et al. 2012
- Rodina Gaiellaceae Albuquerque a kol. 2012
- Objednat Termoleofily Reddy & Garcia-Pichel 2009
- Rodina Thermoleophilaceae Stackebrandt 2005 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat Solirubrobacterales Reddy & Garcia-Pichel 2009
- Rodina Conexibacteraceae Stackebrandt 2005 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Rodina Patulibacteraceae Takahashi a kol. 2006 vydáno. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Rodina Solirubrobacteraceae Stackebrandt 2005 vychází. Zhi a kol. 2009
- Objednat Gaiellales Albuquerque et al. 2012
- Třída Coriobacteriia Konig 2013 vychází. Gupta a kol. 2013 (Coriobacteridae Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009)
- Objednat Coriobacteriales Stackebrandt et al. 1997 vychází. Gupta a kol. 2013
- Rodina Atopobiaceae Gupta a kol. 2013
- Rodina Coriobacteriaceae Vychází Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat Eggerthellales Gupta a kol. 2013
- Rodina Eggerthellaceae Gupta a kol. 2013
- Objednat Coriobacteriales Stackebrandt et al. 1997 vychází. Gupta a kol. 2013
- Třída Acidimicrobiia Norris 2013 (Acidimicrobidae Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009)
- Objednat Acidimicrobiales Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009 [Acidimicrobineae Garrity, Bell & Lilburn 2003]
- Rodina Acidimicrobiaceae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Zhi a kol. 2009
- Rodina Iamiaceae Kurahashi a kol. 2009
- Rodina "Microthrixaceae " Joseph a kol. 2003
- Objednat Acidimicrobiales Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009 [Acidimicrobineae Garrity, Bell & Lilburn 2003]
- Třída Nitriliruptoria Ludwig a kol. 2013 (Nitriliruptoridae Kurahashi et al. 2010)
- Objednat Egibacterales Zhang a kol. 2016
- Rodina Egibacteraceae Zhang a kol. 2016
- Objednat Egicoccales Zhang a kol. 2015
- Rodina Egicoccaceae Zhang a kol. 2015
- Objednat Euzebyales Kurahashi et al. 2010
- Rodina Euzebyaceae Kurahashi a kol. 2010
- Objednat Nitriliruptorales Sorokin et al. 2009
- Rodina Nitriliruptoraceae Sorokin a kol. 2009
- Objednat Egibacterales Zhang a kol. 2016
- Třída Aktinobakterie Stackebrandt a kol. 1997 (Actinobacteridae Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009)
- Druhy? “Boyliae praeputiale " ♠ Yates a kol. 2002
- Objednat ?"Actinomarinales " Ghai a kol. 2013 ["Actinomarinidae" Ghai a kol. 2013]
- Rodina "Actinomarinaceae " Ghai a kol. 2013
- Objednat Acidothermales Sen a kol. 2014
- Rodina Acidothermaceae Vychází Rainey, Ward-Rainey a Stackebrandt 1997. Zhi a kol. 2009
- Objednat "Catenulisporales " Donadio a kol. 2012 (Catenulisporineae Cavaletti a kol. 2006 vydáno. Zhi a kol. 2009)
- Rodina Actinospicaceae Cavaletti a kol. 2006 vydáno. Zhi a kol. 2009
- Rodina Catenulisporaceae Busti a kol. 2006 vydáno. Zhi a kol. 2009
- Objednat "Streptomycetales " Kampfer 2012 (Streptomycetineae Rainey a kol. 1997 vychází. Zhi a kol. 2009)
- Rodina Streptomycetaceae Waksman & Henrici 1943 vychází. Zhi a kol. 2009
- Objednat Geodermatophilales Sen a kol. 2014
- Rodina Geodermatophilaceae Normand 2006 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat Frankiales Sen a kol. 2014 (Frankineae Vychází Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
- Rodina Motilibacteraceae Lee 2013
- Rodina Cryptosporangiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Rodina Frankiaceae Becking 1970 emend. Zhi a kol. 2009
- Rodina Sporichthyaceae Rainey a kol. 1997 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat Nakamurellales Sen a kol. 2014
