Gemmatimonadetes - Gemmatimonadetes

Gemmatimonadetes
Vědecká klasifikace
Doména:
Bakterie
(bez hodnocení):
Skupina FCB
Kmen:
Gemmatimonadetes

Zhang a kol. 2003
Třídy
Synonyma
  • Gemmatimonadota Whitman a kol. 2018

Gemmatimonadetes (alternativně Gemmatimonadota) jsou a kmen z bakterie založena v roce 2003. Kmen obsahuje dvě třídy Gemmatimonadetes a Longimicrobia.

Druh

Typový druh Gemmatimonas aurantiaca kmen T-27T byl izolován z aktivovaného kalu v systému čištění odpadních vod v roce 2003.[1] Je to gramnegativní bakterie schopná růst jak aerobním, tak anaerobním dýcháním.[2]

Druhý kultivovaný druh byl Gemmatirosa kalamazoonensis gen. nov., sp. listopad. kmen KBS708, který byl izolován z ekologicky obhospodařované zemědělské půdy v Michiganu v USA.[3]

Třetí kultivovaný druh Gemmatimonas phototrophica kmen AP64T byl izolován z mělkého sladkovodního pouštního jezera Tiān é hú (Labutí jezero) v severní Číně.[4] Jedinečnou vlastností tohoto organismu je přítomnost bakteriálních fotosyntetických reakčních center. Pravděpodobně získala geny pro anoxygenní fotosyntézu prostřednictvím horizontální přenos genů. G. phototrophica je fakultativní fotoheterotrofní organismus. Pro růst vyžaduje přísun organického substrátu, ale ze světla může získat další energii pro svůj metabolismus.[5]

Longimicrobium terrae kmen CB-286315T byl izolován ze vzorku půdy z typického středomořského lesního ekosystému nacházejícího se ve španělské Granadě. Vzhledem k této velké fylogenetické vzdálenosti od ostatních kultivovaných Gemmatimonád zavedla novou třídu s názvem Longimicrobia.[6]

Distribuce životního prostředí

Údaje ze studií nezávislých na kultuře naznačují, že Gemmatimonadetes jsou široce distribuovány v mnoha přírodních stanovištích. Tvoří asi 2% půdních bakteriálních komunit a byl identifikován jako jeden z devíti nejlepších kmenů nalezených v půdách; v současné době existuje pouze šest kultivovaných izolátů.[7] Gemmatimonadetes byly nalezeny v různých suchých půdách, jako jsou travní porosty, prérie a pastviny, stejně jako eutrofní jezerní sedimenty a alpské půdy. Tato široká škála prostředí, kde byly nalezeny Gemmatimonadetes, naznačuje adaptaci na nízkou vlhkost půdy.[8] Provedená studie ukázala, že distribuce Gemmatimonadetes v půdě má tendenci více záviset na dostupnosti vlhkosti než agregaci, což posiluje přesvědčení, že členové tohoto kmene preferují sušší půdy.[9] Menší počty byly také nalezeny v různých vodních prostředích, jako jsou sladké vody a sedimenty.

Taxonomie

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LSPN),[10] Národní centrum pro biotechnologické informace[11] a Projekt All-Species Living Tree.[12]

Viz také

Reference

  1. ^ Zhang H, Sekiguchi Y, Hanada S, Hugenholtz P, Kim H, Kamagata Y, Nakamura K (2003). „Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Gramnegativní, aerobní, polyfosfát akumulující mikroorganismus, první kultivovaný zástupce nového bakteriálního kmene Gemmatimonadetes phyl. Nov“. Int J Syst Evol Microbiol. 53 (Pt 4): 1155–63. doi:10.1099 / ijs.0.02520-0. PMID  12892144.
  2. ^ Takaichi, S; Maoka, T; Takasaki, K; Hanada, S (2009). „Karotenoidy z Gemmatimonas aurantiaca (Gemmatimonadetes): identifikace nového karotenoidu, deoxyoscillol-2-rhamnosidu a navrhovaná biosyntetická cesta oscillol-2,2'-dirhamnosidu “. Mikrobiologie. 156 (3): 757–763. doi:10.1099 / mic.0.034249-0. PMID  19959572.
  3. ^ DeBruyn J.M .; Fawaz M.N .; Peacock, A.D .; Dunlap J.R .; Nixon L.T .; Cooper K.E .; Radosevich M. (2013). "Gemmatirosa kalamazoonesis gen. nov., sp. nov., člen zřídka kultivovaného bakteriálního kmene Gemmatimonadetes “. J Gen Appl Microbiol. 59: 305–312.
  4. ^ Zeng Y .; Selyanin V .; Lukeš M .; Dean J .; Kaftan D .; Feng F .; Koblížek M. (2015). "Charakterizace mikroaerofilní bakterie obsahující bakteriochlorofyl a Gemmatimonas phototrophica sp. listopadu a upravené popisy rodu Gemmatimonas a Gemmatimonas aurantiaca". Int J Syst Evol Microbiol. 65: 2410–2419.
  5. ^ Zeng Y .; Feng F .; Medová H .; Dean J .; Koblížek M. (2014). "Funkční fotosyntetická reakční centra typu 2 nalezená ve vzácném bakteriálním kmeni Gemmatimonadetes". Proc Natl Acad Sci USA. 111: 7795–7800.
  6. ^ Pascual J .; García-López M .; Bills G.F .; Genilloud O. (2016). "Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., nová oligotrofní bakterie nedostatečně zastoupeného kmene Gemmatimonadetes izolovaného systémem miniaturizovaných difúzních komor “. Int J Syst Evol Microbiol. 66: 1976–1985.
  7. ^ Fawaz, Mariam (2013). „Odhalení ekologické role Gemmatimonadetes kultivací a molekulární analýzou zemědělských půd“. Diplomová práce, University of Tennessee: vi.
  8. ^ DeBruyn, J; Nixon, L; Fawaz, M; Johnson, M; Radosevich, M (2011). "Globální biogeografie a kvantitativní dynamika sezóny roku 2006" Gemmatimonadetes v půdě ". Appl. Environ. Microbiol. 77 (17): 6295–300. doi:10.1128 / AEM.05005-11. PMC  3165389. PMID  21764958.
  9. ^ Fawaz, Mariam (2013). „Odhalení ekologické role Gemmatimonadetes kultivací a molekulární analýzou zemědělských půd“. Diplomová práce, University of Tennessee: vi.
  10. ^ J.P.Euzéby. "Gemmatimonadetes". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2016-03-20.
  11. ^ Sayers; et al. "Gemmatimonadetes". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2016-03-20.
  12. ^ „16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.

externí odkazy