Seznam sekvenovaných bakteriálních genomů - List of sequenced bacterial genomes

Tento seznam sekvenovaných eubakteriálních genomů obsahuje většinu z eubakterie veřejně dostupné sekvence genomu. Většina z těchto sekvencí byla umístěna do Mezinárodní spolupráce s databází nukleotidových sekvencí, veřejná databáze, ve které lze vyhledávat[1] na web. Několik uvedených genomů nemusí být v INSDC databáze, ale v jiných veřejných databázích[je nutné ověření ].

Genomy uvedené jako „nepublikované“ jsou v databázi, ale ne v recenzováno vědecká literatura.

Pro genomy archaea viz seznam sekvenovaných archaeal genomů.


Abditibacteriota

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Abditibacterium utsteinenseLMG 29911Abditibacteriota3,606,3303,240[2]NZ_NIGF00000000.1

Aktinobakterie

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Corynebacterium diphtheriaeC7 (beta)Actinobacteridae2,499,189NepublikovanýCP003210
Corynebacterium diphtheriaePW8Actinobacteridae2,530,683NepublikovanýCP003216
Bifidobacterium longumNCC2705Aktinobakterie2,256,6401,727[3]
Corynebacterium diphtheriaeNCTC13129Aktinobakterie2,488,6352,320[4]
Corynebacterium efficiensYS314Aktinobakterie3,147,0902,942[5]
Corynebacterium glutamicumATCC13032Aktinobakterie3,309,4013,099Nepublikovaný[1]
Corynebacterium jeikeiumK411Aktinobakterie2,462,4992,104[6]
Frankia druhCcI3Aktinobakterie5,433,6284,499Nepublikovaný[1]
Mycobacterium aviumk10Aktinobakterie4,829,7814,350[7]
Mycobacterium bovisAF212297Aktinobakterie4,345,4923,953[8]
Mycobacterium lepraeTNAktinobakterie3,268,2032,720[9]
Mycobacterium tuberculosisCDC1551Aktinobakterie4,403,8374,189Nepublikovaný[1]
Mycobacterium tuberculosisH37RvAktinobakterie4,411,5323,999[10]
Nocardia farcinicaIFM10152Aktinobakterie6,021,2255,683[11]
Streptomyces avermitilisMA4680Aktinobakterie9,025,6087,577[12]
Streptomyces coelicolorA3Aktinobakterie8,667,5077,825[13]
Symbiobacterium thermophilumKmenAktinobakterie3,566,1353,337[14]
Thermobifida fuscaYXAktinobakterie3,642,2493,110Nepublikovaný[1]

Aquificae

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Aquifex aeolicusVF5Aquificae1,551,3351,522[15]Chromozóm NC_000918

Plazmid ece1 NC_001880

Armatimonadetes

Bacteroidetes /Chlorobi skupina

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Bacteroides fragilisNCTC9343Bacteroidetes5,205,1404,260[16]Chromozóm CR626927

Plazmid pBF9343 CR626928

Bacteroides fragilisYCH46Bacteroidetes5,277,2744,578[17]Chromozóm AP006841

Plazmid pBFY46 AP006842

Bacteroides thetaiotaomicronVPI-5482Bacteroidetes6,260,3614,778[18]Chromozóm AE015928

Plazmid p5482 AY171301

Candidatus Amoebophilus asiaticus5a2Bacteroidetes1,884,364[19]CP001102
Chlorobaculum parvumNCIB 8327Chlorobi2,289,249Společný institut genomu DOECP001099
Chlorobium chlorochromatiiCaD3Chlorobi2,572,0792,002Společný institut genomu DOECP000108
Chlorobium ferrooxidanyDSM 13031ChlorobiSpolečný institut genomu DOEAASE00000000
Chlorobium limicolaDSM 245Chlorobi2,763,181Společný institut genomu DOENC_010803
Chlorobium phaeobacteroidesBS1Chlorobi2,736,403Společný institut genomu DOENC_010831
Chlorobium phaeobacteroidesDSM 266Chlorobi3,133,902Společný institut genomu DOENC_008639
Chlorobium phaeovibrioidesDSM 265Chlorobi1,966,858Společný institut pro genom DOENC_009337
Chlorobium tepidumTLSChlorobi2,154,9462,255[20]AE006470
Chloroherpeton thalassiumATCC 35110Chlorobi3,293,456Společný institut genomu DOECP001100
Cytophaga hutchinsoniiATCC 33406Chlorobi4,433,218[21]CP000383
Haliscomenobacter hydrossisDSM 1100Bacteroidetes8,371,686[22]Chromozóm CP002691

Plazmid pHALHY01 CP002692
Plazmid pHALHY02 CP002693
Plazmid pHALHY03 CP002694

Ignavibacterium albumJCM 16511Chlorobi3,658,997Kodaňská univerzitaCP003418
Pelodictyon luteol (Chlorobium luteolum )DSM 273Chlorobi2,364,8422,083Společný institut genomu DOECP000096
Pelodictyon phaeoclathratiformeBU-1Chlorobi3,018,238Společný institut pro genom DOECP001110
Porfyromonas gingivalisATCC 33277Bacteroidetes2,354,886[23]NC_010729
Porfyromonas gingivalisW83Bacteroidetes2,343,4761,909[24]NC_002950
Prosthecochloris aestuariiDSM 271Chlorobi2,512,923Společný institut genomu DOEChromozóm CP001108

Plazmid pPAES01 CP001109

Salinibacter ruberDSM 13855Bacteroidetes3,551,8232,801[25]NC_007677
Salinibacter ruberM8Bacteroidetes3,619,447[26]Chromozóm FP565814

Plazmid pSR11 FP565810
Plazmid pSR56 FP565811
Plazmid pSR61 FP565812
Plazmid pSR84 NC_014157

Saprospira Grandisstr. LewinBacteroidetes4,345,237University of Hawaii at ManoaChromozóm CP002831

Plasmid CP002832

Caldiserica

Chlamydie /Verukomikrobie skupina

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Akkermansia muciniphilaATCC BAA-835Verukomikrobie2,664,1022,176[27]
Akkermansia muciniphilaUrmiteVerukomikrobie2,664,7142,192[28]
Chlamydie muridarumNiggChlamydie1,072,950904[29]
Chlamydie trachomatisAHAR13Chlamydie1,044,459911[30]
Chlamydie trachomatisDUWChlamydie1,042,519894[31]
Chlamydophila potratS26-3Chlamydie1,144,377961[32]
Chlamydophila caviaeGPICChlamydie1,173,390998[33]
Chlamydophila felisFeC56Chlamydie1,166,2391,005[34]
Chlamydophila pneumoniaeAR39Chlamydie1,229,8531,110[29]
Chlamydophila pneumoniaeCWL029Chlamydie1,230,2301,052[35]
Chlamydophila pneumoniaeJ138Chlamydie1,226,5651,069[36]
Chlamydophila pneumoniaeTW183Chlamydie1,225,9351,113ALTANA Pharma
Parachlamy druhUWE25Chlamydie2,414,4652,031[37]

Chloroflexi

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Dehalococcoides mccartyi195Dehalococcoidetes1,469,7201,580[38]
Dehalococcoides mccartyiCBDB1Dehalococcoidetes1,395,5021,458[39]
Dehalococcoides mccartyiDCMB5Dehalococcoidetes1,431,9021,526[40]
Dehalococcoides mccartyiBTF08Dehalococcoidetes1,452,3351,580[40]

Chrysiogenetes

Sinice

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Anabaena nostocPCC7120Nostocales6,413,7715,368[41]
Anabaena variabilisATCC29413Nostocales6,365,7275,039Společný institut pro genom DOE
Sinice bakterieYellowstone A.Chroococcales2,932,7662,760[42]
Sinice bakterieYellowstone B.Chroococcales3,046,6822,862[42]
Gloeobacter violaceusPCC7421Gloeobakterie4,659,0194,430[43]
Prochlorococcus marinusMED4Prochlorales1,657,9901,716[44]
Prochlorococcus marinusMIT9312Prochlorales1,709,2041,809Nepublikovaný[1]
Prochlorococcus marinusMIT9313Prochlorales2,410,8732,273[44]
Prochlorococcus marinusNATL2AProchlorales1,842,8991,890Nepublikovaný[1]
Prochlorococcus marinusSS120Prochlorales1,751,0801,882[45]
Synechococcus elongatusPCC6301Chroococcales2,696,2552,525Nepublikovaný[1]
Synechococcus elongatusPCC7942Chroococcales2,695,9032,611Nepublikovaný[1]
Synechococcus druhWH8102Chroococcales2,434,4282,526[46]
Synechococcus druhCC9605Chroococcales2,510,6592,638Nepublikovaný[1]
Synechococcus druhCC9902Chroococcales2,234,8282,304Nepublikovaný[1]
Synechocystis druhPCC6803Chroococcales3,573,4703,167[47]
Thermosynechococcus elongatusbp1Chroococcales2,593,8572,475Nepublikovaný[1]

Deferribacteres

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Geovibrio sp.Deferribacteres2,971,6582,415Společný institut genomu DOE
Mucispirillum schaedleriASF457Deferribacteres2,319,1802,144Široký institut
Denitrovibrio acetiphilusDSM 12809Deferribacteres3,222,0773,068[48]
Calditerrivibrio nitroreducensDSM 19672Deferribacteres2,157,8352,117[49]
Deferribacter desulfuricansSSM1Deferribacteres2,234,3892,184[50]
Flexistipes sinusarabiciDSM 4947Deferribacteres2,526,5902,397[51]

Deinococcus -Thermus

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Deinococcus desertiVCD115Deinococcales2,819,842[52]Chromozóm NC_012526

Plasmid 1 NC_012528
Plasmid 2 NC_012529
Plasmid 3 NC_012528

Deinococcus geothermalisDSM 11300Deinococcales2,467,2052,335Společný institut genomu DOEChromozóm CP000359

Plazmid pDGEO01 CP000358
Plazmid pDGEO02 CP000856

Deinococcus gobiensisI-0Deinococcales3,137,147[53]Chromozóm CP002191

Plazmid P1 CP002192
Plazmid P2 CP002193
Plazmid P3 CP002194
Plasmid P4 CP002195
Plasmid P5 CP002196
Plasmid P6 CP002197

Deinococcus maricopensisDSM 21211Deinococcales3,498,530US DOE Joint Genome InstituteCP002454
Deinococcus proteolyticusMRPDeinococcales2,147,060US DOE Joint Genome InstituteChromozóm CP002536

Plazmid pDEIPR01 CP002537
Plazmid pDEIPR02 CP002538
Plazmid pDEIPR03 CP002539
Plazmid pDEIPR04 CP002540

Deinococcus radioduransR1DeinococcalesChromozom 1: 2 648 638

Chromozom 2: 412 348

Chromozom 1: 2 579

Chromozom 2: 357

[54]Chromozom 1 NC_001263

Chromozom 2 NC_001264
Plazmid CP1 NC_000959
Plazmid MP1 NC_000958

Marinithermus hydrothermalisDSM 14884Thermales2,269,167Společný institut genomu DOECP002630
Meiothermus ruberDSM 1279Thermales3,097,457Společný institut genomu DOECP001743
Meiothermus silvanusDSM 9946Thermales3,249,394[55]Chromozóm CP002042

Plazmid pMESIL01 CP002043
Plazmid pMESIL02 CP002044

Oceanithermus profundusDSM 14977Thermales2,303,940Společný institut pro genom DOEChromozóm CP002361

Plasmid pOCEPR01

Thermus scotoductusSA-01Thermales2,346,803[56]Chromozóm CP001962

Plazmid pTSC8 CP001963

Thermus druhCCB_US3_UF1Thermales2,243,772Universiti Sains MalajsieChromozóm CP003126

Plazmid pTCCB09 CP003127

Thermus thermophilusHB27Thermales1,894,8771,982[57]Chromozóm AE017221

Plazmid pTT27 AE017222

Thermus thermophilusHB8Thermales1,849,7421,973Nara Institute of Science and TechnologyChromozóm NC_006461

Plazmid pTT27 NC_006462
Plazmid pTT8 NC_006463

Thermus thermophilusJL-18Thermales1,902,595Společný institut genomu DOEChromozóm CP003252

Plazmid pTTJL1801 CP003253
Plazmid pTTJL1802 CP003254

Thermus thermophilusSG0.5JP17-16Thermales1,863,201Společný institut pro genom DOEChromozóm CP002777

Plazmid pTHTHE1601 CP002778

Truepera radiovictrixDSM 17093Deinococcales3,260,398Společný institut genomu DOECP002049

Dictyoglomi

Elusimikrobie

Fibrobakterie /Acidobakterie skupina

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Bakterie AcidobacteriaEllin345Acidobakterie5,650,3684,777Nepublikovaný[1]
Leifsonia xyliCTCB07Acidobakterie2,584,1582,030[58]
Propionibacterium acnesKPA171202Acidobakterie2,560,2652,297[59]
Rubrobacter xylanophilusDSM9941Acidobakterie3,225,7483,140Společný institut genomu DOE
Tropheryma whippeliiTW08 / 27Acidobakterie925,938784[60]
Tropheryma whippeliiKroutitAcidobakterie927,303808[61]