- Rodina Nakamurellaceae Tao a kol. 2004 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009 [Microsphaeraceae Rainey a kol. 1997]
- Objednat "Druh Kineosporiales " Kampfer 2012 (Kineosporineae Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
- Rodina Kineosporiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat Mikrokokaly Prevot 1940 [Arthrobacteria; Micrococcineae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Yassin a kol. 2011; vč. Flavobacterium oceanosedimentum; Bifidobacteriales Stackebrandt et al. 1997 vychází. Zhi et al. 2009; Actinomycetales Buchanan 1917 emend. Zhi et al. 2009]
- Rodina Intrasporangiaceae
- Rodina Microbacteriaceae
- Rodina Cellulomonadceae
- Rodina Promicromonosporaceae
- Rodina Sanguibacteraceae
- Rodina Rarobacteraceae
- Rodina Jonesiaceae
- Rodina Bogoriellaceae
- Rodina Beutenbergiaceae
- Rodina Ruaniaceae
- Rodina Actinomycetaceae
- Rodina Demequinaceae
- Rodina Dermabacteraceae
- Rodina Brevibacteriaceae
- Rodina Micrococcaceae {vč. Bifidobacteriaceae]]))
- Objednat "Propionibacteriales " Patrick & McDowell 2012 (Propionibacterineae Rainey a kol. 1997 vychází. Zhi a kol. 2009)
- Rodina Nocardioidaceae
- Rodina Propionibacteriaceae
- Objednat "Streptosporangiales " Goodfellow 2012 (Streptosporangineae Ward-Rainey a kol. 1997 vychází. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
- Rodina Streptosporangiaceae
- Rodina Nocardiopsaceae
- Rodina Thermomonosporaceae
- Objednat "Jiangellales " Tang a kol. 2012 (Jiangellineae Tang a kol. 2011)
- Rodina Jiangellaceae Tang a kol. 2011
- Objednat "Glycomycetales " Labeda 2012 (Glycomycetineae Vychází Rainey, Ward-Rainey a Stackebrandt 1997. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
- Rodina Glycomycetaceae Vychází Rainey, Ward-Rainey a Stackebrandt 1997. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
- Objednat "Micromonosporales " Genilloud 2012 (Micromonosporineae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Zhi a kol. 2009; Actinoplanales]
- Rodina Micromonosporaceae
- Objednat "Pseudonocardiales " Labeda & Goodfellow 2012 (Pseudonocardineae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Labeda a kol. 2011)
- Rodina Pseudonocardiaceae
- Objednat "Corynebacteriales " Goodfellow & Jones 2012 (Corynebacterineae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Zhi a kol. 2009; Mykobakterie)
- Rodina Segniliparaceae
- Rodina Nocardiaceae [Gordoniaceae; Williamsiaceae]
- Rodina Dietziaceae
- Rodina Corynebacteriaceae
- Rodina Tsukamurellaceae
- Rodina Mycobacteriaceae
Poznámky:
♠ Kmeny nalezené na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale není uveden v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LSPN)
Viz také
Reference
- ^ Servin JA, Herbold CW, Skophammer RG, Lake JA (leden 2008). „Důkazy vylučující kořen stromu života z aktinobakterií“. Mol. Biol. Evol. 25 (1): 1–4. doi:10,1093 / molbev / msm249. PMID 18003601.
- ^ Ghai R, Rodriguez-Valera F, McMahon KD a kol. (2011). Lopez-Garcia P (ed.). „Metagenomika vodního sloupce v nedotčeném horním toku řeky Amazonky“. PLOS ONE. 6 (8): e23785. Bibcode:2011PLoSO ... 623785G. doi:10.1371 / journal.pone.0023785. PMC 3158796. PMID 21915244.
- ^ C.Michael Hogan ... 2010. Bakterie. Encyklopedie Země. eds. Sidney Draggan a C. J. Cleveland, Národní rada pro vědu a životní prostředí, Washington DC Archivováno 2011-05-11 na Wayback Machine
- ^ Ningthoujam, Debananda S .; Sanasam, Suchitra; Tamreihao, K; Nimaichand, Salam (listopad 2009). „Antagonistické aktivity místních izolátů aktinomycete proti patogenům plísní rýže“. African Journal of Microbiology Research. 3 (11): 737–742.
