Epsilonproteobakterie - Epsilonproteobacteria

Epsilonproteobakterie
ARS Campylobacter jejuni.jpg
Campylobacter
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Kmen:Proteobakterie
Třída:Epsilonproteobakterie
Objednávky

Epsilonproteobakterie jsou třídou Proteobakterie.[1] Všechno druh této třídy jsou, jako všechny proteobakterie, Gramnegativní.

Epsilonproteobakterie se skládají z několika známých rodů, hlavně zakřivených až spirilloidních Wolinella spp., Helicobacter spp. a Campylobacter spp. Většina známých druhů obývá trávicí ústrojí zvířat a slouží jako symbionty (Wolinella spp. v dobytek ) nebo patogeny (Helicobacter spp. v žaludku, Campylobacter spp. v dvanáctníku). Mnoho Epsilonproteobakterií je pohyblivých s bičíky.[2]

Bylo také získáno mnoho environmentálních sekvencí a izolátů epsilonproteobakterií hydrotermální průduchy a studený prosakovat stanoviště. Mezi příklady izolátů patří Sulphurimonas autotrophica,[3] Sulphurimonas paralvinellae,[4] Sulfurovum lithotrophicum[5] a Nautilia profundicola.[6] Člen třídy Epsilonproteobakterie se vyskytuje jako endosymbiont ve velkém žábry hlubinného mořského šneka Alviniconcha hessleri.[7]

Epsilonproteobakterie nacházející se na hlubinných hydrotermálních průduchech charakteristicky vykazují chemolithotrofii, která uspokojuje jejich energetické potřeby oxidací redukované síry, mravenčanů nebo vodíku ve spojení s redukcí dusičnanů nebo kyslíku.[8] Autotrofní epsilonproteobakterie používají reverzní Krebsův cyklus k fixaci oxidu uhličitého na biomasu, což je cesta, o které se původně myslelo, že má pro životní prostředí malý význam. Citlivost této dráhy na kyslík je v souladu s jejich mikroaerofilní nebo anaerobní nikou v těchto prostředích a jejich pravděpodobným vývojem v Mezoproterozoikum oceány,[9] o kterých se předpokládá, že jsou sulfidické a mají nízkou hladinu kyslíku dostupnou z fotosyntézy sinic.[10]

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN) [11] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)[12]a fylogeneze je založena na uvolňování 106 LTP na bázi 16S rRNA 106 o Projekt „All-Species Living Tree“ [13]

 
  Nautiliaceae
 

Thioreductor micantisoli Nakagawa et al.2005

 
 
 

Caminibacter Alain et al.2002

 
 
 

Lebetimonas acidiphila Takai et al.2005

 
 

Nautilia Miroshnichenko et al.2002

 
 
 
 
 
 

Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al.2

 
  Campylobacterales
 

Hydrogenimonas thermophila Takai et al.2004

 
 
 

?Sulfuricurvum kujiense Kodama a Watanabe 2004

 
 

?Thiovulum majus ♪ Hinze 1913

 
 
 
 

Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al.2005

 
 

Sulfurovum lithotrophicum Inagaki et al.2004

 
 
 

Sulphurimonas Inagaki et al.2003 vychází. Takai et al.2006

 
 
 
  Helicobacteraceae
 

Wolinella Koželuh et al.1981

 
 

Helicobacter Goodwin et al.1989 vychází. Vandamme et al.1991

 
 
  Campylobacteraceae
 

?Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005

 
 

Arcobacter Vandamme et al.1991 vydáno. Vandamme et al.1992

 
 
 

Sulfurospirillum Schumacher et al.1993 vydáno. Luijten et al.2003

 
 

Campylobacter Sebald a Véron 1963 vznikají. Vandamme et al.2010

 
 
 
 
 
 
 
 

Poznámky:

  • Prokaryoty, kde žádný čistý (axenický ) kultury jsou izolované nebo dostupné, tj. nejsou kultivované nebo nemohou být udržovány v kultuře po více než několik sériových pasáží

