Gracilibacteria - Gracilibacteria

Gracilibacteria
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Infrakingdom:Kandidátské záření phyla
Kmen:Gracilibacteria

Gracilibacteria je bakteriální kandidát kmen dříve známé jako GN02, BD1-5 nebo SN-2. Je součástí Kandidátské záření Phyla a skupina Patescibacteria.

První zástupce kmene Gracilibacteria byl hlášen v roce 1999 poté, co byl získán ze vzorku hlubinného sedimentu. Reprezentativní 16S rRNA sekvence byla označována jako „BD1-5“ (vzorek BD1, sekvence 5) a přestože bylo poznamenáno, že vykazuje nízkou sekvenční identitu s jakýmkoli známým genem 16S rRNA, nebylo v tuto chvíli navrženo jako nový kmen .[1] V roce 2006 byli zástupci Gracilibacteria získáni z hypersalinní mikrobiální podložky od Guerrero Negro, Baja California Sur, Mexiko a navrženi jako nový kmen „GN02“.[2] Kmen BD1-5 / GN02 byl v roce 2013 přejmenován na „Gracilibacteria“.[3][4]

První genom Gracilibacteria byl získán z vodonosné vrstvy upravené v acetátu (Rifle, CO, USA) pomocí kultivace nezávislé na genomu metagenomické techniky v roce 2012.[5] Genomické analýzy naznačují, že členové kmene Gracilibacteria mají omezený metabolismus a jsou pravděpodobní symbionty nebo endosymbionty.[3] Členové Gracilibacteria používají alternativu genetický kód ve kterém UGA kóduje glycin aminokyselina místo a stop kodon[6]

Reference

  1. ^ Li, Lina; Kato, Chiaki; Horikoshi, Koki (01.05.1999). „Bakteriální rozmanitost v hlubinných sedimentech z různých hloubek“. Biodiverzita a ochrana. 8 (5): 659–677. doi:10.1023 / A: 1008848203739. ISSN  1572-9710.
  2. ^ Ley, Ruth E .; Harris, J. Kirk; Wilcox, Joshua; Spear, John R .; Miller, Scott R .; Bebout, Brad M .; Maresca, Julia A .; Bryant, Donald A .; Sogin, Mitchell L .; Pace, Norman R. (01.05.2006). „Neočekávaná rozmanitost a složitost mikrobiální podložky Guerrero Negro Hypersaline“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 72 (5): 3685–3695. doi:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. PMC  1472358. PMID  16672518.
  3. ^ A b Sieber, Christian M. K .; Paul, Blair G .; Castelle, Cindy J .; Hu, Ping; Tringe, Susannah G .; Valentine, David L .; Andersen, Gary L .; Banfield, Jillian F. (11. 11. 2019). „Neobvyklý metabolismus a hypervariace v genomu Gracilibacterium (BD1-5) z komunity degradující ropu“. mBio. 10 (6). doi:10.1128 / mbio.02128-19. ISSN  2150-7511. PMC  6851277. PMID  31719174.
  4. ^ Rinke, Christian; Schwientek, Patrick; Sczyrba, Alexander; Ivanova, Natalia N .; Anderson, Iain J .; Cheng, Jan-Fang; Miláčku, Aarone; Malfatti, Stephanie; Swan, Brandon K .; Gies, Esther A .; Dodsworth, Jeremy A. (červenec 2013). „Pohledy na fylogenetický a kódovací potenciál mikrobiální temné hmoty“. Příroda. 499 (7459): 431–437. Bibcode:2013Natur.499..431R. doi:10.1038 / příroda12352. ISSN  1476-4687. PMID  23851394.
  5. ^ Wrighton, K. C .; Thomas, B. C .; Sharon, I .; Miller, C. S .; Castelle, C. J .; VerBerkmoes, N. C .; Wilkins, M. J .; Hettich, R.L .; Lipton, M. S .; Williams, K. H .; Long, P. E. (2012-09-27). "Fermentace, vodík a metabolismus síry v mnoha nekultivovaných bakteriálních kmenech". Věda. 337 (6102): 1661–1665. Bibcode:2012Sci ... 337.1661W. doi:10.1126 / science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650.
  6. ^ Hanke, Anna; Hamann, Emmo; Sharma, Ritin; Geelhoed, Jeanine S .; Hargesheimer, Theresa; Kraft, Beate; Meyer, Volker; Lenk, Sabine; Osmers, Harald; Wu, Rong; Makinwa, Kofi (16.05.2014). „Překódování stop kodonu UGA na glycin bakterií BD1-5 / SN-2 a dělení výklenků mezi alfa a gammaproteobakterie v mikrobiální komunitě přílivového sedimentu přirozeně vybrané v laboratorním chemostatu“. Hranice v mikrobiologii. 5. doi:10.3389 / fmicb.2014.00231. ISSN  1664-302X. PMID  24904545.