Firmicutes

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Bacillus anthracisAmesBacilli5,227,2935,311[62]
Bacillus anthracisSterneBacilli5,228,6635,287Nepublikovaný[1]
Bacillus cereusATCC10987Bacilli5,224,2835,603[63]
Bacillus cereusATCC14579Bacilli5,411,8095,234[64]
Bacillus cereusZKBacilli5,300,9155,134Nepublikovaný[1]
Bacillus clausiiKSMK16Bacilli4,303,8714,108[65]
Bacillus haloduransC125Bacilli4,202,3524,066[66]
Bacillus licheniformisATCC14580Bacilli4,222,3344,152[67]
Bacillus licheniformisNespecifikovánoBacilli4,222,6454,196[68]
Bacillus licheniformisDSM13Bacilli4,222,6454,196[68]
Bacillus subtilis168Bacilli4,214,6304,106[69]
Bacillus thuringiensis9727Bacilli5,237,6825,117[70]
Carboxydothermus hydrogenoformansZ2901Clostridia2,401,5202,620[71]
Clostridium acetobutylicumATCC824Clostridia3,940,8803,672[72]
Clostridium difficileQCD-32g58Clostridia3,840,681Nepublikovaný[1]
Clostridium perfringens13Clostridia3,031,4302,660[73]
Clostridium tetaniE88Clostridia2,799,2512,373[74]
Desulfitobacterium hafnienseY51Clostridia5,727,5345,060[75]
Enterococcus faecalisV583Bacilli3,218,0313,113[76]
Geobacillus kaustophilusHTA426Bacilli3,544,7763,498[77]
Lactobacillus acetotoleransNCFMBacilli
Lactobacillus acidophilusNCFMBacilli1,993,5641,864[78]
Lactobacillus delbrueckiibulgaricusBacilli1,864,9982,096Nepublikovaný[1]
Lactobacillus johnsoniiNCC533Bacilli1,992,6761,821[79]
Lactobacillus plantarumWCFS1Bacilli3,308,2743,051[79]
Lactobacillus sakei23 tisBacilli1,884,6611,885Nepublikovaný[1]
Lactobacillus sakeisakei23KBacilli1,884,6611,885Nepublikovaný[1]
Lactobacillus salivariusUCC118Bacilli1,827,1111,717Nepublikovaný[1]
Lactococcus lactisIL1403Bacilli2,365,5892,266[80]
Listeria innocuaClip11262Bacilli3,011,2082,981[81]
Listeria monocytogenesEGDBacilli2,944,5282,855[81]
Listeria monocytogenes4bBacilli2,905,1872,821[82]
Moorella thermoaceticaATCC39073Clostridia2,628,7842,465Nepublikovaný[1]
Oceanobacillus iheyensisHTE831Bacilli3,630,5283,496[83]
Zlatý stafylokokCOLBacilli2,809,4222,673[84]
Zlatý stafylokokMRSA252Bacilli2,902,6192,744[85]
Zlatý stafylokokMSSA476Bacilli2,799,8022,619[85]
Zlatý stafylokokMu50Bacilli2,878,5292,699[86]
Zlatý stafylokokMW2Bacilli2,820,4622,632[87]
Zlatý stafylokokN315Bacilli2,814,8162,593[86]
Zlatý stafylokokNCTC8325Bacilli2,821,3612,892Nepublikovaný[1]
Zlatý stafylokokRF122Bacilli2,742,5312,589Nepublikovaný[1]
Zlatý stafylokokUSA300Bacilli2,872,7692,560[88]
Staphylococcus epidermidisATCC12228Bacilli2,499,2792,419Nepublikovaný[1]
Staphylococcus epidermidisRP62ABacilli2,616,5302,494[84]
Staphylococcus haemolyticusJCSC1435Bacilli2,685,0152,678[89]
Staphylococcus saprophyticussaprophyticusBacilli2,516,5752,446[90]
Streptococcus agalactiaeA909Bacilli2,127,8391,996[91]
Streptococcus agalactiaeNEM316Bacilli2,211,4852,134[92]
Streptococcus agalactiae2603 V / PBacilli2,160,2672,124[93]
Streptococcus mutansUAB159Bacilli2,030,9211,960[94]
Streptococcus pneumoniaeR6Bacilli2,038,6152,043[95]
Streptococcus pneumoniaeTIGR4Bacilli2,160,8422,125[96]
Streptococcus pyogenesM5ManfredoBacilli1,841,271Nepublikovaný[1]
Streptococcus pyogenesMGAS10270Bacilli1,928,2521,987[97]
Streptococcus pyogenesMGAS10394Bacilli1,899,8771,886[98]
Streptococcus pyogenesMGAS10750Bacilli1,937,1111,979[97]
Streptococcus pyogenesMGAS2096Bacilli1,860,3551,898[97]
Streptococcus pyogenesMGAS315Bacilli1,900,5211,865[99]
Streptococcus pyogenesMGAS5005Bacilli1,838,5541,865[100]
Streptococcus pyogenesMGAS6180Bacilli1,897,5731,894[101]
Streptococcus pyogenesMGAS8232Bacilli1,895,0171,845[102]
Streptococcus pyogenesMGAS9429Bacilli1,836,4671,877[97]
Streptococcus pyogenesSF370Bacilli1,852,4411,696[103]
Streptococcus pyogenesSSI1Bacilli1,894,2751,861[104]
Streptococcus thermophilusCNRZ1066Bacilli1,796,2261,915[105]
Streptococcus thermophilusLMG18311Bacilli1,796,8461,889[105]
Thermoanaerobacter tengcongensisMB4TClostridia2,689,4452,588Nepublikovaný[1]

Fusobakterie

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Fusobacterium nucleatumATCC25586Fusobakterie2,174,5002,067[106]
Fusobacterium sp.11_3_2FusobakterieNepublikovanýACUO00000000
Fusobacterium sp.21_1AFusobakterieNepublikovanýADEE00000000

Gemmatimonadetes

Nitrospirae

Planctomycetes

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Rhodopirellula balticakmen1Planctomycetes Planctomycetacia7,145,5767,325Nepublikovaný[1]

Proteobakterie

Alphaproteobacteria

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Agrobacterium tumefaciensC58Alphaproteobacteria2,841,5812,722[107]
Anaplasma marginaleStMariesAlphaproteobacteria1,197,687949[108]
Anaplasma phagocytophilumHZAlphaproteobacteria1,471,2821,264[109]
Bartonella henselaeHouston-1Alphaproteobacteria1,931,0471,612[110]
Bartonella quintanaToulouseAlphaproteobacteria1,581,3841,308[110]
Bradyrhizobium japonicumUSDA110Alphaproteobacteria9,105,8288,317[111]
Brucella abortus2308 (chromozom I)Alphaproteobacteria1,156,9481,164[112]
2308 (chromozom II)Alphaproteobacteria2,121,3592,186[112]
Brucella abortus9-941 (chromozom I)Alphaproteobacteria2,124,2412,030[113]
9-941 (chromozom II)Alphaproteobacteria1,162,2041,055[113]
Brucella melitensis16M (chromozom I)Alphaproteobacteria2,117,1442,059[114]
16M (chromozom II)Alphaproteobacteria1,177,7871,139[114]
Brucella suis1330 (chromozom I)Alphaproteobacteria2,107,7942,123[115]
1330 (chromozom II)Alphaproteobacteria1,207,3811,150[115]
Caulobacter crescentusCB15Alphaproteobacteria4,016,9473,737[116]
Ehrlichia canisJakuAlphaproteobacteria1,315,030925Nepublikovaný[1]
Ehrlichia chaffeensisArkansasAlphaproteobacteria1,176,2481,105[109]
Ehrlichia ruminantiumGardelAlphaproteobacteria1,499,920950Nepublikovaný[1]
Ehrlichia ruminantiumWelgevondenAlphaproteobacteria1,512,977958Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoAlphaproteobacteria1,516,355920[117]
Erythrobacter litoralisHTCC2594Alphaproteobacteria3,052,3983,011Nepublikovaný[1]
Gluconobacter oxydans621HAlphaproteobacteria2,702,1732,432[118]
Jannaschia druhCCS1Alphaproteobacteria4,317,9774,212Nepublikovaný[1]
Magnetospirillum magneticumAMB1Alphaproteobacteria4,967,1484,559[119]
Mesorhizobium lotiMAFF303099Alphaproteobacteria7,036,0716,752[120]
Neorickettsia sennetsuMiyayamaAlphaproteobacteria859,006932[109]
Nitrobacter hamburgensisX14Alphaproteobacteria4,406,9673,804Nepublikovaný[1]
Nitrobacter winogradskyiNb255Alphaproteobacteria3,402,0933,122Nepublikovaný[1]
Novosphingobium aromaticivoransDSM12444Alphaproteobacteria3,561,5843,324Nepublikovaný[1]
Pelagibacter všudypřítomnýHTCC1062Alphaproteobacteria1,308,7591,354[121]
Rhizobium etliCFN42Alphaproteobacteria4,381,6084,067[122]
Rhizobium leguminosarumviciae3841Alphaproteobacteria7,751,3094,746Nepublikovaný[1]
Rhodobacter sphaeroides2.4.1Alphaproteobacteria3,188,6093,022Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoAlphaproteobacteria943,016835Nepublikovaný[1]
Rhodopseudomonas palustrisBisB18Alphaproteobacteria5,513,8444,886Nepublikovaný[1]
Rhodopseudomonas palustrisBisB5Alphaproteobacteria4,892,7174,397Nepublikovaný[1]
Rhodopseudomonas palustrisCGA009Alphaproteobacteria5,459,2134,833[123]
Rhodopseudomonas palustrisHaA2Alphaproteobacteria5,331,6564,683Nepublikovaný[1]
Rhodospirillum rubrumATCC11170Alphaproteobacteria4,352,8253,791Nepublikovaný[1]
Rickettsia belliiRML369-CAlphaproteobacteria1,522,0761,429Nepublikovaný[1]
Rickettsia conorii7. MalishAlphaproteobacteria1,268,7551,374[124]
Rickettsia felisURRWXCal2Alphaproteobacteria1,485,1481,400[125]
Rickettsia prowazekiiMadrid-EAlphaproteobacteria1,111,523834[126]
Rickettsia typhiWilmingtonAlphaproteobacteria1,111,496838[127]
Silicibacter pomeroyiDSS3Alphaproteobacteria4,109,4423,810[128]
Silicibacter druhTM1040Alphaproteobacteria3,200,9383,030Nepublikovaný[1]
Sinorhizobium medicaeWSM419Alphaproteobacteria3,781,9043,635[129]
Sinorhizobium melilotiRm1021Alphaproteobacteria3,654,1353,341[130]
Sphingopyxis alaskensisRB2256Alphaproteobacteria3,345,1703,165Nepublikovaný[1]
Wolbachia endosymbiontTRSAlphaproteobacteria1,080,084805[131]
Wolbachia pipientiswMelAlphaproteobacteria1,267,7821,195[132]
Zymomonas mobilisZM4Alphaproteobacteria2,056,4161,998[133]

Betaproteobakterie

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Azoarcus sp.EbN1Betaproteobakterie4,296,2304,1282002[134]
Bordetella bronchisepticaRB50Betaproteobakterie5,339,1795,006Nepublikovaný[1]
Bordetella parapertussis12822Betaproteobakterie4,773,5514,402Nepublikovaný[1]
Bordetella pertussisTohama I.Betaproteobakterie4,086,1893,806Nepublikovaný[1]
Burkholderia cenocepaciaAU1054Betaproteobakterie3,294,5632,965Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,788,4592,472Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie1,196,0941,040Nepublikovaný[1]
Burkholderia malleiATCC23344Betaproteobakterie3,510,1482,996Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,325,3792,0292004[135]
Burkholderia pseudomallei1710bBetaproteobakterie4,126,2923,736Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie3,181,7622,611Nepublikovaný[1]
Burkholderia pseudomalleiK96243Betaproteobakterie4074 542 (chromozom I)
3173005 (chromozom II)		3 460 (chromozom I)
2395 (chromozom II)		2004[85]
Burkholderia druh383Betaproteobakterie3,694,1263,334Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie3,587,0823,174Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie1,395,0691,209Nepublikovaný[1]
Burkholderia thailandensisE264Betaproteobakterie3,809,2013,2762005[136]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,914,7712,3582005[136]
Burkholderia xenovoransLB400Betaproteobakterie4,895,8364,430Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie3,363,5232,960Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie1,471,7791,312Nepublikovaný[1]
Chromobacterium violaceumATCC12472Betaproteobakterie4,751,0804,4072003[137]
Dechloromonas aromaticaRCBBetaproteobakterie4,501,1044,171Nepublikovaný[1]
Methylobacillus flagellatusKTBetaproteobakterie2,971,5172,753Nepublikovaný[1]
Neisseria gonorrhoeaeFA1090Betaproteobakterie2,153,9222,002Nepublikovaný[1]
Neisseria meningitidiskmen séroskupiny A Z2491Betaproteobakterie2,184,4062,1212000[138]
Neisseria meningitidiskmen séroskupiny B MC58Betaproteobakterie2,272,3602,0632000[139]
Nitrosomonas europaeaSchmidtBetaproteobakterie2,812,0942,5742003[140]
Nitrosospira multiformisATCC25196Betaproteobakterie3,184,2432,757Nepublikovaný[1]
Polaromonas druhJS666Betaproteobakterie5,200,2644,817Nepublikovaný[1]
Ralstonia eutrophaJMP134Betaproteobakterie3,806,5333,439Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,726,1522,407Nepublikovaný[1]
Ralstonia metalliduransCH34Betaproteobakterie3,928,0893,601Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,580,0842,313Nepublikovaný[1]
Ralstonia solanacearumGMI1000Betaproteobakterie3,716,4133,4412002[141]
NespecifikovánoNespecifikovánoBetaproteobakterie2,094,5091,679[141]
Rhodoferax ferrireducensDSM15236Betaproteobakterie4,712,3374,170Nepublikovaný[1]
Thiobacillus denitrificansATCC25259Betaproteobakterie2,909,8092,827Nepublikovaný[1]