- ^ Ghai R, Mizuno CM, Picazo A, Camacho A, Rodriguez-Valera F (2013). „Metagenomika odkrývá novou skupinu nízkých GC a ultramalých mořských aktinobakterií“. Vědecké zprávy. 3: 2471. Bibcode:2013NatSR ... 3E2471G. doi:10.1038 / srep02471. PMC 3747508. PMID 23959135.
- ^ Sussman: Nejstarší rostliny, Opatrovník, 2. května 2010
- ^ „Je v pořádku být chytrý • nejstarší žijící věc na světě: tito“. Archivovány od originál dne 2018-07-13. Citováno 2018-07-13.
- ^ Johnson, S. S .; Hebsgaard, M. B .; Christensen, T. R .; Mastepanov, M .; Nielsen, R .; Munch, K .; Brand, T .; Gilbert, M. T. P .; Zuber, M. T .; Bunce, M .; Ronn, R .; Gilichinsky, D .; Froese, D .; Willerslev, E. (2007). „Starověké bakterie vykazují důkazy o opravě DNA“. Sborník Národní akademie věd. 104 (36): 14401–14405. Bibcode:2007PNAS..10414401J. doi:10.1073 / pnas.0706787104. PMC 1958816. PMID 17728401.
- ^ Gardnerella v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- ^ Mahajan, GB (2012). "Antibakteriální látky z aktinomycetů - recenze". Frontiers in Bioscience. 4: 240–53. doi:10,2741 / e373.
- ^ Gupte, M .; Kulkarni, P .; Ganguli, B.N. (2002). „Antifungální antibiotika“. Appl. Microbiol. Biotechnol. 58 (1): 46–57. doi:10,1007 / s002530100822. PMID 11831475. S2CID 8015426.
- ^ Bressan, W (2003). „Biologická kontrola patogenních hub semen kukuřice pomocí aktinomycetů“. Biocontrol. 48 (2): 233–240. doi:10.1023 / a: 1022673226324. S2CID 29320215.
- ^ Atta, M.A (2009). "Antimycin-A Antibiotická biosyntéza produkovaná Streptomyces Sp. AZ-AR-262: Taxonomie, fermentace, čištění a biologické aktivity". Jižní. J. Basic a Appl. Sci. 3: 126–135.
- ^ Ventura, M .; Canchaya, C .; Tauch, A .; Chandra, G .; Fitzgerald, G. F .; Chater, K. F .; van Sinderen, D. (5. září 2007). „Genomika aktinobakterií: Sledování evoluční historie starověkého kmene“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 71 (3): 495–548. doi:10.1128 / MMBR.00005-07. hdl:11381/1721088. PMC 2168647. PMID 17804669.
- ^ Ghai R, McMahon KD, Rodriguez-Valera F (2012). „Prolomení paradigmatu: kosmopolitní a hojné sladkovodní aktinobakterie mají nízkou GC“. Zprávy o mikrobiologii životního prostředí. 4 (1): 29–35. doi:10.1111 / j.1758-2229.2011.00274.x. PMID 23757226.
- ^ Hayward D, van Helden PD, Wiid IJ (2009). „Vývoj sekvence glutamin syntetázy v mykobakteriích a jejich použití jako molekulárních markerů pro speciaci aktinobakterií“. BMC Evol. Biol. 9: 48. doi:10.1186/1471-2148-9-48. PMC 2667176. PMID 19245690.
- ^ Projekt „All-Species Living Tree“.„16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.
- ^ J.P.Euzéby. „Actinobacteria“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2016-03-20.
- ^ Sayers; et al. „Actinobacteria“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2016-03-20.
Další čtení
- Pandey, B .; Ghimire, P .; Agrawal, V.P. (12. – 15. Ledna 2004). Studie o antibakteriální aktivitě Actinomycetes izolovaných z Nepálu z oblasti Khumbu (PDF). Mezinárodní konference o velkých Himalájích: klima, zdraví, ekologie, management a ochrana. Káthmándú. Archivovány od originál (PDF) dne 10. 8. 2013.
- Baltz, R.H. (2005). „Objev antibiotik z aktinomycet: Bude po úpadku a pádu následovat renesance?“. Novinky SIM. 55: 186–196.
- Baltz, R.H. (2007). „Antimikrobiální látky z Actinomycetes: Zpátky do budoucnosti“. Mikrob. 2 (3): 125–131. Archivovány od originál dne 31. 12. 2013.