Reference

  1. ^ „www.ncbi.nlm.nih.gov“. Citováno 2009-03-19.
  2. ^ Beeby, M (prosinec 2015). "Pohyblivost v epsilon-proteobakteriích". Současný názor v mikrobiologii. 28: 115–21. doi:10.1016 / j.mib.2015.09.005. hdl:10044/1/27763. PMID  26590774.
  3. ^ Inagaki, F. (01.11.2003). „Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Nová síra oxidující -proteobakterie izolovaná z hydrotermálních sedimentů ve středokokavském žlabu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (6): 1801–1805. doi:10.1099 / ijs.0.02682-0. ISSN  1466-5026. PMID  14657107.
  4. ^ Takai, K. (01.08.2006). „Sulfurimonas paralvinellae sp. Nov., Nový mezofilní chemolithoautotrof, který oxiduje vodík a síru v rámci Epsilonproteobacteria izolovaného z hlubinného hydrotermálního větracího hnízda polychaete, reklasifikace Thiomicrospira denitrificans jako Sulfurimonas denitrificans comb. Nov. A emended description of the nov. Sulphurimonas ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 56 (8): 1725–1733. doi:10.1099 / ijs.0.64255-0. ISSN  1466-5026. PMID  16901999.
  5. ^ Inagaki, Fumio; Ken Takai; Kenneth H. Nealson; Koki Horikoshi (01. 09. 2004). „Sulfurovum lithotrophicum gen. Nov., Sp. Nov., Nová chemolithoautotrofní látka oxidující síru v rámci ε-proteobakterií izolovaných z hydrotermálních sedimentů Okinawa Trough“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (5): 1477–1482. doi:10.1099 / ijs.0.03042-0. ISSN  1466-5026. PMID  15388698.
  6. ^ Julie L. Smith; Barbara J. Campbell; Thomas E. Hanson; Chuanlun L. Zhang; S. Craig Cary (2008). "Nautilia profundicola sp. listopadu., termofilní, epsilonproteobacterium redukující síru z hlubinných hydrotermálních průduchů “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (7): 1598–1602. doi:10.1099 / ijs.0.65435-0. PMID  18599701.
  7. ^ Suzuki, Yohey; Sasaki, Takenori; Suzuki, Masae; Nogi, Yuichi; Miwa, Tetsuya; Takai, Ken; Nealson, Kenneth H .; Horikoshi, Koki (2005). "Nová chemoautotrofická endosymbióza mezi členem Epsilonproteobakterie a Hydrothermal-Vent Gastropod Alviniconcha aff. hessleri (Gastropoda: Provannidae) z Indického oceánu “. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 71 (9): 5440–5450. doi:10.1128 / AEM.71.9.5440-5450.2005. PMC  1214688. PMID  16151136.
  8. ^ Takai, Ken; et al. (2005). „Enzymatická a genetická charakterizace uhlíkových a energetických metabolismu hlubinnými hydrotermálními chemolithoautotrofními izoláty Epsilonproteobakterie" (PDF). Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 71 (11): 7310–7320. doi:10.1128 / aem.71.11.7310-7320.2005. PMC  1287660. PMID  16269773.
  9. ^ Campbell, Barbara J .; Annette Summers Engel; Megan L. Porter; Ken Takai (02.05.2006). „Všestranné ε-proteobakterie: klíčoví hráči v sulfidických stanovištích“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 4 (6): 458–468. doi:10.1038 / nrmicro1414. ISSN  1740-1526. PMID  16652138. S2CID  10479314.
  10. ^ Anbar, A. D .; A. H. Knoll (16. 8. 2002). „Chemie a vývoj proterozoického oceánu: Bioanorganický most?“. Věda. 297 (5584): 1137–1142. Bibcode:2002Sci ... 297.1137A. CiteSeerX  10.1.1.615.3041. doi:10.1126 / science.1069651. PMID  12183619. S2CID  5578019.
  11. ^ J.P.Euzéby. "Epsilonproteobacteria". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Archivovány od originál dne 07.10.2011. Citováno 2011-11-17.
  12. ^ Sayers; et al. "Epsilonproteobacteria". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2011-06-05.
  13. ^ Projekt „All-Species Living Tree“.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2011-11-17.

externí odkazy