Gammaproteobakterie

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Acinetobacter sp.ADP1Gammaproteobakterie3,598,6213,3252004[142]
Baumannia cicadellinicolaHcGammaproteobakterie686,194595Nepublikovaný[1]
Blochmannia floridanusKmenGammaproteobakterie705,5575892003[143]
Blochmannia pennsylvanicusbpENGammaproteobakterie791,6546102005[144]
Buchnera aphidicolaAPSGammaproteobakterie640,6815642000[145]
Buchnera aphidicolaBGammaproteobakterie615,9805042003[146]
Buchnera aphidicolaSgGammaproteobakterie641,4545452002[147]
Carsonella ruddiiPVGammaproteobakterie159,6621822006[148]
Chromohalobacter salexigenyDSM3043Gammaproteobakterie3,696,6493,298Nepublikovaný[1]
Colwellia psychrerythraea34HGammaproteobakterie5,373,1804,910Nepublikovaný[1]
Coxiella burnetiiRSA493Gammaproteobakterie1,995,2812,0162003[149]
Erwinia carotovoraSCRI1043Gammaproteobakterie5,064,0194,492Nepublikovaný[1]
Escherichia coli536Gammaproteobakterie4,938,9204,685Nepublikovaný[1]
Escherichia coliCFT073Gammaproteobakterie5,231,4285,3792002[150]
Escherichia coliK-12Gammaproteobakterie4,639,675 (4,646,332)4,331 (4,337)1997,[151] 2005[152]
Escherichia coliO157: H7Gammaproteobakterie5,528,445 (5,498,450)5,349 (5,361)2001,[153] 1999[154]
Escherichia coliUTI89Gammaproteobakterie5,065,7415,066Nepublikovaný[1]
Francisella tularensisJÁ PROTIGammaproteobakterie1,895,9941,967Nepublikovaný[1]
Francisella tularensisSCHUS4Gammaproteobakterie1,892,8191,8042005[155]
Haemophilus ducreyi3 500 kGammaproteobakterie1,698,9551,717Nepublikovaný[1]
Haemophilus influenzae86-028NPGammaproteobakterie1,913,4281,7922005[156]
Haemophilus influenzaeRdGammaproteobakterie1,830,1381,7091995[157]
Hahella chejuensisKCTC2396Gammaproteobakterie7,215,2676,7822005[158]
Idiomarina loihiensisL2TRGammaproteobakterie2,839,3182,6282004[159]
Legionella pneumophilaObjektivGammaproteobakterie3,345,6872,9472004[160]
Legionella pneumophilaPařížGammaproteobakterie3,503,6103,0822004[160]
Legionella pneumophilaPhiladelphia 1Gammaproteobakterie3,397,7542,942Nepublikovaný[1]
Mannheimia succiniciproducensMBEL55EGammaproteobakterie2,314,0782,384Nepublikovaný[1]
Methylococcus capsulatusKoupelGammaproteobakterie3,304,5612,9602004[161]
Nitrosococcus oceaniATCC19707Gammaproteobakterie3,481,6912,976Nepublikovaný[1]
Pasteurella multocidaPm70Gammaproteobakterie2,257,4872,0142001[162]
Photobacterium profundumSS9Gammaproteobakterie4,085,3043,416Nepublikovaný[1]
NespecifikovánoNespecifikovánoGammaproteobakterie2,237,9431,997Nepublikovaný[1]
Photorhabdus luminescenslaumondiiTTO1Gammaproteobakterie5,688,9874,905Nepublikovaný[1]
Pseudoalteromonas haloplanktisTAC125Gammaproteobakterie3,214,9442,9412005[163]
NespecifikovánoNespecifikovánoGammaproteobakterie635,328546[163]
Pseudomonas aeruginosaVRFPA04Gammaproteobakterie6,818,0305,9392016[164]
Pseudomonas entomophilaL48Gammaproteobakterie5,888,7805,168Nepublikovaný[1]
Pseudomonas fluorescensPf-5Gammaproteobakterie7,074,8936,1372005[165]
Pseudomonas fluorescensPfO-1Gammaproteobakterie6,438,4055,736Nepublikovaný[1]
Pseudomonas putidaKT2440Gammaproteobakterie6,181,8635,3502002[166]
Pseudomonas syringaeB728aGammaproteobakterie6,093,6985,1362005[167]
Pseudomonas syringaeDC3000Gammaproteobakterie6,397,1265,4702003[168]
Pseudomonas syringaephaseolicola1448AGammaproteobakterie5,928,7874,983Nepublikovaný[1]
Psychrobacter arcticum273-4Gammaproteobakterie2,650,7012,147Nepublikovaný[1]
Psychrobacter cryohalolentisK5Gammaproteobakterie~ 3,1 MB2,575[169]
NespecifikovánoNespecifikovánoGammaproteobakterie3,059,8762,467Nepublikovaný[1]
Saccharophagus degradansÚnor-40Gammaproteobakterie5,057,5314,008Nepublikovaný[1]
Salmonella entericaATCC9150Gammaproteobakterie4,585,2294,0932004[170]
Salmonella entericaSCB67Gammaproteobakterie4,755,7004,4452005[171]
Salmonella entericaTy2Gammaproteobakterie4,791,9614,3232003[172]
Salmonella entericatyphiCT18Gammaproteobakterie4,809,0374,6002001[173]
Salmonella typhimuriumLT2Gammaproteobakterie4,857,4324,4522001[174]
Shewanella denitrificansOS217Gammaproteobakterie4,545,9063,754Nepublikovaný[1]
Shewanella oneidensisMR1Gammaproteobakterie4,969,8034,6302002[175]
Shigella boydiiSB227Gammaproteobakterie4,519,8234,1422005[176]
Shigella dysenteriaeSD197Gammaproteobakterie4,369,2324,2772005[176]
Shigella flexneri2457TGammaproteobakterie4,599,3544,0732003[177]
Shigella flexneri2a301Gammaproteobakterie4,607,2034,4362002[178]
Shigella sonneiSS046Gammaproteobakterie4,825,2654,2242005[176]
Sodalis glossinidiusmorsitániGammaproteobakterie4,171,1462,4322006[179]
Thiomicrospira crunogenaXCL2Gammaproteobakterie2,427,7342,192Nepublikovaný[1]
Vibrio choleraeN16961Gammaproteobakterie2961149 (chromozom I)
1072 315 (chromozom II)		2736 (chromozom I)
1092 (chromozom II)		2000[180]
Vibrio fischeriES114Gammaproteobakterie2,906,179 (chromozom I)
1332 022 (chromozom II)		2575 (chromozom I)
1172 (chromozom II)		2005[181]
Vibrio parahaemolyticusRIMD2210633Gammaproteobakterie3 288 558 (chromozom I)
1877 212 (chromozom II)		3080 (chromozom I)
1752 (chromozom II)		2000[182]
Vibrio vulnificusCMCP6Gammaproteobakterie3 281 944 (chromozom I)
1844 853 (chromozom II)		2973 (chromozom I)
1565 (chromozom II)		2003[183]
Vibrio vulnificusYJ016Gammaproteobakterie3354505 (chromozom I)
1857 073 (chromozom II)		3262 (chromozom I)
1697 (chromozom II)		2003[184]
Wigglesworthia glossinidiaKmenGammaproteobakterie697,7246112002[185]
Xanthomonas axonopodiscitri306Gammaproteobakterie5,175,5544,3122002[186]
Xanthomonas campestris8004Gammaproteobakterie5,148,7084,2732005[187]
Xanthomonas campestris8510Gammaproteobakterie5,178,4664,4872005[188]
Xanthomonas campestrisATCC33913Gammaproteobakterie5,076,1884,1812002[186]
Xanthomonas oryzaeKACC10331Gammaproteobakterie4,941,4394,6372005[189]
Xanthomonas oryzaeMAFF311018Gammaproteobakterie4,940,2174,372Nepublikovaný[1]
Xylella fastidiosa9a5cGammaproteobakterie2,679,3062,7662000[190]
Xylella fastidiosaTemecula 1Gammaproteobakterie2,519,8022,0342003[191]
Yersinia pestisAntiquaGammaproteobakterie4,702,2894,1672006[192]
Yersinia pestisCO-92BiovarOrientalisGammaproteobakterie4,653,7284,0082001[193]
Yersinia pestisKIMGammaproteobakterie4,600,7554,0902002[194]
Yersinia pestisMediaevalisGammaproteobakterie4,595,0653,8952004[195]
Yersinia pseudotuberculosisIP32953Gammaproteobakterie4,744,6713,9742004[196]

Členění Delta / epsilon

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Anaeromyxobacter dehalogenans2CP-Cdelta-epsilon5,013,4794,346Nepublikovaný[1]
Bdellovibrio bakteriovorusHD100delta-epsilon3,782,9503,5832004[197]
Campylobacter jejuniNCTC11168delta-epsilon1,641,4811,6432000[198]
Campylobacter jejuniRM1221delta-epsilon1,777,8311,8382005[199]
Desulfotalea psychrophilaLSv54delta-epsilon3,523,3833,118Nepublikovaný[1]
Desulfovibrio desulfuricansG20delta-epsilon3,730,2323,775Nepublikovaný[1]
Desulfovibrio vulgarisHildenboroughdelta-epsilon3,570,8583,3792004[200]
Geobacter metallireducensGS15delta-epsilon3,997,4203,519Nepublikovaný[1]
Geobacter sulfurreducensPCAdelta-epsilon3,814,1393,4472003[201]
Helicobacter hepaticusATCC51449delta-epsilon1,799,1461,8752003[202]
Helicobacter pylori26695delta-epsilon1,667,8671,5661997[203]
Helicobacter pyloriHPAG1delta-epsilon1,596,3661,536Nepublikovaný[1]
Helicobacter pyloriJ99delta-epsilon1,643,8311,4911999[204]
Lawsonia intracellularisPHEMN1-00delta-epsilon1,719,0141,344Nepublikovaný[1]
Lawsonia intracellularisPHE / MN1-00delta-epsilon1 457 619 (chromozom)
27 048 (plazmid A)
39 794 (plazmid B)
194 553 (plazmid C)		1,187
29 (plazmid A)
24 (plazmid B)
104 (plazmid C)		2013[205]
Myxococcus xanthusDK1622delta-epsilon9,139,7637,331Nepublikovaný[1]
Pelobacter carbinolicusDSM2380delta-epsilon3,665,8933,119Nepublikovaný[1]
Sorangium cellulosumTakže ce56delta-epsilon13,033,7799,3672007[206]
Sulfurimonas denitrificansDSM1251delta-epsilon2,201,5612,1042007[207]
Syntrophus aciditrophicusSBdelta-epsilon3,179,3003,168Nepublikovaný[1]
Thiomicrospira denitrificansATCC33889delta-epsilon2,201,5612,097Nepublikovaný[1]
Wolinella succinoDSMZ1740delta-epsilon2,110,3552,0442003[208]

Zetaproteobakterie

Spirochety

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Borrelia burgdorferiB31Spirochety910,724850[209]
Borrelia gariniiPBiSpirochety904,246832[210]
Leptospira interrogans56601Spirochety4,332,2414,358[211]
NespecifikovánoNespecifikovánoSpirochety358,943367[211]
Leptospira interrogansFiocruzL1130Spirochety4,277,1853,394[212]
NespecifikovánoNespecifikovánoSpirochety350,181264[212]
Treponema denticolaATCC35405Spirochety2,843,2012,767[213]
Treponema pallidumNicholsSpirochety1,138,0111,031[214]

Synergistetes

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Thermovirga lieniiCas60314, DSM 17291Synergistia1,967,774Společný institut genomu DOECP003096

Tenericutes

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkazIdentifikátor GenBank
Mesoplasma florumL1Mollicutes793,224683Nepublikovaný[1]
Mycoplasma anatis1340, ATCC 25524Mollicutes[215]AFVJ00000000
Mycoplasma capricolumATCC273Mollicutes1,010,023812Nepublikovaný[1]
Mycoplasma gallisepticumRMollicutes996,422726[216]
Mycoplasma genitaliumG37Mollicutes580,076476[217]
Mycoplasma haemocanisIllinoisMollicutes919,992NepublikovanýCP003199
Mycoplasma hyopneumoniae232Mollicutes892,758691[218]
Mycoplasma hyopneumoniae7448Mollicutes920,079663[219]
Mycoplasma hyopneumoniaeJMollicutes897,405665[219]
Mycoplasma hyorhinisGDL-1Mollicutes837,480NepublikovanýCP003231
Mycoplasma leachii99/014/6Mollicutes1,017,232NepublikovanýFR668087
Mycoplasma mobile163 tisMollicutes777,079635[220]
Mycoplasma mycoidesSCMollicutes1,211,7031,016[221]
Mycoplasma penetransHF2Mollicutes1,358,6331,037[222]
Mycoplasma pneumoniaeM129Mollicutes816,394688[223]
Mycoplasma pulmonisUABMollicutes963,879782[224]
Mycoplasma synoviae53Mollicutes799,476672[219]
Phytoplas maasterisAYWBMollicutes706,569671Nepublikovaný[1]
Phytoplas maasterisOYMollicutes860,631754[225]
Ureaplasma urealyticumserovar3Mollicutes751,719611[226]

Thermodesulfobacteria

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Thermodesulfatator indicusCIR29812 (T)Thermodesulfobacteria2,322,2242,2912012[227]
Thermodesulfobacterium geofontisOPF15 (T)Thermodesulfobacteria1,634,3771,6352013[228]

