Terrabakterie - Terrabacteria
| Terrabakterie | |
|---|---|
 | |
| Skenovací elektronový mikrofotografie z Actinomyces israelii (Aktinobakterie ) | |
| Vědecká klasifikace | |
| Doména: | |
| (bez hodnocení): | Terrabakterie Battistuzzi et al., 2004, Battistuzzi & Hedges, 2009 |
| Phyla | |
| Synonyma | |
| |
Terrabakterie je taxon obsahující přibližně dvě třetiny (6 157 sp.) z prokaryot druhy, včetně druhů v grampozitivní phyle (Aktinobakterie a Firmicutes ) stejně jako phyla Sinice, Chloroflexi, a Deinococcus-Thermus.[1][2]
Odvozuje svůj název (terra = "země") z evolučních tlaků života na zemi. Terrabacteria mají důležité úpravy, jako je odolnost vůči rizikům pro životní prostředí (např. Vysoušení, ultrafialové záření a vysoká slanost) a kyslíkové fotosyntéza. Také jedinečné vlastnosti buněčné stěny v grampozitivních taxonech, které se pravděpodobně vyvinuly v reakci na suchozemské podmínky, přispěly k patogenitě u mnoha druhů.[2] Tyto výsledky nyní nechávají otevřenou možnost, že pozemské adaptace mohly hrát v evoluci prokaryot větší roli, než se v současnosti chápe.[1][2]
Terrabakterie byly navrženy v roce 2004 pro Actinobacteria, Cyanobacteria a Deinococccus-Thermus [1] a později byla rozšířena o Firmicutes a Chloroflexi.[2] Další fylogenetické analýzy [3] podporovali blízké vztahy těchto kmenů. Většina druhů prokaryot, které nejsou umístěny v terrabakteriích, byla přiřazena k taxonu Hydrobakterie [2] (3 203 sp.), S odkazem na vlhké prostředí odvozené od společného předka těchto druhů. Terrabacteria a Hydrobacteria byly odvozeny, že se rozcházely přibližně před 3 miliardami let, což naznačuje, že pevnina (kontinenty) byla v té době kolonizována prokaryoty.[2] Terrabacteria a Hydrobacteria společně tvoří velkou skupinu obsahující 99% (9 360 sp.) Všech eubakterií známých do roku 2009 a umístěných do taxonu Selabacteria, v narážce na jejich fototrofní schopnosti (selas = světlo).[4]
Terrabacteria by neměla být zaměňována s nedávno popsaným taxonem "Glidobakterie ",[5] který zahrnuje pouze některé členy Terrabacteria, ale vylučuje Firmicutes a Actinobacteria a není podporován molekulárními fylogenetickými údaji.[2]
Fylogeneze
Fylogenetický strom podle fylogenetických analýz Battistuzzi (2009) je následující as molekulární hodiny kalibrace.[1][2]
Nedávné molekulární analýzy zjistily zhruba následující vztahy, včetně dalších kmenů, jejichž vztahy byly nejisté.[6][7][8][9][10][11]
| Terrabakterie |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Na druhou stranu, Coleman a kol. (2020) pojmenovali clade složený z Thermotogae, Deinococcus-Thermus, Synergistetes a související jako DST a dále to analýza naznačuje ultramalé bakterie (Skupina CPR) může patřit k terrabakteriím, s nimiž je více spjat Chloroflexi. Podle této studie kmen Aquificae někdy zahrnuto patří Gracilicutes a že kmen Fusobakterie může patřit k Terrabacteria i Gracilicutes. Výsledek byl následující:[12]
| Terrabakterie |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Je možné, že terrabakterie jsou podle jiných fylogenetických analýz také parafyletickou clade.[13][14]
Reference
- ^ A b C d Battistuzzi, F. U .; Feijão, A .; Hedges, S. B. (2004). „Genomická časová osa evoluce prokaryot: pohledy na původ methanogeneze, fototrofie a kolonizace půdy“. BMC Evoluční biologie. 4: 44. doi:10.1186/1471-2148-4-44. PMC 533871. PMID 15535883.
- ^ A b C d E F G h Battistuzzi, FU; Hedges, SB (2009). „Hlavní skupina prokaryot se starodávnými adaptacemi na život na zemi“. Molekulární biologie a evoluce. 26 (2): 335–43. doi:10.1093 / molbev / msn247. PMID 18988685.
- ^ Bern, M; Goldberg, D (2005). "Automatický výběr reprezentativních proteinů pro bakteriální fylogenezi". BMC Evoluční biologie. 5 (1): 34. doi:10.1186/1471-2148-5-34. PMC 1175084. PMID 15927057.
- ^ Battistuzzi, F. U., Hedges, S. B. 2009. Eubacteria. Str. 106-115 v The Timetree of Life, S. B. Hedges a S. Kumar, Eds. (Oxford University Press, New York, 2009). http://www.timetree.org/book.php.
- ^ Cavalier-Smith, T (2006). „Zakořenění stromu života analýzou přechodu“. Biology Direct. 1 (1): 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19. PMC 1586193. PMID 16834776.
- ^ Karthik Anantharaman a kol. 2016, Tisíce mikrobiálních genomů osvětlují vzájemně propojené biogeochemické procesy v systému zvodnělé vrstvy Nature Communications DOI: 10.1038 / ncomms13219
- ^ Paula B. Matheus Carnevali et al. 2019, Metabolismus na bázi vodíku jako vlastnost předků zakládá sourozence sinic. Nature Communications 10 (1) · prosinec 2019 DOI: 10.1038 / s41467-018-08246-y
- ^ Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I. a kol. Atmosférické stopové plyny podporují primární produkci v povrchové půdě antarktické pouště. Nature 552, 400–403 (2017) doi: 10,1038 / nature25014
- ^ Tahon G. a kol. 2018, Abditibacterium utsteinense sp. listopadu, první kultivovaný člen kandidátního kmene FBP, izolovaného ze vzorků antarktické půdy bez ledu. Syst Appl Microbiol. Červenec 2018; 41 (4): 279-290. doi: 10.1016 / j.syapm.2018.01.009. EPUB 2018 7. února.
- ^ Christian Rinke a kol 2013. Pohledy na fylogenezi a kódovací potenciál mikrobiální temné hmoty. Přírodní svazek: 499, strany: 431–437 doi: 10,1038 / nature12352
- ^ Emiley A Eloe-Fadrosh et al. 2017, Globální metagenomický průzkum odhalil nový bakteriální kandidát kmen v geotermálních pramenech. Nature Communications 7 · Leden 2016 DOI: 10.1038 / ncomms1047
- ^ Gareth A. Coleman, Adrián A. Davín, Tara Mahendrarajah, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szöllősi, Tom A. Williams. (2020). Zakořeněná fylogeneze řeší časnou bakteriální evoluci. Biorxiv.
- ^ Hug, L. A. a kol. 2016, Nový pohled na strom života. Nature Microbiology, 1, 16048.
- ^ Zhu, Q., Mai, U., Pfeiffer, W. et al. (2019) «Fylogenomika 10 575 genomů odhaluje evoluční blízkost mezi doménami Bakterie a Archea ». Příroda komunikace, 10: 5477