Negativicutes - Negativicutes

Negativicutes
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Kmen:Firmicutes
Třída:Negativicutes
Marchandin a kol. 2010
Objednávky a rodiny

The Negativicutes plocha třída z bakterie v kmen Firmicutes, jejíž členové mají zvláštní buněčnou stěnu s a lipopolysacharid vnější membrána, která skvrna gramnegativní, na rozdíl od většiny ostatních členů Firmicutes.[1] Ačkoli několik sousedních Clostridia Druhy (bakterie firmy) také obarvují gramnegativně, proteiny odpovědné za neobvyklou strukturu didermu Negativicutes možná skutečně byli získaný bočně z Proteobakterie.[1][2][3][4] Je zapotřebí dalšího výzkumu k potvrzení původu obalu buňky diderm v Negativicutes.

Většina členů této třídy je povinné anaeroby a vyskytují se na stanovištích, jako jsou řeky, jezera a střeva obratlovců. Pohybují se od sférických forem, jako např Megasphaera a Veillonella, na zakřivené tyče, jak je znázorněno v selenomonády. Selenomonas má charakteristický půlměsícový tvar, přičemž na konkávní straně jsou vloženy bičíky Sporomusa je podobný, ale nepohyblivý. Jejich jména odkazují na tuto výraznou morfologii: selen znamená měsíc a musa prostředek banán.[5]

Taxonomie

Třída se v současné době skládá z 32 platně pojmenovaných rodů ve třech řádech a čtyřech rodinách.[6][7] Objednávky Veillonellales a Acidaminococcales každý obsahuje jednu rodinu, Veillonellaceae a Acidaminococcaceae, respektive při objednávce Selenomonadales obsahuje dvě čeledi, Selenomonadaceae a Sporomusaceae.[7]

Molekulární podpisy

Historicky Negativicutes sestával z jediného řádu, Selenomonadales, a dvou rodin, Veillonellaceae a Acidaminococcaceae na základě podobnosti genové sekvence 16S rRNA.[8][9] Tato seskupení však nezahrnovala několik členů v rámci Negativicutes, kteří se rozvětvovali mimo dvě rodiny. Současný taxonomický pohled zahrnuje tyto členy, kteří byli platně přiřazeni k rodinám Selenomonadaceae a Sporomusaceae v rámci emendovaného řádu Selenomonadales.[7] Molekulární markery ve formě konzervované podpisové indely (CSI) a proteiny (CSP) ospravedlňují současné taxonomické dělení. Tyto molekulární markery se nacházejí v každém taxonomickém pořadí a jejich distribuce je v souladu s pozorovaným fylogenetickým rozvětvením.[10][11]

Mnoho prací implikovalo, že Negativicutes by měl být překlasifikován jako objednávka ve třídě Clostridia, založené na úzkém fylogenetickém rozvětvení a pozorování, že tvorba spór členové Negativicutes sdílejí podobné sporulační geny jako Clostridia, a oba barví gramnegativně.[10][11] Heterogenita členů Negativicutes, stejně jako distribuce molekulárních podpisů, však podporuje názor, že Negativicutes jsou ve skutečnosti nezávislou třídou v rámci Firmicutes, přičemž Clostridia je jejich nejbližšími fylogenetickými sousedy.[9][11][12][13] Kromě toho bylo zjištěno, že několik CSI a CSP je jednoznačně sdíleno mezi všemi Negativicutes, zatímco u žádných CSI nebylo shledáno, že by je sdíleli jak Clostridia.[7]

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN) [14] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)[15]

 
Acidaminococcaceae
 

Succinispira mobilis Janssen a O'Farrell 1999

 
 
 

Acidaminococcus Rogosa 1969 vychází. Jumas-Bilak a kol. 2007

 
 
 

Phascolarctobacterium faecium Del Dot a kol. 1994 (typ sp.)

 
 

Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe a kol. 2012

 
 

Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995

 
 
 
 
Veillonellaceae
 

?Anaerospora hongkongensis ♠ Woo a kol. 2005

 
 

?Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass a kol. 2004

 
 

?Psychrosinus fermentans ♠ Sattley a kol. 2008

 
 

?Quinella ovalis ♪ Krumholz a kol. 1993 (Quin's Oval)

 
 

?Sporotalea colonica ♠ Ezaki a kol. 2008

 
 

Sporomusa Möller a kol. 1985

 
 
 
 
 

Sporolituus thermophilus Ogg a Patel 2009

 
 

Thermosinus carboxydivorans Sokolova a kol. 2004

 
 
 
 

Veillonella Prévot 1933 emend. Mays a kol. 1982

 
 
 

Megasphaera [vč. Anaeroglobus geminatus ]

 
 
 

Negativicoccus succinicivorans Marchandin a kol. 2010

 
 

Dialister [vč. Allisonella histaminiformans ]

 
 
 
 
 
 
 

Anaeromusa acidaminophila Baena a kol. 1999

 
 

Anaeroarcus burkinensis (Ouattara et al. 1992) Strömpl et al. 1999

 
 
 
 
 

Acetonema longum Kane a Breznak 1992

 
 

Pelosinus Shelobolina a kol. 2007

 
 
 
 

Propionispora Biebl a kol. 2001

 
 
 

Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich et al. 1971) Strömpl et al. 2000

 
 
 