Thermotogae

DruhKmenTypZákladní páryGenyOdkaz
Fervidobacterium nodosumRt17-B1Thermotogae1,950,0001,7502009[229]
Kosmotoga oleariaTBF 19.5.1Thermotogae2,302,1262,1182011[230]
Mesotoga primaMesG1.Ag.4.2Thermotogae2974229 chromozomů
1724 plazmidů		2,7362012[231]
Thermosipho africanusTCF52BThermotogae2,016,6572,0002009[232]
Thermosipho melanesiensisBI429Thermotogae1,920,0001,8792009[229]
Thermotoga lettingaeTMOThermotogae2,140,0002,0402009[229]
Thermotoga maritimaMSB8Thermotogae1,860,7251,8461999,[233] 2013[234]
Thermotoga petrophilaRKU-1Thermotogae1,820,0001,7852009[229]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae af ag ah ai aj ak al dopoledne an ao ap vod ar tak jako na au av aw sekera ano az ba bb před naším letopočtem bd být bf bg bh bi bj bk bl bm bn bo bp bq br bs bt bu bv bw bx podle B z ca. cb cc CD ce srov srov ch ci cj ck tř cm cn co str CQ cr cs ct cu životopis cw cx cy cz da db DC „Vyhledávání databáze genomu Entrez“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Vyhledejte podrobnosti o konkrétních genomech podle názvu organismu a kmene.
  2. ^ Tahon G a kol. (2018). „Abditibacterium utsteinense sp. Nov., První kultivovaný člen kandidátního kmene FBP, izolovaného ze vzorků antarktické půdy bez ledu“. Syst. Appl. Microbiol. 41 (4): 279–290. doi:10.1016 / j.syapm.2018.01.009. PMID  29475572.
  3. ^ Schell MA a kol. (2002). "Sekvence genomu Bifidobacterium longum odráží jeho adaptaci na lidský gastrointestinální trakt ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (22): 14422–7. Bibcode:2002PNAS ... 9914422S. doi:10.1073 / pnas.212527599. PMC  137899. PMID  12381787.
  4. ^ Cerdeño-Tárraga AM a kol. (2003). "Kompletní sekvence genomu a analýza Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 ". Nucleic Acids Res. 31 (22): 6516–23. doi:10.1093 / nar / gkg874. PMC  275568. PMID  14602910.
  5. ^ Nishio Y a kol. (2003). "Srovnávací úplná analýza sekvence genomu náhrad aminokyselin odpovědných za termostabilitu Corynebacterium efficiens". Genome Res. 13 (7): 1572–9. doi:10,1101 / gr. 1285603. PMC  403753. PMID  12840036.
  6. ^ Tauch A a kol. (2005). „Kompletní sekvence genomu a analýza multirezistentního nozokomiálního patogenu Corynebacterium jeikeium K411, bakterie lidské kůže vyžadující lipidy “. J Bacteriol. 187 (13): 4671–82. doi:10.1128 / JB.187.13.4671-4682.2005. PMC  1151758. PMID  15968079.
  7. ^ Li L a kol. (2005). "Kompletní sekvence genomu Mycobacterium avium poddruh paratuberkulóza". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (35): 12344–9. Bibcode:2005PNAS..10212344L. doi:10.1073 / pnas.0505662102. PMC  1194940. PMID  16116077.
  8. ^ Garnier T a kol. (2003). "Kompletní sekvence genomu Mycobacterium bovis". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (13): 7877–82. Bibcode:2003PNAS..100.7877G. doi:10.1073 / pnas.1130426100. PMC  164681. PMID  12788972.
  9. ^ Cole ST a kol. (2001). "Masivní genový rozpad v malomocenství bacilů". Příroda. 409 (6823): 1007–11. Bibcode:2001 Natur.409.1007C. doi:10.1038/35059006. PMID  11234002. S2CID  4307207.
  10. ^ Cole ST a kol. (1998). "Dešifrování biologie Mycobacterium tuberculosis z úplné sekvence genomu ". Příroda. 393 (6685): 537–44. Bibcode:1998 Natur.393..537C. doi:10.1038/31159. PMID  9634230.
  11. ^ Ishikawa J a kol. (2004). "Kompletní genomová sekvence Nocardia farcinica IFM 10152 ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (41): 14925–30. Bibcode:2004PNAS..10114925I. doi:10.1073 / pnas.0406410101. PMC  522048. PMID  15466710.
  12. ^ Omura S a kol. (2001). „Sekvence genomu průmyslového mikroorganismu Streptomyces avermitilis: odvození schopnosti produkce sekundárních metabolitů ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (21): 12215–20. Bibcode:2001PNAS ... 9812215O. doi:10.1073 / pnas.211433198. PMC  59794. PMID  11572948.
  13. ^ Redenbach M a kol. (1996). „Sada uspořádaných kosmidů a podrobná genetická a fyzická mapa pro 8 Mb Streptomyces coelicolor Chromozom A3 (2) ". Mol Microbiol. 21 (1): 77–96. doi:10.1046 / j.1365-2958.1996.6191336.x. PMID  8843436. S2CID  30241692.
  14. ^ Ueda K a kol. (2004). "Sekvence genomu z Symbiobacterium thermophilum, nekultivovatelná bakterie, která závisí na mikrobiálním komenzalismu “. Nucleic Acids Res. 32 (16): 4937–44. doi:10.1093 / nar / gkh830. PMC  519118. PMID  15383646.
  15. ^ Deckert G a kol. (1998). „Kompletní genom hypertermofilní bakterie Aquifex aeolicus". Příroda. 392 (6674): 353–8. Bibcode:1998 Natur.392..353D. doi:10.1038/32831. PMID  9537320.
  16. ^ Cerdeño-Tárraga AM a kol. (2005). "Rozsáhlé inverze DNA v B. fragilis genomová variabilní genová exprese " (PDF). Věda. 307 (5714): 1463–5. Bibcode:2005Sci ... 307.1463C. doi:10.1126 / science.1107008. PMID  15746427. S2CID  43623586.
  17. ^ Kuwahara, T; et al. (2004). "Genomická analýza Bacteroides fragilis odhaluje rozsáhlé inverze DNA regulující adaptaci povrchu buněk ". PNAS. 101 (41): 14919–14924. Bibcode:2004PNAS..10114919K. doi:10.1073 / pnas.0404172101. PMC  522005. PMID  15466707.
  18. ^ Xu J a kol. (2003). „Genomický pohled na člověkaBacteroides thetaiotaomicron symbióza". Věda. 299 (5615): 2074–6. Bibcode:2003Sci ... 299.2074X. doi:10.1126 / science.1080029. PMID  12663928. S2CID  34071235.
  19. ^ Schmitz-Esser, S .; et al. (2010). „Genom améby symbiont Candidatus Amoebophilus asiaticus odhaluje společné mechanismy interakce hostitelských buněk mezi bakteriemi spojenými s amébami ". J. Bacteriol. 192 (4): 1045–1057. doi:10.1128 / JB.01379-09. PMC  2812958. PMID  20023027.
  20. ^ Eisen JA a kol. (2002). "Kompletní sekvence genomu Chlorobium tepidum TLS, fotosyntetická, anaerobní bakterie se zeleným obsahem síry ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (14): 9509–14. Bibcode:2002PNAS ... 99.9509E. doi:10.1073 / pnas.132181499. PMC  123171. PMID  12093901.
  21. ^ Xie, G; et al. (Červen 2007). „Sekvence genomu celulolytické klouzavé bakterie Cytophaga hutchinsonii". Appl Environ Microbiol. 73 (11): 3536–3546. doi:10.1128 / AEM.00225-07. PMC  1932680. PMID  17400776.
  22. ^ Daligault, H .; et al. (2011). "Kompletní sekvence genomu Haliscomenobacter hydrossis typ kmen (O) ". Stand Genomic Sci. 4 (3): 352–360. doi:10,4056 / sigs.1964579. PMC  3156403. PMID  21886862.
  23. ^ Naito, M; et al. (2008). "Stanovení sekvence genomu Porphyromonas gingivalis kmen ATCC 33277 a genomové srovnání s kmenem W83 odhalilo rozsáhlé přeskupení genomu v P. gingivalis". DNA Res. 15 (4): 215–225. doi:10.1093 / dnares / dsn013. PMC  2575886. PMID  18524787.
  24. ^ Nelson KE a kol. (2003). "Kompletní genomová sekvence orálně patogenní Bacterium porphyromonas gingivalis kmen W83 ". J Bacteriol. 185 (18): 5591–601. doi:10.1128 / JB.185.18.5591-5601.2003. PMC  193775. PMID  12949112.
  25. ^ Mongodin EF a kol. (2005). "Genom Salinibacter ruber: konvergence a genová výměna mezi hyperhalofilními bakteriemi a archeami ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (50): 18147–52. Bibcode:2005PNAS..10218147M. doi:10.1073 / pnas.0509073102. PMC  1312414. PMID  16330755.
  26. ^ Pena, A; et al. (2010). „Jemný vývoj: genomová, fenotypová a ekologická diferenciace ve dvou existujících Salinibacter ruber kmeny ". ISME J. 4 (7): 882–895. doi:10.1038 / ismej.2010.6. PMID  20164864.
  27. ^ van Passel, Mark W. J .; Kant, Ravi; Zoetendal, Erwin G .; Plugge, Caroline M .; Derrien, Muriel; Malfatti, Stephanie A .; Chain, Patrick S. G .; Woyke, Tanja; Palva, Airi (01.01.2011). „Genom Akkermansia muciniphila, specializovaného odbourávače střevního mucinu, a jeho použití při zkoumání intestinálních metagenomů“. PLOS ONE. 6 (3): e16876. Bibcode:2011PLoSO ... 616876V. doi:10.1371 / journal.pone.0016876. ISSN  1932-6203. PMC  3048395. PMID  21390229.
  28. ^ Caputo, Aurélia; Dubourg, Grégory; Croce, Olivier; Gupta, Sushim; Robert, Catherine; Papazian, Laurent; Rolain, Jean-Marc; Raoult, Didier (2015-02-19). „Celá genomová soustava Akkermansia muciniphila sekvenována přímo z lidské stolice“. Biology Direct. 10: 5. doi:10.1186 / s13062-015-0041-1. ISSN  1745-6150. PMC  4333879. PMID  25888298.
  29. ^ A b Přečtěte si TD a kol. (2000). "Sekvence genomu z Chlamydia trachomatis MoPn a Chlamydia pneumoniae AR39 ". Nucleic Acids Res. 28 (6): 1397–406. doi:10.1093 / nar / 28.6.1397. PMC  111046. PMID  10684935.
  30. ^ Carlson JH a kol. (2005). "Srovnávací genomová analýza Chlamydia trachomatis okulotropní a genitotropní kmeny ". Infekce a imunita. 73 (10): 6407–18. doi:10.1128 / IAI.73.10.6407-6418.2005. PMC  1230933. PMID  16177312.
  31. ^ Stephens RS a kol. (1998). "Sekvence genomu obligátního intracelulárního patogenu člověka: Chlamydia trachomatis". Věda. 282 (5389): 754–9. Bibcode:1998Sci ... 282..754S. doi:10.1126 / science.282.5389.754. PMID  9784136.
  32. ^ Thomson NR a kol. (2005). „The Chlamydophila abortus sekvence genomu odhaluje řadu variabilních proteinů, které přispívají k mezidruhové variaci ". Genome Res. 15 (5): 629–40. doi:10,1101 / gr.3684805. PMC  1088291. PMID  15837807.
  33. ^ Přečtěte si TD a kol. (2003). "Sekvence genomu z Chlamydophila caviae (Chlamydia psittaci GPIC): zkoumání úlohy genů specifických pro niku v evoluci Chlamydiaceae ". Nucleic Acids Res. 31 (8): 2134–47. doi:10.1093 / nar / gkg321. PMC  153749. PMID  12682364.
  34. ^ Azuma, Y .; Hirakawa, H .; Yamashita, A .; Cai, Y .; Rahman, MA .; Suzuki, H .; Mitaku, S .; Toh, H .; et al. (Únor 2006). „Genomová sekvence kočičího patogenu, Chlamydophila felis". DNA Res. 13 (1): 15–23. doi:10.1093 / dnares / dsi027. PMID  16766509.
  35. ^ Kalman S a kol. (1999). "Srovnávací genomy Chlamydia pneumoniae a C. trachomatis". Nat Genet. 21 (4): 385–9. doi:10.1038/7716. PMID  10192388. S2CID  24629065.
  36. ^ Shirai, M; Hirakawa, H; Ouchi, K; Tabuchi, M; Kishi, F; Kimoto, M; Takeuchi, H; Nishida, J; Shibata, K; Fujinaga, R; Yoneda, H; Matsushima, H; Tanaka, C; Furukawa, S; Miura, K; Nakazawa, A; Ishii, K; Shiba, T; Hattori, M; Kuhara, S; Nakazawa, T (červen 2000). "Porovnání genů proteinu vnější membrány omp a pmp v celé genomové sekvenci DNA Chlamydia pneumoniae izoláty z Japonska a Spojených států “. J Infect Dis. 181 (Suppl 3): S524–7. doi:10.1086/315616. PMID  10839753.
  37. ^ Horn M a kol. (2004). "Osvětlení evoluční historie chlamydií". Věda. 304 (5671): 728–30. Bibcode:2004Sci ... 304..728H. doi:10.1126 / science.1096330. PMID  15073324. S2CID  39036549.
  38. ^ Seshadri R a kol. (2005). „Sekvence genomu bakterie dechlorující PCE Dehalococcoides ethenogenes". Věda. 307 (5706): 105–8. Bibcode:2005Sci ... 307..105S. doi:10.1126 / science.1102226. PMID  15637277. S2CID  15601443.
  39. ^ Kube M a kol. (2005). „Sekvence genomu bakterie dýchající chlorovanou sloučeninu Dehalococcoides druh kmen CBDB1 ". Nat Biotechnol. 23 (10): 1269–73. doi:10.1038 / nbt1131. PMID  16116419.
  40. ^ A b Pöritz, M .; Goris, T .; Wubet, T .; Tarkka, MT .; Buscot, F .; Nijenhuis, I .; Lechner, U .; Adrian, L. (červen 2013). „Sekvence genomu dvou specialistů na dehalogenaci - Dehalococcoides mccartyi kmeny BTF08 a DCMB5 obohacené z vysoce znečištěné oblasti Bitterfeld. FEMS Microbiol Lett. 343 (2): 101–4. doi:10.1111/1574-6968.12160. PMID  23600617.
  41. ^ DNA Res. 31. října 2001; 8 (5): 205-13, 8 (5): 205-13; 227-53
  42. ^ A b Allewalt JP a kol. (2006). "Vliv teploty a světla na růst a fotosyntézu pomocí Synechococcus izoláty typické pro ty, které převládají v komunitě mikrobiálních rohoží chobotnice v Yellowstonském národním parku ". Appl Environ Microbiol. 72 (1): 544–50. doi:10.1128 / AEM.72.1.544-550.2006. PMC  1352173. PMID  16391090.
  43. ^ Nakamura Y a kol. (2003). "Kompletní genomová struktura Gloeobacter violaceus PCC 7421, sinice, které postrádají tylakoidy ". DNA Res. 10 (4): 137–45. doi:10.1093 / dnares / 10.4.137. PMID  14621292.
  44. ^ A b Rocap G a kol. (2003). „Divergence genomu na dvě části Ekotypy Prochlorococcus odráží diferenciaci oceánských výklenků ". Příroda. 424 (6952): 1042–7. Bibcode:2003 Natur.424.1042R. doi:10.1038 / nature01947. PMID  12917642. S2CID  4344597.
  45. ^ Dufresne A, et al. (2003). "Genomová sekvence sinic Prochlorococcus marinus SS120, téměř minimální oxyfototrofní genom ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (17): 10020–5. Bibcode:2003PNAS..10010020D. doi:10.1073 / pnas.1733211100. PMC  187748. PMID  12917486.
  46. ^ Palenik B a kol. (2003). „Genom pohyblivého mariňáka Synechococcus". Příroda. 424 (6952): 1037–42. Bibcode:2003 Natur.424.1037P. doi:10.1038 / nature01943. PMID  12917641.
  47. ^ Kaneko, T .; et al. (1995). „Sekvenční analýza genomu jednobuněčných sinic Synechocystis sp. kmen PCC6803. I. Sekvenční prvky v oblasti 1 Mb od pozic na mapě 64% až 92% genomu ". DNA Res. 2 (4): 153–66. doi:10.1093 / dnares / 2.4.153. PMID  8590279.
  48. ^ Kiss, H; Lang, E; Lapidus, A; Copeland, A; Nolan, M; Glavina Del Rio, T; Chen, F; Lucas, S; Tice, H; Cheng, J. F .; Han, C; Goodwin, L; Pitluck, S; Liolios, K; Pati, A; Ivanova, N; Mavromatis, K; Chen, A; Palaniappan, K; Land, M; Hauser, L; Chang, Y. J .; Jeffries, C. D .; Detter, J. C .; Brettin, T; Jaro, S; Rohde, M; Göker, M; Woyke, T; et al. (2010). "Kompletní sekvence genomu Denitrovibrio acetiphilus typový kmen (N2460) ". Standardy v genomických vědách. 2 (3): 270–9. doi:10,4056 / sigs.892105. PMC  3035293. PMID  21304711.
  49. ^ Pitluck, S; Sikorski, J; Zeytun, A; Lapidus, A; Nolan, M; Lucas, S; Hammon, N; Deshpande, S; Cheng, J. F .; Tapia, R; Han, C; Goodwin, L; Liolios, K; Pagani, I; Ivanova, N; Mavromatis, K; Pati, A; Chen, A; Palaniappan, K; Hauser, L; Chang, Y. J .; Jeffries, C. D .; Detter, J. C .; Brambilla, E; Djao, O. D .; Rohde, M; Jaro, S; Göker, M; Woyke, T; et al. (2011). "Kompletní sekvence genomu Calditerrivibrio nitroreducens typový kmen (Yu37-1) ". Standardy v genomických vědách. 4 (1): 54–62. doi:10,4056 / sigs.1523807. PMC  3072091. PMID  21475587.
  50. ^ Takaki, Y; Shimamura, S; Nakagawa, S; Fukuhara, Y; Horikawa, H; Ankai, A; Harada, T; Hosoyama, A; Oguchi, A; Fukui, S; Fujita, N; Takami, H; Takai, K (2010). „Bakteriální životní styl v hlubinném hydrotermálním odvzdušňovacím komíně odhalený sekvencí genomu termofilní bakterie Deferribacter desulfuricans SSM1 ". Výzkum DNA. 17 (3): 123–37. doi:10.1093 / dnares / dsq005. PMC  2885270. PMID  20189949.
  51. ^ Lapidus, A; Chertkov, O; Nolan, M; Lucas, S; Hammon, N; Deshpande, S; Cheng, J. F .; Tapia, R; Han, C; Goodwin, L; Pitluck, S; Liolios, K; Pagani, I; Ivanova, N; Huntemann, M; Mavromatis, K; Mikhailova, N; Pati, A; Chen, A; Palaniappan, K; Land, M; Hauser, L; Brambilla, E. M .; Rohde, M; Abt, B; Jaro, S; Göker, M; Bristow, J; Eisen, J. A .; et al. (2011). „Sekvence genomu středně teplomilného halofilu Flexistipes sinusarabici kmen (MAS10) ". Standardy v genomických vědách. 5 (1): 86–96. doi:10,4056 / sigs.2235024. PMC  3236037. PMID  22180813.
  52. ^ De Groot, Arjan; et al. (2009). „Aliance proteomiky a genomiky k odhalení specifičnosti saharské bakterie Deinococcus deserti". PLOS Genet. 5 (3): e1000434. doi:10.1371 / journal.pgen.1000434. PMC  2669436. PMID  19370165.
  53. ^ Yuan, M; et al. (2012). „Genomová sekvence a transkriptomová analýza radioresistentních bakterií Deinococcus gobiensis: Pohled na extrémní environmentální adaptace “. PLOS ONE. 7 (3): e34458. Bibcode:2012PLoSO ... 734458Y. doi:10.1371 / journal.pone.0034458. PMC  3314630. PMID  22470573.
  54. ^ White O, et al. (1999). „Genomová sekvence radioresistentní bakterie Deinococcus radiodurans R1 ". Věda. 286 (5444): 1571–7. doi:10.1126 / science.286.5444.1571. PMC  4147723. PMID  10567266.
  55. ^ Sikorski, J; et al. (2010). "Kompletní sekvence genomu Meiothermus silvanus kmen typu (VI-R2) ". Stand Genomic Sci. 3 (1): 37–46. doi:10,4056 / sigs. 1042812. PMC  3035272. PMID  21304690.
  56. ^ Gounder, Kamini; et al. (2011). „Posloupnost hyperplastického genomu přirozeně kompetentního Thermus scotoductus SA-01 ". BMC Genomics. 12: 577. doi:10.1186/1471-2164-12-577. PMC  3235269. PMID  22115438.
  57. ^ Henne A a kol. (2004). „Sekvence genomu extrémního termofila Thermus thermophilus". Nat Biotechnol. 22 (5): 547–53. doi:10.1038 / nbt956. PMID  15064768. S2CID  25469576.
  58. ^ Monteiro-Vitorello, CB .; Camargo, LE .; Van Sluys, MA .; Kitajima, JP .; Truffi, D .; do Amaral, AM .; Harakava, R .; de Oliveira, JC .; et al. (Srpen 2004). „Sekvence genomu grampozitivního patogenu cukrové třtiny Leifsonia xyli subsp. xyli". Interakce mikrobů s rostlinami Mol. 17 (8): 827–36. doi:10.1094 / MPMI.2004.17.8.827. hdl:11449/67815. PMID  15305603.
  59. ^ Liu, J .; Cheng, A .; Bangayan, NJ .; Barnard, E .; Curd, E .; Craft, N .; Li, H. (2014). "Návrh sekvencí genomu z Propionibacterium acnes Kmen typu ATCC6919 a kmen odolný vůči antibiotikům HL411PA1 ". Oznámení genomu. 2 (4): e00740–14. doi:10.1128 / genomA.00740-14. PMC  4132614. PMID  25125638.
  60. ^ Bentley, SD .; Maiwald, M .; Murphy, LD .; Pallen, MJ .; Yeats, CA .; Dover, LG .; Norbertczak, HT .; Besra, GS .; et al. (Únor 2003). „Sekvenování a analýza genomu bakterie Whippleovy choroby Tropheryma whipplei". Lanceta. 361 (9358): 637–44. doi:10.1016 / S0140-6736 (03) 12597-4. PMID  12606174. S2CID  8743326.
  61. ^ Raoult D a kol. (2003). "Tropheryma whipplei Twist: lidská patogenní Actinobacteria se sníženým genomem ". Genome Res. 13 (8): 1800–9. doi:10,1101 / gr.1474603 (neaktivní 2020-11-30). PMC  403771. PMID  12902375. Citováno 21. června 2016.CS1 maint: DOI neaktivní od listopadu 2020 (odkaz)
  62. ^ Přečtěte si TD a kol. (2003). "Sekvence genomu Bacillus anthracis Ames a srovnání s blízce příbuznými bakteriemi " (PDF). Příroda. 423 (6935): 81–6. Bibcode:2003 Natur.423 ... 81R. doi:10.1038 / nature01586. PMID  12721629. S2CID  504400.
  63. ^ Rasko DA a kol. (2004). "Sekvence genomu Bacillus cereus ATCC 10987 odhaluje metabolické adaptace a související velký plazmid Bacillus anthracis pXO1 ". Nucleic Acids Res. 32 (3): 977–88. doi:10.1093 / nar / gkh258. PMC  373394. PMID  14960714.
  64. ^ Ivanova N a kol. (2003). "Sekvence genomu z Bacillus cereus a srovnávací analýza s Bacillus anthracis". Příroda. 423 (6935): 87–91. Bibcode:2003Natur.423 ... 87I. doi:10.1038 / nature01582. PMID  12721630.
  65. ^ Kobayashi T a kol. (1995). "Čištění a vlastnosti alkalické proteázy z alkalofilního Bacil sp. KSM-K16 ". Appl Microbiol Biotechnol. 43 (3): 473–81. doi:10.1007 / BF00218452. PMID  7632397. S2CID  6077293.
  66. ^ Takami H a kol. (1999). „Vylepšená fyzikální a genetická mapa genomu alifatické Bacil sp. C-125 ". Extremophiles. 3 (1): 21–8. doi:10,1007 / s007920050095. PMID  10086841. S2CID  1180141.
  67. ^ Rey MW a kol. (2004). „Kompletní sekvence genomu průmyslové bakterie Bacillus licheniformis a srovnání s úzce souvisejícími Bacil druh". Genome Biol. 5 (10): R77. doi:10.1186 / gb-2004-5-10-r77. PMC  545597. PMID  15461803.
  68. ^ A b Veith B a kol. (2004). "Kompletní sekvence genomu Bacillus licheniformis DSM13, organismus s velkým průmyslovým potenciálem “. J Mol Microbiol Biotechnol. 7 (4): 204–11. doi:10.1159/000079829. PMID  15383718.
  69. ^ Kunst F a kol. (1997). „Kompletní genomová sekvence grampozitivní bakterie Bacillus subtilis". Příroda. 390 (6657): 249–56. Bibcode:1997 Natur.390..249K. doi:10.1038/36786. PMID  9384377.
  70. ^ Han, CS .; Xie, G .; Challacombe, JF .; Altherr, MR .; Bhotika, SS .; Brown, N .; Bruce, D .; Campbell, CS .; et al. (Květen 2006). "Patogenní sekvenční analýza Bacillus cereus a Bacillus thuringiensis izoláty úzce související s Bacillus anthracis". J Bacteriol. 188 (9): 3382–90. doi:10.1128 / JB.188.9.3382-3390.2006. PMC  1447445. PMID  16621833.
  71. ^ Wu, M .; Ren, Q .; Durkin, AS .; Daugherty, SC .; Brinkac, LM .; Dodson, RJ .; Madupu, R .; Sullivan, SA .; et al. (Listopad 2005). "Život v horkém oxidu uhelnatém: kompletní genomová sekvence Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 ". PLOS Genet. 1 (5): e65. doi:10.1371 / journal.pgen.0010065. PMC  1287953. PMID  16311624.
  72. ^ Nölling J a kol. (2001). „Sekvence genomu a komparativní analýza bakterie produkující rozpouštědlo Clostridium acetobutylicum". J Bacteriol. 183 (16): 4823–38. doi:10.1128 / JB.183.16.4823-4838.2001. PMC  99537. PMID  11466286.
  73. ^ Shimizu T a kol. (2002). "Kompletní sekvence genomu Clostridium perfringens, anaerobní maso-jedlík ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (2): 996–1001. Bibcode:2002PNAS ... 99..996S. doi:10.1073 / pnas.022493799. PMC  117419. PMID  11792842.
  74. ^ Bruggemann H a kol. (2003). "Sekvence genomu Clostridium tetani, původce nemoci tetanu “. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (3): 1316–21. Bibcode:2003PNAS..100.1316B. doi:10.1073 / pnas.0335853100. PMC  298770. PMID  12552129.
  75. ^ Nonaka H a kol. (2006). „Kompletní genomová sekvence bakterie dehalorespirující Desulfitobacterium hafniense Y51 a srovnání s Dehalococcoides ethenogenes 195". J Bacteriol. 188 (6): 2262–74. doi:10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006. PMC  1428132. PMID  16513756.
  76. ^ Paulsen IT a kol. (2003). „Role mobilní DNA ve vývoji rezistence vůči vankomycinu Enterococcus faecalis". Věda. 299 (5615): 2071–4. Bibcode:2003Sci ... 299.2071P. doi:10.1126 / science.1080613. PMID  12663927. S2CID  45480495.
  77. ^ Takami H a kol. (2004). „Termoadaptační vlastnost odhalená sekvencí genomu termofilní Geobacillus kaustophilus". Nucleic Acids Res. 32 (21): 6292–303. doi:10.1093 / nar / gkh970. PMC  535678. PMID  15576355.
  78. ^ Altermann E a kol. (2005). „Kompletní sekvence genomu probiotické bakterie mléčného kvašení Lactobacillus acidophilus NCFM ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (11): 3906–12. Bibcode:2005PNAS..102.3906A. doi:10.1073 / pnas.0409188102. PMC  554803. PMID  15671160.
  79. ^ A b Pridmore RD a kol. (2004). „Sekvence genomu probiotické střevní bakterie Lactobacillus johnsonii NCC 533 ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (8): 2512–7. Bibcode:2004PNAS..101.2512P. doi:10.1073 / pnas.0307327101. PMC  356981. PMID  14983040.
  80. ^ Bolotin A a kol. (2001). „Kompletní genomová sekvence bakterie mléčného kvašení Lactococcus lactis ssp. lactis IL1403 ". Genome Res. 11 (5): 731–53. doi:10,1101 / gr. Gr-1697r. PMC  311110. PMID  11337471.
  81. ^ A b Glaser P a kol. (2001). "Srovnávací genomika Listeria druh". Věda. 294 (5543): 849–52. Bibcode:1976Sci ... 192..801S. doi:10.1126 / science.1063447. PMID  11679669. S2CID  40718381.
  82. ^ Nelson KE a kol. (2004). „Srovnání celého genomu kmenů sérotypu 4b a 1 / 2a potravinového patogenu Listeria monocytogenes odhalit nové poznatky o základních genomových složkách tohoto druhu ". Nucleic Acids Res. 32 (8): 2386–95. doi:10.1093 / nar / gkh562. PMC  419451. PMID  15115801.
  83. ^ Lu, J; Nogi, Y; Takami, H (2001). "Oceanobacillus iheyensis gen. nov., sp. nov., hlubinný extrémně halotolerantní a alkalifilní druh izolovaný z hloubky 1050 m na hřebeni Iheya “. FEMS Microbiol Lett. 205 (2): 291–7. doi:10.1111 / j.1574-6968.2001.tb10963.x. PMID  11750818.
  84. ^ A b Gill SR a kol. (2005). „Pohledy na vývoj virulence a rezistence z úplné genomové analýzy u rané rezistentní na methicilin Zlatý stafylokok kmen a rezistentní na methicilin produkující biofilm Staphylococcus epidermidis kmen". J Bacteriol. 187 (7): 2426–38. doi:10.1128 / JB.187.7.2426-2438.2005. PMC  1065214. PMID  15774886.