Anaerosinus glycerini (Schauder a Schink 1996) Strömpl et al. 1999

 
 
 
 

Propionispira arboris Schink a kol. 1983

 
 

Zymophilus Schleifer et al. 1990

 
 
 
 
 

Megamonas Shah a Collins 1983

 
 

Pectinatus Lee a kol. 1978 vychází. Juvonen a Suihko 2006

 
 
 
 

Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966

 
 

Selenomonas [vč. Schwartzia succinivorans, Stonožka periodontii & Mitsuokella ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Poznámky:
♠ Kmeny nalezené na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale není uveden v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)
♪ Prokaryoty, kde není čistý (axenický ) kultury jsou izolované nebo dostupné, tj. E. není kultivovaný nebo nemůže být udržován v kultuře více než několik sériových pasáží

Reference

  1. ^ A b Sutcliffe IC (2010). "Pohled na úroveň kmene na architekturu obálky bakteriálních buněk". Trends Microbiol. 18 (10): 464–470. doi:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  2. ^ Gupta RS (2011). „Původ didermních (gramnegativních) bakterií: antibiotický selekční tlak spíše než endosymbióza pravděpodobně vedl k vývoji bakteriálních buněk se dvěma membránami“. Antonie van Leeuwenhoek. 100 (2): 171–182. doi:10.1007 / s10482-011-9616-8. PMC  3133647. PMID  21717204.
  3. ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). „Srovnávací proteomová analýza Acidaminococcus intestini podporuje vztah mezi biogenezí vnější membrány v Negativicutes a Proteobacteria“ (PDF). Arch Microbiol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007 / s00203-014-0964-4. PMID  24535491.
  4. ^ Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). „Remodelace peptidoglykanu a přeměna vnitřní membrány na vnější membránu během sporulace“. Buňka. 146 (5): 799–812. doi:10.1016 / j.cell.2011.07.029. PMC  3176627. PMID  21884938.
  5. ^ Marchandin, H .; Teyssier, C .; Campos, J .; Jean-Pierre, H .; Roger, F .; Gay, B .; Carlier, J. -P .; Jumas-Bilak, E. (2009). „Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., sp. Nov., Izolovaný z lidských klinických vzorků, upravil popis čeledi Veillonellaceae a popis Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. A Acidaminococcaceae fam. Listopadu. V bakteriálním kmeni Firmicutes“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (6): 1271–1279. doi:10.1099 / ijs.0.013102-0. PMID  19667386.
  6. ^ Sayers; et al. „Negativicutes“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2013-03-20.
  7. ^ A b C d Campbell C, Adeolu M, Gupta RS (2015). „Taxonomický rámec založený na genomu pro třídu Negativicutes: rozdělení třídy Negativicutes do řádů, které vydávají Selenomonadales., Acidaminococcales ord. Nov. A Veillonellales ord. Nov“. Int J Syst Evol Microbiol. 65 (9): 3203–3215. doi:10.1099 / ijs.0.000347. PMID  25999592.
  8. ^ Ludwig W, Schleifer K-H, Whitman, WB (2009) Revidovaná cestovní mapa kmene Firmicutes. In: Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, sv. 3, 2. vyd. s. 1–13. Eds P. De Vos, G. M. Garrity, D. Jones, N. R. Krieg, W. Ludwig, F. A. Rainey, K. H. Schleifer a W. B. Whitman Springer -: New York.
  9. ^ A b Marchandin H, Teyssier C, Campos J, Jean-Pierre H, Roger F, Gay B, Carlier JP, Jumas-Bilak E (2010). „Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., Sp. Nov., Izolovaný z lidských klinických vzorků, upravený popis čeledi Veillonellaceae a popis Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. A Acidaminococcaceae fam. Nov. V bakteriálním kmeni Firmicutes“. Int J Syst Evol Microbiol. 60 (Pt 6): 1271–1279. doi:10.1099 / ijs.0.013102-0. PMID  19667386.
  10. ^ A b Yutin N, Galperin MY (2013). „Genomická aktualizace klostridiální fylogeneze: gramnegativní spórotvorné látky a další nesprávně umístěné klostridie“. Environ Microbiol. 15 (10): 2631–2641. doi:10.1111/1462-2920.12173. PMC  4056668. PMID  23834245.
  11. ^ A b C Vesth T, Ozen A, Andersen SC, Kaas RS, Lukjancenko O, Bohlin J, Nookaew I, Wassenaar TM, Ussery DW (2013). „Veillonella, Firmicutes: Mikroby maskované jako gramnegativní negativy“. Stand Genomic Sci. 9 (2): 431–448. doi:10,4056 / sigs.2981345. PMC  4062629. PMID  24976898.
  12. ^ Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) Rodina Veillonellaceae. In: The Prokaryotes, sv. 7, 4. vydání 433–453. Eds E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt a F. Thompson Springer -: Berlín, Heidelberg.
  13. ^ Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). „Taxonomické rámce“ „SILVA a„ Projekt všech druhů živých stromů (LTP) “. Nucleic Acids Res. 42 (Problém s databází): D643–8. doi:10.1093 / nar / gkt1209. PMC  3965112. PMID  24293649.
  14. ^ J.P.Euzéby. „Negativicutes“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Archivovány od originál dne 27.01.2013. Citováno 2016-10-21.
  15. ^ Sayers; et al. „Negativicutes“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2013-03-20.