  85. ^ A b C Holden MT a kol. (2004). „Kompletní genomy dvou klinických Zlatý stafylokok kmeny: důkazy o rychlém vývoji virulence a rezistence na léky “. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (26): 9786–91. Bibcode:2004PNAS..101.9786H. doi:10.1073 / pnas.0402521101. PMC  470752. PMID  15213324.
  86. ^ A b Kuroda M a kol. (2001). „Sekvenování celého genomu rezistentní na meticilin Zlatý stafylokok". Lanceta. 357 (9264): 1225–40. doi:10.1016 / S0140-6736 (00) 04403-2. PMID  11418146. S2CID  25076109.
  87. ^ Baba T a kol. (2002). „Genom a determinanty virulence MRSA získané v komunitě s vysokou virulencí“. Lanceta. 359 (9320): 1819–27. doi:10.1016 / S0140-6736 (02) 08713-5. PMID  12044378. S2CID  4657920.
  88. ^ Diep BA a kol. (2006). „Kompletní genomová sekvence USA300, epidemického klonu komunitně rezistentního meticilinu rezistentního Zlatý stafylokok". Lanceta. 367 (9512): 731–9. doi:10.1016 / S0140-6736 (06) 68231-7. PMID  16517273. S2CID  30038673.
  89. ^ Takeuchi F a kol. (2005). "Sekvenování celého genomu Staphylococcus haemolyticus odkrývá extrémní plasticitu svého genomu a vývoj stafylokokových druhů kolonizujících člověka “. J Bacteriol. 187 (21): 7292–308. doi:10.1128 / JB.187.21.7292-7308.2005. PMC  1272970. PMID  16237012.
  90. ^ Kuroda M a kol. (2005). "Celá sekvence genomu Staphylococcus saprophyticus odhaluje patogenezi nekomplikované infekce močových cest ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (37): 13272–7. Bibcode:2005PNAS..10213272K. doi:10.1073 / pnas.0502950102. PMC  1201578. PMID  16135568.
  91. ^ Tettelin H a kol. (2005). "Analýza genomu několika patogenních izolátů z Streptococcus agalactiae: důsledky pro mikrobiální „pangenom"". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (39): 13950–5. Bibcode:2005PNAS..10213950T. doi:10.1073 / pnas.0506758102. PMC  1216834. PMID  16172379.
  92. ^ Glaser P a kol. (2002). "Sekvence genomu z Streptococcus agalactiae, patogen způsobující invazivní neonatální onemocnění “. Mol Microbiol. 45 (6): 1499–513. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.03126.x. PMID  12354221. S2CID  25189736.
  93. ^ Tettelin H a kol. (2002). „Kompletní genomová sekvence a srovnávací genomová analýza objevujícího se lidského patogenu, sérotypu V Streptococcus agalactiae". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (19): 12391–6. Bibcode:2002PNAS ... 9912391T. doi:10.1073 / pnas.182380799. PMC  129455. PMID  12200547.
  94. ^ Ajdić D a kol. (2002). "Sekvence genomu z Streptococcus mutans UA159, kariogenní zubní patogen ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (22): 14434–9. Bibcode:2002PNAS ... 9914434A. doi:10.1073 / pnas.172501299. PMC  137901. PMID  12397186.
  95. ^ Hoskins J, et al. (2001). „Genom bakterie Streptococcus pneumoniae kmen R6 ". J Bacteriol. 183 (19): 5709–17. doi:10.1128 / JB.183.19.5709-5717.2001. PMC  95463. PMID  11544234.
  96. ^ Tettelin H a kol. (2001). "Kompletní genomová sekvence virulentního izolátu z Streptococcus pneumoniae". Věda. 293 (5529): 498–506. CiteSeerX  10.1.1.318.395. doi:10.1126 / science.1061217. PMID  11463916. S2CID  714948.
  97. ^ A b C d Beres SB a kol. (2006). „Molekulárně genetická anatomie inter- a intraserotypových variací ve skupině lidských bakteriálních patogenů Streptococcus". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (18): 7059–64. Bibcode:2006PNAS..103,7059B. doi:10.1073 / pnas.0510279103. PMC  1459018. PMID  16636287.
  98. ^ Banks DJ, et al. (2004). "Pokrok směrem k charakterizaci skupiny A Streptococcus metagenom: kompletní sekvence genomu kmene sérotypu M6 rezistentního na makrolidy ". J Infect Dis. 190 (4): 727–38. doi:10.1086/422697. PMID  15272401.
  99. ^ Beres SB a kol. (2002). "Genomová sekvence kmene sérotypu M3 skupiny A Streptococcus: toxiny kódované fágem, fenotyp vysoké virulence a výskyt klonu ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (15): 10078–83. Bibcode:2002PNAS ... 9910078B. doi:10.1073 / pnas.152298499. PMC  126627. PMID  12122206.
  100. ^ Sumby P a kol. (2005). „Evoluční původ a vznik vysoce úspěšného klonu sérotypové skupiny M1 a Streptococcus zahrnovalo více horizontálních událostí přenosu genů. J Infect Dis. 192 (5): 771–82. doi:10.1086/432514. PMID  16088826.
  101. ^ Green NM a kol. (2005). "Sekvence genomu kmene sérotypu M28 skupiny A Streptococcus: potenciální nové poznatky o puerperální sepse a specifičnosti bakteriálních onemocnění ". J Infect Dis. 192 (5): 760–70. doi:10.1086/430618. PMID  16088825.
  102. ^ Smoot JC a kol. (2002). "Sekvence genomu a srovnávací microarray analýza sérotypu M18 skupiny A Streptococcus kmeny spojené s vypuknutím akutní revmatické horečky ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (7): 4668–73. Bibcode:2002PNAS ... 99.4668S. doi:10.1073 / pnas.062526099. PMC  123705. PMID  11917108.
  103. ^ Ferretti JJ a kol. (2001). "Kompletní sekvence genomu kmene M1 Streptococcus pyogenes". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (8): 4658–63. Bibcode:2001PNAS ... 98.4658F. doi:10.1073 / pnas.071559398. PMC  31890. PMID  11296296.
  104. ^ Nakagawa I a kol. (2003). "Sekvence genomu kmene M3 Streptococcus pyogenes odhaluje rozsáhlé genomové přeskupení invazivních kmenů a nové poznatky o vývoji fágů “. Genome Res. 13 (6A): 1042–55. doi:10,1101 / gr. 1096703. PMC  403657. PMID  12799345.
  105. ^ A b Bolotin A a kol. (2004). „Kompletní sekvence a komparativní genomová analýza mléčné bakterie Streptococcus thermophilus". Nat Biotechnol. 22 (12): 1554–8. doi:10.1038 / nbt1034. PMC  7416660. PMID  15543133.
  106. ^ Kapatral V, et al. (2002). „Sekvence genomu a analýza orální bakterie Fusobacterium nucleatum kmen ATCC 25586 ". J Bacteriol. 184 (7): 2005–18. doi:10.1128 / JB.184.7.2005-2018.2002. PMC  134920. PMID  11889109.
  107. ^ Goodner B a kol. (2001). „Sekvence genomu rostlinného patogenu a biotechnologického agenta Agrobacterium tumefaciens C58 ". Věda. 294 (5550): 2323–8. Bibcode:2001Sci ... 294.2323G. doi:10.1126 / science.1066803. PMID  11743194. S2CID  86255214.
  108. ^ Brayton KA a kol. (2005). "Kompletní sekvenování genomu Anaplasma marginale odhaluje, že povrch je zešikmený na dvě superrodiny proteinů vnější membrány ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (3): 844–9. Bibcode:2005PNAS..102..844B. doi:10.1073 / pnas.0406656102. PMC  545514. PMID  15618402.
  109. ^ A b C Dunning Hotopp JC a kol. (2006). „Srovnávací genomika nově se objevujících činitelů lidské ehrlichiózy“. PLOS Genet. 2 (2): e21. doi:10.1371 / journal.pgen.0020021. PMC  1366493. PMID  16482227.
  110. ^ A b Alsmark CM a kol. (2004). „Vešský lidský patogen Bartonella quintana je genomový derivát zoonotického agens Bartonella henselae". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (26): 9716–21. Bibcode:2004PNAS..101.9716A. doi:10.1073 / pnas.0305659101. PMC  470741. PMID  15210978.
  111. ^ Kaneko T a kol. (2002). „Kompletní genomová sekvence symbiotické bakterie vázající dusík Bradyrhizobium japonicum USDA110 ". DNA Res. 9 (6): 189–97. doi:10.1093 / dnares / 9.6.189. PMID  12597275.
  112. ^ A b Chain PS, et al. (2005). „Celogenomové analýzy speciačních událostí v patogenních Brucellae“. Infekce a imunita. 73 (12): 8353–61. doi:10.1128 / IAI.73.12.8353-8361.2005. PMC  1307078. PMID  16299333.
  113. ^ A b Halling SM a kol. (2005). "Dokončení sekvence genomu Brucella abortus a srovnání s velmi podobnými genomy z Brucella melitensis a Brucella suis". J Bacteriol. 187 (8): 2715–26. doi:10.1128 / JB.187.8.2715-2726.2005. PMC  1070361. PMID  15805518.
  114. ^ A b DelVecchio VG a kol. (2002). „Sekvence genomu fakultativního intracelulárního patogenu Brucella melitensis". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (1): 443–8. Bibcode:2002PNAS ... 99..443D. doi:10.1073 / pnas.221575398. PMC  117579. PMID  11756688.
  115. ^ A b Paulsen IT a kol. (2002). „The Brucella suis genom odhaluje základní podobnosti mezi zvířecími a rostlinnými patogeny a symbionty ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (20): 13148–53. Bibcode:2002PNAS ... 9913148P. doi:10.1073 / pnas.192319099. PMC  130601. PMID  12271122.
  116. ^ Nierman WC a kol. (2001). "Kompletní sekvence genomu Caulobacter crescentus". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (7): 4136–41. Bibcode:2001PNAS ... 98,4136N. doi:10.1073 / pnas.061029298. PMC  31192. PMID  11259647.
  117. ^ Collins NE, et al. (2005). „Genom agenta srdeční vody Ehrlichia ruminantium obsahuje několik tandemových opakování aktivně variabilního počtu kopií ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (3): 838–43. Bibcode:2005PNAS..102..838C. doi:10.1073 / pnas.0406633102. PMC  545511. PMID  15637156.
  118. ^ Prust C a kol. (2005). „Kompletní genomová sekvence bakterie kyseliny octové Gluconobacter oxydans". Nat Biotechnol. 23 (2): 195–200. doi:10.1038 / nbt1062. PMID  15665824.
  119. ^ Matsunaga T, et al. (2005). „Kompletní sekvence genomu fakultativní anaerobní magnetotaktické bakterie Magnetospirillum sp. kmen AMB-1 ". DNA Res. 12 (3): 157–66. doi:10.1093 / dnares / dsi002. PMID  16303747.
  120. ^ Kaneko T a kol. (2000). „Kompletní struktura genomu symbiotické bakterie vázající dusík Mesorhizobium loti". DNA Res. 7 (6): 331–8. doi:10.1093 / dnares / 7.6.331. PMID  11214968.
  121. ^ Giovannoni SJ a kol. (2005). "Genom usměrňování v kosmopolitní oceánské bakterii". Věda. 309 (5738): 1242–5. Bibcode:2005Sci ... 309.1242G. doi:10.1126 / science.1114057. PMID  16109880. S2CID  16221415.
  122. ^ González V, et al. (2006). "Rozdělené Rhizobium etli genom: genetická a metabolická redundance v sedmi interagujících replikonech ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (10): 3834–9. Bibcode:2006PNAS..103,3834G. doi:10.1073 / pnas.0508502103. PMC  1383491. PMID  16505379.
  123. ^ Larimer FW a kol. (2004). "Complete genome sequence of the metabolically versatile photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustris". Nat Biotechnol. 22 (1): 55–61. doi:10.1038/nbt923. PMID  14704707.
  124. ^ Ogata H, et al. (2000). "Selfish DNA in protein-coding genes of Rickettsia". Věda. 290 (5490): 347–50. Bibcode:2000Sci...290..347O. doi:10.1126/science.290.5490.347. PMID  11030655.
  125. ^ Ogata H, et al. (2005). "The genome sequence of Rickettsia felis identifies the first putative conjugative plasmid in an obligate intracellular parasite". PLOS Biol. 3 (8): e248. doi:10.1371/journal.pbio.0030248. PMC  1166351. PMID  15984913.
  126. ^ Andersson SG, et al. (1998). "The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria". Příroda. 396 (6707): 133–40. Bibcode:1998Natur.396..133A. doi:10.1038/24094. PMID  9823893.
  127. ^ McLeod MP, et al. (2004). "Complete genome sequence of Rickettsia typhi and comparison with sequences of other rickettsiae". J Bacteriol. 186 (17): 5842–55. doi:10.1128/JB.186.17.5842-5855.2004. PMC  516817. PMID  15317790.
  128. ^ Moran MA, et al. (2004). "Sekvence genomu z Silicibacter pomeroyi reveals adaptations to the marine environment". Příroda. 432 (7019): 910–3. Bibcode:2004Natur.432..910M. doi:10.1038/nature03170. PMID  15602564.
  129. ^ "Home - Sinorhizobium medicae WSM419".
  130. ^ Capela D, et al. (2001). "Analysis of the chromosome sequence of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti strain 1021". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (17): 9877–82. Bibcode:2001PNAS...98.9877C. doi:10.1073/pnas.161294398. PMC  55546. PMID  11481430.
  131. ^ Foster J, et al. (2005). „The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode". PLOS Biol. 3 (4): e121. doi:10.1371/journal.pbio.0030121. PMC  1069646. PMID  15780005.
  132. ^ Wu M, et al. (2004). "Phylogenomics of the reproductive parasite Wolbachia pipientis wMel: a streamlined genome overrun by mobile genetic elements". PLOS Biol. 2 (3): E69. doi:10.1371/journal.pbio.0020069. PMC  368164. PMID  15024419.
  133. ^ Seo JS, et al. (2005). "The genome sequence of the ethanologenic bacterium Zymomonas mobilis ZM4". Nat Biotechnol. 23 (1): 63–8. doi:10.1038/nbt1045. PMC  6870993. PMID  15592456.
  134. ^ Rabus R, et al. (2002). "Genes involved in the anaerobic degradation of ethylbenzene in a denitrifying bacterium, strain EbN1". Arch Microbiol. 178 (6): 506–16. doi:10.1007/s00203-002-0487-2. PMID  12420173. S2CID  34316083.
  135. ^ Nierman WC, et al. (2004). "Structural flexibility in the Burkholderia mallei genome". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (39): 14246–51. Bibcode:2004PNAS..10114246N. doi:10.1073/pnas.0403306101. PMC  521142. PMID  15377793.
  136. ^ A b BMC Genomics. 2005 Dec 7, Dec
  137. ^ Brazilian National Genome Project Consortium. (2003). "The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (20): 11660–5. Bibcode:2003PNAS..10011660.. doi:10.1073/pnas.1832124100. PMC  208814. PMID  14500782.
  138. ^ Parkhill J, et al. (2000). "Complete DNA sequence of a serogroup A strain of Neisseria meningitidis Z2491". Příroda. 404 (6777): 502–6. Bibcode:2000Natur.404..502P. doi:10.1038/35006655. PMID  10761919. S2CID  4430718.
  139. ^ Tettelin H, et al. (2000). "Complete genome sequence of Neisseria meningitidis serogroup B strain MC58". Věda. 287 (5459): 1809–15. Bibcode:2000Sci ... 287.1809.. doi:10.1126 / science.287.5459.1809. PMID  10710307.
  140. ^ Chain P, et al. (2003). "Complete genome sequence of the ammonia-oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea". J Bacteriol. 185 (9): 2759–73. doi:10.1128/JB.185.9.2759-2773.2003. PMC  154410. PMID  12700255.
  141. ^ A b Salanoubat M, et al. (2002). "Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum". Příroda. 415 (6871): 497–502. doi:10.1038/415497a. PMID  11823852.
  142. ^ Barbe V, et al. (2004). "Unique features revealed by the genome sequence of Acinetobacter sp. ADP1, a versatile and naturally transformation competent bacterium". Nucleic Acids Res. 32 (19): 5766–79. doi:10.1093/nar/gkh910. PMC  528795. PMID  15514110.
  143. ^ Gil R, et al. (2003). "The genome sequence of Blochmannia floridanus: comparative analysis of reduced genomes". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (16): 9388–93. Bibcode:2003PNAS..100.9388G. doi:10.1073/pnas.1533499100. PMC  170928. PMID  12886019.
  144. ^ Degnan PH, et al. (2005). "Sekvence genomu z Blochmannia pennsylvanicus indicates parallel evolutionary trends among bacterial mutualists of insects". Genome Res. 15 (8): 1023–33. doi:10,1101 / gr. 3771305. PMC  1182215. PMID  16077009.
  145. ^ Shigenobu S, et al. (2000). "Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS". Příroda. 407 (6800): 81–6. Bibcode:2000Natur.407...81S. doi:10.1038/35024074. PMID  10993077.
  146. ^ van Ham RC, et al. (2003). "Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (2): 581–6. Bibcode:2003PNAS..100..581V. doi:10.1073/pnas.0235981100. PMC  141039. PMID  12522265.
  147. ^ Tamas I, et al. (2002). "50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria". Věda. 296 (5577): 2376–9. Bibcode:2002Sci...296.2376T. doi:10.1126/science.1071278. PMID  12089438. S2CID  19226473.
  148. ^ Nakabachi A, et al. (2006). "The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella". Věda. 314 (5797): 267. doi:10.1126/science.1134196. PMID  17038615. S2CID  44570539.
  149. ^ Seshadri R, et al. (2003). "Complete genome sequence of the Q-fever pathogen Coxiella burnetii". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (9): 5455–60. Bibcode:2003PNAS..100.5455S. doi:10.1073/pnas.0931379100. PMC  154366. PMID  12704232.
  150. ^ Welch RA, et al. (2002). "Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence of uropathogenic Escherichia coli". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 17020–4. Bibcode:2002PNAS...9917020W. doi:10.1073/pnas.252529799. PMC  139262. PMID  12471157.
  151. ^ Blattner FR, et al. (1997). "The complete genome sequence of Escherichia coli K-12". Věda. 277 (5331): 1453–74. doi:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID  9278503.
  152. ^ Riley M, et al. (2006). "Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot—2005". Nucleic Acids Res. 34 (1): 1–9. doi:10.1093/nar/gkj405. PMC  1325200. PMID  16397293.
  153. ^ Perna NT, et al. (2001). "Genome sequence of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7". Příroda. 409 (6819): 529–33. Bibcode:2001Natur.409..529P. doi:10.1038/35054089. PMID  11206551.
  154. ^ Makino, K.; et al. (1999). "Complete nucleotide sequence of the prophage VT2-Sakai carrying the verotoxin 2 genes of the enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 derived from the Sakai outbreak". Genes and Genetic Systems. 74 (5): 227–39. doi:10.1266/ggs.74.227. PMID  10734605.
  155. ^ Larsson P, et al. (2005). "The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia". Nat Genet. 37 (2): 153–9. doi:10.1038/ng1499. PMID  15640799.
  156. ^ Harrison A, et al. (2005). "Genomic sequence of an otitis media isolate of nontypeable Haemophilus influenzae: comparative study with H. influenzae serotype d, strain KW20". J Bacteriol. 187 (13): 4627–36. doi:10.1128/JB.187.13.4627-4636.2005. PMC  1151754. PMID  15968074.
  157. ^ Fleischmann RD, et al. (1995). „Náhodné sekvenování a shromáždění celého genomu Haemophilus influenzae Rd". Věda. 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Sci ... 269..496F. doi:10.1126 / science.7542800. PMID  7542800.
  158. ^ Jeong H, et al. (2005). "Genomic blueprint of Hahella chejuensis, a marine microbe producing an algicidal agent". Nucleic Acids Res. 33 (22): 7066–73. doi:10.1093 / nar / gki1016. PMC  1312362. PMID  16352867.
  159. ^ Hou S a kol. (2004). „Sekvence genomu hlubinné gama-proteobakterie Idiomarina loihiensis odhaluje fermentaci aminokyselin jako zdroj uhlíku a energie ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (52): 18036–41. Bibcode:2004PNAS..10118036H. doi:10.1073 / pnas.0407638102. PMC  539801. PMID  15596722.
  160. ^ A b Cazalet C a kol. (2004). „Důkazy v Legionella pneumophila genom pro využití funkcí hostitelských buněk a vysokou plasticitu genomu ". Nat Genet. 36 (11): 1165–73. doi:10.1038 / ng1447. PMID  15467720.
  161. ^ Ward N a kol. (2004). "Genomické vhledy do methanotrophy: kompletní genomová sekvence Methylococcus capsulatus (Koupel)". PLOS Biol. 2 (10): e303. doi:10.1371 / journal.pbio.0020303. PMC  517821. PMID  15383840.
  162. ^ May BJ a kol. (2001). "Kompletní genomová sekvence Pasteurella multocida, Pm70 ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (6): 3460–5. Bibcode:2001PNAS ... 98,3460 mil. doi:10.1073 / pnas.051634598. PMC  30675. PMID  11248100.
  163. ^ A b Médigue C a kol. (2005). „Jak se vyrovnat s chladem: genom všestranné mořské bakterie Antarktidy Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 ". Genome Res. 15 (10): 1325–35. doi:10,1101 / gr. 4126905. PMC  1240074. PMID  16169927.
  164. ^ Murugan N (2016). „Rozluštění genomové a fenotypové povahy multirezistentní rezistence (MDR) Pseudomonas aeruginosa VRFPA04 izolovaný od pacienta s keratitidou ". Mikrobiologický výzkum. 193: 959–64. doi:10.1016 / j.micres.2016.10.002. PMID  27825482.
  165. ^ Paulsen IT a kol. (2005). „Kompletní genomová sekvence komensálu rostliny Pseudomonas fluorescens Pf-5 ". Nat Biotechnol. 23 (7): 873–8. doi:10.1038 / nbt1110. PMC  7416659. PMID  15980861.
  166. ^ Nelson KE a kol. (2002). „Kompletní genomová sekvence a komparativní analýza metabolicky univerzálního Pseudomonas putida KT2440 ". Environ Microbiol. 4 (12): 799–808. doi:10.1046 / j.1462-2920.2002.00366.x. PMID  12534463.
  167. ^ Feil H a kol. (2005). "Srovnání úplných genomových sekvencí z Pseudomonas syringae pv. stříkačky B728a a pv. rajče DC3000 ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (31): 11064–9. Bibcode:2005PNAS..10211064F. doi:10.1073 / pnas.0504930102. PMC  1182459. PMID  16043691.
  168. ^ Buell CR a kol. (2003). „Kompletní genomová sekvence patogenu Arabidopsis a rajčat Pseudomonas syringae pv. rajče DC3000 ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (18): 10181–6. Bibcode:2003PNAS..10010181B. doi:10.1073 / pnas.1731982100. PMC  193536. PMID  12928499.
  169. ^ "Psychrobacter cryohalolentis - microbwiki".
  170. ^ McClelland M a kol. (2004). "Srovnání degradace genomu u Paratyphi A a Typhi, lidsky omezených sérovarů z Salmonella enterica které způsobují tyfus ". Nat Genet. 36 (12): 1268–74. doi:10.1038 / ng1470. PMID  15531882. S2CID  25129295.
  171. ^ Chiu CH a kol. (2005). "Sekvence genomu Salmonella enterica serovar Choleraesuis, vysoce invazivní a rezistentní zoonotický patogen “. Nucleic Acids Res. 33 (5): 1690–8. doi:10.1093 / nar / gki297. PMC  1069006. PMID  15781495.
  172. ^ Deng W a kol. (2003). "Srovnávací genomika Salmonella enterica serovar Typhi kmeny Ty2 a CT18 ". J Bacteriol. 185 (7): 2330–7. doi:10.1128 / JB.185.7.2330-2337.2003. PMC  151493. PMID  12644504.
  173. ^ Parkhill J a kol. (2001). "Kompletní sekvence genomu rezistentního vůči více léčivům Salmonella enterica serovar Typhi CT18 ". Příroda. 413 (6858): 848–52. Bibcode:2001 Natur.413..848P. doi:10.1038/35101607. PMID  11677608.
  174. ^ McClelland M a kol. (2001). "Kompletní sekvence genomu Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 ". Příroda. 413 (6858): 852–6. Bibcode:2001 Natur.413..852M. doi:10.1038/35101614. PMID  11677609.
  175. ^ Heidelberg JF a kol. (2002). „Sekvence genomu disimilační bakterie redukující ionty kovů Shewanella oneidensis". Nat Biotechnol. 20 (11): 1118–23. doi:10.1038 / nbt749. PMID  12368813.
  176. ^ A b C Yang F a kol. (2005). "Dynamika a rozmanitost genomu Shigella druhy, etiologičtí činitelé bacilární úplavice ". Nucleic Acids Res. 33 (19): 6445–58. doi:10.1093 / nar / gki954. PMC  1278947. PMID  16275786.
  177. ^ Wei J a kol. (2003). "Kompletní sekvence genomu a komparativní genomika Shigella flexneri sérotyp 2a kmen 2457T ". Infekce a imunita. 71 (5): 2775–86. doi:10.1128 / IAI.71.5.2775-2786.2003. PMC  153260. PMID  12704152.
  178. ^ Jin Q a kol. (2002). "Sekvence genomu z Shigella flexneri 2a: vhledy do patogenity porovnáním s genomy z Escherichia coli K12 a O157 ". Nucleic Acids Res. 30 (20): 4432–41. doi:10.1093 / nar / gkf566. PMC  137130. PMID  12384590.
  179. ^ Toh H a kol. (2006). „Masivní eroze genomu a funkční adaptace poskytují pohled na symbiotický životní styl Sodalis glossinidius v hostiteli tsetse ". Genome Res. 16 (2): 149–56. doi:10,1101 / gr. 4106106. PMC  1361709. PMID  16365377.
  180. ^ Heidelberg JF a kol. (2000). "Sekvence DNA obou chromozomů patogenu cholery Vibrio cholerae". Příroda. 406 (6795): 477–83. Bibcode:2000Natur.406..477H. doi:10.1038/35020000. PMID  10952301.
  181. ^ Ruby EG a kol. (2005). "Kompletní sekvence genomu Vibrio fischeri: symbiotická bakterie s patogenními kongenery ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (8): 3004–9. Bibcode:2005PNAS..102.3004R. doi:10.1073 / pnas.0409900102. PMC  549501. PMID  15703294.
  182. ^ Nasu H a kol. (1. června 2000). „Vláknitý fág spojený s nedávnou pandemií Vibrio parahaemolyticus O3: kmeny K6 ". J Clin Microbiol. 38 (6): 2156–61. doi:10.1128 / JCM.38.6.2156-2161.2000. PMC  86752. PMID  10834969.
  183. ^ Kim YR a kol. (2003). "Charakterizace a patogenní význam Vibrio vulnificus antigeny přednostně exprimované u septikemických pacientů ". Infekce a imunita. 71 (10): 5461–71. doi:10.1128 / IAI.71.10.5461-5471.2003. PMC  201039. PMID  14500463.
  184. ^ Chen CY a kol. (2003). "Srovnávací analýza genomu Vibrio vulnificus„mořský patogen“. Genome Res. 13 (12): 2577–87. doi:10,1101 / gr.1295503. PMC  403799. PMID  14656965.
  185. ^ Akman L a kol. (2002). „Sekvence genomu endocelulárního obligátního symbiontu much tsetse, Wigglesworthia glossinidia". Nat Genet. 32 (3): 402–7. doi:10.1038 / ng986. PMID  12219091. S2CID  20604183.
  186. ^ A b da Silva AC a kol. (2002). "Srovnání genomů dvou Xanthomonas patogeny s odlišnou specificitou hostitele ". Příroda. 417 (6887): 459–63. Bibcode:2002 Natur.417..459D. doi:10.1038 / 417459a. PMID  12024217. S2CID  4302762.
  187. ^ Qian W a kol. (2005). „Srovnávací a funkční genomové analýzy patogenity fytopatogenu Xanthomonas campestris pv. campestris". Genome Res. 15 (6): 757–67. doi:10,1101 / gr. 3378705. PMC  1142466. PMID  15899963.
  188. ^ Thieme F a kol. (2005). „Pohledy na plasticitu genomu a patogenitu rostlinné patogenní bakterie Xanthomonas campestris pv. vesicatoria odhaleno kompletní sekvencí genomu ". J Bacteriol. 187 (21): 7254–66. doi:10.1128 / JB.187.21.7254-7266.2005. PMC  1272972. PMID  16237009.
  189. ^ Lee BM a kol. (2005). "Sekvence genomu Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, bakteriální plísňový patogen rýže ". Nucleic Acids Res. 33 (2): 577–86. doi:10.1093 / nar / gki206. PMC  548351. PMID  15673718.
  190. ^ Simpson, A.J.C .; et al. (2000). „Sekvence genomu rostlinného patogenu Xylella fastidiosa". Příroda. 406 (6792): 151–7. Bibcode:2000Natur.406..151S. doi:10.1038/35018003. PMID  10910347.
  191. ^ Van Sluys MA a kol. (2003). "Srovnávací analýzy úplných genomových sekvencí Pierceovy choroby a citrusových pestrobarevných kmenů chlorózy Xylella fastidiosa". J Bacteriol. 185 (3): 1018–26. doi:10.1128 / JB.185.3.1018-1026.2003. PMC  142809. PMID  12533478.
  192. ^ Chain PS, et al. (2006). "Kompletní sekvence genomu Yersinia pestis kmeny Antiqua a Nepál516: důkazy o redukci genů u objevujícího se patogenu “. J Bacteriol. 188 (12): 4453–63. doi:10.1128 / JB.00124-06. PMC  1482938. PMID  16740952.
  193. ^ Parkhill J a kol. (2001). "Sekvence genomu z Yersinia pestispůvodce moru ". Příroda. 413 (6855): 523–7. Bibcode:2001 Natur.413..523P. doi:10.1038/35097083. PMID  11586360.
  194. ^ Deng W a kol. (2002). "Sekvence genomu z Yersinia pestis KIM ". J Bacteriol. 184 (16): 4601–11. doi:10.1128 / JB.184.16.4601-4611.2002. PMC  135232. PMID  12142430.
  195. ^ Song Y a kol. (2004). "Kompletní sekvence genomu Yersinia pestis kmen 91001, izolovaný avirulent pro člověka ". DNA Res. 11 (3): 179–97. doi:10.1093 / dnares / 11.3.179. PMID  15368893.
  196. ^ Chain PS, et al. (2004). "Pohledy na vývoj Yersinia pestis prostřednictvím srovnání celého genomu s Yersinia pseudotuberculosis". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (38): 13826–31. Bibcode:2004PNAS..10113826C. doi:10.1073 / pnas.0404012101. PMC  518763. PMID  15358858.
  197. ^ Rendulic S, et al. (2004). "Odhalen dravec: životní cyklus Bdellovibrio bakteriovorus z genomické perspektivy “. Věda. 303 (5658): 689–92. Bibcode:2004Sci ... 303..689R. doi:10.1126 / science.1093027. PMID  14752164. S2CID  38154836.
  198. ^ Parkhill J a kol. (2000). „Sekvence genomu patogenu přenášeného potravinami Campylobacter jejuni odhaluje hypervariabilní sekvence ". Příroda. 403 (6770): 665–8. Bibcode:2000Natur.403..665P. doi:10.1038/35001088. PMID  10688204.
  199. ^ Fouts DE a kol. (2005). "Hlavní strukturální rozdíly a nové potenciální virulentní mechanismy z genomů násobku." Campylobacter druh". PLOS Biol. 3 (1): e15. doi:10.1371 / journal.pbio.0030015. PMC  539331. PMID  15660156.
  200. ^ Heidelberg JF a kol. (2004). „Sekvence genomu anaerobní bakterie redukující síran Desulfovibrio vulgaris Hildenborough". Nat Biotechnol. 22 (5): 554–9. doi:10.1038 / nbt959. PMID  15077118.
  201. ^ Methé BA, et al. (2003). „Genom z Geobacter sulfurreducens: redukce kovů v podpovrchových prostředích ". Věda. 302 (5652): 1967–9. Bibcode:2003Sci ... 302.1967M. CiteSeerX  10.1.1.186.3786. doi:10.1126 / science.1088727. PMID  14671304. S2CID  38404097.
  202. ^ Suerbaum S, et al. (2003). „Kompletní genomová sekvence karcinogenní bakterie Helicobacter hepaticus". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (13): 7901–6. Bibcode:2003PNAS..100.7901S. doi:10.1073 / pnas.1332093100. PMC  164685. PMID  12810954.
  203. ^ Tomb JF a kol. (1997). „Kompletní genomová sekvence žaludečního patogenu Helicobacter pylori". Příroda. 388 (6642): 539–47. Bibcode:1997 Natur.388..539T. doi:10.1038/41483. PMID  9252185.
  204. ^ Alm RA a kol. (1999). „Porovnání genomové sekvence dvou nepříbuzných izolátů lidského žaludečního patogenu Helicobacter pylori". Příroda. 397 (6715): 176–80. Bibcode:1999 Natur.397..176A. doi:10.1038/16495. PMID  9923682. S2CID  4317442.
  205. ^ Vannucci, Fabio Augusto (2013). Proliferativní enteropatie: patogeneze a adaptace hostitele (Ph.D. disertační práce). University of Minnesota.
  206. ^ Schneiker; et al. (2007). "Kompletní sekvence genomu myxobakteria Sorangium cellulosum". Přírodní biotechnologie. 25 (11): 1281–1289. doi:10.1038 / nbt1354. PMID  17965706.
  207. ^ Sievert, S. M .; K. M. Scott; M. G. Klotz; P. S. G. Chain; L. J. Hauser; J. Hemp; M. Hugler; M. Land; A. Lapidus; F. W. Larimer; S. Lucas; S. A. Malfatti; F. Meyer; I. T. Paulsen; Q. Ren; J. Simon; třída genomiky USF (prosinec 2007). „Genom epsilonproteobakteriálního chemolithoautotrofu Sulfurimonas denitrificans". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 74 (4): 1145–1156. doi:10.1128 / AEM.01844-07. ISSN  0099-2240. PMC  2258580. PMID  18065616.
  208. ^ Baar C a kol. (2003). "Kompletní sekvence genomu a analýza Wolinella succinogenes". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (20): 11690–5. Bibcode:2003PNAS..10011690B. doi:10.1073 / pnas.1932838100. PMC  208819. PMID  14500908.
  209. ^ Fraser CM a kol. (1997). „Genomická sekvence spirochety s lymskou boreliózou, Borrelia burgdorferi". Příroda. 390 (6660): 580–6. Bibcode:1997 Natur.390..580F. doi:10.1038/37551. PMID  9403685. S2CID  4388492.
  210. ^ Glöckner G a kol. (2004). "Srovnávací analýza Borrelia garinii genom ". Nucleic Acids Res. 32 (20): 6038–46. doi:10.1093 / nar / gkh953. PMC  534632. PMID  15547252.
  211. ^ A b Ren SX a kol. (2003). "Unikátní fyziologické a patogenní vlastnosti Leptospira interrogans odhaleno sekvenováním celého genomu ". Příroda. 422 (6934): 888–93. Bibcode:2003 Natur.422..888R. doi:10.1038 / nature01597. PMID  12712204.
  212. ^ A b Nascimento AL a kol. (2004). "Srovnávací genomika dvou Leptospira interrogans serovars odhaluje nové pohledy na fyziologii a patogenezi ". J Bacteriol. 186 (7): 2164–72. doi:10.1128 / JB.186.7.2164-2172.2004. PMC  374407. PMID  15028702.
  213. ^ Seshadri R a kol. (2004). „Srovnání genomu orálního patogenu Treponema denticola s jinými spirochetovými genomy ". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (15): 5646–51. Bibcode:2004PNAS..101,5646S. doi:10.1073 / pnas.0307639101. PMC  397461. PMID  15064399.
  214. ^ Fraser CM a kol. (1998). "Kompletní sekvence genomu Treponema pallidum, syfilis spirochete ". Věda. 281 (5375): 375–88. Bibcode:1998Sci ... 281..375F. doi:10.1126 / science.281.5375.375. PMID  9665876.
  215. ^ Guo, Z; et al. (Říjen 2011). „Sekvence genomu kachního patogenu Mycoplasma anatis kmen 1340 ". J. Bacteriol. 193 (20): 5883–5884. doi:10.1128 / jb.05891-11. PMC  3187216. PMID  21952548.
  216. ^ Papazisi L a kol. (2003). „Kompletní genomová sekvence ptačího patogenu Mycoplasma gallisepticum kmen R (nízký) ". Mikrobiologie. 149 (Pt 9): 2307–16. doi:10.1099 / mic.0.26427-0. PMID  12949158.
  217. ^ Fraser CM a kol. (1995). "Minimální genový doplněk Mycoplasma genitalium". Věda. 270 (5235): 397–403. Bibcode:1995Sci ... 270..397F. doi:10.1126 / science.270.5235.397. PMID  7569993. S2CID  29825758.
  218. ^ Minion FC a kol. (2004). "Sekvence genomu Mycoplasma hyopneumoniae kmen 232, původce prasečí mykoplazmózy ". J Bacteriol. 186 (21): 7123–33. doi:10.1128 / JB.186.21.7123-7133.2004. PMC  523201. PMID  15489423.
  219. ^ A b C Vasconcelos AT a kol. (2005). "Patogeny prasat a drůbeže: kompletní genomové sekvence dvou kmenů Mycoplasma hyopneumoniae a kmen Mycoplasma synoviae". J Bacteriol. 187 (16): 5568–77. doi:10.1128 / JB.187.16.5568-5577.2005. PMC  1196056. PMID  16077101.
  220. ^ Jaffe JD a kol. (2004). "Kompletní genom a proteom Mycoplasma mobile". Genome Res. 14 (8): 1447–61. doi:10,1101 / gr. 2674004. PMC  509254. PMID  15289470.
  221. ^ Westberg J, et al. (2004). "Sekvence genomu Mycoplasma mycoides subsp. mycoides Kmen SC typu PG1T, původce nakažlivé bovinní pleuropneumonie (CBPP) ". Genome Res. 14 (2): 221–7. doi:10,1101 / gr.1673304. PMC  327097. PMID  14762060.
  222. ^ Sasaki Y a kol. (2002). "Kompletní genomová sekvence Mycoplasma penetrans, intracelulární bakteriální patogen u lidí ". Nucleic Acids Res. 30 (23): 5293–300. doi:10.1093 / nar / gkf667. PMC  137978. PMID  12466555.
  223. ^ Himmelreich R, et al. (1996). „Kompletní sekvenční analýza genomu bakterie Mycoplasma pneumoniae". Nucleic Acids Res. 24 (22): 4420–49. doi:10.1093 / nar / 24.22.4420. PMC  146264. PMID  8948633.
  224. ^ Chambaud I a kol. (2001). „Kompletní genomová sekvence myšího respiračního patogenu Mycoplasma pulmonis". Nucleic Acids Res. 29 (10): 2145–53. doi:10.1093 / nar / 29.10.2145. PMC  55444. PMID  11353084.
  225. ^ Oshima K a kol. (2004). „Redukční evoluce navržená z úplné sekvence genomu rostlinně patogenního fytoplazmy“. Nat Genet. 36 (1): 27–9. doi:10.1038 / ng1277. PMID  14661021.
  226. ^ Glass JI a kol. (2000). „Kompletní sekvence slizničního patogenu Ureaplasma urealyticum". Příroda. 407 (6805): 757–62. Bibcode:2000Natur.407..757G. doi:10.1038/35037619. PMID  11048724. S2CID  205009765.
  227. ^ Anderson, já; et al. (2012). „Kompletní sekvence genomu termofilní bakterie oceánu redukující síran Thermodesulfatator indicus kmen typu (CIR29812 (T)) "". Vydržet. Genomic Sci. 6 (2): 155–64. doi:10,4056 / sigs. 2665915. PMC  3387792. PMID  22768359.
  228. ^ Elkins, J.G .; et al. (2013). „Kompletní genomová sekvence hypertermofilní bakterie redukující síran Thermodesulfobacterium geofontis OPF15T ". Oznámení genomu. 1 (2): e00162–13. doi:10.1128 / genomA.00162-13. PMC  3624685. PMID  23580711.
  229. ^ A b C d Zhaxybayevaa, O .; et al. (2009). „O chimérické povaze, termofilním původu a fylogenetickém umístění Thermotogales“. PNAS. 106 (14): 5865–5870. Bibcode:2009PNAS..106,5865Z. doi:10.1073 / pnas.0901260106. PMC  2667022. PMID  19307556.
  230. ^ Swithers, K. S.; et al. (2011). "Sekvence genomu Kosmotoga olearia Kmen TBF 19.5.1, termofilní bakterie se širokým růstovým teplotním rozsahem, izolovaná od ropné plošiny Troll B v Severním moři “. J. Bacteriol. 193 (19): 5566–5567. doi:10.1128 / JB.05828-11. PMC  3187421. PMID  21914881.
  231. ^ Zhaxybayeva, O .; et al. (2012). "Sekvence genomu mezofilních bakterií Thermotogales Mesotoga prima MesG1.Ag.4.2 odhaluje dosud největší genom termotogales ". Genome Biol Evol. 4 (8): 700–708. doi:10.1093 / gbe / evs059. PMC  3516359. PMID  22798451.
  232. ^ Nesbø, C.L .; et al. (2009). „Genom z Thermosipho africanus TCF52B: Laterální genetické vazby na Firmicutes a Archaea ". J. Bacteriol. 191 (6): 1974–1978. doi:10.1128 / JB.01448-08. PMC  2648366. PMID  19124572.
  233. ^ Nelson KE a kol. (1999). "Důkazy pro laterální přenos genů mezi Archeaou a bakteriemi ze sekvence genomu z Thermotoga maritima". Příroda. 399 (6734): 323–9. Bibcode:1999 Natur.399..323N. doi:10.1038/20601. PMID  10360571. S2CID  4420157.
  234. ^ Latif, Haythem; et al. (2013). "Organizace pro genom Thermotoga maritima Odráží jeho životní styl “. Genetika PLOS. 9 (4): e1003485. doi:10.1371 / journal.pgen.1003485. PMC  3636130. PMID  23637642.

externí odkazy